# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.012 0.002 0.042 0.205 0.108 0.097 0.005 0.001 0.035 0.474 2 K 0.027 0.018 0.002 0.071 0.107 0.145 0.098 0.003 0.001 0.037 0.490 3 V 0.022 0.014 0.002 0.043 0.068 0.095 0.070 0.004 0.001 0.034 0.648 4 F 0.094 0.051 0.003 0.076 0.083 0.095 0.090 0.008 0.002 0.066 0.432 5 E 0.085 0.028 0.010 0.034 0.032 0.043 0.103 0.007 0.005 0.068 0.583 6 F 0.072 0.004 0.004 0.037 0.035 0.058 0.089 0.005 0.003 0.050 0.643 7 E 0.184 0.005 0.002 0.031 0.043 0.060 0.106 0.004 0.001 0.060 0.503 8 V 0.017 0.001 0.001 0.039 0.026 0.067 0.161 0.001 0.001 0.032 0.654 9 G 0.004 0.001 0.001 0.046 0.073 0.148 0.139 0.001 0.001 0.044 0.543 10 K 0.001 0.001 0.001 0.100 0.248 0.309 0.079 0.001 0.001 0.066 0.195 11 G 0.001 0.001 0.001 0.130 0.153 0.362 0.045 0.001 0.001 0.051 0.257 12 F 0.001 0.001 0.001 0.107 0.335 0.478 0.006 0.001 0.001 0.041 0.032 13 L 0.001 0.001 0.001 0.131 0.305 0.406 0.011 0.001 0.001 0.054 0.090 14 L 0.001 0.001 0.001 0.175 0.417 0.325 0.008 0.001 0.001 0.034 0.040 15 R 0.007 0.001 0.001 0.172 0.213 0.368 0.038 0.001 0.001 0.090 0.108 16 L 0.056 0.005 0.002 0.125 0.141 0.164 0.071 0.002 0.003 0.083 0.348 17 D 0.252 0.061 0.002 0.033 0.033 0.050 0.094 0.010 0.003 0.108 0.353 18 Y 0.040 0.206 0.003 0.010 0.004 0.007 0.078 0.005 0.001 0.075 0.571 19 G 0.023 0.687 0.002 0.003 0.004 0.007 0.026 0.006 0.001 0.027 0.215 20 K 0.019 0.757 0.001 0.003 0.008 0.007 0.018 0.002 0.001 0.074 0.109 21 D 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.024 0.019 22 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 23 V 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.006 24 R 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.005 25 Q 0.001 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.007 26 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 27 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 28 E 0.009 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.034 0.024 29 F 0.023 0.681 0.035 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.023 0.183 0.033 30 L 0.063 0.051 0.362 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.350 0.104 0.048 31 E 0.545 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 0.010 0.006 0.030 0.338 32 E 0.049 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.017 0.878 33 K 0.015 0.005 0.002 0.009 0.001 0.003 0.111 0.001 0.001 0.025 0.827 34 G 0.011 0.009 0.001 0.018 0.005 0.019 0.128 0.002 0.001 0.049 0.757 35 I 0.022 0.009 0.001 0.023 0.021 0.028 0.121 0.002 0.001 0.088 0.685 36 H 0.014 0.022 0.001 0.257 0.060 0.126 0.085 0.002 0.001 0.118 0.316 37 A 0.008 0.012 0.001 0.167 0.046 0.099 0.082 0.001 0.001 0.088 0.497 38 A 0.002 0.006 0.001 0.491 0.146 0.158 0.035 0.001 0.001 0.055 0.105 39 H 0.009 0.005 0.001 0.368 0.124 0.178 0.038 0.001 0.001 0.127 0.148 40 I 0.009 0.005 0.002 0.368 0.178 0.181 0.040 0.001 0.001 0.048 0.168 41 S 0.030 0.013 0.002 0.191 0.126 0.249 0.075 0.003 0.001 0.061 0.249 42 A 0.052 0.020 0.003 0.090 0.124 0.209 0.095 0.007 0.002 0.073 0.325 43 I 0.045 0.030 0.004 0.080 0.105 0.184 0.104 0.006 0.003 0.067 0.372 44 G 0.070 0.012 0.008 0.052 0.110 0.202 0.109 0.003 0.004 0.105 0.324 45 A 0.035 0.015 0.003 0.051 0.155 0.226 0.104 0.005 0.001 0.064 0.340 46 V 0.056 0.012 0.004 0.041 0.088 0.159 0.118 0.004 0.002 0.053 0.464 47 R 0.012 0.012 0.002 0.075 0.194 0.310 0.082 0.003 0.001 0.048 0.262 48 S 0.008 0.006 0.001 0.069 0.142 0.338 0.079 0.002 0.001 0.078 0.277 49 A 0.003 0.005 0.001 0.124 0.279 0.325 0.043 0.002 0.001 0.051 0.166 50 V 0.009 0.004 0.001 0.187 0.206 0.338 0.042 0.001 0.001 0.065 0.147 51 I 0.007 0.002 0.001 0.145 0.256 0.300 0.041 0.001 0.001 0.042 0.205 52 G 0.006 0.005 0.001 0.166 0.144 0.300 0.068 0.001 0.001 0.045 0.264 53 Y 0.078 0.025 0.003 0.065 0.122 0.183 0.095 0.004 0.003 0.072 0.349 54 Y 0.066 0.059 0.006 0.035 0.054 0.091 0.120 0.007 0.006 0.065 0.491 55 D 0.159 0.091 0.010 0.007 0.017 0.029 0.075 0.007 0.009 0.042 0.554 56 Q 0.227 0.066 0.009 0.005 0.017 0.021 0.061 0.009 0.005 0.046 0.535 57 E 0.172 0.048 0.003 0.002 0.011 0.015 0.059 0.008 0.001 0.036 0.645 58 K 0.149 0.069 0.003 0.004 0.009 0.016 0.056 0.006 0.001 0.032 0.654 59 K 0.071 0.034 0.003 0.007 0.031 0.042 0.093 0.005 0.001 0.031 0.682 60 E 0.038 0.027 0.002 0.012 0.066 0.090 0.097 0.004 0.001 0.027 0.637 61 Y 0.054 0.036 0.001 0.019 0.074 0.073 0.098 0.004 0.001 0.033 0.609 62 V 0.024 0.037 0.001 0.042 0.151 0.141 0.116 0.005 0.001 0.035 0.449 63 K 0.018 0.031 0.003 0.056 0.092 0.157 0.115 0.005 0.001 0.034 0.488 64 K 0.039 0.011 0.003 0.064 0.178 0.174 0.071 0.008 0.001 0.050 0.402 65 E 0.056 0.005 0.002 0.084 0.105 0.144 0.082 0.002 0.001 0.075 0.444 66 L 0.024 0.007 0.002 0.091 0.066 0.100 0.093 0.002 0.001 0.046 0.569 67 M 0.021 0.026 0.002 0.081 0.045 0.074 0.126 0.003 0.001 0.042 0.580 68 E 0.034 0.050 0.003 0.068 0.111 0.110 0.118 0.006 0.001 0.072 0.426 69 P 0.018 0.052 0.001 0.119 0.141 0.167 0.093 0.004 0.001 0.090 0.314 70 L 0.016 0.045 0.003 0.115 0.111 0.147 0.088 0.003 0.001 0.099 0.372 71 E 0.015 0.030 0.002 0.291 0.188 0.201 0.047 0.003 0.001 0.112 0.109 72 I 0.016 0.010 0.002 0.262 0.099 0.168 0.061 0.001 0.001 0.158 0.220 73 L 0.007 0.008 0.003 0.403 0.165 0.181 0.045 0.001 0.001 0.065 0.121 74 S 0.051 0.008 0.004 0.241 0.074 0.169 0.105 0.003 0.002 0.102 0.241 75 L 0.041 0.010 0.003 0.179 0.108 0.180 0.102 0.006 0.002 0.099 0.270 76 S 0.048 0.014 0.002 0.076 0.037 0.109 0.143 0.004 0.001 0.073 0.493 77 G 0.025 0.009 0.001 0.087 0.088 0.192 0.138 0.006 0.001 0.079 0.374 78 N 0.027 0.008 0.001 0.051 0.099 0.183 0.124 0.001 0.001 0.069 0.437 79 V 0.007 0.005 0.002 0.049 0.112 0.183 0.110 0.001 0.001 0.045 0.484 80 S 0.086 0.018 0.009 0.033 0.050 0.084 0.128 0.005 0.007 0.076 0.505 81 M 0.318 0.010 0.005 0.008 0.014 0.022 0.072 0.020 0.003 0.105 0.423 82 K 0.253 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.066 0.003 0.001 0.045 0.616 83 D 0.016 0.001 0.001 0.008 0.006 0.015 0.102 0.001 0.001 0.024 0.825 84 S 0.021 0.002 0.001 0.009 0.016 0.019 0.130 0.001 0.001 0.034 0.767 85 K 0.019 0.001 0.001 0.014 0.083 0.050 0.168 0.005 0.001 0.056 0.603 86 P 0.008 0.001 0.001 0.050 0.053 0.085 0.161 0.001 0.001 0.039 0.601 87 F 0.003 0.001 0.001 0.118 0.114 0.265 0.101 0.001 0.001 0.068 0.328 88 C 0.001 0.001 0.001 0.291 0.136 0.282 0.054 0.001 0.001 0.083 0.152 89 H 0.001 0.001 0.001 0.332 0.171 0.325 0.022 0.001 0.001 0.073 0.076 90 I 0.001 0.001 0.001 0.250 0.268 0.370 0.009 0.001 0.001 0.052 0.051 91 H 0.001 0.001 0.001 0.200 0.264 0.415 0.010 0.001 0.001 0.044 0.067 92 V 0.001 0.001 0.001 0.198 0.281 0.423 0.009 0.001 0.001 0.042 0.046 93 L 0.002 0.001 0.001 0.144 0.267 0.429 0.018 0.001 0.001 0.094 0.046 94 L 0.008 0.001 0.002 0.139 0.238 0.345 0.042 0.001 0.002 0.072 0.152 95 G 0.203 0.001 0.002 0.044 0.066 0.162 0.095 0.005 0.004 0.085 0.334 96 K 0.224 0.001 0.001 0.014 0.008 0.011 0.091 0.003 0.001 0.051 0.595 97 D 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.017 0.148 0.002 0.001 0.022 0.795 98 G 0.004 0.001 0.001 0.027 0.070 0.124 0.187 0.003 0.001 0.072 0.512 99 E 0.005 0.001 0.001 0.078 0.219 0.270 0.074 0.001 0.001 0.116 0.235 100 V 0.003 0.002 0.001 0.098 0.183 0.251 0.049 0.001 0.001 0.054 0.360 101 Y 0.005 0.005 0.001 0.074 0.232 0.407 0.041 0.001 0.001 0.058 0.176 102 G 0.016 0.009 0.001 0.097 0.166 0.323 0.055 0.003 0.001 0.126 0.203 103 G 0.033 0.005 0.002 0.093 0.177 0.285 0.068 0.002 0.001 0.127 0.208 104 H 0.024 0.004 0.003 0.076 0.167 0.275 0.101 0.002 0.002 0.069 0.277 105 L 0.064 0.002 0.004 0.052 0.104 0.172 0.114 0.003 0.003 0.062 0.419 106 F 0.179 0.007 0.003 0.027 0.059 0.078 0.109 0.012 0.002 0.072 0.452 107 S 0.061 0.004 0.001 0.011 0.018 0.036 0.123 0.003 0.001 0.040 0.701 108 A 0.011 0.002 0.001 0.019 0.055 0.108 0.130 0.003 0.001 0.045 0.627 109 E 0.014 0.001 0.001 0.038 0.081 0.115 0.117 0.002 0.001 0.067 0.564 110 V 0.013 0.001 0.002 0.063 0.076 0.083 0.087 0.001 0.001 0.045 0.630 111 F 0.009 0.001 0.001 0.132 0.145 0.105 0.092 0.001 0.001 0.040 0.474 112 A 0.004 0.001 0.001 0.169 0.063 0.065 0.101 0.001 0.001 0.028 0.569 113 C 0.001 0.001 0.001 0.550 0.085 0.073 0.048 0.001 0.001 0.036 0.206 114 E 0.001 0.001 0.001 0.751 0.073 0.091 0.012 0.001 0.001 0.030 0.042 115 V 0.001 0.001 0.001 0.692 0.082 0.057 0.012 0.001 0.001 0.018 0.138 116 F 0.001 0.001 0.001 0.826 0.072 0.062 0.006 0.001 0.001 0.011 0.022 117 V 0.003 0.001 0.001 0.735 0.031 0.055 0.024 0.001 0.001 0.050 0.101 118 L 0.005 0.001 0.001 0.702 0.046 0.067 0.042 0.001 0.001 0.051 0.085 119 P 0.035 0.002 0.002 0.226 0.020 0.063 0.159 0.002 0.002 0.064 0.425 120 L 0.228 0.005 0.002 0.063 0.019 0.024 0.148 0.006 0.002 0.075 0.428 121 S 0.073 0.005 0.001 0.017 0.009 0.013 0.128 0.004 0.001 0.051 0.698 122 G 0.032 0.010 0.001 0.009 0.008 0.018 0.155 0.003 0.001 0.031 0.732 123 E 0.044 0.029 0.002 0.012 0.039 0.055 0.160 0.012 0.001 0.049 0.599 124 A 0.201 0.085 0.004 0.015 0.027 0.037 0.121 0.017 0.002 0.080 0.412 125 P 0.200 0.062 0.003 0.019 0.032 0.063 0.119 0.013 0.001 0.058 0.429 126 E 0.066 0.025 0.001 0.023 0.028 0.076 0.135 0.004 0.001 0.038 0.605 127 R 0.019 0.012 0.001 0.027 0.038 0.056 0.134 0.001 0.001 0.028 0.684 128 A 0.011 0.014 0.002 0.023 0.039 0.056 0.164 0.002 0.001 0.027 0.661 129 F 0.053 0.031 0.003 0.017 0.025 0.028 0.116 0.009 0.002 0.066 0.649 130 D 0.288 0.092 0.011 0.012 0.007 0.009 0.082 0.010 0.005 0.167 0.315 131 E 0.237 0.069 0.006 0.010 0.006 0.009 0.079 0.008 0.002 0.083 0.491 132 Q 0.140 0.040 0.002 0.012 0.011 0.022 0.096 0.004 0.001 0.038 0.633 133 T 0.039 0.057 0.001 0.022 0.046 0.070 0.124 0.005 0.001 0.037 0.598 134 G 0.059 0.058 0.003 0.035 0.045 0.081 0.131 0.011 0.001 0.060 0.516 135 L 0.065 0.073 0.002 0.043 0.116 0.115 0.118 0.012 0.001 0.039 0.416 136 F 0.087 0.041 0.002 0.054 0.085 0.174 0.097 0.004 0.001 0.041 0.414 137 L 0.022 0.029 0.002 0.070 0.102 0.187 0.095 0.003 0.001 0.041 0.448 138 W 0.023 0.041 0.004 0.067 0.090 0.171 0.115 0.004 0.002 0.044 0.437 139 L 0.144 0.046 0.008 0.030 0.091 0.109 0.089 0.009 0.005 0.071 0.398 140 E 0.097 0.024 0.004 0.017 0.041 0.072 0.085 0.005 0.002 0.056 0.597 141 H 0.056 0.018 0.005 0.010 0.015 0.034 0.083 0.004 0.003 0.040 0.733 142 H 0.133 0.013 0.005 0.008 0.011 0.016 0.065 0.006 0.002 0.051 0.689 143 H 0.120 0.006 0.001 0.004 0.012 0.013 0.072 0.004 0.001 0.053 0.715 144 H 0.017 0.002 0.001 0.005 0.010 0.015 0.077 0.001 0.001 0.020 0.853 145 H 0.023 0.005 0.001 0.008 0.015 0.016 0.104 0.002 0.001 0.022 0.803 146 H 0.041 0.006 0.001 0.010 0.038 0.031 0.148 0.009 0.001 0.040 0.677