# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.041 0.030 0.022 0.024 0.033 0.027 0.007 0.001 0.005 0.678 2 K 0.049 0.011 0.010 0.045 0.078 0.062 0.140 0.005 0.001 0.005 0.597 3 V 0.071 0.008 0.047 0.063 0.040 0.092 0.051 0.001 0.001 0.007 0.621 4 F 0.008 0.007 0.001 0.303 0.236 0.226 0.070 0.001 0.001 0.001 0.147 5 E 0.014 0.005 0.001 0.082 0.049 0.072 0.052 0.001 0.001 0.002 0.723 6 F 0.018 0.008 0.001 0.322 0.206 0.296 0.041 0.001 0.001 0.003 0.105 7 E 0.017 0.009 0.001 0.113 0.119 0.148 0.149 0.001 0.001 0.005 0.438 8 V 0.017 0.005 0.001 0.084 0.067 0.100 0.071 0.001 0.001 0.008 0.645 9 G 0.047 0.003 0.002 0.070 0.126 0.142 0.214 0.002 0.001 0.029 0.364 10 K 0.117 0.002 0.013 0.123 0.081 0.064 0.125 0.001 0.001 0.024 0.451 11 G 0.015 0.001 0.013 0.171 0.123 0.190 0.091 0.001 0.001 0.007 0.389 12 F 0.002 0.001 0.001 0.426 0.308 0.237 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 13 L 0.001 0.001 0.001 0.444 0.162 0.280 0.023 0.001 0.001 0.001 0.089 14 L 0.001 0.001 0.001 0.495 0.257 0.235 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 15 R 0.001 0.001 0.001 0.391 0.172 0.270 0.018 0.001 0.001 0.001 0.148 16 L 0.001 0.001 0.001 0.360 0.183 0.275 0.035 0.001 0.001 0.002 0.143 17 D 0.002 0.001 0.001 0.206 0.086 0.168 0.114 0.001 0.001 0.005 0.419 18 Y 0.002 0.001 0.001 0.032 0.015 0.039 0.118 0.001 0.001 0.005 0.789 19 G 0.051 0.001 0.001 0.015 0.006 0.013 0.351 0.001 0.001 0.034 0.529 20 K 0.360 0.009 0.002 0.008 0.002 0.003 0.202 0.001 0.001 0.019 0.395 21 D 0.016 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.001 0.001 0.001 0.813 22 L 0.029 0.148 0.001 0.002 0.002 0.005 0.140 0.001 0.001 0.002 0.670 23 V 0.036 0.580 0.001 0.002 0.003 0.020 0.104 0.001 0.001 0.003 0.251 24 R 0.026 0.723 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.001 0.001 0.001 0.202 25 Q 0.024 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 26 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 27 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 28 E 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 29 F 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 L 0.010 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 31 E 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 32 E 0.032 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.041 33 K 0.070 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.023 34 G 0.492 0.162 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.248 0.001 0.003 0.078 35 I 0.003 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 36 H 0.006 0.018 0.007 0.450 0.104 0.101 0.088 0.003 0.001 0.001 0.225 37 A 0.025 0.005 0.008 0.150 0.017 0.028 0.025 0.001 0.001 0.002 0.739 38 A 0.003 0.003 0.001 0.825 0.075 0.072 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 39 H 0.007 0.003 0.002 0.511 0.058 0.066 0.064 0.001 0.001 0.002 0.286 40 I 0.002 0.001 0.001 0.772 0.079 0.107 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 41 S 0.001 0.001 0.001 0.496 0.136 0.261 0.043 0.001 0.001 0.001 0.060 42 A 0.007 0.004 0.001 0.363 0.148 0.207 0.042 0.001 0.001 0.005 0.224 43 I 0.009 0.006 0.001 0.239 0.176 0.345 0.067 0.001 0.001 0.005 0.150 44 G 0.022 0.008 0.002 0.173 0.198 0.267 0.080 0.001 0.001 0.008 0.240 45 A 0.025 0.014 0.004 0.100 0.146 0.193 0.096 0.001 0.001 0.007 0.413 46 V 0.020 0.015 0.002 0.103 0.207 0.331 0.081 0.002 0.001 0.008 0.231 47 R 0.057 0.022 0.002 0.061 0.137 0.189 0.145 0.003 0.001 0.013 0.369 48 S 0.082 0.016 0.005 0.038 0.057 0.100 0.106 0.004 0.001 0.017 0.573 49 A 0.150 0.011 0.022 0.099 0.144 0.195 0.111 0.004 0.001 0.024 0.240 50 V 0.043 0.005 0.013 0.150 0.218 0.197 0.145 0.001 0.001 0.008 0.220 51 I 0.006 0.002 0.010 0.150 0.170 0.238 0.038 0.001 0.001 0.002 0.382 52 G 0.003 0.001 0.001 0.245 0.223 0.391 0.048 0.001 0.001 0.001 0.088 53 Y 0.013 0.002 0.001 0.124 0.125 0.191 0.052 0.001 0.001 0.004 0.486 54 Y 0.007 0.003 0.001 0.214 0.165 0.283 0.078 0.001 0.001 0.004 0.245 55 D 0.009 0.002 0.001 0.093 0.071 0.139 0.192 0.001 0.001 0.005 0.487 56 Q 0.012 0.003 0.001 0.047 0.025 0.040 0.088 0.001 0.001 0.006 0.778 57 E 0.028 0.007 0.001 0.017 0.027 0.054 0.404 0.001 0.001 0.019 0.443 58 K 0.288 0.033 0.002 0.013 0.017 0.030 0.186 0.002 0.001 0.026 0.402 59 K 0.228 0.134 0.004 0.013 0.026 0.025 0.079 0.004 0.001 0.009 0.479 60 E 0.199 0.095 0.011 0.008 0.025 0.040 0.080 0.003 0.001 0.010 0.530 61 Y 0.081 0.057 0.016 0.016 0.056 0.096 0.048 0.003 0.001 0.004 0.622 62 V 0.044 0.033 0.006 0.032 0.114 0.183 0.059 0.003 0.001 0.003 0.523 63 K 0.033 0.019 0.004 0.019 0.064 0.121 0.046 0.002 0.001 0.003 0.689 64 K 0.041 0.029 0.003 0.071 0.111 0.154 0.067 0.002 0.001 0.003 0.520 65 E 0.069 0.025 0.004 0.042 0.038 0.065 0.102 0.002 0.001 0.005 0.648 66 L 0.093 0.040 0.006 0.066 0.049 0.099 0.092 0.003 0.001 0.007 0.545 67 M 0.083 0.037 0.006 0.065 0.042 0.105 0.089 0.004 0.001 0.008 0.561 68 E 0.088 0.021 0.004 0.020 0.039 0.045 0.092 0.002 0.001 0.004 0.683 69 P 0.011 0.004 0.002 0.006 0.004 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.950 70 L 0.037 0.014 0.003 0.042 0.081 0.174 0.125 0.001 0.001 0.008 0.515 71 E 0.134 0.038 0.002 0.090 0.148 0.217 0.102 0.002 0.001 0.009 0.258 72 I 0.064 0.148 0.003 0.079 0.142 0.213 0.032 0.002 0.001 0.002 0.314 73 L 0.024 0.074 0.002 0.193 0.273 0.359 0.021 0.002 0.001 0.002 0.053 74 S 0.025 0.070 0.003 0.121 0.146 0.258 0.065 0.005 0.001 0.003 0.305 75 L 0.030 0.045 0.010 0.213 0.231 0.309 0.035 0.006 0.001 0.004 0.116 76 S 0.028 0.029 0.008 0.129 0.152 0.268 0.122 0.007 0.001 0.008 0.249 77 G 0.035 0.009 0.013 0.111 0.119 0.160 0.077 0.004 0.001 0.013 0.458 78 N 0.038 0.005 0.012 0.064 0.086 0.126 0.205 0.002 0.001 0.012 0.449 79 V 0.056 0.003 0.014 0.049 0.121 0.127 0.073 0.001 0.001 0.011 0.544 80 S 0.014 0.003 0.002 0.050 0.189 0.260 0.159 0.001 0.001 0.004 0.318 81 M 0.018 0.004 0.001 0.067 0.152 0.164 0.091 0.001 0.001 0.005 0.496 82 K 0.033 0.010 0.001 0.033 0.064 0.091 0.296 0.001 0.001 0.013 0.459 83 D 0.095 0.008 0.001 0.008 0.013 0.019 0.377 0.002 0.001 0.039 0.440 84 S 0.469 0.015 0.006 0.016 0.008 0.010 0.216 0.004 0.001 0.084 0.173 85 K 0.370 0.012 0.027 0.013 0.014 0.010 0.309 0.002 0.001 0.030 0.213 86 P 0.004 0.001 0.008 0.004 0.004 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.945 87 F 0.006 0.002 0.002 0.060 0.088 0.361 0.159 0.001 0.001 0.003 0.318 88 C 0.044 0.008 0.001 0.067 0.206 0.245 0.055 0.001 0.001 0.004 0.370 89 H 0.005 0.016 0.001 0.090 0.231 0.540 0.027 0.001 0.001 0.001 0.089 90 I 0.004 0.012 0.001 0.105 0.226 0.549 0.016 0.001 0.001 0.001 0.087 91 H 0.003 0.016 0.001 0.466 0.214 0.269 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 92 V 0.007 0.031 0.001 0.292 0.229 0.305 0.017 0.003 0.001 0.002 0.111 93 L 0.012 0.023 0.003 0.176 0.302 0.414 0.016 0.004 0.001 0.001 0.049 94 L 0.012 0.017 0.003 0.164 0.207 0.390 0.034 0.012 0.001 0.003 0.157 95 G 0.031 0.007 0.004 0.090 0.233 0.273 0.127 0.010 0.001 0.008 0.216 96 K 0.005 0.001 0.011 0.011 0.014 0.014 0.051 0.001 0.001 0.003 0.892 97 D 0.005 0.001 0.001 0.012 0.007 0.014 0.285 0.001 0.001 0.008 0.668 98 G 0.599 0.001 0.004 0.012 0.007 0.006 0.113 0.001 0.001 0.097 0.161 99 E 0.297 0.010 0.006 0.032 0.021 0.016 0.338 0.001 0.001 0.023 0.258 100 V 0.029 0.006 0.008 0.092 0.090 0.134 0.196 0.001 0.001 0.006 0.439 101 Y 0.010 0.006 0.001 0.209 0.190 0.371 0.079 0.001 0.001 0.003 0.131 102 G 0.009 0.006 0.001 0.038 0.098 0.183 0.064 0.001 0.001 0.003 0.598 103 G 0.026 0.006 0.001 0.043 0.226 0.346 0.070 0.001 0.001 0.006 0.275 104 H 0.038 0.005 0.003 0.048 0.116 0.190 0.104 0.001 0.001 0.008 0.487 105 L 0.017 0.005 0.002 0.071 0.158 0.284 0.068 0.001 0.001 0.006 0.387 106 F 0.015 0.006 0.001 0.079 0.176 0.339 0.085 0.001 0.001 0.005 0.292 107 S 0.034 0.007 0.001 0.026 0.054 0.090 0.043 0.001 0.001 0.004 0.738 108 A 0.080 0.009 0.004 0.056 0.118 0.174 0.068 0.002 0.001 0.009 0.480 109 E 0.057 0.005 0.005 0.044 0.127 0.144 0.135 0.001 0.001 0.010 0.472 110 V 0.048 0.005 0.011 0.077 0.151 0.202 0.070 0.001 0.001 0.006 0.429 111 F 0.007 0.003 0.002 0.128 0.252 0.351 0.066 0.001 0.001 0.002 0.188 112 A 0.007 0.002 0.001 0.109 0.150 0.253 0.050 0.001 0.001 0.002 0.424 113 C 0.005 0.002 0.001 0.113 0.210 0.327 0.034 0.001 0.001 0.002 0.305 114 E 0.006 0.001 0.001 0.252 0.222 0.340 0.054 0.001 0.001 0.003 0.121 115 V 0.018 0.002 0.001 0.147 0.166 0.308 0.053 0.001 0.001 0.005 0.301 116 F 0.005 0.001 0.001 0.278 0.330 0.343 0.016 0.001 0.001 0.001 0.025 117 V 0.007 0.003 0.002 0.164 0.148 0.295 0.060 0.001 0.001 0.003 0.317 118 L 0.004 0.001 0.001 0.136 0.453 0.314 0.019 0.001 0.001 0.001 0.071 119 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.962 120 L 0.003 0.001 0.001 0.102 0.137 0.334 0.151 0.001 0.001 0.004 0.269 121 S 0.072 0.001 0.001 0.029 0.014 0.032 0.148 0.001 0.001 0.016 0.686 122 G 0.078 0.004 0.001 0.027 0.010 0.017 0.119 0.001 0.001 0.011 0.733 123 E 0.323 0.005 0.004 0.037 0.010 0.021 0.190 0.001 0.001 0.031 0.379 124 A 0.103 0.008 0.002 0.019 0.014 0.014 0.191 0.001 0.001 0.004 0.645 125 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.979 126 E 0.017 0.013 0.001 0.021 0.074 0.247 0.209 0.001 0.001 0.007 0.410 127 R 0.187 0.060 0.001 0.010 0.025 0.076 0.096 0.002 0.001 0.008 0.535 128 A 0.187 0.268 0.002 0.016 0.087 0.101 0.022 0.007 0.001 0.002 0.308 129 F 0.170 0.211 0.008 0.021 0.057 0.079 0.058 0.005 0.001 0.006 0.384 130 D 0.093 0.144 0.006 0.033 0.106 0.116 0.153 0.013 0.001 0.006 0.331 131 E 0.043 0.140 0.009 0.015 0.027 0.025 0.091 0.007 0.001 0.005 0.636 132 Q 0.091 0.134 0.004 0.009 0.021 0.033 0.451 0.011 0.001 0.042 0.206 133 T 0.352 0.073 0.010 0.009 0.012 0.016 0.318 0.021 0.001 0.073 0.116 134 G 0.383 0.125 0.053 0.026 0.022 0.014 0.125 0.017 0.001 0.023 0.211 135 L 0.121 0.068 0.170 0.042 0.031 0.051 0.111 0.003 0.001 0.018 0.385 136 F 0.010 0.021 0.009 0.134 0.195 0.214 0.092 0.002 0.001 0.002 0.322 137 L 0.016 0.014 0.003 0.085 0.072 0.133 0.050 0.001 0.001 0.002 0.625 138 W 0.023 0.025 0.002 0.126 0.185 0.398 0.059 0.001 0.001 0.003 0.178 139 L 0.021 0.027 0.002 0.114 0.107 0.236 0.079 0.001 0.001 0.003 0.411 140 E 0.012 0.022 0.001 0.087 0.075 0.140 0.044 0.001 0.001 0.002 0.615 141 H 0.050 0.038 0.002 0.101 0.088 0.153 0.128 0.003 0.001 0.009 0.428 142 H 0.144 0.076 0.004 0.046 0.054 0.074 0.153 0.008 0.001 0.011 0.430 143 H 0.140 0.156 0.008 0.059 0.069 0.088 0.096 0.009 0.001 0.009 0.365 144 H 0.130 0.102 0.011 0.022 0.036 0.058 0.144 0.007 0.001 0.010 0.479 145 H 0.120 0.055 0.017 0.018 0.027 0.041 0.088 0.005 0.001 0.008 0.621 146 H 0.069 0.026 0.010 0.016 0.019 0.029 0.117 0.003 0.001 0.006 0.705