# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.020 0.025 0.101 0.140 0.105 0.039 0.543 2 K 0.053 0.045 0.029 0.121 0.197 0.089 0.062 0.404 3 V 0.036 0.034 0.026 0.091 0.126 0.084 0.051 0.552 4 F 0.061 0.042 0.029 0.165 0.178 0.070 0.077 0.379 5 E 0.040 0.019 0.032 0.107 0.144 0.077 0.111 0.471 6 F 0.098 0.013 0.025 0.077 0.113 0.100 0.075 0.499 7 E 0.178 0.009 0.018 0.081 0.107 0.069 0.070 0.468 8 V 0.021 0.003 0.018 0.025 0.080 0.135 0.034 0.684 9 G 0.024 0.003 0.042 0.046 0.148 0.108 0.043 0.586 10 K 0.022 0.002 0.044 0.173 0.245 0.124 0.049 0.341 11 G 0.002 0.001 0.073 0.107 0.283 0.067 0.039 0.428 12 F 0.001 0.001 0.146 0.277 0.506 0.014 0.018 0.037 13 L 0.001 0.001 0.203 0.268 0.402 0.010 0.021 0.095 14 L 0.001 0.001 0.313 0.391 0.235 0.008 0.011 0.040 15 R 0.002 0.001 0.320 0.222 0.336 0.017 0.029 0.071 16 L 0.049 0.008 0.171 0.106 0.112 0.087 0.035 0.433 17 D 0.426 0.045 0.071 0.066 0.040 0.067 0.078 0.207 18 Y 0.039 0.235 0.008 0.004 0.010 0.080 0.011 0.613 19 G 0.038 0.562 0.007 0.002 0.007 0.029 0.040 0.315 20 K 0.027 0.776 0.009 0.016 0.006 0.017 0.094 0.054 21 D 0.015 0.896 0.004 0.003 0.002 0.009 0.037 0.034 22 L 0.031 0.941 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 23 V 0.031 0.878 0.003 0.001 0.001 0.004 0.067 0.015 24 R 0.006 0.809 0.002 0.001 0.001 0.005 0.115 0.062 25 Q 0.006 0.912 0.002 0.001 0.001 0.004 0.057 0.017 26 I 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.005 27 E 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.013 28 E 0.008 0.950 0.005 0.001 0.001 0.003 0.012 0.021 29 F 0.066 0.755 0.027 0.003 0.002 0.014 0.092 0.041 30 L 0.143 0.100 0.150 0.007 0.003 0.028 0.462 0.107 31 E 0.441 0.101 0.014 0.002 0.002 0.031 0.065 0.345 32 E 0.090 0.022 0.011 0.001 0.001 0.040 0.032 0.804 33 K 0.009 0.019 0.025 0.005 0.008 0.137 0.020 0.777 34 G 0.031 0.021 0.021 0.006 0.017 0.088 0.074 0.742 35 I 0.054 0.030 0.051 0.034 0.017 0.150 0.100 0.563 36 H 0.037 0.046 0.146 0.041 0.076 0.105 0.119 0.430 37 A 0.008 0.017 0.099 0.036 0.082 0.100 0.124 0.535 38 A 0.003 0.012 0.506 0.116 0.182 0.039 0.064 0.078 39 H 0.008 0.021 0.379 0.126 0.234 0.028 0.091 0.113 40 I 0.004 0.015 0.396 0.219 0.194 0.027 0.046 0.099 41 S 0.018 0.023 0.374 0.140 0.217 0.043 0.057 0.127 42 A 0.058 0.054 0.122 0.147 0.179 0.080 0.100 0.260 43 I 0.038 0.051 0.102 0.061 0.141 0.104 0.067 0.435 44 G 0.026 0.025 0.097 0.134 0.194 0.089 0.153 0.281 45 A 0.025 0.035 0.072 0.111 0.192 0.090 0.178 0.297 46 V 0.066 0.025 0.099 0.091 0.125 0.088 0.152 0.354 47 R 0.055 0.021 0.053 0.130 0.194 0.113 0.063 0.371 48 S 0.011 0.008 0.065 0.045 0.146 0.090 0.057 0.577 49 A 0.009 0.005 0.127 0.157 0.343 0.088 0.048 0.223 50 V 0.014 0.004 0.143 0.244 0.370 0.037 0.054 0.133 51 I 0.007 0.005 0.096 0.219 0.280 0.049 0.026 0.318 52 G 0.010 0.008 0.195 0.206 0.294 0.056 0.027 0.204 53 Y 0.030 0.015 0.080 0.177 0.170 0.095 0.059 0.374 54 Y 0.077 0.031 0.071 0.052 0.052 0.101 0.072 0.544 55 D 0.382 0.078 0.018 0.023 0.026 0.068 0.066 0.339 56 Q 0.156 0.054 0.011 0.009 0.012 0.090 0.049 0.619 57 E 0.078 0.058 0.009 0.011 0.018 0.083 0.041 0.702 58 K 0.086 0.064 0.008 0.016 0.028 0.093 0.068 0.637 59 K 0.060 0.059 0.014 0.034 0.050 0.100 0.069 0.614 60 E 0.067 0.046 0.019 0.050 0.102 0.085 0.067 0.564 61 Y 0.037 0.022 0.025 0.064 0.091 0.092 0.062 0.606 62 V 0.026 0.021 0.036 0.122 0.199 0.089 0.062 0.446 63 K 0.019 0.008 0.042 0.083 0.177 0.072 0.055 0.545 64 K 0.031 0.007 0.038 0.212 0.245 0.069 0.042 0.356 65 E 0.038 0.007 0.048 0.110 0.155 0.084 0.074 0.486 66 L 0.014 0.009 0.026 0.092 0.140 0.103 0.028 0.586 67 M 0.025 0.011 0.024 0.035 0.062 0.078 0.027 0.737 68 E 0.091 0.093 0.026 0.116 0.094 0.092 0.072 0.416 69 P 0.048 0.088 0.043 0.054 0.147 0.101 0.075 0.444 70 L 0.018 0.049 0.058 0.129 0.224 0.067 0.161 0.296 71 E 0.011 0.038 0.090 0.263 0.330 0.042 0.080 0.146 72 I 0.010 0.015 0.130 0.179 0.333 0.050 0.093 0.190 73 L 0.009 0.010 0.165 0.240 0.366 0.040 0.061 0.109 74 S 0.035 0.009 0.194 0.166 0.302 0.044 0.099 0.151 75 L 0.027 0.009 0.077 0.163 0.229 0.095 0.062 0.338 76 S 0.021 0.006 0.063 0.081 0.201 0.093 0.043 0.492 77 G 0.035 0.008 0.061 0.113 0.179 0.119 0.055 0.429 78 N 0.023 0.008 0.077 0.113 0.158 0.109 0.060 0.453 79 V 0.021 0.003 0.052 0.102 0.117 0.090 0.045 0.570 80 S 0.082 0.005 0.046 0.090 0.091 0.096 0.125 0.466 81 M 0.269 0.004 0.013 0.024 0.027 0.083 0.052 0.528 82 K 0.103 0.002 0.007 0.011 0.018 0.094 0.026 0.739 83 D 0.016 0.001 0.005 0.007 0.017 0.082 0.012 0.859 84 S 0.037 0.004 0.013 0.018 0.048 0.123 0.035 0.722 85 K 0.037 0.006 0.031 0.072 0.071 0.138 0.065 0.579 86 P 0.027 0.012 0.054 0.071 0.146 0.104 0.058 0.530 87 F 0.015 0.010 0.103 0.079 0.145 0.107 0.074 0.468 88 C 0.007 0.012 0.251 0.164 0.282 0.063 0.048 0.173 89 H 0.005 0.016 0.246 0.111 0.293 0.047 0.075 0.208 90 I 0.003 0.010 0.249 0.248 0.314 0.030 0.059 0.087 91 H 0.007 0.009 0.292 0.229 0.308 0.022 0.081 0.053 92 V 0.007 0.005 0.241 0.288 0.292 0.028 0.059 0.081 93 L 0.008 0.004 0.249 0.200 0.360 0.030 0.048 0.100 94 L 0.012 0.002 0.149 0.211 0.371 0.046 0.090 0.119 95 G 0.070 0.002 0.093 0.063 0.131 0.135 0.095 0.411 96 K 0.286 0.003 0.015 0.041 0.051 0.101 0.045 0.458 97 D 0.013 0.002 0.008 0.006 0.023 0.153 0.011 0.784 98 G 0.006 0.002 0.049 0.026 0.136 0.174 0.032 0.575 99 E 0.011 0.004 0.113 0.230 0.234 0.094 0.064 0.249 100 V 0.017 0.006 0.106 0.155 0.103 0.074 0.049 0.490 101 Y 0.038 0.015 0.175 0.166 0.175 0.064 0.058 0.310 102 G 0.050 0.020 0.108 0.087 0.172 0.078 0.077 0.407 103 G 0.031 0.013 0.135 0.156 0.190 0.061 0.095 0.319 104 H 0.019 0.015 0.085 0.207 0.281 0.067 0.071 0.257 105 L 0.026 0.010 0.096 0.106 0.185 0.091 0.110 0.376 106 F 0.156 0.013 0.053 0.124 0.144 0.086 0.078 0.347 107 S 0.165 0.015 0.013 0.033 0.082 0.078 0.062 0.552 108 A 0.013 0.005 0.028 0.044 0.131 0.110 0.037 0.633 109 E 0.007 0.002 0.064 0.136 0.524 0.056 0.060 0.151 110 V 0.005 0.001 0.081 0.194 0.219 0.052 0.094 0.353 111 F 0.005 0.001 0.226 0.311 0.266 0.044 0.028 0.118 112 A 0.005 0.001 0.158 0.092 0.223 0.052 0.066 0.403 113 C 0.003 0.001 0.211 0.262 0.290 0.049 0.044 0.140 114 E 0.002 0.001 0.366 0.146 0.351 0.019 0.042 0.073 115 V 0.002 0.001 0.204 0.281 0.298 0.023 0.031 0.160 116 F 0.001 0.001 0.463 0.192 0.243 0.015 0.014 0.072 117 V 0.007 0.002 0.226 0.159 0.185 0.063 0.044 0.316 118 L 0.026 0.004 0.277 0.202 0.131 0.070 0.100 0.190 119 P 0.213 0.011 0.056 0.024 0.036 0.112 0.051 0.497 120 L 0.448 0.014 0.022 0.011 0.014 0.074 0.052 0.364 121 S 0.048 0.012 0.010 0.007 0.013 0.109 0.016 0.786 122 G 0.021 0.019 0.008 0.007 0.019 0.102 0.020 0.803 123 E 0.055 0.066 0.012 0.029 0.029 0.118 0.036 0.654 124 A 0.229 0.117 0.023 0.048 0.049 0.086 0.109 0.340 125 P 0.189 0.087 0.016 0.032 0.042 0.065 0.043 0.527 126 E 0.072 0.058 0.024 0.051 0.088 0.079 0.036 0.591 127 R 0.057 0.102 0.014 0.024 0.037 0.112 0.019 0.635 128 A 0.022 0.063 0.018 0.042 0.067 0.132 0.036 0.621 129 F 0.024 0.019 0.011 0.012 0.013 0.095 0.185 0.640 130 D 0.266 0.225 0.006 0.009 0.006 0.025 0.411 0.053 131 E 0.300 0.277 0.005 0.004 0.007 0.055 0.032 0.321 132 Q 0.086 0.107 0.011 0.008 0.018 0.079 0.028 0.661 133 T 0.032 0.109 0.021 0.018 0.041 0.129 0.045 0.605 134 G 0.068 0.171 0.025 0.035 0.075 0.125 0.109 0.391 135 L 0.131 0.160 0.038 0.059 0.064 0.097 0.053 0.398 136 F 0.076 0.139 0.050 0.073 0.086 0.093 0.051 0.432 137 L 0.017 0.073 0.081 0.049 0.103 0.084 0.065 0.527 138 W 0.082 0.107 0.105 0.099 0.118 0.082 0.101 0.306 139 L 0.198 0.086 0.069 0.085 0.069 0.071 0.094 0.326 140 E 0.102 0.041 0.027 0.025 0.034 0.085 0.042 0.645 141 H 0.133 0.024 0.022 0.020 0.024 0.089 0.065 0.623 142 H 0.099 0.013 0.012 0.011 0.013 0.106 0.039 0.707 143 H 0.127 0.008 0.009 0.008 0.012 0.081 0.032 0.723 144 H 0.071 0.007 0.008 0.009 0.013 0.104 0.034 0.752 145 H 0.033 0.008 0.014 0.012 0.024 0.119 0.037 0.754 146 H 0.037 0.009 0.021 0.024 0.045 0.111 0.042 0.710