# TARGET T0314 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0314.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.50627 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.324 0.067 0.007 0.355 0.006 0.008 0.032 0.017 0.021 0.033 2 S 0.167 0.248 0.050 0.003 0.399 0.005 0.013 0.032 0.013 0.024 0.046 3 I 0.271 0.149 0.021 0.004 0.299 0.009 0.014 0.033 0.023 0.061 0.115 4 T 0.037 0.401 0.318 0.030 0.106 0.007 0.006 0.030 0.013 0.038 0.013 5 S 0.033 0.094 0.044 0.007 0.065 0.002 0.004 0.522 0.155 0.057 0.015 6 T 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.801 0.179 0.004 0.001 7 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.913 0.058 0.014 0.002 8 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.084 0.029 0.001 9 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.905 0.078 0.007 0.001 10 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.896 0.078 0.011 0.001 11 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.837 0.096 0.051 0.001 12 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.786 0.186 0.013 0.001 13 D 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.026 0.751 0.200 0.007 0.001 14 A 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.085 0.661 0.165 0.068 0.003 15 L 0.066 0.138 0.062 0.016 0.128 0.026 0.068 0.219 0.101 0.131 0.043 16 K 0.014 0.067 0.039 0.096 0.023 0.083 0.165 0.282 0.121 0.085 0.026 17 G 0.031 0.045 0.074 0.115 0.030 0.038 0.023 0.097 0.103 0.382 0.060 18 F 0.166 0.074 0.029 0.018 0.238 0.024 0.042 0.114 0.105 0.115 0.075 19 V 0.108 0.099 0.037 0.036 0.160 0.043 0.086 0.187 0.099 0.080 0.067 20 G 0.113 0.129 0.111 0.097 0.175 0.044 0.025 0.063 0.034 0.152 0.059 21 F 0.134 0.140 0.050 0.035 0.250 0.050 0.054 0.081 0.046 0.109 0.052 22 N 0.209 0.087 0.045 0.020 0.297 0.015 0.017 0.041 0.030 0.108 0.132 23 R 0.056 0.152 0.184 0.047 0.101 0.023 0.031 0.168 0.135 0.078 0.026 24 K 0.031 0.031 0.034 0.028 0.029 0.066 0.242 0.327 0.130 0.067 0.015 25 T 0.016 0.411 0.197 0.099 0.071 0.026 0.071 0.029 0.020 0.045 0.014 26 G 0.057 0.087 0.086 0.106 0.061 0.035 0.007 0.010 0.018 0.361 0.172 27 R 0.214 0.157 0.024 0.011 0.459 0.014 0.029 0.018 0.014 0.024 0.037 28 Y 0.209 0.102 0.010 0.002 0.660 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 29 I 0.207 0.065 0.003 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 30 V 0.296 0.053 0.004 0.001 0.604 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 31 R 0.341 0.066 0.009 0.001 0.447 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.120 32 F 0.212 0.180 0.050 0.032 0.250 0.025 0.028 0.025 0.019 0.068 0.110 33 S 0.055 0.422 0.224 0.023 0.208 0.005 0.004 0.014 0.014 0.012 0.017 34 E 0.036 0.057 0.015 0.022 0.057 0.045 0.044 0.259 0.344 0.093 0.028 35 D 0.059 0.058 0.052 0.023 0.050 0.019 0.097 0.223 0.252 0.124 0.044 36 S 0.061 0.047 0.014 0.012 0.059 0.023 0.106 0.308 0.187 0.158 0.025 37 F 0.039 0.436 0.166 0.067 0.128 0.018 0.020 0.023 0.021 0.056 0.026 38 G 0.095 0.034 0.079 0.159 0.050 0.060 0.015 0.028 0.029 0.191 0.260 39 M 0.105 0.294 0.093 0.011 0.323 0.007 0.012 0.055 0.039 0.035 0.025 40 D 0.311 0.094 0.026 0.004 0.368 0.006 0.019 0.051 0.022 0.027 0.073 41 V 0.174 0.168 0.058 0.009 0.213 0.012 0.025 0.125 0.095 0.076 0.044 42 A 0.051 0.192 0.161 0.070 0.117 0.064 0.052 0.112 0.074 0.077 0.030 43 D 0.132 0.150 0.066 0.039 0.247 0.017 0.037 0.108 0.076 0.064 0.065 44 D 0.030 0.072 0.027 0.008 0.056 0.011 0.020 0.206 0.364 0.175 0.034 45 S 0.046 0.085 0.019 0.005 0.119 0.007 0.049 0.161 0.198 0.277 0.033 46 I 0.271 0.145 0.036 0.003 0.288 0.004 0.012 0.031 0.042 0.078 0.088 47 T 0.028 0.389 0.336 0.020 0.144 0.007 0.018 0.026 0.013 0.008 0.011 48 P 0.101 0.351 0.160 0.008 0.218 0.005 0.017 0.049 0.033 0.026 0.032 49 T 0.141 0.174 0.060 0.014 0.180 0.016 0.020 0.068 0.133 0.100 0.094 50 S 0.042 0.085 0.038 0.028 0.103 0.039 0.058 0.263 0.216 0.098 0.030 51 E 0.107 0.152 0.044 0.009 0.265 0.009 0.037 0.180 0.112 0.061 0.024 52 F 0.229 0.123 0.023 0.007 0.337 0.007 0.015 0.073 0.044 0.076 0.065 53 V 0.197 0.130 0.025 0.007 0.361 0.008 0.018 0.106 0.033 0.038 0.077 54 W 0.144 0.181 0.058 0.017 0.225 0.013 0.024 0.092 0.067 0.097 0.082 55 S 0.039 0.348 0.217 0.023 0.173 0.013 0.024 0.091 0.038 0.022 0.011 56 S 0.088 0.184 0.085 0.008 0.153 0.011 0.047 0.254 0.090 0.050 0.030 57 V 0.050 0.102 0.052 0.030 0.060 0.038 0.090 0.277 0.124 0.139 0.038 58 R 0.041 0.223 0.122 0.065 0.100 0.046 0.062 0.164 0.075 0.078 0.024 59 D 0.037 0.106 0.063 0.036 0.079 0.025 0.026 0.325 0.160 0.111 0.034 60 D 0.039 0.045 0.018 0.007 0.059 0.010 0.034 0.454 0.172 0.129 0.033 61 V 0.065 0.088 0.017 0.008 0.127 0.012 0.048 0.410 0.116 0.086 0.023 62 M 0.106 0.167 0.043 0.014 0.215 0.012 0.018 0.256 0.061 0.066 0.042 63 R 0.069 0.181 0.086 0.010 0.172 0.011 0.029 0.298 0.063 0.051 0.030 64 L 0.064 0.100 0.039 0.017 0.067 0.023 0.058 0.472 0.079 0.049 0.032 65 G 0.018 0.125 0.114 0.051 0.036 0.025 0.032 0.328 0.119 0.136 0.017 66 R 0.013 0.048 0.018 0.005 0.027 0.005 0.010 0.749 0.099 0.021 0.005 67 E 0.005 0.022 0.007 0.002 0.017 0.005 0.012 0.855 0.064 0.008 0.002 68 Q 0.005 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.931 0.034 0.010 0.002 69 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.945 0.034 0.005 0.001 70 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.956 0.026 0.002 0.001 71 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.970 0.012 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.959 0.026 0.004 0.001 73 L 0.005 0.011 0.002 0.001 0.005 0.002 0.023 0.875 0.066 0.008 0.002 74 E 0.015 0.014 0.004 0.002 0.018 0.006 0.050 0.660 0.126 0.088 0.016 75 Q 0.005 0.609 0.256 0.005 0.074 0.004 0.007 0.033 0.004 0.002 0.001 76 N 0.239 0.045 0.028 0.007 0.065 0.004 0.014 0.186 0.024 0.156 0.233 77 I 0.063 0.080 0.023 0.029 0.070 0.059 0.067 0.385 0.135 0.059 0.031 78 N 0.023 0.054 0.022 0.062 0.059 0.052 0.049 0.471 0.133 0.051 0.024 79 E 0.043 0.086 0.045 0.016 0.090 0.014 0.050 0.398 0.170 0.072 0.015 80 R 0.116 0.072 0.021 0.007 0.193 0.015 0.080 0.264 0.095 0.105 0.030 81 L 0.100 0.328 0.039 0.013 0.315 0.016 0.024 0.079 0.024 0.027 0.035 82 N 0.288 0.078 0.026 0.004 0.269 0.004 0.007 0.032 0.016 0.076 0.200 83 I 0.065 0.057 0.015 0.014 0.083 0.026 0.059 0.310 0.227 0.113 0.030 84 G 0.019 0.035 0.079 0.107 0.022 0.058 0.067 0.128 0.170 0.295 0.020 85 E 0.038 0.281 0.257 0.033 0.129 0.008 0.027 0.164 0.038 0.018 0.009 86 P 0.119 0.233 0.043 0.007 0.271 0.008 0.026 0.204 0.047 0.018 0.024 87 L 0.161 0.148 0.015 0.008 0.417 0.020 0.026 0.139 0.028 0.014 0.023 88 L 0.307 0.052 0.004 0.004 0.476 0.008 0.014 0.090 0.013 0.007 0.025 89 V 0.191 0.106 0.011 0.006 0.538 0.012 0.017 0.085 0.010 0.007 0.017 90 Y 0.244 0.098 0.010 0.004 0.365 0.005 0.021 0.114 0.023 0.052 0.065 91 L 0.172 0.254 0.039 0.005 0.321 0.009 0.018 0.077 0.022 0.027 0.055 92 R 0.050 0.306 0.113 0.019 0.145 0.014 0.037 0.094 0.057 0.120 0.045 93 R 0.102 0.079 0.030 0.013 0.123 0.017 0.046 0.174 0.261 0.087 0.069 94 Q 0.015 0.159 0.064 0.013 0.057 0.020 0.054 0.305 0.266 0.039 0.008 95 D 0.042 0.042 0.016 0.004 0.043 0.005 0.037 0.113 0.152 0.506 0.040 96 L 0.116 0.331 0.081 0.005 0.228 0.002 0.010 0.122 0.049 0.019 0.038 97 P 0.021 0.179 0.059 0.013 0.085 0.030 0.048 0.392 0.133 0.028 0.012 98 E 0.091 0.083 0.017 0.003 0.184 0.004 0.029 0.391 0.113 0.067 0.018 99 I 0.196 0.091 0.015 0.004 0.254 0.007 0.015 0.302 0.048 0.031 0.038 100 T 0.144 0.092 0.023 0.014 0.232 0.018 0.037 0.285 0.043 0.059 0.052 101 A 0.136 0.141 0.032 0.008 0.245 0.006 0.013 0.287 0.053 0.047 0.033 102 Q 0.092 0.104 0.024 0.013 0.164 0.027 0.073 0.353 0.073 0.048 0.029 103 R 0.091 0.165 0.044 0.016 0.214 0.017 0.044 0.264 0.064 0.048 0.034 104 Q 0.124 0.141 0.045 0.008 0.210 0.011 0.041 0.258 0.062 0.057 0.042 105 L 0.111 0.110 0.026 0.013 0.133 0.020 0.035 0.278 0.130 0.091 0.053 106 R 0.046 0.135 0.067 0.036 0.096 0.036 0.055 0.318 0.124 0.062 0.024