# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.048 0.006 0.044 0.124 0.137 0.094 0.004 0.002 0.035 0.486 2 K 0.027 0.023 0.002 0.048 0.170 0.244 0.069 0.006 0.001 0.049 0.361 3 V 0.029 0.034 0.002 0.031 0.099 0.121 0.056 0.004 0.001 0.041 0.583 4 F 0.058 0.035 0.002 0.076 0.196 0.271 0.057 0.005 0.001 0.056 0.242 5 E 0.039 0.016 0.013 0.032 0.077 0.101 0.101 0.003 0.008 0.048 0.561 6 F 0.037 0.001 0.006 0.042 0.082 0.114 0.072 0.005 0.004 0.030 0.609 7 E 0.414 0.002 0.001 0.018 0.037 0.047 0.065 0.005 0.001 0.061 0.348 8 V 0.011 0.001 0.001 0.026 0.010 0.033 0.143 0.001 0.001 0.020 0.756 9 G 0.001 0.001 0.001 0.042 0.037 0.107 0.107 0.001 0.001 0.028 0.677 10 K 0.001 0.001 0.001 0.092 0.339 0.359 0.043 0.001 0.001 0.054 0.114 11 G 0.001 0.001 0.001 0.134 0.200 0.401 0.025 0.001 0.001 0.058 0.182 12 F 0.001 0.001 0.001 0.108 0.423 0.410 0.003 0.001 0.001 0.034 0.022 13 L 0.001 0.001 0.001 0.121 0.332 0.412 0.009 0.001 0.001 0.046 0.079 14 L 0.001 0.001 0.001 0.165 0.422 0.344 0.005 0.001 0.001 0.032 0.031 15 R 0.005 0.001 0.001 0.141 0.232 0.417 0.032 0.001 0.001 0.082 0.088 16 L 0.067 0.003 0.002 0.095 0.172 0.199 0.061 0.002 0.003 0.061 0.336 17 D 0.331 0.028 0.001 0.027 0.035 0.049 0.082 0.009 0.002 0.088 0.348 18 Y 0.033 0.119 0.002 0.010 0.004 0.007 0.084 0.003 0.001 0.053 0.685 19 G 0.023 0.583 0.001 0.003 0.005 0.007 0.032 0.005 0.001 0.023 0.317 20 K 0.016 0.672 0.001 0.005 0.018 0.010 0.027 0.003 0.001 0.087 0.160 21 D 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.026 0.023 22 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 23 V 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 24 R 0.003 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 25 Q 0.001 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.009 26 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 27 E 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 28 E 0.006 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.015 29 F 0.015 0.796 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.010 0.129 0.021 30 L 0.023 0.033 0.445 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.395 0.075 0.018 31 E 0.710 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.005 0.026 0.192 32 E 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.016 0.893 33 K 0.015 0.007 0.002 0.007 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.020 0.842 34 G 0.008 0.011 0.001 0.016 0.004 0.016 0.120 0.003 0.001 0.050 0.770 35 I 0.031 0.015 0.001 0.012 0.013 0.015 0.107 0.002 0.001 0.083 0.719 36 H 0.033 0.063 0.001 0.201 0.036 0.074 0.092 0.003 0.001 0.128 0.368 37 A 0.019 0.039 0.001 0.113 0.025 0.057 0.092 0.001 0.001 0.093 0.559 38 A 0.006 0.032 0.002 0.411 0.115 0.130 0.057 0.002 0.001 0.067 0.179 39 H 0.015 0.027 0.002 0.325 0.106 0.145 0.051 0.003 0.001 0.121 0.205 40 I 0.015 0.022 0.003 0.332 0.155 0.161 0.048 0.002 0.001 0.072 0.190 41 S 0.024 0.041 0.003 0.225 0.135 0.212 0.069 0.003 0.001 0.060 0.228 42 A 0.036 0.047 0.004 0.108 0.155 0.233 0.071 0.007 0.002 0.067 0.270 43 I 0.040 0.051 0.005 0.115 0.132 0.180 0.082 0.005 0.003 0.076 0.311 44 G 0.069 0.021 0.011 0.071 0.109 0.186 0.095 0.004 0.006 0.122 0.306 45 A 0.074 0.029 0.005 0.056 0.121 0.175 0.100 0.008 0.003 0.079 0.352 46 V 0.085 0.010 0.006 0.041 0.060 0.121 0.120 0.004 0.004 0.053 0.497 47 R 0.025 0.013 0.002 0.061 0.133 0.209 0.109 0.005 0.001 0.043 0.398 48 S 0.016 0.007 0.002 0.061 0.102 0.226 0.110 0.002 0.001 0.055 0.417 49 A 0.005 0.007 0.002 0.103 0.208 0.274 0.066 0.002 0.001 0.048 0.285 50 V 0.008 0.006 0.001 0.160 0.203 0.359 0.041 0.002 0.001 0.064 0.156 51 I 0.007 0.005 0.001 0.143 0.216 0.251 0.044 0.001 0.001 0.031 0.301 52 G 0.004 0.003 0.001 0.157 0.234 0.337 0.041 0.001 0.001 0.031 0.192 53 Y 0.023 0.012 0.002 0.082 0.185 0.243 0.065 0.001 0.001 0.042 0.344 54 Y 0.026 0.055 0.003 0.068 0.132 0.186 0.085 0.007 0.003 0.036 0.398 55 D 0.266 0.275 0.014 0.010 0.032 0.047 0.051 0.012 0.012 0.037 0.242 56 Q 0.290 0.179 0.015 0.008 0.027 0.034 0.043 0.013 0.007 0.032 0.352 57 E 0.170 0.146 0.003 0.004 0.030 0.051 0.052 0.012 0.002 0.023 0.509 58 K 0.158 0.118 0.005 0.006 0.024 0.036 0.048 0.006 0.002 0.024 0.573 59 K 0.076 0.071 0.004 0.007 0.049 0.059 0.076 0.005 0.002 0.023 0.627 60 E 0.033 0.035 0.003 0.007 0.065 0.078 0.070 0.004 0.001 0.016 0.690 61 Y 0.082 0.064 0.003 0.008 0.048 0.049 0.064 0.005 0.001 0.024 0.651 62 V 0.072 0.096 0.003 0.014 0.076 0.068 0.092 0.010 0.001 0.044 0.526 63 K 0.054 0.069 0.004 0.018 0.037 0.059 0.098 0.007 0.002 0.030 0.621 64 K 0.077 0.027 0.003 0.030 0.074 0.088 0.081 0.011 0.001 0.047 0.560 65 E 0.063 0.007 0.001 0.034 0.064 0.073 0.097 0.002 0.001 0.051 0.608 66 L 0.020 0.008 0.001 0.061 0.044 0.058 0.108 0.002 0.001 0.031 0.666 67 M 0.017 0.032 0.001 0.049 0.039 0.048 0.136 0.003 0.001 0.033 0.641 68 E 0.039 0.063 0.002 0.054 0.098 0.094 0.131 0.010 0.001 0.066 0.443 69 P 0.022 0.095 0.002 0.109 0.098 0.134 0.094 0.005 0.001 0.087 0.353 70 L 0.020 0.061 0.004 0.101 0.124 0.187 0.077 0.003 0.001 0.098 0.326 71 E 0.022 0.054 0.003 0.203 0.191 0.221 0.051 0.004 0.001 0.106 0.145 72 I 0.024 0.018 0.003 0.190 0.118 0.184 0.067 0.002 0.001 0.139 0.255 73 L 0.012 0.014 0.004 0.291 0.175 0.207 0.055 0.002 0.002 0.080 0.159 74 S 0.044 0.009 0.004 0.180 0.087 0.192 0.106 0.004 0.002 0.098 0.272 75 L 0.030 0.012 0.003 0.146 0.146 0.209 0.088 0.005 0.002 0.078 0.280 76 S 0.045 0.013 0.002 0.076 0.062 0.140 0.126 0.003 0.001 0.066 0.466 77 G 0.018 0.011 0.002 0.075 0.103 0.200 0.116 0.005 0.001 0.059 0.411 78 N 0.040 0.020 0.002 0.044 0.093 0.176 0.108 0.003 0.001 0.069 0.445 79 V 0.023 0.017 0.004 0.045 0.116 0.176 0.108 0.004 0.002 0.068 0.438 80 S 0.098 0.029 0.014 0.027 0.046 0.082 0.123 0.006 0.010 0.082 0.483 81 M 0.256 0.011 0.006 0.010 0.018 0.030 0.068 0.016 0.004 0.088 0.493 82 K 0.344 0.004 0.001 0.004 0.005 0.008 0.061 0.003 0.001 0.045 0.523 83 D 0.017 0.001 0.001 0.010 0.005 0.014 0.105 0.001 0.001 0.024 0.821 84 S 0.014 0.003 0.001 0.009 0.012 0.014 0.121 0.001 0.001 0.024 0.800 85 K 0.011 0.002 0.001 0.020 0.087 0.042 0.184 0.005 0.001 0.049 0.599 86 P 0.005 0.003 0.001 0.101 0.066 0.102 0.138 0.001 0.001 0.059 0.523 87 F 0.002 0.002 0.001 0.241 0.141 0.290 0.052 0.001 0.001 0.084 0.187 88 C 0.001 0.001 0.001 0.420 0.126 0.194 0.035 0.001 0.001 0.084 0.138 89 H 0.001 0.001 0.001 0.462 0.177 0.238 0.014 0.001 0.001 0.063 0.044 90 I 0.001 0.001 0.001 0.364 0.195 0.277 0.013 0.001 0.001 0.084 0.066 91 H 0.001 0.001 0.001 0.253 0.203 0.389 0.019 0.001 0.001 0.042 0.091 92 V 0.002 0.001 0.001 0.210 0.200 0.410 0.027 0.001 0.001 0.054 0.096 93 L 0.005 0.001 0.001 0.097 0.283 0.408 0.032 0.001 0.001 0.096 0.076 94 L 0.006 0.001 0.003 0.110 0.123 0.246 0.085 0.001 0.004 0.048 0.375 95 G 0.684 0.001 0.001 0.011 0.026 0.042 0.040 0.007 0.003 0.057 0.129 96 K 0.138 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.077 0.002 0.001 0.043 0.721 97 D 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.023 0.132 0.002 0.001 0.013 0.816 98 G 0.006 0.001 0.001 0.045 0.115 0.199 0.142 0.002 0.001 0.089 0.401 99 E 0.006 0.001 0.001 0.080 0.207 0.256 0.070 0.001 0.001 0.110 0.268 100 V 0.003 0.002 0.001 0.089 0.223 0.283 0.044 0.001 0.001 0.043 0.312 101 Y 0.008 0.005 0.001 0.069 0.197 0.372 0.055 0.001 0.001 0.061 0.230 102 G 0.015 0.009 0.001 0.080 0.167 0.334 0.060 0.003 0.001 0.124 0.207 103 G 0.026 0.005 0.002 0.071 0.172 0.314 0.071 0.002 0.001 0.088 0.247 104 H 0.021 0.003 0.003 0.046 0.232 0.316 0.072 0.002 0.002 0.059 0.244 105 L 0.054 0.002 0.003 0.053 0.104 0.175 0.104 0.003 0.002 0.061 0.438 106 F 0.199 0.006 0.003 0.037 0.071 0.095 0.089 0.011 0.002 0.076 0.413 107 S 0.043 0.003 0.001 0.020 0.024 0.048 0.116 0.003 0.001 0.032 0.711 108 A 0.008 0.001 0.001 0.022 0.066 0.101 0.105 0.003 0.001 0.027 0.667 109 E 0.011 0.001 0.001 0.053 0.098 0.091 0.103 0.001 0.001 0.040 0.600 110 V 0.006 0.001 0.001 0.055 0.090 0.088 0.091 0.002 0.001 0.028 0.639 111 F 0.044 0.005 0.002 0.111 0.104 0.110 0.101 0.005 0.001 0.056 0.461 112 A 0.032 0.004 0.002 0.121 0.046 0.064 0.105 0.003 0.001 0.049 0.573 113 C 0.007 0.004 0.001 0.244 0.093 0.162 0.092 0.002 0.001 0.037 0.357 114 E 0.006 0.002 0.001 0.287 0.118 0.258 0.057 0.001 0.001 0.050 0.219 115 V 0.003 0.002 0.001 0.242 0.226 0.201 0.045 0.001 0.001 0.040 0.241 116 F 0.001 0.001 0.001 0.236 0.256 0.316 0.030 0.001 0.001 0.031 0.127 117 V 0.006 0.002 0.001 0.241 0.154 0.183 0.051 0.001 0.001 0.064 0.297 118 L 0.007 0.001 0.002 0.260 0.192 0.220 0.065 0.001 0.001 0.092 0.157 119 P 0.054 0.004 0.003 0.117 0.058 0.129 0.108 0.003 0.003 0.098 0.421 120 L 0.259 0.006 0.002 0.048 0.029 0.038 0.104 0.006 0.002 0.077 0.428 121 S 0.060 0.005 0.001 0.014 0.008 0.013 0.105 0.003 0.001 0.035 0.756 122 G 0.026 0.009 0.001 0.012 0.009 0.021 0.142 0.003 0.001 0.024 0.751 123 E 0.050 0.040 0.002 0.020 0.034 0.043 0.140 0.010 0.001 0.051 0.608 124 A 0.172 0.100 0.006 0.022 0.028 0.036 0.119 0.014 0.003 0.090 0.410 125 P 0.185 0.093 0.004 0.030 0.036 0.065 0.108 0.014 0.002 0.063 0.400 126 E 0.090 0.042 0.001 0.031 0.032 0.081 0.126 0.005 0.001 0.044 0.547 127 R 0.031 0.014 0.001 0.037 0.052 0.067 0.136 0.001 0.001 0.034 0.627 128 A 0.008 0.010 0.002 0.032 0.042 0.072 0.163 0.002 0.001 0.024 0.645 129 F 0.036 0.024 0.003 0.026 0.030 0.038 0.123 0.008 0.002 0.053 0.657 130 D 0.349 0.074 0.012 0.016 0.009 0.012 0.076 0.011 0.007 0.184 0.249 131 E 0.215 0.065 0.007 0.014 0.006 0.011 0.086 0.008 0.002 0.096 0.491 132 Q 0.114 0.035 0.002 0.017 0.013 0.029 0.106 0.004 0.001 0.038 0.641 133 T 0.037 0.052 0.001 0.036 0.057 0.081 0.130 0.005 0.001 0.044 0.557 134 G 0.047 0.041 0.002 0.052 0.057 0.102 0.137 0.011 0.001 0.076 0.473 135 L 0.044 0.058 0.002 0.070 0.116 0.116 0.118 0.009 0.001 0.039 0.425 136 F 0.060 0.038 0.002 0.103 0.105 0.192 0.097 0.003 0.001 0.045 0.352 137 L 0.027 0.031 0.004 0.120 0.113 0.176 0.095 0.002 0.001 0.048 0.382 138 W 0.022 0.045 0.004 0.132 0.086 0.143 0.113 0.005 0.002 0.042 0.405 139 L 0.255 0.145 0.007 0.048 0.064 0.073 0.076 0.020 0.005 0.080 0.227 140 E 0.203 0.085 0.006 0.045 0.036 0.068 0.094 0.010 0.003 0.070 0.381 141 H 0.056 0.048 0.005 0.035 0.036 0.099 0.112 0.005 0.003 0.046 0.554 142 H 0.089 0.027 0.008 0.032 0.051 0.081 0.106 0.005 0.003 0.059 0.540 143 H 0.123 0.014 0.003 0.019 0.032 0.041 0.109 0.007 0.002 0.058 0.592 144 H 0.105 0.009 0.001 0.011 0.018 0.028 0.096 0.004 0.001 0.041 0.686 145 H 0.032 0.010 0.002 0.012 0.008 0.018 0.109 0.002 0.001 0.030 0.777 146 H 0.036 0.014 0.002 0.013 0.023 0.034 0.142 0.007 0.001 0.045 0.683