# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.017 0.050 0.095 0.116 0.116 0.022 0.461 2 K 0.173 0.009 0.034 0.101 0.119 0.134 0.015 0.415 3 V 0.017 0.003 0.025 0.040 0.091 0.038 0.001 0.784 4 F 0.012 0.010 0.026 0.348 0.384 0.058 0.002 0.159 5 E 0.014 0.006 0.013 0.058 0.103 0.029 0.002 0.775 6 F 0.026 0.022 0.052 0.300 0.368 0.036 0.006 0.189 7 E 0.050 0.023 0.036 0.222 0.244 0.089 0.009 0.328 8 V 0.017 0.015 0.029 0.116 0.172 0.042 0.010 0.600 9 G 0.047 0.014 0.053 0.237 0.255 0.073 0.027 0.294 10 K 0.206 0.002 0.058 0.131 0.167 0.146 0.027 0.262 11 G 0.031 0.002 0.106 0.247 0.215 0.075 0.007 0.318 12 F 0.010 0.001 0.146 0.356 0.462 0.015 0.001 0.009 13 L 0.004 0.001 0.159 0.309 0.429 0.011 0.001 0.088 14 L 0.001 0.001 0.296 0.345 0.353 0.001 0.001 0.005 15 R 0.001 0.001 0.194 0.303 0.378 0.011 0.001 0.113 16 L 0.001 0.001 0.298 0.180 0.462 0.008 0.001 0.049 17 D 0.002 0.001 0.066 0.056 0.197 0.188 0.001 0.490 18 Y 0.010 0.001 0.019 0.010 0.033 0.153 0.003 0.771 19 G 0.092 0.008 0.017 0.007 0.013 0.171 0.015 0.676 20 K 0.255 0.013 0.016 0.004 0.006 0.197 0.016 0.492 21 D 0.031 0.068 0.013 0.006 0.007 0.225 0.004 0.644 22 L 0.043 0.336 0.007 0.006 0.021 0.148 0.005 0.434 23 V 0.013 0.738 0.007 0.002 0.007 0.035 0.002 0.197 24 R 0.005 0.869 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.087 25 Q 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 26 I 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 27 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 28 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 29 F 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 31 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 32 E 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 33 K 0.028 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 34 G 0.778 0.056 0.004 0.001 0.001 0.002 0.125 0.034 35 I 0.036 0.101 0.788 0.012 0.007 0.010 0.009 0.037 36 H 0.016 0.133 0.090 0.029 0.057 0.135 0.014 0.526 37 A 0.019 0.097 0.177 0.015 0.024 0.092 0.006 0.571 38 A 0.026 0.294 0.346 0.083 0.043 0.085 0.008 0.114 39 H 0.031 0.151 0.527 0.058 0.052 0.039 0.010 0.132 40 I 0.020 0.149 0.433 0.123 0.131 0.029 0.011 0.104 41 S 0.014 0.213 0.340 0.174 0.140 0.027 0.006 0.088 42 A 0.014 0.161 0.231 0.143 0.218 0.037 0.013 0.183 43 I 0.012 0.145 0.277 0.095 0.179 0.035 0.009 0.249 44 G 0.034 0.118 0.153 0.123 0.136 0.104 0.031 0.300 45 A 0.133 0.101 0.072 0.058 0.085 0.118 0.025 0.407 46 V 0.101 0.213 0.074 0.084 0.150 0.090 0.024 0.263 47 R 0.104 0.162 0.062 0.081 0.112 0.120 0.026 0.332 48 S 0.093 0.135 0.057 0.079 0.067 0.071 0.052 0.445 49 A 0.246 0.089 0.106 0.079 0.100 0.078 0.046 0.254 50 V 0.078 0.065 0.266 0.172 0.200 0.070 0.021 0.126 51 I 0.018 0.038 0.184 0.180 0.238 0.041 0.009 0.293 52 G 0.018 0.026 0.279 0.212 0.267 0.035 0.009 0.153 53 Y 0.017 0.024 0.210 0.130 0.157 0.046 0.006 0.410 54 Y 0.020 0.016 0.200 0.132 0.214 0.089 0.006 0.323 55 D 0.017 0.012 0.035 0.056 0.108 0.120 0.004 0.648 56 Q 0.026 0.014 0.017 0.020 0.074 0.072 0.004 0.772 57 E 0.033 0.017 0.006 0.008 0.017 0.523 0.008 0.389 58 K 0.226 0.065 0.005 0.009 0.014 0.339 0.029 0.312 59 K 0.146 0.386 0.015 0.022 0.016 0.044 0.023 0.349 60 E 0.131 0.139 0.030 0.027 0.036 0.094 0.030 0.514 61 Y 0.111 0.079 0.039 0.039 0.060 0.065 0.015 0.592 62 V 0.109 0.079 0.040 0.116 0.214 0.070 0.014 0.359 63 K 0.013 0.021 0.023 0.040 0.068 0.032 0.003 0.800 64 K 0.030 0.064 0.055 0.133 0.156 0.075 0.009 0.478 65 E 0.059 0.044 0.028 0.065 0.073 0.092 0.011 0.629 66 L 0.108 0.051 0.046 0.089 0.158 0.074 0.015 0.458 67 M 0.070 0.057 0.057 0.102 0.163 0.113 0.025 0.414 68 E 0.045 0.015 0.022 0.058 0.061 0.072 0.011 0.716 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 70 L 0.062 0.008 0.052 0.139 0.239 0.135 0.008 0.357 71 E 0.094 0.013 0.159 0.233 0.188 0.063 0.009 0.240 72 I 0.020 0.015 0.102 0.187 0.336 0.031 0.002 0.307 73 L 0.023 0.011 0.208 0.255 0.419 0.025 0.002 0.056 74 S 0.018 0.028 0.111 0.334 0.300 0.034 0.007 0.169 75 L 0.025 0.020 0.237 0.137 0.357 0.045 0.013 0.166 76 S 0.040 0.022 0.066 0.153 0.298 0.130 0.009 0.282 77 G 0.054 0.021 0.052 0.213 0.241 0.082 0.034 0.301 78 N 0.135 0.010 0.046 0.080 0.145 0.163 0.017 0.403 79 V 0.042 0.019 0.102 0.263 0.222 0.071 0.008 0.273 80 S 0.033 0.014 0.022 0.126 0.256 0.206 0.005 0.337 81 M 0.055 0.022 0.042 0.163 0.309 0.076 0.008 0.326 82 K 0.044 0.027 0.026 0.061 0.083 0.292 0.010 0.456 83 D 0.118 0.020 0.014 0.035 0.045 0.317 0.051 0.400 84 S 0.306 0.045 0.026 0.030 0.022 0.048 0.137 0.386 85 K 0.179 0.004 0.082 0.029 0.046 0.450 0.020 0.190 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 87 F 0.023 0.001 0.079 0.138 0.496 0.108 0.004 0.152 88 C 0.039 0.002 0.195 0.155 0.189 0.073 0.004 0.344 89 H 0.008 0.001 0.169 0.301 0.377 0.033 0.002 0.107 90 I 0.010 0.001 0.094 0.204 0.564 0.027 0.001 0.099 91 H 0.004 0.001 0.121 0.291 0.517 0.024 0.001 0.041 92 V 0.008 0.002 0.097 0.341 0.450 0.030 0.002 0.070 93 L 0.009 0.003 0.099 0.380 0.420 0.026 0.004 0.058 94 L 0.021 0.003 0.084 0.299 0.414 0.029 0.004 0.146 95 G 0.009 0.002 0.062 0.184 0.475 0.049 0.006 0.212 96 K 0.012 0.002 0.023 0.029 0.072 0.106 0.006 0.750 97 D 0.006 0.002 0.006 0.010 0.011 0.069 0.006 0.888 98 G 0.249 0.007 0.028 0.054 0.028 0.085 0.079 0.470 99 E 0.270 0.003 0.156 0.031 0.048 0.247 0.014 0.231 100 V 0.010 0.003 0.060 0.072 0.090 0.070 0.002 0.692 101 Y 0.013 0.008 0.091 0.196 0.385 0.086 0.002 0.218 102 G 0.012 0.006 0.059 0.096 0.215 0.060 0.004 0.548 103 G 0.040 0.012 0.086 0.158 0.240 0.088 0.007 0.369 104 H 0.069 0.012 0.038 0.137 0.230 0.124 0.008 0.382 105 L 0.067 0.024 0.049 0.156 0.363 0.102 0.007 0.232 106 F 0.058 0.028 0.041 0.177 0.336 0.116 0.010 0.235 107 S 0.055 0.032 0.032 0.097 0.133 0.085 0.023 0.542 108 A 0.183 0.027 0.040 0.062 0.087 0.129 0.035 0.437 109 E 0.203 0.025 0.071 0.146 0.155 0.148 0.026 0.227 110 V 0.014 0.011 0.095 0.159 0.167 0.059 0.011 0.483 111 F 0.009 0.007 0.132 0.241 0.271 0.047 0.004 0.289 112 A 0.005 0.004 0.117 0.171 0.200 0.047 0.003 0.452 113 C 0.008 0.005 0.149 0.250 0.348 0.050 0.004 0.185 114 E 0.017 0.003 0.257 0.250 0.336 0.052 0.004 0.081 115 V 0.014 0.002 0.115 0.239 0.297 0.052 0.002 0.278 116 F 0.004 0.002 0.243 0.337 0.376 0.010 0.001 0.028 117 V 0.007 0.004 0.127 0.242 0.474 0.016 0.002 0.127 118 L 0.003 0.002 0.243 0.311 0.382 0.007 0.002 0.050 119 P 0.001 0.001 0.006 0.016 0.031 0.007 0.001 0.938 120 L 0.017 0.006 0.099 0.107 0.383 0.092 0.006 0.292 121 S 0.049 0.009 0.021 0.039 0.056 0.142 0.010 0.673 122 G 0.134 0.010 0.016 0.019 0.040 0.059 0.025 0.697 123 E 0.242 0.016 0.027 0.014 0.022 0.177 0.025 0.477 124 A 0.085 0.015 0.015 0.022 0.021 0.117 0.010 0.714 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 126 E 0.014 0.013 0.019 0.054 0.151 0.191 0.003 0.554 127 R 0.228 0.052 0.031 0.048 0.064 0.174 0.011 0.392 128 A 0.117 0.197 0.051 0.101 0.115 0.052 0.006 0.361 129 F 0.122 0.119 0.065 0.080 0.114 0.097 0.009 0.394 130 D 0.091 0.180 0.054 0.084 0.116 0.065 0.011 0.398 131 E 0.028 0.059 0.018 0.015 0.049 0.052 0.010 0.768 132 Q 0.055 0.032 0.007 0.006 0.012 0.686 0.018 0.185 133 T 0.450 0.090 0.008 0.008 0.006 0.239 0.048 0.152 134 G 0.248 0.305 0.044 0.024 0.017 0.061 0.036 0.265 135 L 0.065 0.095 0.241 0.047 0.102 0.139 0.012 0.298 136 F 0.053 0.069 0.051 0.094 0.190 0.160 0.010 0.372 137 L 0.105 0.125 0.039 0.060 0.180 0.077 0.009 0.404 138 W 0.082 0.251 0.091 0.099 0.162 0.084 0.014 0.216 139 L 0.098 0.197 0.064 0.073 0.120 0.080 0.023 0.346 140 E 0.063 0.166 0.038 0.044 0.093 0.063 0.018 0.515 141 H 0.138 0.169 0.040 0.038 0.068 0.123 0.029 0.395 142 H 0.217 0.195 0.036 0.030 0.040 0.085 0.039 0.358 143 H 0.141 0.188 0.088 0.045 0.055 0.069 0.039 0.375 144 H 0.127 0.114 0.096 0.052 0.058 0.090 0.033 0.430 145 H 0.096 0.060 0.076 0.033 0.047 0.072 0.020 0.596 146 H 0.063 0.048 0.063 0.039 0.063 0.107 0.013 0.604