# TARGET T0312 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 K 0.184 0.034 0.006 0.050 0.005 0.032 0.690 3 V 0.360 0.020 0.023 0.074 0.097 0.061 0.364 4 F 0.545 0.012 0.026 0.068 0.054 0.044 0.252 5 E 0.638 0.010 0.028 0.047 0.071 0.041 0.165 6 F 0.519 0.011 0.029 0.042 0.108 0.067 0.223 7 E 0.296 0.020 0.042 0.027 0.160 0.104 0.350 8 V 0.118 0.006 0.038 0.016 0.261 0.450 0.112 9 G 0.064 0.004 0.017 0.002 0.234 0.592 0.087 10 K 0.323 0.010 0.010 0.001 0.185 0.071 0.401 11 G 0.884 0.011 0.001 0.001 0.012 0.005 0.088 12 F 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 13 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 15 R 0.961 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 16 L 0.617 0.023 0.001 0.001 0.015 0.002 0.342 17 D 0.096 0.006 0.003 0.001 0.126 0.042 0.726 18 Y 0.002 0.001 0.006 0.002 0.246 0.727 0.017 19 G 0.002 0.002 0.009 0.006 0.153 0.749 0.080 20 K 0.010 0.009 0.055 0.382 0.148 0.095 0.300 21 D 0.026 0.063 0.022 0.711 0.026 0.045 0.107 22 L 0.004 0.002 0.014 0.936 0.009 0.018 0.019 23 V 0.002 0.001 0.003 0.980 0.003 0.006 0.006 24 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.002 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 29 F 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 30 L 0.001 0.001 0.002 0.968 0.005 0.016 0.007 31 E 0.001 0.001 0.010 0.903 0.005 0.071 0.010 32 E 0.003 0.001 0.028 0.630 0.023 0.279 0.036 33 K 0.001 0.001 0.018 0.107 0.025 0.831 0.017 34 G 0.006 0.006 0.015 0.014 0.074 0.787 0.098 35 I 0.084 0.009 0.004 0.002 0.058 0.012 0.831 36 H 0.438 0.004 0.003 0.002 0.202 0.009 0.342 37 A 0.919 0.002 0.001 0.001 0.031 0.003 0.042 38 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 40 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 41 S 0.958 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.030 42 A 0.901 0.002 0.002 0.004 0.017 0.004 0.070 43 I 0.744 0.009 0.011 0.009 0.051 0.016 0.160 44 G 0.624 0.008 0.034 0.015 0.104 0.052 0.163 45 A 0.535 0.023 0.068 0.021 0.081 0.099 0.174 46 V 0.491 0.020 0.062 0.022 0.128 0.119 0.158 47 R 0.460 0.016 0.052 0.022 0.165 0.118 0.168 48 S 0.396 0.009 0.045 0.018 0.135 0.148 0.248 49 A 0.654 0.007 0.008 0.007 0.081 0.040 0.203 50 V 0.881 0.004 0.002 0.004 0.048 0.006 0.055 51 I 0.959 0.006 0.001 0.002 0.004 0.002 0.027 52 G 0.953 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.035 53 Y 0.921 0.007 0.001 0.002 0.016 0.006 0.048 54 Y 0.633 0.010 0.002 0.003 0.064 0.014 0.275 55 D 0.197 0.008 0.005 0.003 0.171 0.059 0.557 56 Q 0.061 0.008 0.110 0.047 0.250 0.352 0.172 57 E 0.049 0.013 0.169 0.054 0.234 0.299 0.183 58 K 0.071 0.010 0.167 0.069 0.213 0.184 0.285 59 K 0.140 0.023 0.069 0.058 0.224 0.133 0.354 60 E 0.205 0.025 0.041 0.049 0.205 0.090 0.384 61 Y 0.252 0.020 0.037 0.044 0.118 0.071 0.459 62 V 0.297 0.021 0.044 0.047 0.104 0.059 0.428 63 K 0.387 0.020 0.038 0.043 0.094 0.041 0.378 64 K 0.475 0.025 0.018 0.040 0.063 0.020 0.359 65 E 0.488 0.026 0.012 0.032 0.044 0.025 0.373 66 L 0.307 0.020 0.019 0.045 0.094 0.077 0.439 67 M 0.186 0.022 0.019 0.038 0.258 0.094 0.385 68 E 0.133 0.009 0.015 0.051 0.424 0.043 0.326 69 P 0.263 0.009 0.015 0.070 0.134 0.056 0.453 70 L 0.646 0.014 0.013 0.070 0.058 0.021 0.179 71 E 0.818 0.014 0.012 0.063 0.023 0.010 0.061 72 I 0.807 0.007 0.020 0.085 0.013 0.013 0.055 73 L 0.798 0.007 0.024 0.069 0.023 0.017 0.063 74 S 0.757 0.006 0.033 0.056 0.030 0.031 0.086 75 L 0.733 0.010 0.025 0.038 0.046 0.056 0.092 76 S 0.692 0.005 0.015 0.025 0.068 0.059 0.136 77 G 0.573 0.010 0.011 0.018 0.117 0.041 0.230 78 N 0.589 0.017 0.006 0.012 0.086 0.013 0.277 79 V 0.680 0.023 0.005 0.011 0.056 0.013 0.212 80 S 0.508 0.063 0.009 0.022 0.051 0.031 0.316 81 M 0.145 0.016 0.034 0.030 0.100 0.277 0.398 82 K 0.034 0.005 0.032 0.014 0.206 0.609 0.099 83 D 0.014 0.003 0.017 0.007 0.284 0.628 0.046 84 S 0.021 0.002 0.004 0.001 0.476 0.315 0.182 85 K 0.262 0.025 0.001 0.001 0.137 0.010 0.565 86 P 0.611 0.042 0.001 0.001 0.037 0.003 0.305 87 F 0.760 0.006 0.003 0.001 0.072 0.002 0.157 88 C 0.946 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.041 89 H 0.973 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 90 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 91 H 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 92 V 0.957 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 93 L 0.904 0.010 0.002 0.001 0.011 0.002 0.070 94 L 0.745 0.063 0.002 0.001 0.039 0.007 0.144 95 G 0.321 0.015 0.009 0.001 0.082 0.050 0.522 96 K 0.068 0.011 0.019 0.001 0.191 0.610 0.099 97 D 0.016 0.004 0.014 0.001 0.231 0.688 0.046 98 G 0.046 0.004 0.006 0.002 0.706 0.108 0.128 99 E 0.334 0.099 0.006 0.004 0.063 0.029 0.465 100 V 0.729 0.080 0.005 0.003 0.023 0.028 0.131 101 Y 0.737 0.022 0.012 0.008 0.042 0.077 0.102 102 G 0.689 0.013 0.018 0.010 0.059 0.099 0.111 103 G 0.578 0.009 0.019 0.017 0.094 0.114 0.169 104 H 0.685 0.019 0.019 0.017 0.059 0.064 0.137 105 L 0.636 0.026 0.029 0.026 0.071 0.073 0.139 106 F 0.465 0.022 0.042 0.029 0.137 0.090 0.216 107 S 0.314 0.009 0.066 0.032 0.177 0.232 0.170 108 A 0.441 0.009 0.027 0.020 0.152 0.155 0.195 109 E 0.723 0.016 0.008 0.010 0.054 0.013 0.176 110 V 0.839 0.011 0.003 0.004 0.022 0.003 0.117 111 F 0.781 0.011 0.006 0.005 0.030 0.005 0.163 112 A 0.788 0.006 0.009 0.005 0.029 0.008 0.154 113 C 0.863 0.004 0.008 0.004 0.030 0.008 0.083 114 E 0.933 0.002 0.004 0.003 0.017 0.003 0.039 115 V 0.967 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.023 116 F 0.975 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.016 117 V 0.965 0.002 0.001 0.004 0.004 0.002 0.023 118 L 0.923 0.004 0.002 0.006 0.009 0.002 0.055 119 P 0.844 0.010 0.003 0.007 0.023 0.008 0.104 120 L 0.617 0.014 0.008 0.017 0.067 0.034 0.243 121 S 0.220 0.012 0.017 0.025 0.194 0.210 0.321 122 G 0.054 0.004 0.070 0.043 0.268 0.401 0.160 123 E 0.115 0.014 0.113 0.092 0.225 0.147 0.293 124 A 0.240 0.017 0.108 0.133 0.126 0.127 0.250 125 P 0.290 0.026 0.102 0.178 0.064 0.105 0.234 126 E 0.370 0.020 0.057 0.147 0.084 0.080 0.243 127 R 0.373 0.011 0.050 0.156 0.116 0.057 0.236 128 A 0.330 0.010 0.029 0.169 0.134 0.052 0.276 129 F 0.188 0.038 0.014 0.162 0.187 0.045 0.367 130 D 0.069 0.013 0.014 0.067 0.087 0.026 0.722 131 E 0.003 0.002 0.235 0.349 0.022 0.371 0.018 132 Q 0.002 0.001 0.246 0.192 0.037 0.508 0.016 133 T 0.004 0.004 0.218 0.163 0.073 0.481 0.057 134 G 0.016 0.011 0.050 0.071 0.159 0.439 0.254 135 L 0.077 0.023 0.158 0.116 0.078 0.110 0.436 136 F 0.163 0.023 0.211 0.139 0.097 0.107 0.259 137 L 0.165 0.012 0.231 0.203 0.086 0.152 0.151 138 W 0.261 0.036 0.060 0.174 0.147 0.055 0.267 139 L 0.198 0.020 0.026 0.156 0.079 0.042 0.479 140 E 0.146 0.011 0.081 0.398 0.070 0.071 0.224 141 H 0.130 0.011 0.120 0.420 0.077 0.090 0.152 142 H 0.146 0.014 0.148 0.367 0.076 0.083 0.166 143 H 0.131 0.013 0.089 0.311 0.135 0.100 0.221 144 H 0.097 0.016 0.055 0.198 0.152 0.217 0.265 145 H 0.046 0.013 0.024 0.098 0.023 0.169 0.626 146 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.992