# TARGET T0314 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.027 0.026 0.053 0.065 0.101 0.186 0.140 0.151 0.121 0.087 2 S 0.196 0.161 0.112 0.214 0.138 0.076 0.050 0.026 0.015 0.007 0.003 3 I 0.018 0.016 0.018 0.030 0.037 0.065 0.152 0.171 0.182 0.173 0.139 4 T 0.075 0.191 0.073 0.155 0.132 0.103 0.097 0.074 0.047 0.028 0.024 5 S 0.067 0.081 0.040 0.122 0.115 0.124 0.158 0.101 0.094 0.061 0.036 6 T 0.419 0.137 0.091 0.150 0.100 0.051 0.025 0.011 0.009 0.004 0.002 7 D 0.100 0.092 0.043 0.171 0.151 0.143 0.159 0.068 0.045 0.020 0.009 8 I 0.009 0.016 0.020 0.039 0.038 0.047 0.119 0.148 0.198 0.201 0.162 9 C 0.006 0.006 0.016 0.023 0.044 0.088 0.193 0.195 0.179 0.145 0.104 10 Q 0.048 0.093 0.348 0.245 0.134 0.070 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 11 A 0.006 0.013 0.025 0.045 0.055 0.089 0.206 0.167 0.162 0.140 0.091 12 A 0.020 0.015 0.015 0.030 0.044 0.068 0.157 0.166 0.203 0.162 0.121 13 D 0.099 0.098 0.149 0.223 0.135 0.103 0.095 0.042 0.031 0.017 0.009 14 A 0.038 0.082 0.115 0.194 0.184 0.147 0.124 0.062 0.030 0.017 0.008 15 L 0.005 0.005 0.006 0.010 0.014 0.028 0.098 0.134 0.225 0.245 0.232 16 K 0.090 0.095 0.085 0.204 0.177 0.138 0.105 0.050 0.032 0.017 0.009 17 G 0.031 0.043 0.098 0.123 0.121 0.125 0.149 0.103 0.094 0.073 0.039 18 F 0.012 0.016 0.016 0.043 0.060 0.090 0.176 0.172 0.164 0.134 0.117 19 V 0.011 0.011 0.011 0.024 0.030 0.050 0.122 0.155 0.218 0.196 0.173 20 G 0.051 0.068 0.086 0.156 0.133 0.108 0.123 0.089 0.077 0.061 0.049 21 F 0.028 0.032 0.029 0.064 0.074 0.093 0.165 0.124 0.149 0.127 0.114 22 N 0.117 0.095 0.044 0.121 0.103 0.096 0.132 0.088 0.092 0.066 0.047 23 R 0.149 0.131 0.057 0.168 0.119 0.098 0.110 0.059 0.049 0.035 0.023 24 K 0.170 0.136 0.058 0.126 0.107 0.103 0.114 0.070 0.055 0.036 0.023 25 T 0.131 0.149 0.052 0.156 0.128 0.108 0.109 0.067 0.049 0.031 0.020 26 G 0.100 0.085 0.048 0.109 0.116 0.130 0.139 0.091 0.087 0.058 0.037 27 R 0.075 0.071 0.060 0.165 0.148 0.135 0.136 0.075 0.065 0.042 0.028 28 Y 0.010 0.015 0.017 0.059 0.077 0.104 0.210 0.157 0.143 0.121 0.087 29 I 0.004 0.006 0.014 0.028 0.031 0.040 0.099 0.125 0.199 0.226 0.228 30 V 0.006 0.007 0.025 0.031 0.041 0.058 0.133 0.142 0.196 0.197 0.165 31 R 0.011 0.026 0.049 0.096 0.111 0.115 0.176 0.143 0.117 0.093 0.064 32 F 0.009 0.013 0.015 0.031 0.041 0.066 0.148 0.158 0.194 0.175 0.150 33 S 0.125 0.101 0.053 0.137 0.123 0.109 0.122 0.083 0.073 0.046 0.028 34 E 0.145 0.111 0.070 0.157 0.126 0.106 0.107 0.057 0.056 0.039 0.025 35 D 0.074 0.072 0.034 0.104 0.110 0.123 0.181 0.102 0.090 0.065 0.045 36 S 0.080 0.081 0.042 0.125 0.106 0.105 0.146 0.107 0.088 0.070 0.049 37 F 0.046 0.054 0.038 0.081 0.094 0.114 0.152 0.132 0.120 0.098 0.072 38 G 0.084 0.095 0.063 0.147 0.137 0.122 0.112 0.084 0.074 0.048 0.034 39 M 0.020 0.016 0.013 0.041 0.053 0.076 0.150 0.127 0.177 0.171 0.157 40 D 0.078 0.075 0.048 0.152 0.137 0.110 0.136 0.089 0.080 0.056 0.039 41 V 0.012 0.016 0.018 0.042 0.040 0.049 0.116 0.122 0.176 0.204 0.207 42 A 0.028 0.044 0.027 0.067 0.083 0.098 0.157 0.147 0.138 0.115 0.095 43 D 0.073 0.089 0.052 0.151 0.129 0.114 0.128 0.086 0.080 0.057 0.040 44 D 0.165 0.107 0.060 0.143 0.132 0.114 0.109 0.059 0.053 0.036 0.022 45 S 0.152 0.109 0.041 0.143 0.130 0.107 0.114 0.076 0.068 0.040 0.021 46 I 0.028 0.019 0.013 0.033 0.045 0.070 0.146 0.148 0.186 0.165 0.146 47 T 0.062 0.079 0.061 0.138 0.121 0.115 0.141 0.099 0.079 0.056 0.049 48 P 0.040 0.075 0.064 0.129 0.110 0.103 0.146 0.110 0.092 0.075 0.057 49 T 0.035 0.047 0.026 0.068 0.081 0.093 0.143 0.134 0.142 0.125 0.108 50 S 0.148 0.117 0.048 0.159 0.146 0.124 0.103 0.059 0.054 0.027 0.014 51 E 0.103 0.069 0.056 0.174 0.158 0.130 0.127 0.069 0.060 0.036 0.018 52 F 0.016 0.015 0.019 0.050 0.062 0.084 0.193 0.155 0.166 0.137 0.105 53 V 0.009 0.016 0.035 0.052 0.047 0.057 0.137 0.144 0.185 0.173 0.144 54 W 0.008 0.015 0.054 0.057 0.078 0.105 0.200 0.153 0.133 0.116 0.082 55 S 0.085 0.092 0.179 0.185 0.136 0.107 0.102 0.051 0.033 0.019 0.010 56 S 0.175 0.126 0.087 0.156 0.119 0.107 0.110 0.056 0.038 0.018 0.008 57 V 0.200 0.138 0.063 0.099 0.087 0.087 0.118 0.078 0.067 0.040 0.024 58 R 0.194 0.189 0.070 0.175 0.127 0.095 0.082 0.035 0.019 0.009 0.004 59 D 0.261 0.150 0.177 0.153 0.107 0.068 0.043 0.020 0.013 0.006 0.003 60 D 0.176 0.120 0.130 0.186 0.125 0.098 0.091 0.038 0.021 0.010 0.004 61 V 0.070 0.063 0.098 0.126 0.116 0.129 0.158 0.096 0.077 0.045 0.023 62 M 0.019 0.023 0.066 0.066 0.071 0.107 0.205 0.138 0.132 0.103 0.069 63 R 0.060 0.107 0.213 0.244 0.151 0.099 0.071 0.032 0.013 0.007 0.002 64 L 0.014 0.017 0.037 0.036 0.041 0.075 0.158 0.173 0.176 0.161 0.114 65 G 0.110 0.228 0.105 0.162 0.133 0.107 0.072 0.044 0.025 0.009 0.004 66 R 0.067 0.063 0.073 0.144 0.131 0.139 0.154 0.081 0.074 0.048 0.025 67 E 0.184 0.116 0.127 0.197 0.127 0.092 0.082 0.038 0.021 0.012 0.005 68 Q 0.018 0.064 0.059 0.173 0.163 0.161 0.170 0.094 0.058 0.028 0.010 69 L 0.001 0.001 0.007 0.005 0.009 0.029 0.089 0.125 0.232 0.274 0.228 70 Q 0.010 0.030 0.102 0.212 0.255 0.199 0.124 0.041 0.017 0.008 0.002 71 I 0.002 0.004 0.032 0.045 0.048 0.085 0.212 0.226 0.144 0.136 0.067 72 L 0.001 0.003 0.015 0.014 0.015 0.022 0.076 0.125 0.227 0.244 0.258 73 L 0.001 0.002 0.009 0.009 0.017 0.042 0.135 0.169 0.242 0.239 0.135 74 E 0.014 0.040 0.225 0.206 0.203 0.137 0.090 0.033 0.026 0.018 0.009 75 Q 0.024 0.033 0.077 0.116 0.092 0.154 0.263 0.101 0.072 0.044 0.023 76 N 0.036 0.058 0.044 0.112 0.076 0.081 0.186 0.148 0.108 0.093 0.057 77 I 0.011 0.013 0.008 0.017 0.025 0.058 0.174 0.199 0.178 0.169 0.147 78 N 0.201 0.187 0.156 0.209 0.131 0.062 0.027 0.012 0.009 0.004 0.003 79 E 0.183 0.107 0.100 0.173 0.138 0.103 0.095 0.036 0.034 0.020 0.010 80 R 0.089 0.052 0.031 0.103 0.101 0.096 0.159 0.108 0.110 0.088 0.064 81 L 0.013 0.012 0.010 0.025 0.031 0.058 0.164 0.164 0.200 0.171 0.151 82 N 0.050 0.102 0.152 0.188 0.135 0.102 0.093 0.072 0.047 0.034 0.025 83 I 0.021 0.033 0.034 0.053 0.066 0.095 0.155 0.147 0.153 0.132 0.110 84 G 0.241 0.151 0.062 0.141 0.121 0.095 0.072 0.046 0.039 0.020 0.012 85 E 0.117 0.091 0.032 0.142 0.118 0.115 0.143 0.082 0.076 0.051 0.033 86 P 0.062 0.082 0.040 0.126 0.129 0.125 0.145 0.096 0.092 0.062 0.042 87 L 0.006 0.012 0.012 0.035 0.040 0.064 0.151 0.142 0.195 0.186 0.157 88 L 0.013 0.025 0.046 0.126 0.161 0.178 0.197 0.109 0.074 0.046 0.026 89 V 0.004 0.006 0.027 0.042 0.045 0.062 0.157 0.157 0.185 0.183 0.132 90 Y 0.005 0.008 0.024 0.053 0.066 0.078 0.187 0.178 0.170 0.137 0.093 91 L 0.002 0.003 0.015 0.010 0.013 0.021 0.072 0.113 0.234 0.278 0.239 92 R 0.016 0.044 0.092 0.156 0.184 0.167 0.188 0.075 0.042 0.024 0.012 93 R 0.076 0.076 0.147 0.166 0.124 0.116 0.134 0.066 0.051 0.030 0.013 94 Q 0.198 0.102 0.106 0.153 0.110 0.103 0.123 0.046 0.032 0.018 0.010 95 D 0.229 0.247 0.090 0.161 0.088 0.065 0.066 0.031 0.015 0.006 0.002 96 L 0.063 0.051 0.034 0.066 0.088 0.119 0.195 0.154 0.101 0.074 0.055 97 P 0.396 0.235 0.125 0.113 0.063 0.035 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 98 E 0.216 0.183 0.122 0.206 0.144 0.073 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 99 I 0.026 0.015 0.014 0.017 0.030 0.062 0.141 0.184 0.212 0.175 0.123 100 T 0.066 0.131 0.086 0.276 0.193 0.121 0.073 0.030 0.015 0.006 0.002 101 A 0.017 0.029 0.139 0.077 0.062 0.089 0.146 0.124 0.131 0.123 0.063 102 Q 0.029 0.062 0.121 0.200 0.179 0.159 0.145 0.054 0.028 0.016 0.007 103 R 0.037 0.040 0.095 0.099 0.074 0.115 0.207 0.114 0.105 0.080 0.035 104 Q 0.084 0.121 0.193 0.250 0.139 0.091 0.072 0.027 0.013 0.008 0.003 105 L 0.073 0.071 0.085 0.085 0.078 0.116 0.191 0.126 0.090 0.058 0.027 106 R 0.179 0.151 0.133 0.163 0.117 0.091 0.079 0.040 0.026 0.015 0.008