# TARGET T0313 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0313.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 90.4103 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.020 0.001 0.002 0.004 0.072 0.901 2 I 0.165 0.001 0.001 0.001 0.033 0.801 3 R 0.925 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 4 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 5 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 6 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 7 R 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 8 V 0.878 0.002 0.001 0.001 0.025 0.094 9 R 0.614 0.005 0.002 0.001 0.085 0.294 10 P 0.391 0.009 0.005 0.002 0.189 0.404 11 V 0.175 0.032 0.013 0.004 0.215 0.560 12 T 0.102 0.037 0.013 0.007 0.446 0.394 13 K 0.038 0.012 0.117 0.031 0.570 0.232 14 E 0.033 0.011 0.121 0.043 0.567 0.225 15 D 0.039 0.018 0.156 0.035 0.604 0.149 16 G 0.029 0.018 0.045 0.020 0.553 0.334 17 E 0.036 0.039 0.026 0.016 0.446 0.436 18 G 0.034 0.016 0.010 0.003 0.483 0.454 19 P 0.055 0.009 0.022 0.004 0.455 0.455 20 E 0.167 0.024 0.041 0.004 0.383 0.381 21 A 0.423 0.021 0.029 0.003 0.246 0.278 22 T 0.664 0.007 0.011 0.002 0.099 0.217 23 N 0.854 0.005 0.004 0.001 0.039 0.097 24 A 0.911 0.006 0.002 0.001 0.022 0.058 25 V 0.906 0.005 0.001 0.001 0.020 0.068 26 T 0.848 0.008 0.001 0.001 0.040 0.102 27 F 0.603 0.028 0.003 0.001 0.104 0.262 28 D 0.236 0.025 0.006 0.001 0.604 0.127 29 A 0.057 0.007 0.016 0.002 0.812 0.105 30 D 0.033 0.002 0.016 0.003 0.844 0.102 31 D 0.276 0.016 0.012 0.004 0.583 0.108 32 D 0.650 0.012 0.004 0.007 0.096 0.230 33 S 0.914 0.010 0.002 0.006 0.019 0.049 34 I 0.917 0.007 0.003 0.015 0.015 0.043 35 I 0.855 0.008 0.005 0.025 0.026 0.081 36 H 0.695 0.007 0.011 0.032 0.088 0.166 37 L 0.313 0.014 0.091 0.082 0.249 0.251 38 L 0.207 0.020 0.135 0.058 0.319 0.262 39 H 0.122 0.018 0.154 0.045 0.440 0.222 40 K 0.050 0.020 0.066 0.046 0.432 0.386 41 G 0.022 0.005 0.010 0.004 0.289 0.670 42 K 0.049 0.006 0.004 0.001 0.203 0.737 43 P 0.089 0.008 0.005 0.001 0.172 0.726 44 V 0.334 0.015 0.006 0.001 0.129 0.513 45 S 0.747 0.011 0.003 0.001 0.041 0.197 46 F 0.850 0.009 0.003 0.002 0.020 0.117 47 E 0.830 0.008 0.005 0.003 0.035 0.119 48 L 0.666 0.011 0.043 0.021 0.112 0.147 49 D 0.437 0.004 0.080 0.034 0.274 0.171 50 K 0.559 0.011 0.079 0.033 0.216 0.102 51 V 0.584 0.039 0.025 0.036 0.162 0.153 52 F 0.392 0.049 0.011 0.050 0.175 0.322 53 S 0.087 0.012 0.006 0.011 0.716 0.168 54 P 0.011 0.002 0.090 0.037 0.795 0.065 55 Q 0.005 0.001 0.104 0.036 0.797 0.057 56 A 0.013 0.022 0.109 0.060 0.736 0.058 57 S 0.016 0.023 0.021 0.099 0.185 0.657 58 Q 0.001 0.001 0.060 0.904 0.022 0.013 59 Q 0.001 0.001 0.032 0.943 0.018 0.006 60 D 0.001 0.001 0.027 0.946 0.020 0.005 61 V 0.002 0.001 0.011 0.969 0.011 0.007 62 F 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.004 63 Q 0.001 0.001 0.015 0.971 0.009 0.005 64 E 0.002 0.001 0.014 0.954 0.015 0.014 65 V 0.001 0.001 0.010 0.968 0.008 0.012 66 Q 0.002 0.001 0.025 0.946 0.016 0.012 67 A 0.002 0.001 0.018 0.962 0.012 0.006 68 L 0.002 0.001 0.018 0.962 0.011 0.007 69 V 0.003 0.001 0.007 0.968 0.014 0.006 70 T 0.004 0.001 0.012 0.948 0.027 0.009 71 S 0.007 0.001 0.013 0.917 0.050 0.013 72 C 0.006 0.002 0.016 0.858 0.088 0.031 73 I 0.007 0.004 0.027 0.769 0.151 0.042 74 D 0.008 0.002 0.028 0.654 0.203 0.105 75 G 0.011 0.001 0.025 0.208 0.297 0.458 76 F 0.059 0.031 0.025 0.123 0.272 0.490 77 N 0.211 0.015 0.010 0.027 0.306 0.430 78 V 0.536 0.004 0.005 0.010 0.144 0.302 79 C 0.942 0.004 0.001 0.004 0.014 0.035 80 I 0.978 0.002 0.002 0.005 0.005 0.008 81 F 0.978 0.001 0.002 0.006 0.004 0.008 82 A 0.933 0.003 0.004 0.012 0.017 0.030 83 Y 0.628 0.010 0.009 0.013 0.083 0.257 84 G 0.165 0.010 0.007 0.005 0.202 0.611 85 Q 0.148 0.041 0.044 0.011 0.435 0.321 86 T 0.091 0.026 0.056 0.023 0.558 0.246 87 G 0.040 0.011 0.067 0.009 0.706 0.167 88 A 0.065 0.014 0.031 0.014 0.629 0.248 89 G 0.110 0.016 0.029 0.012 0.405 0.429 90 K 0.360 0.045 0.040 0.021 0.259 0.275 91 T 0.609 0.014 0.021 0.014 0.138 0.203 92 Y 0.769 0.010 0.022 0.017 0.080 0.101 93 T 0.855 0.006 0.008 0.010 0.063 0.057 94 M 0.860 0.008 0.004 0.006 0.056 0.065 95 E 0.676 0.020 0.004 0.010 0.100 0.190 96 G 0.249 0.030 0.004 0.004 0.224 0.488 97 T 0.061 0.021 0.008 0.003 0.618 0.288 98 A 0.010 0.009 0.151 0.028 0.682 0.120 99 E 0.007 0.006 0.137 0.034 0.724 0.090 100 N 0.006 0.006 0.104 0.020 0.797 0.067 101 P 0.007 0.007 0.067 0.072 0.526 0.320 102 G 0.016 0.074 0.072 0.214 0.303 0.321 103 I 0.024 0.061 0.051 0.412 0.209 0.242 104 N 0.022 0.008 0.013 0.518 0.102 0.338 105 Q 0.002 0.001 0.007 0.960 0.014 0.017 106 R 0.002 0.001 0.007 0.978 0.008 0.005 107 A 0.002 0.001 0.009 0.981 0.006 0.003 108 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 110 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 111 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 112 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 113 S 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 114 E 0.001 0.001 0.008 0.960 0.015 0.016 115 V 0.002 0.002 0.022 0.901 0.033 0.040 116 Q 0.003 0.002 0.029 0.879 0.055 0.032 117 E 0.005 0.002 0.028 0.823 0.092 0.051 118 K 0.006 0.005 0.025 0.681 0.135 0.149 119 A 0.010 0.004 0.048 0.194 0.553 0.191 120 S 0.013 0.003 0.052 0.041 0.653 0.238 121 D 0.038 0.002 0.057 0.016 0.537 0.349 122 W 0.357 0.022 0.026 0.005 0.313 0.277 123 E 0.594 0.002 0.004 0.002 0.083 0.314 124 Y 0.909 0.001 0.001 0.001 0.019 0.069 125 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 126 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 127 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 128 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 129 S 0.926 0.001 0.002 0.003 0.016 0.054 130 A 0.892 0.001 0.009 0.029 0.031 0.039 131 A 0.933 0.001 0.008 0.023 0.018 0.017 132 E 0.865 0.001 0.014 0.082 0.023 0.014 133 I 0.652 0.009 0.021 0.202 0.099 0.016 134 Y 0.219 0.004 0.015 0.455 0.251 0.056 135 N 0.035 0.003 0.018 0.455 0.379 0.111 136 E 0.071 0.006 0.027 0.434 0.398 0.064 137 V 0.253 0.025 0.037 0.397 0.156 0.132 138 L 0.149 0.015 0.099 0.608 0.078 0.051 139 R 0.088 0.004 0.196 0.606 0.067 0.040 140 D 0.043 0.005 0.162 0.688 0.067 0.034 141 L 0.011 0.003 0.115 0.764 0.073 0.035 142 L 0.003 0.002 0.057 0.779 0.078 0.081 143 G 0.004 0.003 0.019 0.089 0.278 0.608 144 K 0.005 0.008 0.017 0.049 0.269 0.651 145 E 0.010 0.016 0.017 0.020 0.379 0.560 146 P 0.009 0.013 0.130 0.039 0.555 0.255 147 Q 0.018 0.008 0.220 0.036 0.536 0.183 148 E 0.036 0.009 0.226 0.044 0.512 0.173 149 K 0.074 0.008 0.088 0.027 0.440 0.362 150 L 0.277 0.015 0.031 0.012 0.255 0.411 151 E 0.537 0.014 0.011 0.006 0.109 0.323 152 I 0.815 0.006 0.007 0.003 0.041 0.129 153 R 0.902 0.005 0.003 0.002 0.024 0.065 154 L 0.899 0.013 0.002 0.001 0.017 0.069 155 C 0.774 0.009 0.002 0.001 0.085 0.129 156 P 0.515 0.016 0.006 0.001 0.168 0.296 157 D 0.178 0.026 0.012 0.001 0.625 0.158 158 G 0.042 0.016 0.030 0.001 0.888 0.024 159 S 0.026 0.003 0.020 0.001 0.900 0.049 160 G 0.023 0.002 0.016 0.001 0.920 0.039 161 Q 0.478 0.031 0.003 0.001 0.319 0.168 162 L 0.911 0.022 0.001 0.001 0.010 0.056 163 Y 0.918 0.033 0.001 0.001 0.009 0.039 164 V 0.762 0.024 0.003 0.001 0.181 0.029 165 P 0.173 0.003 0.005 0.001 0.758 0.061 166 G 0.042 0.002 0.010 0.001 0.884 0.060 167 L 0.456 0.031 0.006 0.001 0.474 0.032 168 T 0.827 0.008 0.003 0.002 0.039 0.122 169 E 0.947 0.005 0.004 0.002 0.016 0.026 170 F 0.942 0.003 0.003 0.002 0.015 0.036 171 Q 0.913 0.004 0.002 0.002 0.025 0.053 172 V 0.585 0.012 0.004 0.003 0.100 0.296 173 Q 0.191 0.019 0.003 0.002 0.211 0.574 174 S 0.035 0.005 0.002 0.004 0.137 0.817 175 V 0.001 0.001 0.044 0.923 0.022 0.010 176 D 0.001 0.001 0.032 0.956 0.009 0.002 177 D 0.001 0.001 0.023 0.971 0.005 0.001 178 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 179 N 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 180 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 181 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 182 F 0.001 0.001 0.006 0.980 0.010 0.002 183 E 0.002 0.001 0.007 0.964 0.023 0.004 184 F 0.003 0.001 0.008 0.923 0.037 0.029 185 G 0.005 0.002 0.027 0.627 0.145 0.194 186 H 0.008 0.004 0.088 0.526 0.271 0.103 187 T 0.019 0.003 0.075 0.528 0.269 0.105 188 N 0.025 0.004 0.043 0.449 0.250 0.229 189 R 0.095 0.014 0.024 0.318 0.211 0.337 190 T 0.224 0.021 0.017 0.223 0.140 0.374 191 T 0.249 0.019 0.027 0.214 0.195 0.296 192 E 0.198 0.015 0.037 0.208 0.236 0.306 193 F 0.156 0.022 0.090 0.239 0.253 0.240 194 T 0.109 0.013 0.094 0.186 0.337 0.260 195 N 0.091 0.015 0.097 0.157 0.385 0.255 196 L 0.086 0.023 0.063 0.150 0.372 0.305 197 N 0.058 0.017 0.033 0.096 0.497 0.299 198 E 0.031 0.009 0.071 0.301 0.427 0.162 199 H 0.040 0.011 0.058 0.289 0.433 0.171 200 S 0.032 0.011 0.033 0.305 0.407 0.212 201 S 0.061 0.016 0.025 0.208 0.221 0.468 202 R 0.045 0.016 0.090 0.578 0.148 0.123 203 S 0.158 0.011 0.091 0.339 0.236 0.165 204 H 0.277 0.006 0.088 0.187 0.250 0.193 205 A 0.732 0.012 0.023 0.080 0.091 0.062 206 L 0.820 0.002 0.007 0.042 0.070 0.058 207 L 0.908 0.001 0.004 0.039 0.035 0.013 208 I 0.950 0.001 0.001 0.033 0.008 0.008 209 V 0.910 0.001 0.001 0.069 0.009 0.011 210 T 0.926 0.001 0.001 0.048 0.008 0.016 211 V 0.934 0.001 0.001 0.022 0.010 0.033 212 R 0.889 0.002 0.001 0.019 0.020 0.070 213 G 0.845 0.002 0.001 0.009 0.050 0.093 214 V 0.721 0.008 0.002 0.006 0.071 0.193 215 D 0.565 0.015 0.005 0.005 0.186 0.224 216 C 0.277 0.018 0.032 0.010 0.470 0.193 217 S 0.111 0.007 0.044 0.006 0.742 0.090 218 T 0.041 0.003 0.043 0.007 0.834 0.073 219 G 0.057 0.003 0.020 0.009 0.743 0.169 220 L 0.491 0.035 0.009 0.009 0.246 0.210 221 R 0.771 0.015 0.004 0.007 0.060 0.143 222 T 0.871 0.006 0.004 0.005 0.033 0.081 223 T 0.856 0.006 0.004 0.004 0.040 0.090 224 G 0.779 0.002 0.006 0.003 0.068 0.143 225 K 0.891 0.002 0.002 0.001 0.023 0.080 226 L 0.934 0.004 0.001 0.002 0.015 0.044 227 N 0.937 0.003 0.001 0.002 0.013 0.043 228 L 0.933 0.003 0.003 0.011 0.013 0.037 229 V 0.872 0.006 0.007 0.029 0.022 0.064 230 D 0.792 0.007 0.016 0.043 0.059 0.082 231 L 0.343 0.013 0.047 0.110 0.283 0.204 232 A 0.150 0.013 0.049 0.164 0.360 0.264 233 G 0.057 0.013 0.047 0.195 0.343 0.345 234 S 0.032 0.005 0.181 0.323 0.276 0.183 235 E 0.053 0.014 0.248 0.452 0.136 0.098 236 R 0.046 0.022 0.226 0.493 0.154 0.059 237 V 0.036 0.011 0.102 0.553 0.207 0.091 238 G 0.042 0.006 0.155 0.470 0.238 0.088 239 K 0.033 0.012 0.086 0.410 0.348 0.111 240 S 0.017 0.008 0.048 0.392 0.299 0.236 241 G 0.010 0.003 0.006 0.015 0.381 0.585 242 A 0.018 0.012 0.020 0.087 0.470 0.394 243 E 0.039 0.024 0.026 0.163 0.466 0.283 244 G 0.033 0.014 0.027 0.322 0.361 0.242 245 S 0.044 0.007 0.035 0.594 0.148 0.172 246 R 0.045 0.008 0.025 0.780 0.052 0.090 247 L 0.034 0.003 0.016 0.855 0.034 0.059 248 R 0.026 0.002 0.015 0.888 0.030 0.039 249 E 0.031 0.002 0.014 0.903 0.028 0.023 250 A 0.007 0.001 0.009 0.949 0.018 0.016 251 Q 0.002 0.001 0.004 0.984 0.007 0.003 252 H 0.002 0.001 0.004 0.984 0.006 0.003 253 I 0.002 0.001 0.002 0.982 0.007 0.007 254 N 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.008 255 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.005 256 S 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.006 257 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.004 258 S 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.002 259 A 0.001 0.001 0.009 0.974 0.012 0.005 260 L 0.001 0.001 0.006 0.972 0.013 0.008 261 G 0.001 0.001 0.006 0.974 0.012 0.007 262 D 0.001 0.001 0.007 0.972 0.013 0.007 263 V 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.004 264 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 265 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.001 266 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 267 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.008 0.007 268 R 0.001 0.002 0.011 0.951 0.023 0.012 269 S 0.002 0.001 0.032 0.843 0.080 0.043 270 R 0.002 0.005 0.048 0.471 0.200 0.274 271 Q 0.005 0.005 0.037 0.091 0.351 0.510 272 G 0.012 0.003 0.013 0.009 0.412 0.552 273 H 0.057 0.024 0.009 0.007 0.297 0.606 274 V 0.247 0.088 0.009 0.006 0.218 0.432 275 P 0.215 0.030 0.014 0.011 0.236 0.494 276 F 0.154 0.042 0.044 0.035 0.463 0.262 277 R 0.121 0.024 0.036 0.033 0.541 0.245 278 N 0.058 0.014 0.024 0.061 0.613 0.229 279 S 0.046 0.016 0.012 0.134 0.404 0.387 280 K 0.021 0.007 0.009 0.867 0.059 0.037 281 L 0.010 0.002 0.004 0.954 0.021 0.009 282 T 0.008 0.001 0.005 0.958 0.018 0.010 283 Y 0.011 0.001 0.008 0.968 0.009 0.004 284 L 0.005 0.001 0.011 0.967 0.012 0.005 285 L 0.006 0.001 0.013 0.949 0.019 0.012 286 Q 0.010 0.002 0.028 0.890 0.046 0.024 287 D 0.008 0.004 0.050 0.775 0.118 0.045 288 S 0.006 0.005 0.072 0.563 0.254 0.099 289 L 0.009 0.011 0.078 0.323 0.383 0.196 290 S 0.009 0.013 0.038 0.119 0.592 0.230 291 G 0.008 0.003 0.031 0.045 0.602 0.311 292 D 0.025 0.005 0.028 0.022 0.575 0.345 293 S 0.193 0.028 0.014 0.014 0.408 0.344 294 K 0.467 0.008 0.008 0.006 0.237 0.274 295 T 0.900 0.004 0.001 0.001 0.030 0.064 296 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 297 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 298 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 299 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 300 Q 0.951 0.001 0.001 0.002 0.010 0.036 301 V 0.797 0.008 0.002 0.005 0.031 0.158 302 S 0.284 0.014 0.004 0.010 0.240 0.448 303 P 0.066 0.006 0.054 0.056 0.460 0.358 304 V 0.032 0.008 0.144 0.079 0.451 0.286 305 E 0.013 0.006 0.380 0.145 0.391 0.064 306 K 0.009 0.006 0.324 0.176 0.364 0.121 307 N 0.014 0.011 0.141 0.187 0.416 0.231 308 T 0.011 0.005 0.071 0.477 0.291 0.145 309 S 0.008 0.002 0.036 0.835 0.081 0.039 310 E 0.011 0.003 0.028 0.885 0.051 0.022 311 T 0.009 0.002 0.010 0.933 0.026 0.020 312 L 0.006 0.001 0.006 0.966 0.013 0.009 313 Y 0.004 0.001 0.005 0.972 0.010 0.008 314 S 0.003 0.001 0.003 0.982 0.005 0.006 315 L 0.003 0.001 0.006 0.979 0.007 0.004 316 K 0.004 0.001 0.008 0.969 0.013 0.005 317 F 0.004 0.001 0.010 0.962 0.013 0.011 318 A 0.004 0.001 0.028 0.919 0.026 0.022 319 E 0.004 0.001 0.050 0.877 0.033 0.034 320 R 0.007 0.001 0.046 0.796 0.041 0.108 321 V 0.006 0.004 0.011 0.608 0.038 0.333 322 R 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.979