# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.288 0.106 0.064 0.093 0.070 0.068 0.087 0.067 0.075 0.051 0.032 2 K 0.241 0.268 0.083 0.171 0.104 0.060 0.040 0.016 0.010 0.005 0.003 3 V 0.071 0.077 0.046 0.117 0.116 0.118 0.140 0.111 0.099 0.066 0.038 4 F 0.204 0.215 0.081 0.164 0.113 0.075 0.066 0.032 0.026 0.014 0.009 5 E 0.128 0.133 0.115 0.227 0.149 0.098 0.074 0.034 0.022 0.012 0.006 6 F 0.135 0.070 0.035 0.106 0.087 0.091 0.131 0.099 0.110 0.083 0.054 7 E 0.286 0.233 0.119 0.177 0.087 0.045 0.028 0.011 0.008 0.004 0.002 8 V 0.175 0.133 0.056 0.150 0.094 0.091 0.113 0.066 0.060 0.040 0.021 9 G 0.223 0.117 0.051 0.105 0.092 0.086 0.100 0.071 0.071 0.051 0.034 10 K 0.047 0.119 0.086 0.267 0.191 0.119 0.093 0.037 0.024 0.011 0.005 11 G 0.017 0.029 0.028 0.090 0.106 0.122 0.153 0.136 0.142 0.112 0.064 12 F 0.009 0.016 0.022 0.068 0.086 0.114 0.216 0.166 0.151 0.097 0.054 13 L 0.008 0.012 0.017 0.056 0.062 0.081 0.168 0.167 0.183 0.142 0.104 14 L 0.001 0.002 0.005 0.010 0.015 0.024 0.084 0.131 0.237 0.249 0.242 15 R 0.011 0.047 0.058 0.216 0.206 0.155 0.163 0.070 0.048 0.019 0.008 16 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.064 0.127 0.249 0.265 0.267 17 D 0.164 0.244 0.125 0.238 0.123 0.058 0.034 0.008 0.004 0.001 0.001 18 Y 0.074 0.255 0.076 0.201 0.144 0.107 0.093 0.027 0.014 0.006 0.003 19 G 0.236 0.173 0.066 0.174 0.132 0.088 0.065 0.026 0.020 0.012 0.008 20 K 0.344 0.297 0.087 0.163 0.070 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.083 0.160 0.108 0.264 0.177 0.113 0.070 0.019 0.006 0.001 0.001 22 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.013 0.039 0.157 0.190 0.255 0.195 0.138 23 V 0.002 0.004 0.025 0.052 0.110 0.225 0.356 0.120 0.067 0.028 0.010 24 R 0.019 0.057 0.635 0.213 0.051 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.003 0.023 0.052 0.110 0.213 0.331 0.154 0.075 0.029 0.009 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.074 0.231 0.326 0.341 27 E 0.001 0.001 0.046 0.122 0.254 0.310 0.210 0.038 0.014 0.004 0.001 28 E 0.001 0.016 0.618 0.233 0.085 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 0.064 0.340 0.228 0.194 0.106 0.045 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.048 0.108 0.232 0.307 0.295 31 E 0.001 0.013 0.294 0.295 0.242 0.102 0.041 0.008 0.003 0.001 0.001 32 E 0.004 0.039 0.502 0.186 0.126 0.092 0.039 0.007 0.003 0.001 0.001 33 K 0.013 0.016 0.014 0.043 0.063 0.149 0.365 0.160 0.103 0.053 0.020 34 G 0.520 0.247 0.067 0.100 0.034 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 35 I 0.004 0.009 0.012 0.033 0.050 0.074 0.161 0.169 0.203 0.166 0.118 36 H 0.071 0.171 0.100 0.245 0.193 0.133 0.064 0.014 0.006 0.002 0.001 37 A 0.006 0.011 0.008 0.042 0.062 0.114 0.247 0.182 0.160 0.101 0.069 38 A 0.008 0.005 0.005 0.013 0.017 0.031 0.103 0.148 0.225 0.227 0.219 39 H 0.009 0.026 0.028 0.087 0.093 0.117 0.198 0.140 0.139 0.096 0.068 40 I 0.002 0.005 0.008 0.009 0.008 0.011 0.042 0.079 0.190 0.292 0.353 41 S 0.005 0.016 0.027 0.084 0.094 0.106 0.193 0.161 0.145 0.099 0.069 42 A 0.007 0.010 0.011 0.019 0.016 0.022 0.075 0.123 0.223 0.258 0.236 43 I 0.013 0.029 0.037 0.125 0.131 0.148 0.194 0.108 0.098 0.071 0.046 44 G 0.026 0.028 0.033 0.073 0.079 0.117 0.181 0.141 0.139 0.112 0.070 45 A 0.028 0.048 0.040 0.120 0.109 0.111 0.174 0.115 0.108 0.079 0.067 46 V 0.008 0.009 0.009 0.019 0.016 0.018 0.045 0.081 0.179 0.257 0.358 47 R 0.031 0.051 0.043 0.180 0.202 0.191 0.175 0.067 0.038 0.015 0.006 48 S 0.069 0.184 0.132 0.319 0.169 0.074 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.032 0.091 0.248 0.311 0.308 50 V 0.015 0.062 0.044 0.214 0.230 0.196 0.153 0.046 0.025 0.010 0.005 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.057 0.187 0.318 0.418 52 G 0.003 0.011 0.010 0.066 0.108 0.150 0.263 0.166 0.122 0.063 0.041 53 Y 0.003 0.009 0.006 0.020 0.026 0.039 0.114 0.171 0.253 0.211 0.147 54 Y 0.003 0.009 0.006 0.051 0.096 0.129 0.203 0.168 0.174 0.110 0.050 55 D 0.057 0.133 0.050 0.215 0.183 0.148 0.124 0.051 0.028 0.010 0.003 56 Q 0.244 0.129 0.053 0.175 0.136 0.093 0.089 0.043 0.024 0.011 0.004 57 E 0.430 0.213 0.059 0.109 0.063 0.040 0.038 0.019 0.015 0.009 0.006 58 K 0.232 0.262 0.066 0.157 0.102 0.073 0.054 0.024 0.017 0.008 0.003 59 K 0.292 0.139 0.070 0.135 0.106 0.091 0.082 0.039 0.028 0.013 0.005 60 E 0.364 0.217 0.131 0.140 0.069 0.037 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 61 Y 0.054 0.053 0.053 0.115 0.116 0.140 0.190 0.115 0.092 0.049 0.023 62 V 0.064 0.038 0.029 0.064 0.074 0.111 0.193 0.139 0.132 0.093 0.062 63 K 0.068 0.126 0.209 0.244 0.164 0.093 0.059 0.020 0.012 0.005 0.002 64 K 0.067 0.090 0.145 0.176 0.141 0.126 0.122 0.055 0.044 0.024 0.010 65 E 0.124 0.141 0.092 0.214 0.158 0.115 0.088 0.034 0.020 0.009 0.004 66 L 0.013 0.012 0.011 0.027 0.041 0.073 0.183 0.172 0.191 0.155 0.120 67 M 0.081 0.170 0.136 0.264 0.166 0.086 0.058 0.019 0.011 0.006 0.003 68 E 0.198 0.134 0.098 0.148 0.119 0.095 0.095 0.046 0.036 0.020 0.010 69 P 0.039 0.069 0.042 0.191 0.201 0.174 0.153 0.060 0.039 0.020 0.011 70 L 0.005 0.007 0.005 0.020 0.036 0.064 0.150 0.185 0.227 0.188 0.114 71 E 0.005 0.011 0.011 0.064 0.099 0.138 0.238 0.164 0.135 0.080 0.054 72 I 0.003 0.003 0.004 0.007 0.008 0.013 0.057 0.124 0.226 0.282 0.272 73 L 0.002 0.003 0.004 0.017 0.028 0.053 0.142 0.167 0.229 0.202 0.154 74 S 0.004 0.007 0.008 0.020 0.022 0.034 0.092 0.145 0.217 0.231 0.220 75 L 0.002 0.004 0.005 0.016 0.023 0.037 0.113 0.157 0.238 0.230 0.174 76 S 0.009 0.023 0.023 0.079 0.085 0.110 0.185 0.154 0.148 0.104 0.079 77 G 0.015 0.018 0.013 0.048 0.066 0.099 0.178 0.149 0.166 0.150 0.099 78 N 0.021 0.060 0.051 0.143 0.115 0.104 0.150 0.103 0.100 0.078 0.074 79 V 0.004 0.006 0.005 0.015 0.024 0.038 0.100 0.125 0.191 0.235 0.255 80 S 0.035 0.093 0.054 0.173 0.146 0.118 0.136 0.076 0.070 0.049 0.049 81 M 0.030 0.042 0.026 0.135 0.146 0.141 0.173 0.104 0.092 0.066 0.046 82 K 0.317 0.194 0.079 0.175 0.098 0.056 0.039 0.015 0.012 0.008 0.008 83 D 0.458 0.170 0.061 0.146 0.071 0.040 0.028 0.010 0.008 0.005 0.004 84 S 0.487 0.166 0.048 0.103 0.058 0.040 0.034 0.017 0.016 0.015 0.016 85 K 0.097 0.230 0.074 0.224 0.151 0.103 0.067 0.025 0.017 0.008 0.004 86 P 0.023 0.032 0.019 0.069 0.094 0.113 0.171 0.131 0.149 0.117 0.082 87 F 0.009 0.019 0.015 0.093 0.161 0.187 0.208 0.119 0.094 0.060 0.036 88 C 0.002 0.005 0.006 0.028 0.047 0.067 0.173 0.195 0.223 0.161 0.091 89 H 0.002 0.005 0.005 0.040 0.072 0.105 0.202 0.194 0.175 0.123 0.078 90 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.037 0.114 0.261 0.313 0.260 91 H 0.001 0.002 0.004 0.019 0.037 0.069 0.187 0.211 0.230 0.149 0.092 92 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.038 0.087 0.201 0.302 0.357 93 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.025 0.043 0.138 0.184 0.228 0.206 0.156 94 L 0.001 0.004 0.003 0.010 0.013 0.024 0.076 0.115 0.209 0.243 0.303 95 G 0.006 0.015 0.010 0.061 0.086 0.114 0.191 0.156 0.152 0.122 0.088 96 K 0.124 0.111 0.055 0.228 0.182 0.136 0.096 0.035 0.020 0.009 0.005 97 D 0.307 0.235 0.078 0.191 0.099 0.047 0.026 0.008 0.004 0.002 0.002 98 G 0.153 0.103 0.048 0.147 0.123 0.105 0.102 0.062 0.063 0.052 0.043 99 E 0.074 0.230 0.081 0.294 0.179 0.081 0.038 0.010 0.006 0.003 0.002 100 V 0.002 0.004 0.003 0.015 0.024 0.041 0.106 0.152 0.213 0.224 0.216 101 Y 0.006 0.019 0.018 0.093 0.144 0.173 0.242 0.128 0.093 0.050 0.034 102 G 0.020 0.017 0.011 0.051 0.057 0.066 0.129 0.128 0.167 0.171 0.183 103 G 0.016 0.011 0.008 0.030 0.032 0.041 0.088 0.113 0.188 0.240 0.234 104 H 0.016 0.030 0.019 0.077 0.085 0.103 0.176 0.150 0.152 0.107 0.086 105 L 0.010 0.014 0.009 0.024 0.018 0.023 0.063 0.100 0.190 0.234 0.316 106 F 0.014 0.026 0.021 0.102 0.135 0.147 0.190 0.129 0.115 0.073 0.048 107 S 0.144 0.167 0.105 0.227 0.139 0.090 0.064 0.027 0.021 0.011 0.006 108 A 0.148 0.078 0.051 0.094 0.085 0.087 0.120 0.096 0.104 0.080 0.056 109 E 0.041 0.074 0.046 0.163 0.152 0.150 0.167 0.079 0.064 0.039 0.024 110 V 0.010 0.028 0.022 0.068 0.075 0.100 0.184 0.152 0.154 0.126 0.080 111 F 0.008 0.011 0.013 0.035 0.047 0.069 0.161 0.161 0.192 0.161 0.142 112 A 0.011 0.010 0.010 0.028 0.032 0.044 0.107 0.133 0.198 0.214 0.213 113 C 0.003 0.005 0.005 0.015 0.017 0.025 0.094 0.148 0.264 0.252 0.171 114 E 0.005 0.014 0.016 0.080 0.107 0.150 0.208 0.136 0.126 0.088 0.070 115 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.006 0.010 0.045 0.109 0.222 0.315 0.279 116 F 0.003 0.008 0.013 0.065 0.091 0.115 0.223 0.180 0.163 0.092 0.049 117 V 0.001 0.003 0.003 0.007 0.008 0.013 0.039 0.085 0.191 0.284 0.366 118 L 0.004 0.012 0.015 0.094 0.149 0.177 0.251 0.145 0.097 0.042 0.015 119 P 0.046 0.071 0.041 0.122 0.110 0.128 0.183 0.130 0.098 0.050 0.022 120 L 0.025 0.026 0.018 0.055 0.053 0.060 0.118 0.130 0.188 0.193 0.135 121 S 0.105 0.178 0.061 0.175 0.142 0.109 0.103 0.051 0.040 0.022 0.014 122 G 0.421 0.158 0.049 0.122 0.071 0.055 0.050 0.029 0.023 0.014 0.007 123 E 0.261 0.146 0.051 0.128 0.102 0.086 0.092 0.053 0.041 0.025 0.015 124 A 0.243 0.247 0.064 0.139 0.093 0.070 0.061 0.033 0.027 0.015 0.008 125 P 0.157 0.053 0.022 0.052 0.055 0.067 0.118 0.109 0.148 0.127 0.092 126 E 0.136 0.186 0.096 0.203 0.145 0.093 0.070 0.030 0.022 0.011 0.006 127 R 0.065 0.060 0.060 0.134 0.131 0.125 0.154 0.097 0.091 0.056 0.027 128 A 0.207 0.175 0.081 0.192 0.133 0.086 0.064 0.028 0.019 0.010 0.006 129 F 0.031 0.026 0.025 0.052 0.075 0.116 0.215 0.168 0.148 0.094 0.049 130 D 0.069 0.140 0.059 0.149 0.140 0.117 0.128 0.078 0.063 0.037 0.020 131 E 0.340 0.169 0.093 0.172 0.098 0.058 0.038 0.015 0.009 0.005 0.003 132 Q 0.383 0.133 0.073 0.127 0.091 0.065 0.056 0.026 0.021 0.013 0.010 133 T 0.039 0.058 0.039 0.100 0.089 0.105 0.173 0.144 0.131 0.080 0.042 134 G 0.162 0.162 0.064 0.154 0.122 0.109 0.107 0.050 0.039 0.022 0.010 135 L 0.030 0.027 0.027 0.047 0.051 0.070 0.138 0.137 0.186 0.158 0.128 136 F 0.082 0.090 0.104 0.165 0.128 0.116 0.133 0.070 0.059 0.034 0.019 137 L 0.041 0.063 0.059 0.151 0.133 0.135 0.174 0.104 0.080 0.041 0.019 138 W 0.032 0.032 0.041 0.061 0.067 0.087 0.160 0.142 0.178 0.127 0.072 139 L 0.042 0.081 0.078 0.153 0.147 0.140 0.160 0.087 0.067 0.032 0.012 140 E 0.270 0.170 0.116 0.132 0.092 0.071 0.065 0.034 0.027 0.015 0.007 141 H 0.267 0.142 0.067 0.117 0.094 0.084 0.099 0.057 0.042 0.022 0.010 142 H 0.361 0.150 0.051 0.099 0.082 0.075 0.076 0.043 0.033 0.020 0.009 143 H 0.408 0.199 0.055 0.102 0.071 0.053 0.047 0.027 0.022 0.012 0.005 144 H 0.420 0.121 0.042 0.080 0.065 0.063 0.071 0.051 0.047 0.027 0.012 145 H 0.385 0.183 0.047 0.108 0.079 0.061 0.054 0.034 0.027 0.015 0.007 146 H 0.469 0.187 0.044 0.101 0.064 0.045 0.036 0.021 0.017 0.009 0.005