# TARGET T0312 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69.939 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.252 0.280 0.076 0.184 0.015 0.060 0.015 0.036 0.012 0.001 2 K 0.087 0.224 0.515 0.040 0.032 0.068 0.013 0.002 0.012 0.003 0.004 3 V 0.043 0.689 0.169 0.022 0.049 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 F 0.057 0.581 0.133 0.044 0.134 0.021 0.006 0.002 0.019 0.003 0.001 5 E 0.028 0.681 0.163 0.018 0.070 0.021 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 6 F 0.054 0.460 0.190 0.036 0.185 0.028 0.013 0.005 0.021 0.007 0.001 7 E 0.035 0.595 0.178 0.023 0.088 0.027 0.007 0.001 0.042 0.003 0.001 8 V 0.090 0.244 0.445 0.101 0.049 0.014 0.025 0.002 0.026 0.004 0.001 9 G 0.014 0.006 0.031 0.012 0.066 0.002 0.061 0.605 0.001 0.202 0.001 10 K 0.036 0.377 0.347 0.106 0.088 0.025 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 11 G 0.006 0.544 0.141 0.015 0.269 0.004 0.005 0.002 0.009 0.004 0.001 12 F 0.001 0.839 0.109 0.001 0.040 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 13 L 0.001 0.856 0.106 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 14 L 0.001 0.863 0.056 0.001 0.040 0.017 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 15 R 0.003 0.636 0.193 0.002 0.009 0.095 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 16 L 0.038 0.382 0.419 0.010 0.027 0.084 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 17 D 0.041 0.178 0.636 0.020 0.032 0.058 0.004 0.001 0.026 0.002 0.003 18 Y 0.326 0.024 0.572 0.056 0.003 0.009 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 19 G 0.142 0.002 0.038 0.142 0.008 0.004 0.041 0.567 0.003 0.052 0.001 20 K 0.233 0.036 0.627 0.019 0.006 0.055 0.009 0.003 0.010 0.003 0.001 21 D 0.537 0.022 0.285 0.020 0.004 0.103 0.004 0.002 0.017 0.002 0.004 22 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.165 0.002 0.004 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.539 0.446 0.001 0.005 0.001 35 I 0.002 0.181 0.730 0.001 0.012 0.069 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 36 H 0.541 0.010 0.006 0.439 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.002 0.445 0.008 0.005 0.536 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 38 A 0.004 0.837 0.034 0.002 0.102 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 39 H 0.005 0.852 0.059 0.001 0.048 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 40 I 0.015 0.651 0.179 0.005 0.023 0.091 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 41 S 0.059 0.597 0.191 0.022 0.033 0.058 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 42 A 0.106 0.456 0.143 0.011 0.173 0.046 0.037 0.002 0.018 0.006 0.002 43 I 0.321 0.379 0.143 0.056 0.021 0.044 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 44 G 0.268 0.107 0.082 0.037 0.323 0.009 0.048 0.053 0.010 0.064 0.001 45 A 0.433 0.114 0.094 0.178 0.081 0.039 0.018 0.012 0.015 0.013 0.002 46 V 0.320 0.230 0.231 0.093 0.036 0.061 0.007 0.002 0.017 0.002 0.001 47 R 0.762 0.035 0.029 0.148 0.011 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 48 S 0.170 0.205 0.069 0.218 0.254 0.011 0.043 0.013 0.014 0.003 0.001 49 A 0.078 0.376 0.259 0.035 0.194 0.014 0.014 0.009 0.013 0.006 0.001 50 V 0.071 0.732 0.084 0.017 0.054 0.018 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 51 I 0.085 0.668 0.122 0.036 0.043 0.023 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 52 G 0.131 0.418 0.093 0.044 0.222 0.023 0.019 0.014 0.025 0.010 0.001 53 Y 0.065 0.555 0.128 0.062 0.098 0.036 0.016 0.001 0.036 0.002 0.001 54 Y 0.094 0.410 0.230 0.075 0.119 0.034 0.009 0.001 0.023 0.004 0.001 55 D 0.032 0.095 0.511 0.019 0.071 0.183 0.012 0.001 0.067 0.008 0.002 56 Q 0.894 0.007 0.012 0.073 0.002 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 57 E 0.832 0.014 0.032 0.107 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 58 K 0.572 0.030 0.071 0.287 0.007 0.010 0.012 0.003 0.008 0.001 0.001 59 K 0.401 0.090 0.229 0.106 0.029 0.019 0.089 0.015 0.015 0.007 0.001 60 E 0.372 0.103 0.279 0.172 0.016 0.024 0.016 0.003 0.012 0.002 0.001 61 Y 0.144 0.233 0.402 0.083 0.059 0.028 0.019 0.006 0.019 0.005 0.001 62 V 0.103 0.425 0.348 0.023 0.025 0.032 0.008 0.001 0.033 0.001 0.001 63 K 0.123 0.148 0.631 0.017 0.007 0.051 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 64 K 0.136 0.392 0.308 0.015 0.054 0.023 0.010 0.002 0.058 0.001 0.001 65 E 0.234 0.114 0.569 0.019 0.009 0.037 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 66 L 0.241 0.263 0.274 0.077 0.043 0.066 0.009 0.002 0.022 0.002 0.001 67 M 0.354 0.151 0.171 0.215 0.034 0.029 0.014 0.003 0.024 0.003 0.001 68 E 0.109 0.228 0.367 0.005 0.171 0.007 0.017 0.004 0.068 0.023 0.001 69 P 0.233 0.014 0.545 0.016 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 70 L 0.223 0.392 0.181 0.067 0.070 0.019 0.016 0.004 0.025 0.002 0.001 71 E 0.102 0.533 0.210 0.011 0.070 0.039 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 72 I 0.124 0.454 0.296 0.008 0.005 0.090 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 73 L 0.275 0.395 0.088 0.125 0.060 0.030 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 74 S 0.025 0.572 0.072 0.014 0.291 0.011 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 75 L 0.039 0.622 0.140 0.027 0.097 0.042 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 76 S 0.063 0.631 0.057 0.093 0.131 0.007 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 77 G 0.016 0.380 0.052 0.009 0.514 0.004 0.005 0.003 0.009 0.007 0.001 78 N 0.025 0.655 0.196 0.008 0.051 0.033 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 79 V 0.026 0.684 0.118 0.016 0.038 0.036 0.004 0.001 0.077 0.001 0.001 80 S 0.067 0.201 0.507 0.016 0.096 0.058 0.007 0.004 0.023 0.016 0.003 81 M 0.300 0.170 0.291 0.139 0.026 0.046 0.004 0.002 0.016 0.002 0.004 82 K 0.463 0.119 0.085 0.187 0.028 0.031 0.036 0.007 0.032 0.011 0.001 83 D 0.093 0.032 0.077 0.401 0.025 0.023 0.310 0.011 0.023 0.006 0.001 84 S 0.043 0.012 0.053 0.130 0.025 0.009 0.318 0.374 0.004 0.030 0.002 85 K 0.013 0.392 0.434 0.003 0.026 0.019 0.010 0.001 0.102 0.001 0.001 86 P 0.082 0.012 0.828 0.007 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 87 F 0.023 0.644 0.118 0.020 0.148 0.014 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 88 C 0.013 0.570 0.325 0.007 0.054 0.018 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 89 H 0.006 0.775 0.104 0.004 0.065 0.020 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 90 I 0.010 0.718 0.163 0.006 0.053 0.031 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 91 H 0.009 0.698 0.161 0.006 0.074 0.027 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 92 V 0.015 0.742 0.122 0.003 0.065 0.026 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 93 L 0.029 0.614 0.212 0.010 0.029 0.070 0.002 0.001 0.032 0.001 0.002 94 L 0.020 0.510 0.152 0.129 0.048 0.042 0.014 0.001 0.084 0.001 0.001 95 G 0.011 0.029 0.317 0.007 0.219 0.006 0.012 0.087 0.002 0.309 0.001 96 K 0.521 0.162 0.100 0.108 0.037 0.019 0.010 0.006 0.017 0.019 0.001 97 D 0.068 0.016 0.071 0.479 0.006 0.020 0.301 0.005 0.029 0.003 0.001 98 G 0.005 0.003 0.039 0.006 0.068 0.001 0.042 0.718 0.001 0.117 0.001 99 E 0.059 0.363 0.399 0.073 0.055 0.030 0.005 0.002 0.010 0.002 0.002 100 V 0.020 0.533 0.328 0.012 0.051 0.033 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 101 Y 0.058 0.657 0.058 0.098 0.091 0.017 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 102 G 0.013 0.286 0.101 0.026 0.510 0.007 0.018 0.008 0.016 0.015 0.001 103 G 0.027 0.155 0.132 0.014 0.517 0.006 0.012 0.056 0.004 0.074 0.004 104 H 0.029 0.541 0.228 0.018 0.065 0.048 0.008 0.001 0.060 0.002 0.001 105 L 0.099 0.275 0.493 0.038 0.017 0.051 0.003 0.001 0.017 0.004 0.002 106 F 0.089 0.417 0.286 0.026 0.078 0.032 0.015 0.001 0.050 0.004 0.001 107 S 0.176 0.063 0.598 0.052 0.029 0.025 0.020 0.011 0.004 0.011 0.011 108 A 0.104 0.149 0.163 0.084 0.300 0.009 0.068 0.088 0.010 0.023 0.001 109 E 0.106 0.449 0.256 0.042 0.067 0.043 0.009 0.002 0.021 0.003 0.001 110 V 0.059 0.573 0.216 0.021 0.017 0.059 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 111 F 0.118 0.438 0.221 0.042 0.057 0.055 0.016 0.002 0.046 0.003 0.001 112 A 0.161 0.280 0.324 0.047 0.087 0.048 0.019 0.009 0.015 0.004 0.005 113 C 0.098 0.467 0.155 0.044 0.177 0.017 0.013 0.006 0.017 0.005 0.001 114 E 0.041 0.528 0.291 0.009 0.095 0.019 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 115 V 0.052 0.745 0.129 0.017 0.028 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 116 F 0.016 0.714 0.182 0.003 0.051 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 117 V 0.023 0.721 0.154 0.008 0.010 0.034 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 118 L 0.010 0.458 0.286 0.001 0.014 0.047 0.005 0.001 0.178 0.001 0.001 119 P 0.047 0.019 0.847 0.003 0.001 0.069 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 120 L 0.266 0.237 0.290 0.086 0.026 0.046 0.009 0.002 0.035 0.001 0.001 121 S 0.185 0.082 0.458 0.135 0.048 0.019 0.039 0.006 0.012 0.013 0.002 122 G 0.076 0.009 0.092 0.040 0.076 0.003 0.036 0.444 0.002 0.222 0.001 123 E 0.167 0.131 0.485 0.128 0.032 0.029 0.007 0.004 0.010 0.004 0.002 124 A 0.086 0.178 0.458 0.014 0.051 0.021 0.050 0.005 0.125 0.008 0.002 125 P 0.224 0.011 0.699 0.011 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 126 E 0.288 0.243 0.166 0.161 0.081 0.025 0.009 0.006 0.017 0.002 0.002 127 R 0.282 0.304 0.306 0.029 0.047 0.012 0.005 0.003 0.010 0.002 0.001 128 A 0.359 0.276 0.250 0.031 0.022 0.023 0.009 0.006 0.021 0.003 0.001 129 F 0.378 0.234 0.273 0.049 0.017 0.037 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 130 D 0.123 0.111 0.388 0.004 0.038 0.142 0.003 0.001 0.188 0.003 0.001 131 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.967 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.180 0.002 0.004 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 G 0.020 0.001 0.004 0.007 0.002 0.001 0.522 0.395 0.001 0.047 0.001 135 L 0.211 0.150 0.491 0.064 0.027 0.041 0.002 0.001 0.009 0.004 0.001 136 F 0.501 0.163 0.164 0.075 0.037 0.029 0.014 0.004 0.010 0.003 0.001 137 L 0.467 0.177 0.220 0.041 0.013 0.053 0.002 0.001 0.025 0.001 0.002 138 W 0.350 0.280 0.194 0.080 0.026 0.043 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 139 L 0.243 0.312 0.204 0.021 0.084 0.041 0.027 0.003 0.059 0.006 0.001 140 E 0.589 0.076 0.247 0.037 0.017 0.020 0.003 0.002 0.005 0.002 0.003 141 H 0.453 0.148 0.090 0.209 0.042 0.018 0.017 0.006 0.014 0.003 0.001 142 H 0.303 0.215 0.154 0.128 0.049 0.048 0.049 0.008 0.040 0.004 0.001 143 H 0.360 0.295 0.117 0.114 0.038 0.031 0.013 0.002 0.027 0.003 0.001 144 H 0.215 0.125 0.146 0.200 0.028 0.120 0.084 0.006 0.070 0.003 0.001 145 H 0.211 0.141 0.139 0.265 0.026 0.079 0.064 0.009 0.061 0.003 0.002 146 H 0.225 0.135 0.194 0.174 0.074 0.054 0.072 0.021 0.027 0.025 0.001