# TARGET T0314 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.019 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.017 0.095 0.604 2 S 0.030 0.008 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.006 0.091 0.736 3 I 0.021 0.006 0.006 0.004 0.007 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.003 0.065 0.540 4 T 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.003 0.294 0.543 5 S 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.005 0.061 0.685 6 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.010 0.217 0.680 7 D 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.377 0.570 8 I 0.132 0.282 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.089 0.468 9 C 0.041 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.032 0.150 10 Q 0.059 0.626 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.097 0.191 11 A 0.062 0.795 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.009 0.113 12 A 0.056 0.838 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.007 0.077 13 D 0.083 0.731 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.012 0.137 14 A 0.147 0.576 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.021 0.176 15 L 0.229 0.541 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.037 0.117 16 K 0.106 0.430 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.066 0.085 0.217 17 G 0.099 0.258 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.037 0.034 0.430 18 F 0.440 0.179 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.110 0.015 0.015 0.188 19 V 0.038 0.281 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.010 0.005 0.457 0.005 0.018 0.143 20 G 0.035 0.169 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.017 0.098 0.020 0.352 0.010 0.025 0.230 21 F 0.077 0.150 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.003 0.017 0.025 0.064 0.017 0.007 0.237 0.009 0.032 0.297 22 N 0.031 0.084 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.228 0.012 0.025 0.006 0.002 0.001 0.216 0.006 0.040 0.319 23 R 0.058 0.053 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.109 0.016 0.079 0.588 24 K 0.083 0.029 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.081 0.021 0.309 0.444 25 T 0.099 0.042 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.021 0.218 0.533 26 G 0.085 0.143 0.013 0.004 0.034 0.010 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.042 0.058 0.456 27 R 0.080 0.018 0.108 0.004 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.013 0.226 0.428 28 Y 0.022 0.008 0.002 0.002 0.017 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.004 0.078 0.310 29 I 0.006 0.004 0.001 0.001 0.009 0.025 0.348 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.002 0.035 0.125 30 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.019 0.002 0.006 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.021 0.028 0.759 0.001 0.015 0.095 31 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.053 0.124 0.027 0.654 0.002 0.017 0.090 32 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.006 0.008 0.005 0.659 0.004 0.039 0.253 33 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.037 0.080 0.022 0.050 0.023 0.005 0.004 0.381 0.007 0.081 0.281 34 E 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.007 0.083 0.737 35 D 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.015 0.346 0.496 36 S 0.381 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.038 0.149 0.375 37 F 0.083 0.118 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.018 0.289 0.443 38 G 0.231 0.045 0.049 0.002 0.018 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.010 0.049 0.059 0.104 0.390 39 M 0.115 0.061 0.044 0.014 0.004 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.151 0.008 0.128 0.433 40 D 0.029 0.040 0.003 0.001 0.034 0.014 0.082 0.011 0.003 0.007 0.079 0.011 0.009 0.011 0.002 0.001 0.143 0.004 0.082 0.435 41 V 0.035 0.065 0.003 0.001 0.004 0.011 0.009 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.162 0.009 0.150 0.532 42 A 0.044 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.014 0.436 0.290 43 D 0.268 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.058 0.127 0.336 44 D 0.124 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.099 0.574 45 S 0.158 0.066 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.068 0.324 0.316 46 I 0.427 0.047 0.070 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.054 0.098 0.232 47 T 0.054 0.066 0.009 0.003 0.010 0.008 0.026 0.003 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.202 0.010 0.224 0.366 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 49 T 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.318 0.004 0.168 0.464 50 S 0.140 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.012 0.110 0.500 51 E 0.266 0.045 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.012 0.094 0.407 52 F 0.128 0.097 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.349 0.011 0.078 0.310 53 V 0.052 0.074 0.003 0.001 0.003 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.098 0.039 0.430 0.008 0.050 0.207 54 W 0.026 0.063 0.008 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.053 0.015 0.330 0.006 0.059 0.396 55 S 0.018 0.046 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.004 0.003 0.029 0.028 0.033 0.064 0.004 0.003 0.410 0.008 0.061 0.272 56 S 0.015 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.028 0.002 0.019 0.001 0.002 0.001 0.102 0.006 0.074 0.714 57 V 0.045 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.010 0.141 0.540 58 R 0.057 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.018 0.216 0.528 59 D 0.063 0.165 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.123 0.587 60 D 0.082 0.246 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.026 0.138 0.468 61 V 0.174 0.195 0.024 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.064 0.022 0.150 0.356 62 M 0.033 0.382 0.007 0.003 0.026 0.032 0.039 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.178 0.007 0.044 0.230 63 R 0.039 0.338 0.010 0.001 0.042 0.021 0.131 0.017 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.087 0.006 0.038 0.259 64 L 0.037 0.496 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.008 0.031 0.283 65 G 0.037 0.435 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.011 0.082 0.373 66 R 0.049 0.412 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.013 0.048 0.403 67 E 0.019 0.529 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.053 0.367 68 Q 0.024 0.514 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.107 0.324 69 L 0.011 0.847 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.005 0.116 70 Q 0.005 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.095 71 I 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.044 72 L 0.012 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 73 L 0.010 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 74 E 0.023 0.911 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.049 75 Q 0.088 0.781 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.004 0.080 76 N 0.166 0.545 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.011 0.207 77 I 0.039 0.307 0.186 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.014 0.421 78 N 0.031 0.249 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.022 0.057 0.522 79 E 0.203 0.155 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.043 0.104 0.452 80 R 0.222 0.357 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.035 0.053 0.291 81 L 0.097 0.379 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.146 0.033 0.051 0.247 82 N 0.072 0.142 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.096 0.029 0.146 0.492 83 I 0.062 0.085 0.038 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.023 0.086 0.492 84 G 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.015 0.106 0.601 85 E 0.287 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.013 0.088 0.509 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 L 0.008 0.010 0.001 0.001 0.007 0.008 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.005 0.059 0.279 88 L 0.030 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.521 0.005 0.081 0.312 89 V 0.011 0.035 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.755 0.002 0.024 0.154 90 Y 0.010 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.007 0.005 0.726 0.002 0.025 0.150 91 L 0.008 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.006 0.008 0.004 0.742 0.002 0.016 0.153 92 R 0.007 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.006 0.003 0.005 0.004 0.004 0.542 0.007 0.069 0.275 93 R 0.015 0.048 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.002 0.344 0.022 0.067 0.443 94 Q 0.047 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.019 0.100 0.675 95 D 0.378 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.050 0.061 0.439 96 L 0.305 0.038 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.008 0.041 0.500 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 98 E 0.015 0.008 0.001 0.001 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.004 0.094 0.777 99 I 0.124 0.148 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.004 0.049 0.494 100 T 0.033 0.341 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.003 0.030 0.326 101 A 0.030 0.412 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.006 0.051 0.278 102 Q 0.037 0.485 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.137 0.006 0.043 0.280 103 R 0.032 0.470 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.158 0.009 0.036 0.274 104 Q 0.046 0.431 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.015 0.029 0.362 105 L 0.073 0.306 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.089 0.018 0.028 0.400 106 R 0.065 0.287 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.106 0.017 0.035 0.457