# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.005 0.904 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.001 0.020 0.040 2 K 0.007 0.028 0.610 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.070 0.007 0.001 0.109 0.157 3 V 0.022 0.016 0.343 0.062 0.004 0.005 0.018 0.003 0.083 0.025 0.004 0.047 0.367 4 F 0.038 0.009 0.276 0.041 0.008 0.007 0.021 0.002 0.066 0.039 0.008 0.365 0.119 5 E 0.026 0.021 0.201 0.006 0.014 0.010 0.018 0.001 0.059 0.055 0.013 0.062 0.514 6 F 0.015 0.013 0.436 0.016 0.021 0.009 0.004 0.001 0.024 0.086 0.060 0.182 0.132 7 E 0.012 0.017 0.371 0.020 0.036 0.009 0.002 0.001 0.012 0.189 0.180 0.041 0.111 8 V 0.007 0.013 0.216 0.012 0.043 0.009 0.001 0.001 0.005 0.239 0.372 0.045 0.038 9 G 0.011 0.009 0.338 0.017 0.018 0.002 0.002 0.001 0.005 0.362 0.161 0.018 0.057 10 K 0.043 0.010 0.396 0.006 0.007 0.001 0.012 0.001 0.020 0.223 0.032 0.169 0.080 11 G 0.108 0.008 0.274 0.011 0.002 0.001 0.022 0.002 0.036 0.055 0.004 0.035 0.444 12 F 0.271 0.001 0.092 0.060 0.001 0.001 0.062 0.008 0.049 0.036 0.001 0.365 0.053 13 L 0.361 0.001 0.020 0.006 0.001 0.001 0.188 0.028 0.133 0.002 0.001 0.026 0.234 14 L 0.320 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.308 0.059 0.158 0.001 0.001 0.122 0.019 15 R 0.130 0.004 0.034 0.002 0.001 0.001 0.271 0.094 0.319 0.001 0.001 0.008 0.136 16 L 0.017 0.005 0.226 0.006 0.001 0.001 0.021 0.043 0.524 0.009 0.001 0.119 0.030 17 D 0.001 0.006 0.623 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.187 0.114 0.024 0.003 0.034 18 Y 0.001 0.004 0.032 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.003 0.177 0.762 0.001 0.001 19 G 0.001 0.001 0.075 0.001 0.025 0.016 0.001 0.001 0.001 0.146 0.735 0.001 0.001 20 K 0.001 0.011 0.385 0.001 0.041 0.279 0.001 0.001 0.002 0.218 0.058 0.003 0.002 21 D 0.001 0.078 0.151 0.001 0.024 0.639 0.001 0.001 0.004 0.034 0.044 0.001 0.022 22 L 0.001 0.003 0.027 0.001 0.017 0.916 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.002 0.001 23 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.854 0.001 0.001 0.001 0.003 0.139 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.214 0.001 0.001 0.001 0.027 0.745 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.066 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.041 0.877 0.001 0.001 35 I 0.001 0.006 0.846 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.082 0.008 0.015 0.026 36 H 0.015 0.017 0.468 0.038 0.004 0.001 0.016 0.004 0.152 0.122 0.014 0.059 0.089 37 A 0.094 0.007 0.116 0.040 0.002 0.001 0.161 0.081 0.223 0.040 0.008 0.077 0.150 38 A 0.175 0.001 0.065 0.013 0.001 0.001 0.198 0.188 0.167 0.009 0.001 0.090 0.089 39 H 0.360 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.198 0.281 0.075 0.002 0.001 0.031 0.042 40 I 0.546 0.001 0.011 0.006 0.001 0.003 0.171 0.104 0.055 0.002 0.001 0.044 0.057 41 S 0.571 0.001 0.031 0.011 0.001 0.003 0.111 0.069 0.056 0.006 0.002 0.070 0.069 42 A 0.571 0.003 0.057 0.007 0.002 0.007 0.054 0.011 0.029 0.012 0.005 0.067 0.176 43 I 0.398 0.005 0.066 0.033 0.019 0.089 0.035 0.003 0.012 0.026 0.029 0.133 0.151 44 G 0.180 0.006 0.085 0.087 0.052 0.143 0.020 0.005 0.011 0.056 0.120 0.090 0.146 45 A 0.275 0.009 0.097 0.016 0.037 0.067 0.020 0.003 0.014 0.037 0.120 0.147 0.158 46 V 0.144 0.018 0.199 0.021 0.041 0.040 0.013 0.002 0.012 0.050 0.036 0.047 0.377 47 R 0.077 0.006 0.082 0.437 0.023 0.017 0.011 0.001 0.016 0.093 0.037 0.140 0.060 48 S 0.115 0.002 0.103 0.085 0.021 0.011 0.023 0.002 0.023 0.094 0.055 0.048 0.417 49 A 0.292 0.002 0.143 0.016 0.010 0.013 0.067 0.020 0.056 0.026 0.009 0.173 0.174 50 V 0.446 0.004 0.026 0.006 0.002 0.008 0.136 0.061 0.071 0.009 0.003 0.135 0.094 51 I 0.414 0.001 0.022 0.007 0.001 0.009 0.147 0.163 0.064 0.004 0.003 0.030 0.135 52 G 0.505 0.002 0.030 0.010 0.001 0.006 0.119 0.043 0.061 0.009 0.005 0.161 0.047 53 Y 0.191 0.010 0.158 0.009 0.002 0.005 0.047 0.005 0.088 0.048 0.008 0.121 0.309 54 Y 0.085 0.028 0.347 0.023 0.005 0.007 0.009 0.001 0.039 0.097 0.029 0.118 0.210 55 D 0.013 0.022 0.524 0.004 0.019 0.032 0.001 0.001 0.014 0.167 0.066 0.026 0.112 56 Q 0.002 0.002 0.106 0.002 0.152 0.230 0.001 0.001 0.001 0.128 0.362 0.007 0.009 57 E 0.002 0.005 0.107 0.001 0.173 0.236 0.001 0.001 0.001 0.077 0.382 0.007 0.009 58 K 0.003 0.006 0.227 0.005 0.148 0.269 0.001 0.001 0.001 0.117 0.197 0.008 0.019 59 K 0.005 0.009 0.198 0.006 0.088 0.410 0.001 0.001 0.001 0.096 0.149 0.014 0.025 60 E 0.010 0.010 0.159 0.011 0.061 0.378 0.002 0.001 0.004 0.124 0.147 0.045 0.048 61 Y 0.022 0.011 0.208 0.021 0.047 0.317 0.005 0.001 0.012 0.087 0.085 0.020 0.164 62 V 0.039 0.014 0.268 0.018 0.014 0.164 0.010 0.001 0.030 0.047 0.024 0.276 0.094 63 K 0.048 0.018 0.194 0.012 0.010 0.089 0.014 0.001 0.035 0.035 0.013 0.045 0.487 64 K 0.055 0.004 0.164 0.022 0.009 0.074 0.013 0.001 0.060 0.041 0.009 0.476 0.071 65 E 0.048 0.009 0.202 0.007 0.011 0.060 0.016 0.002 0.063 0.018 0.016 0.039 0.509 66 L 0.046 0.019 0.247 0.014 0.020 0.083 0.023 0.002 0.048 0.046 0.065 0.240 0.146 67 M 0.048 0.016 0.261 0.022 0.012 0.070 0.013 0.002 0.031 0.120 0.077 0.047 0.281 68 E 0.016 0.003 0.263 0.006 0.012 0.091 0.002 0.001 0.012 0.312 0.041 0.203 0.037 69 P 0.022 0.006 0.295 0.007 0.025 0.187 0.005 0.001 0.012 0.093 0.099 0.013 0.233 70 L 0.149 0.010 0.181 0.022 0.017 0.132 0.027 0.006 0.034 0.041 0.042 0.207 0.133 71 E 0.377 0.008 0.090 0.011 0.008 0.078 0.041 0.006 0.024 0.029 0.012 0.136 0.179 72 I 0.357 0.003 0.044 0.013 0.007 0.075 0.069 0.017 0.033 0.013 0.007 0.095 0.268 73 L 0.394 0.002 0.037 0.258 0.007 0.040 0.046 0.007 0.011 0.015 0.012 0.095 0.077 74 S 0.538 0.002 0.025 0.009 0.005 0.021 0.056 0.012 0.020 0.014 0.013 0.119 0.166 75 L 0.566 0.002 0.037 0.009 0.005 0.015 0.060 0.009 0.015 0.009 0.013 0.096 0.165 76 S 0.584 0.004 0.057 0.014 0.003 0.012 0.043 0.008 0.019 0.017 0.016 0.101 0.121 77 G 0.454 0.002 0.085 0.024 0.006 0.016 0.032 0.006 0.019 0.069 0.028 0.106 0.155 78 N 0.330 0.005 0.126 0.018 0.008 0.012 0.030 0.004 0.024 0.056 0.047 0.199 0.140 79 V 0.316 0.023 0.134 0.010 0.006 0.006 0.029 0.003 0.018 0.042 0.022 0.057 0.335 80 S 0.158 0.054 0.176 0.004 0.005 0.006 0.019 0.002 0.032 0.050 0.021 0.347 0.125 81 M 0.023 0.026 0.460 0.006 0.017 0.007 0.005 0.001 0.020 0.093 0.070 0.022 0.250 82 K 0.004 0.010 0.298 0.012 0.034 0.007 0.001 0.001 0.003 0.202 0.374 0.026 0.029 83 D 0.001 0.005 0.213 0.004 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.215 0.505 0.008 0.014 84 S 0.001 0.007 0.303 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.499 0.155 0.006 0.012 85 K 0.001 0.013 0.551 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.337 0.036 0.037 0.018 86 P 0.005 0.036 0.530 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.140 0.032 0.008 0.226 87 F 0.054 0.028 0.396 0.023 0.007 0.004 0.009 0.001 0.007 0.053 0.022 0.291 0.106 88 C 0.222 0.017 0.137 0.019 0.005 0.002 0.038 0.001 0.012 0.041 0.009 0.097 0.399 89 H 0.470 0.003 0.057 0.027 0.003 0.001 0.044 0.002 0.010 0.011 0.004 0.184 0.184 90 I 0.674 0.001 0.026 0.021 0.001 0.001 0.036 0.002 0.005 0.004 0.001 0.082 0.148 91 H 0.807 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.100 0.050 92 V 0.863 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.071 93 L 0.890 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 0.041 0.028 94 L 0.765 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.043 0.005 0.005 0.003 0.002 0.053 0.110 95 G 0.440 0.005 0.106 0.039 0.002 0.001 0.024 0.005 0.015 0.035 0.027 0.070 0.230 96 K 0.086 0.011 0.181 0.017 0.008 0.002 0.004 0.001 0.014 0.237 0.101 0.244 0.094 97 D 0.003 0.003 0.076 0.010 0.018 0.003 0.001 0.001 0.002 0.225 0.627 0.007 0.027 98 G 0.005 0.003 0.097 0.015 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.258 0.568 0.019 0.016 99 E 0.137 0.034 0.207 0.005 0.010 0.002 0.021 0.012 0.023 0.134 0.050 0.200 0.166 100 V 0.243 0.033 0.076 0.002 0.003 0.002 0.070 0.022 0.040 0.014 0.005 0.058 0.432 101 Y 0.259 0.015 0.080 0.209 0.007 0.005 0.058 0.011 0.018 0.019 0.015 0.214 0.089 102 G 0.207 0.009 0.122 0.071 0.011 0.009 0.046 0.007 0.022 0.080 0.066 0.108 0.242 103 G 0.132 0.008 0.177 0.056 0.025 0.017 0.033 0.012 0.032 0.112 0.107 0.151 0.137 104 H 0.170 0.022 0.191 0.011 0.017 0.014 0.037 0.008 0.038 0.074 0.060 0.157 0.201 105 L 0.104 0.037 0.210 0.019 0.037 0.026 0.032 0.013 0.044 0.080 0.067 0.049 0.283 106 F 0.051 0.015 0.256 0.092 0.037 0.026 0.011 0.005 0.025 0.163 0.085 0.168 0.067 107 S 0.016 0.008 0.311 0.052 0.053 0.030 0.004 0.001 0.013 0.183 0.174 0.021 0.134 108 A 0.017 0.007 0.434 0.024 0.052 0.049 0.007 0.002 0.020 0.134 0.112 0.061 0.081 109 E 0.069 0.032 0.295 0.028 0.023 0.033 0.019 0.004 0.041 0.104 0.034 0.110 0.207 110 V 0.103 0.016 0.150 0.023 0.015 0.037 0.042 0.010 0.089 0.089 0.028 0.205 0.191 111 F 0.143 0.011 0.152 0.094 0.009 0.015 0.071 0.009 0.078 0.045 0.036 0.125 0.214 112 A 0.233 0.005 0.161 0.049 0.004 0.005 0.074 0.010 0.061 0.033 0.018 0.063 0.285 113 C 0.346 0.002 0.073 0.010 0.002 0.004 0.063 0.009 0.052 0.025 0.002 0.319 0.093 114 E 0.458 0.001 0.039 0.027 0.002 0.004 0.110 0.016 0.054 0.010 0.001 0.065 0.212 115 V 0.607 0.001 0.015 0.010 0.001 0.005 0.140 0.024 0.038 0.001 0.001 0.059 0.097 116 F 0.599 0.001 0.011 0.003 0.001 0.005 0.140 0.024 0.041 0.001 0.001 0.117 0.055 117 V 0.418 0.003 0.043 0.008 0.001 0.003 0.131 0.013 0.063 0.006 0.002 0.029 0.280 118 L 0.094 0.004 0.160 0.021 0.002 0.004 0.018 0.002 0.092 0.046 0.005 0.502 0.051 119 P 0.014 0.014 0.357 0.006 0.004 0.003 0.005 0.001 0.051 0.069 0.020 0.012 0.443 120 L 0.004 0.030 0.532 0.023 0.025 0.010 0.002 0.001 0.022 0.136 0.088 0.084 0.044 121 S 0.001 0.016 0.270 0.009 0.042 0.017 0.001 0.001 0.005 0.300 0.297 0.012 0.030 122 G 0.001 0.004 0.285 0.003 0.043 0.016 0.001 0.001 0.001 0.380 0.250 0.007 0.010 123 E 0.001 0.017 0.397 0.008 0.046 0.031 0.001 0.001 0.003 0.294 0.177 0.007 0.018 124 A 0.002 0.031 0.629 0.003 0.026 0.034 0.001 0.001 0.005 0.142 0.082 0.020 0.025 125 P 0.005 0.034 0.607 0.004 0.049 0.053 0.002 0.001 0.007 0.064 0.076 0.017 0.082 126 E 0.027 0.035 0.460 0.011 0.094 0.061 0.005 0.001 0.010 0.075 0.085 0.056 0.081 127 R 0.030 0.017 0.256 0.004 0.081 0.062 0.003 0.001 0.011 0.228 0.052 0.111 0.144 128 A 0.022 0.025 0.468 0.004 0.027 0.055 0.003 0.001 0.013 0.066 0.044 0.088 0.184 129 F 0.016 0.107 0.539 0.005 0.004 0.038 0.003 0.001 0.007 0.106 0.024 0.042 0.110 130 D 0.001 0.021 0.856 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.070 0.003 0.008 0.025 131 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.186 0.398 0.001 0.001 0.001 0.021 0.381 0.001 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.215 0.192 0.001 0.001 0.001 0.014 0.570 0.001 0.001 133 T 0.001 0.002 0.011 0.003 0.187 0.240 0.001 0.001 0.001 0.023 0.530 0.001 0.001 134 G 0.004 0.021 0.197 0.005 0.050 0.165 0.001 0.001 0.005 0.107 0.420 0.011 0.014 135 L 0.016 0.022 0.507 0.013 0.023 0.088 0.005 0.001 0.014 0.088 0.034 0.023 0.166 136 F 0.058 0.076 0.216 0.033 0.044 0.080 0.015 0.004 0.065 0.061 0.031 0.139 0.178 137 L 0.077 0.032 0.185 0.036 0.051 0.135 0.032 0.008 0.049 0.040 0.028 0.070 0.257 138 W 0.045 0.017 0.307 0.047 0.048 0.132 0.026 0.005 0.057 0.063 0.058 0.096 0.100 139 L 0.045 0.022 0.320 0.008 0.035 0.086 0.014 0.003 0.049 0.087 0.050 0.157 0.124 140 E 0.027 0.025 0.363 0.010 0.051 0.085 0.006 0.001 0.015 0.095 0.094 0.024 0.205 141 H 0.010 0.012 0.442 0.006 0.054 0.057 0.003 0.001 0.007 0.140 0.139 0.098 0.030 142 H 0.006 0.016 0.350 0.004 0.074 0.058 0.001 0.001 0.003 0.218 0.206 0.012 0.052 143 H 0.001 0.009 0.598 0.004 0.047 0.028 0.001 0.001 0.001 0.168 0.116 0.010 0.016 144 H 0.001 0.009 0.557 0.001 0.039 0.024 0.001 0.001 0.001 0.162 0.179 0.008 0.019 145 H 0.001 0.010 0.720 0.001 0.018 0.023 0.001 0.001 0.001 0.096 0.114 0.005 0.010 146 H 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002