# TARGET T0312 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.010 0.008 0.018 0.236 0.669 2 K 0.213 0.025 0.015 0.027 0.173 0.548 3 V 0.309 0.029 0.037 0.041 0.173 0.410 4 F 0.404 0.028 0.062 0.047 0.194 0.264 5 E 0.511 0.033 0.037 0.032 0.177 0.210 6 F 0.306 0.028 0.028 0.031 0.285 0.322 7 E 0.155 0.030 0.015 0.014 0.660 0.126 8 V 0.082 0.014 0.013 0.007 0.786 0.098 9 G 0.041 0.001 0.004 0.001 0.824 0.127 10 K 0.544 0.016 0.002 0.001 0.331 0.106 11 G 0.920 0.005 0.001 0.001 0.022 0.053 12 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 13 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 14 L 0.975 0.002 0.001 0.001 0.007 0.016 15 R 0.914 0.004 0.001 0.001 0.015 0.066 16 L 0.470 0.019 0.002 0.004 0.159 0.345 17 D 0.044 0.016 0.003 0.007 0.842 0.087 18 Y 0.007 0.003 0.009 0.028 0.900 0.052 19 G 0.008 0.005 0.009 0.046 0.852 0.080 20 K 0.040 0.019 0.022 0.405 0.450 0.065 21 D 0.048 0.047 0.012 0.682 0.055 0.157 22 L 0.012 0.006 0.011 0.950 0.010 0.011 23 V 0.003 0.001 0.007 0.980 0.006 0.004 24 R 0.002 0.001 0.004 0.981 0.006 0.006 25 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 30 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 31 E 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.003 32 E 0.001 0.001 0.007 0.972 0.014 0.007 33 K 0.001 0.001 0.005 0.908 0.027 0.059 34 G 0.002 0.001 0.001 0.032 0.058 0.907 35 I 0.018 0.002 0.001 0.020 0.106 0.852 36 H 0.118 0.011 0.004 0.028 0.110 0.729 37 A 0.660 0.021 0.017 0.044 0.083 0.175 38 A 0.859 0.002 0.015 0.035 0.028 0.061 39 H 0.934 0.002 0.009 0.027 0.011 0.017 40 I 0.949 0.002 0.004 0.022 0.008 0.014 41 S 0.936 0.002 0.003 0.027 0.010 0.023 42 A 0.904 0.003 0.006 0.040 0.017 0.031 43 I 0.837 0.004 0.011 0.051 0.048 0.049 44 G 0.749 0.005 0.015 0.040 0.103 0.087 45 A 0.669 0.013 0.015 0.028 0.154 0.121 46 V 0.572 0.016 0.025 0.037 0.233 0.119 47 R 0.369 0.005 0.037 0.039 0.381 0.169 48 S 0.471 0.010 0.044 0.028 0.323 0.124 49 A 0.684 0.005 0.017 0.016 0.170 0.106 50 V 0.873 0.003 0.008 0.009 0.051 0.056 51 I 0.960 0.003 0.003 0.004 0.011 0.020 52 G 0.945 0.002 0.003 0.005 0.018 0.028 53 Y 0.938 0.005 0.002 0.004 0.018 0.033 54 Y 0.768 0.014 0.002 0.003 0.059 0.154 55 D 0.366 0.027 0.009 0.009 0.374 0.215 56 Q 0.028 0.004 0.241 0.029 0.609 0.090 57 E 0.023 0.007 0.298 0.018 0.582 0.072 58 K 0.046 0.014 0.290 0.019 0.545 0.087 59 K 0.088 0.017 0.054 0.015 0.391 0.434 60 E 0.224 0.031 0.020 0.009 0.282 0.434 61 Y 0.244 0.032 0.018 0.007 0.225 0.474 62 V 0.269 0.018 0.013 0.007 0.172 0.521 63 K 0.264 0.014 0.013 0.009 0.164 0.536 64 K 0.333 0.016 0.010 0.011 0.148 0.482 65 E 0.418 0.021 0.009 0.008 0.152 0.392 66 L 0.318 0.033 0.017 0.021 0.277 0.334 67 M 0.149 0.008 0.020 0.022 0.390 0.411 68 E 0.223 0.007 0.013 0.019 0.385 0.353 69 P 0.493 0.014 0.019 0.035 0.214 0.225 70 L 0.828 0.009 0.004 0.011 0.041 0.107 71 E 0.960 0.003 0.002 0.004 0.009 0.022 72 I 0.966 0.001 0.002 0.003 0.006 0.022 73 L 0.958 0.001 0.002 0.003 0.010 0.026 74 S 0.953 0.001 0.002 0.003 0.014 0.027 75 L 0.903 0.002 0.001 0.003 0.027 0.063 76 S 0.908 0.002 0.001 0.002 0.030 0.055 77 G 0.893 0.004 0.002 0.002 0.034 0.064 78 N 0.876 0.014 0.002 0.002 0.042 0.066 79 V 0.726 0.016 0.005 0.003 0.106 0.144 80 S 0.511 0.036 0.008 0.003 0.215 0.227 81 M 0.113 0.026 0.023 0.006 0.751 0.082 82 K 0.011 0.003 0.047 0.007 0.903 0.028 83 D 0.008 0.002 0.020 0.004 0.942 0.025 84 S 0.031 0.014 0.015 0.005 0.865 0.071 85 K 0.303 0.013 0.002 0.003 0.309 0.371 86 P 0.737 0.032 0.002 0.001 0.077 0.152 87 F 0.921 0.012 0.001 0.001 0.023 0.043 88 C 0.970 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 89 H 0.972 0.002 0.001 0.001 0.006 0.020 90 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 91 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 92 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 93 L 0.966 0.004 0.001 0.001 0.013 0.017 94 L 0.924 0.023 0.001 0.001 0.021 0.031 95 G 0.399 0.019 0.003 0.001 0.546 0.032 96 K 0.022 0.002 0.013 0.002 0.948 0.012 97 D 0.015 0.001 0.011 0.002 0.959 0.012 98 G 0.107 0.014 0.012 0.003 0.840 0.023 99 E 0.707 0.056 0.003 0.002 0.090 0.143 100 V 0.869 0.056 0.002 0.001 0.029 0.043 101 Y 0.861 0.005 0.004 0.001 0.054 0.075 102 G 0.666 0.017 0.013 0.004 0.146 0.155 103 G 0.397 0.014 0.047 0.012 0.312 0.218 104 H 0.485 0.032 0.047 0.016 0.259 0.161 105 L 0.398 0.042 0.034 0.017 0.287 0.221 106 F 0.186 0.022 0.013 0.005 0.708 0.065 107 S 0.041 0.004 0.026 0.006 0.878 0.046 108 A 0.041 0.002 0.014 0.002 0.884 0.056 109 E 0.408 0.019 0.006 0.003 0.462 0.102 110 V 0.805 0.023 0.001 0.002 0.037 0.131 111 F 0.925 0.009 0.001 0.003 0.013 0.049 112 A 0.945 0.003 0.001 0.005 0.013 0.033 113 C 0.947 0.001 0.001 0.006 0.009 0.035 114 E 0.981 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 115 V 0.980 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 116 F 0.979 0.001 0.001 0.006 0.003 0.010 117 V 0.976 0.002 0.001 0.007 0.004 0.009 118 L 0.951 0.001 0.002 0.011 0.016 0.019 119 P 0.881 0.004 0.004 0.021 0.044 0.047 120 L 0.616 0.009 0.011 0.026 0.181 0.156 121 S 0.197 0.012 0.013 0.030 0.466 0.282 122 G 0.086 0.004 0.030 0.025 0.593 0.263 123 E 0.193 0.011 0.046 0.032 0.491 0.227 124 A 0.420 0.026 0.045 0.032 0.265 0.211 125 P 0.597 0.020 0.038 0.026 0.123 0.196 126 E 0.675 0.013 0.032 0.016 0.083 0.181 127 R 0.779 0.015 0.018 0.008 0.049 0.131 128 A 0.813 0.015 0.006 0.005 0.052 0.109 129 F 0.732 0.047 0.004 0.005 0.072 0.140 130 D 0.205 0.041 0.008 0.011 0.628 0.106 131 E 0.009 0.002 0.134 0.058 0.778 0.019 132 Q 0.007 0.002 0.134 0.065 0.778 0.016 133 T 0.016 0.014 0.113 0.071 0.760 0.026 134 G 0.045 0.020 0.009 0.029 0.360 0.538 135 L 0.165 0.094 0.028 0.021 0.281 0.411 136 F 0.278 0.038 0.072 0.030 0.301 0.281 137 L 0.277 0.035 0.118 0.096 0.245 0.228 138 W 0.218 0.030 0.027 0.107 0.222 0.396 139 L 0.192 0.006 0.025 0.137 0.199 0.441 140 E 0.218 0.011 0.065 0.257 0.183 0.266 141 H 0.240 0.014 0.081 0.205 0.194 0.266 142 H 0.427 0.018 0.085 0.132 0.169 0.169 143 H 0.284 0.010 0.050 0.089 0.198 0.368 144 H 0.210 0.030 0.026 0.084 0.151 0.498 145 H 0.085 0.023 0.006 0.044 0.111 0.731 146 H 0.001 0.002 0.001 0.004 0.014 0.978