# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.044 0.038 0.055 0.070 0.102 0.164 0.145 0.136 0.105 0.073 2 K 0.237 0.229 0.127 0.208 0.112 0.051 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 3 V 0.036 0.027 0.047 0.064 0.068 0.095 0.175 0.132 0.147 0.125 0.082 4 F 0.092 0.079 0.093 0.154 0.131 0.120 0.153 0.071 0.052 0.033 0.021 5 E 0.075 0.094 0.180 0.207 0.124 0.101 0.102 0.048 0.038 0.023 0.010 6 F 0.038 0.044 0.084 0.087 0.095 0.131 0.201 0.120 0.087 0.069 0.043 7 E 0.189 0.183 0.135 0.188 0.100 0.075 0.066 0.032 0.018 0.010 0.005 8 V 0.141 0.137 0.074 0.136 0.115 0.113 0.119 0.075 0.047 0.029 0.014 9 G 0.233 0.198 0.091 0.138 0.115 0.082 0.059 0.036 0.026 0.013 0.008 10 K 0.098 0.081 0.037 0.145 0.139 0.149 0.150 0.079 0.065 0.036 0.021 11 G 0.042 0.056 0.055 0.160 0.179 0.155 0.140 0.083 0.068 0.039 0.022 12 F 0.001 0.002 0.004 0.016 0.025 0.043 0.153 0.167 0.198 0.207 0.184 13 L 0.001 0.001 0.008 0.019 0.028 0.036 0.101 0.161 0.208 0.227 0.210 14 L 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.017 0.062 0.130 0.248 0.286 0.233 15 R 0.002 0.010 0.034 0.080 0.118 0.123 0.199 0.181 0.125 0.075 0.051 16 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.015 0.067 0.113 0.249 0.271 0.269 17 D 0.168 0.160 0.104 0.260 0.129 0.074 0.062 0.023 0.011 0.005 0.003 18 Y 0.077 0.260 0.063 0.135 0.123 0.115 0.107 0.064 0.035 0.015 0.006 19 G 0.133 0.087 0.021 0.084 0.104 0.148 0.181 0.113 0.075 0.033 0.022 20 K 0.708 0.101 0.050 0.077 0.038 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.111 0.091 0.109 0.232 0.182 0.130 0.090 0.035 0.014 0.005 0.002 22 L 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.008 0.038 0.093 0.240 0.274 0.333 23 V 0.001 0.003 0.013 0.034 0.106 0.240 0.354 0.142 0.064 0.032 0.012 24 R 0.020 0.018 0.796 0.122 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.005 0.016 0.065 0.116 0.249 0.382 0.126 0.030 0.008 0.002 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.187 0.363 0.414 27 E 0.001 0.005 0.052 0.098 0.275 0.301 0.216 0.034 0.011 0.006 0.001 28 E 0.005 0.012 0.844 0.094 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.007 0.009 0.013 0.041 0.292 0.227 0.198 0.132 0.079 30 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.009 0.065 0.144 0.246 0.296 0.231 31 E 0.004 0.047 0.421 0.243 0.149 0.075 0.043 0.010 0.005 0.003 0.001 32 E 0.042 0.081 0.452 0.155 0.112 0.094 0.046 0.012 0.004 0.002 0.001 33 K 0.199 0.066 0.063 0.109 0.071 0.092 0.181 0.096 0.066 0.039 0.018 34 G 0.335 0.263 0.072 0.135 0.085 0.055 0.031 0.016 0.006 0.002 0.001 35 I 0.002 0.002 0.004 0.004 0.010 0.027 0.080 0.131 0.212 0.249 0.278 36 H 0.057 0.165 0.151 0.281 0.176 0.094 0.049 0.015 0.007 0.003 0.002 37 A 0.009 0.017 0.052 0.126 0.100 0.109 0.176 0.119 0.113 0.112 0.066 38 A 0.003 0.003 0.007 0.010 0.017 0.029 0.086 0.127 0.203 0.259 0.256 39 H 0.005 0.013 0.012 0.071 0.088 0.120 0.186 0.190 0.160 0.097 0.059 40 I 0.001 0.001 0.006 0.007 0.011 0.021 0.057 0.106 0.209 0.289 0.292 41 S 0.005 0.019 0.017 0.094 0.150 0.162 0.213 0.148 0.092 0.056 0.044 42 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.037 0.068 0.205 0.312 0.360 43 I 0.004 0.005 0.006 0.031 0.062 0.094 0.192 0.178 0.178 0.138 0.112 44 G 0.005 0.009 0.016 0.051 0.066 0.085 0.187 0.179 0.173 0.130 0.100 45 A 0.001 0.004 0.006 0.017 0.024 0.030 0.090 0.136 0.215 0.227 0.249 46 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.013 0.053 0.101 0.220 0.279 0.320 47 R 0.024 0.049 0.074 0.182 0.180 0.142 0.161 0.079 0.054 0.034 0.021 48 S 0.039 0.072 0.076 0.179 0.189 0.178 0.139 0.069 0.037 0.016 0.006 49 A 0.004 0.004 0.004 0.009 0.012 0.024 0.086 0.116 0.220 0.264 0.256 50 V 0.052 0.069 0.041 0.154 0.157 0.151 0.172 0.094 0.059 0.033 0.017 51 I 0.007 0.011 0.035 0.048 0.058 0.083 0.155 0.132 0.166 0.169 0.136 52 G 0.028 0.039 0.061 0.119 0.129 0.143 0.204 0.108 0.077 0.052 0.038 53 Y 0.016 0.018 0.022 0.052 0.046 0.057 0.136 0.149 0.185 0.187 0.133 54 Y 0.022 0.025 0.022 0.039 0.056 0.079 0.155 0.158 0.165 0.145 0.134 55 D 0.135 0.172 0.069 0.194 0.131 0.094 0.091 0.049 0.035 0.018 0.011 56 Q 0.209 0.119 0.062 0.135 0.116 0.089 0.098 0.057 0.052 0.039 0.025 57 E 0.354 0.198 0.052 0.139 0.090 0.057 0.053 0.024 0.018 0.009 0.005 58 K 0.236 0.174 0.060 0.172 0.118 0.084 0.078 0.037 0.024 0.012 0.006 59 K 0.163 0.087 0.076 0.108 0.111 0.114 0.137 0.078 0.061 0.041 0.024 60 E 0.277 0.201 0.157 0.194 0.091 0.043 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 61 Y 0.067 0.059 0.058 0.077 0.086 0.114 0.178 0.147 0.101 0.072 0.042 62 V 0.160 0.186 0.083 0.127 0.109 0.099 0.096 0.066 0.041 0.021 0.013 63 K 0.252 0.183 0.124 0.187 0.117 0.067 0.037 0.016 0.010 0.004 0.002 64 K 0.360 0.113 0.123 0.130 0.098 0.069 0.052 0.024 0.017 0.010 0.004 65 E 0.241 0.163 0.100 0.182 0.108 0.079 0.068 0.029 0.018 0.008 0.004 66 L 0.030 0.045 0.041 0.065 0.067 0.105 0.203 0.161 0.127 0.095 0.061 67 M 0.104 0.139 0.168 0.178 0.124 0.101 0.086 0.048 0.027 0.017 0.010 68 E 0.135 0.157 0.166 0.196 0.133 0.096 0.060 0.029 0.017 0.008 0.003 69 P 0.162 0.110 0.081 0.142 0.138 0.127 0.100 0.061 0.047 0.022 0.010 70 L 0.037 0.023 0.022 0.055 0.064 0.098 0.184 0.138 0.161 0.121 0.097 71 E 0.020 0.046 0.058 0.161 0.155 0.140 0.182 0.102 0.067 0.043 0.025 72 I 0.002 0.005 0.027 0.028 0.028 0.036 0.098 0.119 0.178 0.240 0.239 73 L 0.006 0.009 0.025 0.038 0.058 0.089 0.178 0.170 0.167 0.151 0.108 74 S 0.032 0.061 0.099 0.182 0.164 0.131 0.114 0.088 0.068 0.041 0.020 75 L 0.004 0.006 0.006 0.016 0.029 0.057 0.140 0.166 0.200 0.204 0.172 76 S 0.032 0.050 0.022 0.092 0.109 0.115 0.144 0.142 0.135 0.092 0.068 77 G 0.010 0.010 0.011 0.034 0.046 0.070 0.146 0.135 0.194 0.187 0.158 78 N 0.031 0.039 0.033 0.132 0.159 0.136 0.163 0.115 0.085 0.061 0.046 79 V 0.002 0.002 0.003 0.008 0.012 0.020 0.072 0.112 0.219 0.264 0.285 80 S 0.024 0.030 0.027 0.069 0.071 0.068 0.128 0.136 0.156 0.141 0.150 81 M 0.035 0.039 0.039 0.071 0.076 0.084 0.152 0.121 0.142 0.127 0.115 82 K 0.171 0.187 0.059 0.172 0.137 0.097 0.081 0.042 0.028 0.015 0.010 83 D 0.353 0.182 0.039 0.111 0.085 0.069 0.063 0.041 0.032 0.017 0.009 84 S 0.331 0.181 0.030 0.105 0.094 0.078 0.069 0.046 0.035 0.020 0.012 85 K 0.269 0.177 0.056 0.153 0.118 0.090 0.060 0.032 0.025 0.012 0.007 86 P 0.030 0.036 0.030 0.077 0.094 0.121 0.181 0.120 0.124 0.104 0.082 87 F 0.014 0.034 0.033 0.147 0.154 0.163 0.192 0.109 0.071 0.048 0.035 88 C 0.001 0.001 0.004 0.009 0.013 0.025 0.083 0.116 0.209 0.274 0.266 89 H 0.001 0.003 0.007 0.034 0.064 0.090 0.180 0.193 0.162 0.142 0.124 90 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.043 0.085 0.232 0.297 0.323 91 H 0.001 0.001 0.005 0.013 0.031 0.045 0.130 0.178 0.219 0.199 0.179 92 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.013 0.060 0.114 0.242 0.274 0.280 93 L 0.001 0.001 0.008 0.009 0.015 0.024 0.081 0.135 0.226 0.234 0.267 94 L 0.002 0.005 0.010 0.018 0.032 0.055 0.163 0.186 0.204 0.168 0.156 95 G 0.054 0.076 0.075 0.126 0.124 0.126 0.156 0.097 0.078 0.049 0.039 96 K 0.146 0.129 0.040 0.135 0.123 0.121 0.136 0.071 0.051 0.030 0.018 97 D 0.351 0.167 0.037 0.109 0.094 0.076 0.065 0.040 0.034 0.018 0.010 98 G 0.138 0.073 0.027 0.098 0.095 0.110 0.158 0.089 0.088 0.066 0.057 99 E 0.125 0.146 0.078 0.193 0.154 0.107 0.088 0.047 0.033 0.019 0.011 100 V 0.007 0.010 0.013 0.031 0.037 0.060 0.140 0.140 0.170 0.197 0.195 101 Y 0.018 0.039 0.034 0.091 0.108 0.126 0.169 0.134 0.113 0.092 0.076 102 G 0.014 0.021 0.024 0.082 0.094 0.114 0.159 0.137 0.155 0.121 0.078 103 G 0.011 0.009 0.013 0.034 0.051 0.071 0.138 0.141 0.193 0.180 0.159 104 H 0.009 0.013 0.012 0.054 0.063 0.073 0.166 0.155 0.179 0.148 0.128 105 L 0.003 0.004 0.010 0.014 0.016 0.021 0.067 0.100 0.201 0.265 0.300 106 F 0.013 0.022 0.028 0.054 0.076 0.096 0.181 0.161 0.146 0.120 0.103 107 S 0.083 0.115 0.091 0.185 0.147 0.116 0.108 0.065 0.048 0.027 0.015 108 A 0.119 0.084 0.048 0.111 0.112 0.125 0.142 0.088 0.083 0.055 0.034 109 E 0.136 0.125 0.044 0.137 0.126 0.119 0.126 0.069 0.063 0.035 0.020 110 V 0.031 0.036 0.028 0.089 0.093 0.126 0.202 0.124 0.115 0.090 0.064 111 F 0.020 0.029 0.038 0.088 0.100 0.125 0.197 0.143 0.108 0.086 0.065 112 A 0.012 0.024 0.043 0.088 0.087 0.097 0.158 0.146 0.142 0.116 0.087 113 C 0.002 0.003 0.008 0.014 0.021 0.033 0.088 0.115 0.200 0.253 0.264 114 E 0.007 0.013 0.022 0.068 0.096 0.119 0.201 0.144 0.149 0.108 0.070 115 V 0.007 0.012 0.033 0.074 0.083 0.098 0.179 0.134 0.152 0.133 0.095 116 F 0.004 0.008 0.015 0.038 0.048 0.067 0.181 0.171 0.178 0.168 0.123 117 V 0.005 0.007 0.012 0.026 0.032 0.043 0.121 0.162 0.214 0.214 0.165 118 L 0.019 0.016 0.039 0.048 0.067 0.091 0.173 0.136 0.158 0.138 0.116 119 P 0.128 0.153 0.134 0.245 0.154 0.084 0.059 0.022 0.013 0.006 0.003 120 L 0.041 0.033 0.019 0.044 0.052 0.076 0.185 0.157 0.151 0.135 0.107 121 S 0.261 0.247 0.038 0.121 0.090 0.071 0.073 0.048 0.028 0.014 0.009 122 G 0.413 0.231 0.073 0.119 0.080 0.043 0.020 0.010 0.007 0.003 0.001 123 E 0.432 0.146 0.059 0.096 0.091 0.067 0.048 0.028 0.019 0.009 0.005 124 A 0.286 0.187 0.056 0.169 0.120 0.076 0.054 0.027 0.016 0.006 0.003 125 P 0.022 0.022 0.030 0.041 0.047 0.071 0.151 0.147 0.182 0.162 0.125 126 E 0.049 0.087 0.157 0.216 0.170 0.128 0.102 0.044 0.026 0.014 0.008 127 R 0.028 0.033 0.136 0.139 0.107 0.124 0.180 0.088 0.076 0.059 0.030 128 A 0.073 0.078 0.154 0.181 0.126 0.111 0.133 0.065 0.040 0.027 0.014 129 F 0.046 0.056 0.041 0.085 0.081 0.112 0.206 0.159 0.112 0.069 0.034 130 D 0.182 0.131 0.118 0.119 0.102 0.092 0.091 0.062 0.049 0.033 0.022 131 E 0.261 0.230 0.111 0.187 0.104 0.054 0.031 0.011 0.006 0.003 0.001 132 Q 0.364 0.164 0.081 0.119 0.096 0.066 0.049 0.028 0.019 0.009 0.004 133 T 0.135 0.075 0.030 0.086 0.090 0.111 0.160 0.119 0.091 0.059 0.045 134 G 0.161 0.222 0.106 0.175 0.136 0.090 0.050 0.032 0.019 0.007 0.003 135 L 0.010 0.012 0.022 0.039 0.048 0.074 0.138 0.138 0.178 0.178 0.165 136 F 0.067 0.061 0.079 0.136 0.139 0.140 0.157 0.089 0.066 0.040 0.025 137 L 0.016 0.035 0.054 0.150 0.116 0.112 0.170 0.119 0.104 0.079 0.046 138 W 0.004 0.007 0.012 0.015 0.021 0.039 0.105 0.148 0.206 0.233 0.210 139 L 0.035 0.058 0.050 0.137 0.135 0.136 0.162 0.111 0.087 0.055 0.033 140 E 0.086 0.094 0.134 0.172 0.137 0.116 0.105 0.058 0.049 0.032 0.016 141 H 0.077 0.066 0.054 0.133 0.125 0.129 0.169 0.092 0.076 0.050 0.030 142 H 0.059 0.049 0.038 0.086 0.079 0.099 0.182 0.121 0.127 0.097 0.063 143 H 0.060 0.064 0.086 0.143 0.118 0.114 0.153 0.087 0.075 0.060 0.040 144 H 0.068 0.080 0.100 0.132 0.117 0.120 0.146 0.091 0.068 0.048 0.030 145 H 0.080 0.082 0.059 0.110 0.101 0.111 0.149 0.111 0.092 0.063 0.043 146 H 0.169 0.122 0.063 0.124 0.106 0.097 0.111 0.074 0.064 0.041 0.028