# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.021 0.017 0.047 0.075 0.086 0.047 0.006 0.001 0.006 0.571 2 K 0.036 0.005 0.010 0.045 0.069 0.077 0.078 0.002 0.001 0.004 0.674 3 V 0.020 0.002 0.013 0.052 0.065 0.118 0.049 0.001 0.001 0.003 0.676 4 F 0.011 0.002 0.002 0.141 0.154 0.225 0.096 0.001 0.001 0.002 0.367 5 E 0.015 0.002 0.001 0.046 0.049 0.081 0.057 0.001 0.001 0.002 0.746 6 F 0.021 0.006 0.001 0.156 0.143 0.235 0.070 0.001 0.001 0.004 0.364 7 E 0.027 0.008 0.001 0.056 0.079 0.124 0.158 0.001 0.001 0.008 0.540 8 V 0.081 0.011 0.001 0.049 0.068 0.099 0.098 0.002 0.001 0.013 0.578 9 G 0.108 0.013 0.003 0.041 0.119 0.121 0.160 0.003 0.001 0.019 0.412 10 K 0.103 0.007 0.006 0.051 0.101 0.096 0.152 0.002 0.001 0.015 0.466 11 G 0.019 0.002 0.011 0.033 0.058 0.112 0.057 0.001 0.001 0.006 0.701 12 F 0.012 0.001 0.003 0.189 0.364 0.322 0.046 0.001 0.001 0.003 0.059 13 L 0.008 0.001 0.003 0.178 0.160 0.253 0.061 0.001 0.001 0.003 0.333 14 L 0.001 0.001 0.001 0.306 0.337 0.311 0.011 0.001 0.001 0.001 0.033 15 R 0.001 0.001 0.001 0.241 0.196 0.317 0.031 0.001 0.001 0.001 0.214 16 L 0.002 0.001 0.001 0.335 0.177 0.261 0.039 0.001 0.001 0.002 0.182 17 D 0.004 0.001 0.001 0.213 0.106 0.190 0.126 0.001 0.001 0.004 0.356 18 Y 0.003 0.001 0.001 0.030 0.014 0.035 0.088 0.001 0.001 0.003 0.826 19 G 0.031 0.001 0.001 0.021 0.007 0.019 0.352 0.001 0.001 0.026 0.543 20 K 0.330 0.007 0.002 0.011 0.002 0.005 0.210 0.001 0.001 0.025 0.408 21 D 0.016 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.146 0.001 0.001 0.001 0.806 22 L 0.032 0.162 0.001 0.003 0.003 0.008 0.137 0.001 0.001 0.003 0.650 23 V 0.039 0.646 0.001 0.003 0.003 0.025 0.081 0.001 0.001 0.002 0.199 24 R 0.025 0.750 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.180 25 Q 0.029 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 26 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 27 E 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 28 E 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 29 F 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 L 0.014 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 E 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 32 E 0.045 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.047 33 K 0.095 0.814 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.041 34 G 0.420 0.182 0.017 0.002 0.002 0.002 0.012 0.221 0.001 0.006 0.134 35 I 0.016 0.010 0.926 0.003 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.033 36 H 0.012 0.022 0.013 0.410 0.128 0.113 0.082 0.004 0.001 0.001 0.214 37 A 0.021 0.006 0.015 0.259 0.050 0.075 0.031 0.001 0.001 0.002 0.540 38 A 0.002 0.001 0.001 0.754 0.114 0.110 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 39 H 0.004 0.002 0.001 0.506 0.088 0.109 0.042 0.001 0.001 0.001 0.246 40 I 0.001 0.001 0.001 0.726 0.100 0.139 0.008 0.001 0.001 0.001 0.025 41 S 0.001 0.001 0.001 0.464 0.132 0.241 0.056 0.001 0.001 0.001 0.103 42 A 0.005 0.002 0.001 0.351 0.150 0.205 0.041 0.001 0.001 0.005 0.240 43 I 0.007 0.003 0.001 0.170 0.130 0.291 0.122 0.001 0.001 0.007 0.268 44 G 0.046 0.006 0.002 0.126 0.150 0.207 0.105 0.001 0.001 0.018 0.339 45 A 0.047 0.019 0.005 0.076 0.121 0.154 0.139 0.001 0.001 0.011 0.426 46 V 0.024 0.022 0.002 0.074 0.169 0.289 0.091 0.001 0.001 0.009 0.318 47 R 0.053 0.034 0.002 0.078 0.183 0.280 0.094 0.002 0.001 0.011 0.263 48 S 0.064 0.031 0.004 0.038 0.088 0.176 0.099 0.004 0.001 0.012 0.483 49 A 0.128 0.024 0.012 0.094 0.214 0.264 0.067 0.005 0.001 0.012 0.181 50 V 0.045 0.015 0.011 0.122 0.231 0.265 0.096 0.003 0.001 0.006 0.206 51 I 0.007 0.006 0.009 0.103 0.203 0.288 0.036 0.001 0.001 0.002 0.345 52 G 0.007 0.004 0.002 0.129 0.195 0.389 0.062 0.001 0.001 0.002 0.210 53 Y 0.025 0.002 0.004 0.044 0.104 0.142 0.048 0.001 0.001 0.004 0.625 54 Y 0.004 0.001 0.002 0.031 0.044 0.082 0.047 0.001 0.001 0.002 0.787 55 D 0.008 0.001 0.001 0.033 0.045 0.105 0.185 0.001 0.001 0.005 0.618 56 Q 0.051 0.002 0.001 0.021 0.017 0.023 0.101 0.001 0.001 0.010 0.773 57 E 0.079 0.010 0.001 0.011 0.017 0.021 0.334 0.001 0.001 0.018 0.509 58 K 0.370 0.019 0.002 0.009 0.010 0.012 0.186 0.001 0.001 0.027 0.364 59 K 0.234 0.063 0.005 0.009 0.017 0.018 0.166 0.002 0.001 0.017 0.470 60 E 0.131 0.044 0.010 0.010 0.044 0.063 0.199 0.003 0.001 0.017 0.480 61 Y 0.080 0.032 0.013 0.022 0.088 0.173 0.096 0.002 0.001 0.009 0.484 62 V 0.032 0.017 0.005 0.048 0.232 0.318 0.061 0.002 0.001 0.003 0.283 63 K 0.020 0.009 0.003 0.025 0.120 0.212 0.039 0.001 0.001 0.003 0.569 64 K 0.018 0.008 0.002 0.116 0.254 0.320 0.039 0.001 0.001 0.002 0.239 65 E 0.027 0.008 0.003 0.092 0.100 0.164 0.093 0.002 0.001 0.004 0.508 66 L 0.027 0.010 0.003 0.142 0.112 0.199 0.076 0.001 0.001 0.005 0.424 67 M 0.026 0.009 0.002 0.114 0.074 0.184 0.100 0.002 0.001 0.008 0.482 68 E 0.057 0.006 0.003 0.042 0.077 0.090 0.141 0.001 0.001 0.009 0.573 69 P 0.011 0.002 0.002 0.012 0.008 0.015 0.023 0.001 0.001 0.002 0.924 70 L 0.028 0.004 0.002 0.050 0.095 0.196 0.130 0.001 0.001 0.009 0.485 71 E 0.119 0.013 0.002 0.106 0.165 0.241 0.092 0.001 0.001 0.012 0.249 72 I 0.058 0.045 0.002 0.080 0.173 0.241 0.037 0.002 0.001 0.003 0.360 73 L 0.018 0.019 0.001 0.190 0.319 0.370 0.022 0.001 0.001 0.002 0.058 74 S 0.013 0.017 0.002 0.133 0.183 0.312 0.068 0.002 0.001 0.003 0.268 75 L 0.013 0.011 0.005 0.186 0.239 0.354 0.043 0.002 0.001 0.004 0.142 76 S 0.017 0.009 0.003 0.121 0.127 0.243 0.168 0.002 0.001 0.009 0.301 77 G 0.052 0.005 0.008 0.122 0.104 0.139 0.098 0.002 0.001 0.021 0.449 78 N 0.037 0.004 0.008 0.071 0.084 0.111 0.242 0.001 0.001 0.013 0.430 79 V 0.044 0.002 0.008 0.054 0.114 0.132 0.077 0.001 0.001 0.011 0.555 80 S 0.017 0.002 0.002 0.054 0.206 0.284 0.158 0.001 0.001 0.005 0.271 81 M 0.015 0.002 0.001 0.039 0.092 0.106 0.062 0.001 0.001 0.004 0.679 82 K 0.021 0.004 0.001 0.029 0.061 0.097 0.271 0.001 0.001 0.009 0.506 83 D 0.075 0.003 0.001 0.008 0.012 0.019 0.285 0.001 0.001 0.031 0.566 84 S 0.368 0.010 0.003 0.017 0.009 0.013 0.258 0.003 0.001 0.070 0.248 85 K 0.349 0.008 0.010 0.013 0.016 0.011 0.322 0.001 0.001 0.031 0.241 86 P 0.009 0.001 0.006 0.005 0.005 0.006 0.035 0.001 0.001 0.002 0.931 87 F 0.013 0.002 0.002 0.044 0.105 0.280 0.197 0.001 0.001 0.005 0.353 88 C 0.046 0.004 0.001 0.055 0.189 0.227 0.080 0.001 0.001 0.006 0.392 89 H 0.008 0.005 0.001 0.076 0.197 0.450 0.035 0.001 0.001 0.002 0.225 90 I 0.003 0.001 0.001 0.129 0.292 0.517 0.015 0.001 0.001 0.001 0.040 91 H 0.003 0.002 0.001 0.436 0.205 0.276 0.018 0.001 0.001 0.001 0.058 92 V 0.002 0.003 0.001 0.294 0.292 0.350 0.011 0.001 0.001 0.001 0.047 93 L 0.001 0.002 0.001 0.221 0.342 0.404 0.009 0.001 0.001 0.001 0.019 94 L 0.003 0.003 0.001 0.166 0.282 0.396 0.022 0.001 0.001 0.001 0.125 95 G 0.004 0.002 0.001 0.117 0.349 0.436 0.038 0.001 0.001 0.003 0.049 96 K 0.004 0.001 0.001 0.022 0.060 0.081 0.128 0.001 0.001 0.005 0.697 97 D 0.014 0.001 0.001 0.015 0.016 0.026 0.251 0.001 0.001 0.023 0.654 98 G 0.478 0.001 0.007 0.015 0.013 0.011 0.176 0.001 0.001 0.119 0.179 99 E 0.232 0.004 0.016 0.039 0.040 0.023 0.363 0.001 0.001 0.029 0.255 100 V 0.015 0.002 0.010 0.091 0.119 0.189 0.183 0.001 0.001 0.005 0.387 101 Y 0.002 0.001 0.001 0.160 0.230 0.484 0.048 0.001 0.001 0.001 0.074 102 G 0.003 0.002 0.001 0.057 0.148 0.298 0.049 0.001 0.001 0.002 0.440 103 G 0.009 0.002 0.001 0.051 0.255 0.397 0.046 0.001 0.001 0.004 0.236 104 H 0.020 0.002 0.001 0.071 0.157 0.260 0.090 0.001 0.001 0.007 0.392 105 L 0.011 0.002 0.001 0.084 0.186 0.310 0.068 0.001 0.001 0.006 0.331 106 F 0.011 0.004 0.001 0.091 0.193 0.361 0.091 0.001 0.001 0.006 0.240 107 S 0.042 0.007 0.001 0.036 0.095 0.143 0.081 0.001 0.001 0.007 0.587 108 A 0.047 0.006 0.003 0.033 0.074 0.103 0.071 0.001 0.001 0.009 0.653 109 E 0.062 0.004 0.003 0.039 0.112 0.127 0.200 0.001 0.001 0.014 0.437 110 V 0.125 0.006 0.010 0.072 0.132 0.162 0.118 0.001 0.001 0.017 0.357 111 F 0.012 0.004 0.002 0.128 0.297 0.304 0.090 0.001 0.001 0.003 0.158 112 A 0.009 0.002 0.002 0.110 0.169 0.308 0.070 0.001 0.001 0.003 0.327 113 C 0.005 0.001 0.001 0.143 0.337 0.364 0.029 0.001 0.001 0.002 0.116 114 E 0.002 0.001 0.001 0.265 0.216 0.257 0.047 0.001 0.001 0.002 0.210 115 V 0.002 0.001 0.001 0.217 0.229 0.361 0.029 0.001 0.001 0.002 0.159 116 F 0.001 0.001 0.001 0.429 0.248 0.289 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 117 V 0.001 0.001 0.001 0.300 0.139 0.275 0.036 0.001 0.001 0.001 0.247 118 L 0.001 0.001 0.001 0.306 0.351 0.269 0.016 0.001 0.001 0.001 0.056 119 P 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.950 120 L 0.002 0.001 0.001 0.153 0.151 0.306 0.123 0.001 0.001 0.004 0.261 121 S 0.034 0.001 0.001 0.024 0.014 0.039 0.124 0.001 0.001 0.017 0.746 122 G 0.061 0.002 0.001 0.022 0.013 0.021 0.116 0.001 0.001 0.011 0.754 123 E 0.310 0.003 0.004 0.032 0.013 0.025 0.165 0.001 0.001 0.029 0.419 124 A 0.082 0.008 0.002 0.021 0.021 0.021 0.183 0.001 0.001 0.003 0.659 125 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.977 126 E 0.019 0.011 0.001 0.018 0.064 0.208 0.199 0.001 0.001 0.006 0.474 127 R 0.188 0.039 0.001 0.008 0.019 0.055 0.098 0.001 0.001 0.008 0.584 128 A 0.216 0.189 0.002 0.016 0.071 0.100 0.033 0.005 0.001 0.003 0.365 129 F 0.116 0.112 0.006 0.018 0.038 0.059 0.057 0.004 0.001 0.004 0.585 130 D 0.101 0.094 0.003 0.023 0.059 0.065 0.145 0.011 0.001 0.005 0.494 131 E 0.075 0.111 0.006 0.010 0.015 0.013 0.082 0.006 0.001 0.006 0.675 132 Q 0.097 0.136 0.004 0.007 0.016 0.023 0.473 0.009 0.001 0.035 0.200 133 T 0.333 0.096 0.009 0.009 0.012 0.017 0.307 0.018 0.001 0.056 0.145 134 G 0.379 0.169 0.034 0.022 0.020 0.015 0.103 0.016 0.001 0.020 0.221 135 L 0.144 0.089 0.101 0.032 0.032 0.050 0.121 0.004 0.001 0.017 0.409 136 F 0.015 0.023 0.013 0.079 0.162 0.193 0.070 0.002 0.001 0.002 0.441 137 L 0.021 0.017 0.003 0.092 0.135 0.241 0.058 0.002 0.001 0.003 0.428 138 W 0.034 0.024 0.002 0.089 0.184 0.330 0.051 0.002 0.001 0.003 0.280 139 L 0.029 0.021 0.002 0.092 0.133 0.241 0.054 0.002 0.001 0.003 0.424 140 E 0.013 0.007 0.002 0.049 0.047 0.094 0.040 0.001 0.001 0.002 0.744 141 H 0.049 0.009 0.002 0.072 0.054 0.133 0.120 0.002 0.001 0.007 0.550 142 H 0.069 0.007 0.003 0.023 0.014 0.026 0.073 0.002 0.001 0.005 0.778 143 H 0.074 0.010 0.002 0.014 0.011 0.015 0.095 0.001 0.001 0.003 0.774 144 H 0.111 0.009 0.003 0.008 0.006 0.009 0.067 0.001 0.001 0.005 0.781 145 H 0.104 0.019 0.003 0.012 0.015 0.022 0.158 0.001 0.001 0.006 0.659 146 H 0.104 0.019 0.004 0.010 0.011 0.021 0.118 0.001 0.001 0.006 0.707