# TARGET T0312 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.556 0.261 0.122 0.050 0.009 0.001 0.001 2 K 0.483 0.344 0.115 0.045 0.011 0.002 0.001 3 V 0.091 0.148 0.243 0.306 0.177 0.033 0.002 4 F 0.484 0.338 0.120 0.045 0.011 0.002 0.001 5 E 0.339 0.328 0.173 0.108 0.043 0.009 0.001 6 F 0.137 0.165 0.218 0.302 0.147 0.028 0.002 7 E 0.419 0.364 0.141 0.057 0.017 0.003 0.001 8 V 0.253 0.292 0.214 0.166 0.062 0.011 0.001 9 G 0.193 0.315 0.231 0.161 0.075 0.023 0.001 10 K 0.025 0.110 0.196 0.313 0.262 0.087 0.007 11 G 0.013 0.047 0.102 0.252 0.321 0.228 0.037 12 F 0.002 0.005 0.014 0.051 0.173 0.523 0.233 13 L 0.002 0.005 0.017 0.056 0.158 0.475 0.286 14 L 0.003 0.007 0.014 0.042 0.138 0.478 0.317 15 R 0.005 0.034 0.124 0.264 0.281 0.243 0.048 16 L 0.003 0.014 0.042 0.156 0.398 0.355 0.033 17 D 0.060 0.265 0.296 0.231 0.111 0.033 0.003 18 Y 0.189 0.393 0.242 0.136 0.034 0.006 0.001 19 G 0.103 0.254 0.266 0.221 0.122 0.033 0.001 20 K 0.311 0.412 0.191 0.069 0.014 0.002 0.001 21 D 0.064 0.314 0.374 0.187 0.051 0.009 0.001 22 L 0.002 0.010 0.037 0.153 0.449 0.336 0.012 23 V 0.002 0.034 0.150 0.328 0.363 0.119 0.005 24 R 0.027 0.373 0.399 0.159 0.034 0.008 0.001 25 Q 0.001 0.015 0.111 0.396 0.381 0.091 0.005 26 I 0.001 0.001 0.002 0.016 0.169 0.687 0.124 27 E 0.005 0.085 0.272 0.424 0.182 0.030 0.002 28 E 0.039 0.461 0.349 0.119 0.028 0.004 0.001 29 F 0.002 0.017 0.106 0.403 0.370 0.100 0.002 30 L 0.009 0.049 0.114 0.341 0.404 0.082 0.001 31 E 0.299 0.528 0.143 0.027 0.003 0.001 0.001 32 E 0.405 0.448 0.109 0.032 0.005 0.001 0.001 33 K 0.115 0.347 0.351 0.158 0.026 0.002 0.001 34 G 0.264 0.523 0.172 0.035 0.005 0.001 0.001 35 I 0.011 0.030 0.101 0.334 0.406 0.113 0.003 36 H 0.025 0.164 0.257 0.323 0.187 0.042 0.001 37 A 0.003 0.015 0.048 0.127 0.298 0.416 0.091 38 A 0.001 0.001 0.002 0.011 0.065 0.386 0.535 39 H 0.001 0.003 0.011 0.044 0.138 0.350 0.452 40 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.224 0.730 41 S 0.001 0.007 0.020 0.062 0.137 0.293 0.480 42 A 0.001 0.006 0.016 0.042 0.090 0.281 0.565 43 I 0.003 0.009 0.019 0.051 0.140 0.378 0.401 44 G 0.010 0.020 0.036 0.084 0.168 0.388 0.294 45 A 0.016 0.033 0.054 0.120 0.210 0.354 0.213 46 V 0.024 0.034 0.053 0.112 0.232 0.366 0.178 47 R 0.048 0.150 0.238 0.267 0.180 0.098 0.021 48 S 0.062 0.208 0.272 0.254 0.142 0.053 0.009 49 A 0.014 0.043 0.100 0.229 0.337 0.239 0.037 50 V 0.031 0.117 0.213 0.277 0.221 0.125 0.016 51 I 0.014 0.014 0.036 0.096 0.229 0.474 0.139 52 G 0.018 0.050 0.095 0.201 0.308 0.282 0.045 53 Y 0.018 0.041 0.102 0.190 0.291 0.308 0.049 54 Y 0.030 0.057 0.102 0.212 0.331 0.244 0.024 55 D 0.107 0.281 0.292 0.209 0.087 0.023 0.002 56 Q 0.216 0.270 0.232 0.177 0.084 0.021 0.001 57 E 0.485 0.247 0.137 0.088 0.033 0.009 0.001 58 K 0.660 0.218 0.077 0.032 0.010 0.003 0.001 59 K 0.657 0.213 0.082 0.036 0.010 0.002 0.001 60 E 0.654 0.229 0.075 0.031 0.009 0.002 0.001 61 Y 0.313 0.223 0.207 0.175 0.069 0.012 0.001 62 V 0.452 0.301 0.142 0.074 0.026 0.006 0.001 63 K 0.346 0.318 0.182 0.108 0.036 0.008 0.001 64 K 0.162 0.195 0.227 0.238 0.135 0.040 0.003 65 E 0.267 0.301 0.191 0.138 0.076 0.025 0.002 66 L 0.085 0.128 0.201 0.294 0.221 0.064 0.007 67 M 0.322 0.314 0.184 0.116 0.048 0.015 0.002 68 E 0.216 0.279 0.201 0.170 0.094 0.035 0.005 69 P 0.054 0.120 0.171 0.255 0.246 0.130 0.025 70 L 0.078 0.138 0.157 0.216 0.230 0.151 0.030 71 E 0.033 0.090 0.138 0.213 0.228 0.214 0.084 72 I 0.012 0.016 0.029 0.073 0.179 0.412 0.278 73 L 0.019 0.058 0.101 0.174 0.241 0.268 0.139 74 S 0.023 0.061 0.102 0.161 0.209 0.266 0.179 75 L 0.010 0.019 0.037 0.100 0.208 0.362 0.264 76 S 0.022 0.058 0.092 0.161 0.235 0.285 0.146 77 G 0.016 0.034 0.064 0.121 0.185 0.351 0.229 78 N 0.012 0.033 0.069 0.145 0.232 0.321 0.187 79 V 0.007 0.012 0.026 0.077 0.206 0.465 0.207 80 S 0.014 0.063 0.139 0.277 0.297 0.182 0.028 81 M 0.048 0.152 0.229 0.303 0.207 0.057 0.006 82 K 0.360 0.380 0.171 0.071 0.015 0.003 0.001 83 D 0.539 0.278 0.113 0.052 0.016 0.002 0.001 84 S 0.418 0.374 0.140 0.056 0.010 0.001 0.001 85 K 0.103 0.408 0.313 0.141 0.031 0.003 0.001 86 P 0.002 0.017 0.077 0.270 0.438 0.190 0.006 87 F 0.001 0.010 0.071 0.268 0.433 0.209 0.009 88 C 0.001 0.001 0.001 0.008 0.075 0.520 0.396 89 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.343 0.621 90 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.102 0.894 91 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.185 0.800 92 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.043 0.324 0.624 93 L 0.001 0.002 0.010 0.043 0.163 0.478 0.303 94 L 0.001 0.005 0.027 0.148 0.426 0.349 0.044 95 G 0.078 0.341 0.303 0.185 0.079 0.011 0.001 96 K 0.346 0.357 0.209 0.077 0.010 0.001 0.001 97 D 0.663 0.271 0.047 0.013 0.005 0.001 0.001 98 G 0.120 0.209 0.287 0.274 0.094 0.016 0.001 99 E 0.095 0.269 0.291 0.214 0.102 0.027 0.001 100 V 0.021 0.044 0.089 0.204 0.349 0.253 0.039 101 Y 0.019 0.076 0.160 0.270 0.273 0.173 0.029 102 G 0.011 0.028 0.072 0.153 0.226 0.338 0.171 103 G 0.010 0.023 0.040 0.106 0.205 0.338 0.278 104 H 0.010 0.024 0.050 0.107 0.233 0.366 0.210 105 L 0.006 0.014 0.030 0.072 0.165 0.417 0.296 106 F 0.023 0.081 0.131 0.252 0.276 0.184 0.053 107 S 0.071 0.216 0.259 0.231 0.144 0.064 0.015 108 A 0.053 0.129 0.179 0.253 0.244 0.119 0.022 109 E 0.037 0.130 0.192 0.265 0.208 0.137 0.032 110 V 0.012 0.032 0.065 0.160 0.278 0.345 0.107 111 F 0.010 0.035 0.074 0.153 0.282 0.312 0.134 112 A 0.004 0.014 0.037 0.101 0.193 0.352 0.300 113 C 0.001 0.004 0.008 0.027 0.088 0.374 0.498 114 E 0.004 0.015 0.035 0.087 0.163 0.378 0.317 115 V 0.008 0.026 0.051 0.126 0.220 0.385 0.185 116 F 0.003 0.011 0.032 0.108 0.270 0.411 0.166 117 V 0.007 0.013 0.025 0.070 0.197 0.489 0.200 118 L 0.029 0.093 0.138 0.237 0.273 0.192 0.037 119 P 0.058 0.181 0.272 0.277 0.155 0.053 0.005 120 L 0.071 0.129 0.188 0.265 0.240 0.098 0.009 121 S 0.210 0.289 0.237 0.167 0.069 0.025 0.003 122 G 0.418 0.312 0.146 0.080 0.033 0.010 0.002 123 E 0.178 0.227 0.236 0.197 0.117 0.040 0.006 124 A 0.310 0.292 0.197 0.122 0.056 0.020 0.003 125 P 0.097 0.111 0.162 0.249 0.234 0.128 0.018 126 E 0.207 0.238 0.198 0.168 0.119 0.061 0.008 127 R 0.146 0.186 0.195 0.225 0.165 0.073 0.009 128 A 0.216 0.278 0.201 0.160 0.095 0.044 0.006 129 F 0.135 0.188 0.213 0.244 0.158 0.057 0.005 130 D 0.201 0.238 0.211 0.213 0.109 0.026 0.002 131 E 0.436 0.302 0.163 0.073 0.021 0.005 0.001 132 Q 0.641 0.240 0.076 0.031 0.010 0.002 0.001 133 T 0.327 0.275 0.195 0.131 0.056 0.014 0.001 134 G 0.198 0.274 0.216 0.188 0.094 0.028 0.002 135 L 0.141 0.122 0.170 0.238 0.224 0.097 0.009 136 F 0.352 0.360 0.178 0.081 0.023 0.005 0.001 137 L 0.233 0.255 0.241 0.180 0.073 0.017 0.001 138 W 0.169 0.118 0.133 0.236 0.243 0.095 0.006 139 L 0.218 0.288 0.241 0.166 0.069 0.017 0.001 140 E 0.354 0.242 0.184 0.131 0.066 0.019 0.002 141 H 0.370 0.309 0.166 0.093 0.046 0.015 0.002 142 H 0.303 0.222 0.199 0.160 0.086 0.028 0.003 143 H 0.428 0.276 0.138 0.089 0.049 0.018 0.002 144 H 0.429 0.231 0.152 0.111 0.053 0.020 0.003 145 H 0.473 0.199 0.134 0.111 0.057 0.023 0.003 146 H 0.584 0.181 0.087 0.070 0.051 0.022 0.004