# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 2 K 0.444 0.056 0.006 0.007 0.005 0.014 0.468 3 V 0.600 0.022 0.015 0.011 0.030 0.014 0.308 4 F 0.697 0.011 0.016 0.014 0.069 0.024 0.170 5 E 0.573 0.011 0.022 0.021 0.087 0.023 0.263 6 F 0.361 0.012 0.027 0.019 0.139 0.054 0.388 7 E 0.208 0.010 0.041 0.009 0.176 0.112 0.445 8 V 0.158 0.020 0.042 0.004 0.220 0.234 0.322 9 G 0.181 0.009 0.021 0.002 0.267 0.184 0.336 10 K 0.389 0.012 0.005 0.001 0.151 0.024 0.419 11 G 0.736 0.006 0.001 0.001 0.026 0.005 0.226 12 F 0.952 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.033 13 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 14 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 15 R 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 16 L 0.833 0.011 0.001 0.001 0.007 0.002 0.146 17 D 0.131 0.002 0.001 0.001 0.064 0.016 0.785 18 Y 0.005 0.002 0.008 0.022 0.159 0.773 0.030 19 G 0.003 0.002 0.015 0.076 0.138 0.699 0.067 20 K 0.004 0.007 0.018 0.377 0.267 0.080 0.248 21 D 0.010 0.038 0.008 0.608 0.059 0.029 0.248 22 L 0.002 0.002 0.007 0.953 0.004 0.011 0.021 23 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.002 24 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.948 0.002 0.048 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.346 0.006 0.644 0.003 34 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.860 0.098 35 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.961 36 H 0.208 0.003 0.004 0.001 0.283 0.009 0.493 37 A 0.938 0.001 0.002 0.001 0.016 0.003 0.041 38 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 39 H 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 41 S 0.934 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.054 42 A 0.850 0.001 0.001 0.002 0.037 0.007 0.101 43 I 0.702 0.008 0.003 0.004 0.102 0.016 0.167 44 G 0.743 0.003 0.008 0.005 0.111 0.024 0.104 45 A 0.649 0.013 0.016 0.005 0.102 0.045 0.170 46 V 0.660 0.008 0.033 0.007 0.072 0.034 0.186 47 R 0.621 0.003 0.023 0.005 0.158 0.087 0.103 48 S 0.764 0.003 0.012 0.003 0.058 0.055 0.106 49 A 0.873 0.002 0.002 0.003 0.015 0.008 0.098 50 V 0.970 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.021 51 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 52 G 0.941 0.003 0.001 0.004 0.008 0.002 0.042 53 Y 0.836 0.010 0.001 0.005 0.026 0.007 0.115 54 Y 0.301 0.009 0.002 0.004 0.221 0.037 0.426 55 D 0.135 0.026 0.005 0.005 0.169 0.028 0.633 56 Q 0.015 0.005 0.188 0.230 0.165 0.231 0.166 57 E 0.008 0.004 0.228 0.253 0.068 0.339 0.099 58 K 0.009 0.005 0.302 0.249 0.061 0.235 0.140 59 K 0.031 0.007 0.202 0.342 0.070 0.143 0.205 60 E 0.070 0.008 0.176 0.373 0.103 0.158 0.113 61 Y 0.129 0.018 0.129 0.366 0.068 0.137 0.153 62 V 0.268 0.028 0.032 0.276 0.039 0.049 0.307 63 K 0.305 0.018 0.041 0.326 0.039 0.043 0.228 64 K 0.398 0.008 0.036 0.318 0.068 0.042 0.130 65 E 0.281 0.013 0.052 0.305 0.056 0.058 0.235 66 L 0.380 0.021 0.027 0.098 0.072 0.102 0.300 67 M 0.109 0.005 0.027 0.061 0.285 0.100 0.413 68 E 0.106 0.001 0.005 0.011 0.668 0.021 0.187 69 P 0.140 0.005 0.013 0.043 0.168 0.134 0.497 70 L 0.801 0.007 0.004 0.006 0.044 0.033 0.105 71 E 0.927 0.002 0.001 0.003 0.018 0.001 0.048 72 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 73 L 0.983 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 74 S 0.974 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 75 L 0.941 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.044 76 S 0.840 0.004 0.003 0.005 0.024 0.014 0.110 77 G 0.709 0.003 0.005 0.007 0.109 0.021 0.146 78 N 0.690 0.020 0.007 0.008 0.051 0.024 0.200 79 V 0.694 0.029 0.009 0.009 0.059 0.025 0.175 80 S 0.429 0.048 0.011 0.011 0.117 0.045 0.337 81 M 0.115 0.023 0.026 0.013 0.162 0.106 0.556 82 K 0.033 0.011 0.035 0.006 0.231 0.320 0.364 83 D 0.012 0.005 0.024 0.003 0.275 0.546 0.136 84 S 0.015 0.004 0.018 0.002 0.421 0.365 0.175 85 K 0.042 0.009 0.003 0.001 0.315 0.014 0.616 86 P 0.111 0.018 0.003 0.001 0.074 0.016 0.777 87 F 0.649 0.020 0.003 0.001 0.058 0.011 0.259 88 C 0.895 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.092 89 H 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 90 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 91 H 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 92 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 93 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 94 L 0.949 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.041 95 G 0.637 0.008 0.004 0.002 0.051 0.045 0.253 96 K 0.225 0.006 0.012 0.001 0.286 0.202 0.267 97 D 0.019 0.001 0.013 0.001 0.250 0.679 0.038 98 G 0.078 0.002 0.013 0.001 0.276 0.527 0.103 99 E 0.573 0.031 0.003 0.001 0.068 0.016 0.309 100 V 0.899 0.026 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 101 Y 0.907 0.002 0.001 0.001 0.025 0.003 0.062 102 G 0.884 0.003 0.002 0.001 0.021 0.006 0.083 103 G 0.870 0.002 0.002 0.001 0.030 0.009 0.085 104 H 0.871 0.014 0.005 0.003 0.026 0.014 0.067 105 L 0.815 0.013 0.004 0.004 0.013 0.019 0.132 106 F 0.444 0.009 0.014 0.003 0.109 0.100 0.321 107 S 0.239 0.007 0.027 0.006 0.237 0.317 0.168 108 A 0.279 0.004 0.033 0.007 0.225 0.202 0.249 109 E 0.552 0.019 0.015 0.002 0.095 0.056 0.261 110 V 0.752 0.024 0.004 0.001 0.023 0.012 0.184 111 F 0.737 0.002 0.001 0.001 0.017 0.003 0.239 112 A 0.751 0.002 0.001 0.001 0.022 0.003 0.220 113 C 0.932 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.054 114 E 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 115 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 116 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 117 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 118 L 0.886 0.002 0.001 0.002 0.023 0.003 0.083 119 P 0.685 0.017 0.006 0.006 0.050 0.019 0.219 120 L 0.172 0.016 0.036 0.017 0.153 0.055 0.551 121 S 0.038 0.012 0.064 0.023 0.271 0.261 0.331 122 G 0.010 0.004 0.059 0.011 0.331 0.346 0.238 123 E 0.022 0.012 0.059 0.036 0.399 0.086 0.386 124 A 0.043 0.010 0.063 0.048 0.231 0.060 0.545 125 P 0.069 0.017 0.145 0.118 0.082 0.158 0.411 126 E 0.125 0.022 0.198 0.179 0.083 0.136 0.257 127 R 0.225 0.017 0.068 0.165 0.182 0.043 0.300 128 A 0.273 0.020 0.023 0.120 0.076 0.045 0.442 129 F 0.214 0.062 0.008 0.084 0.110 0.032 0.491 130 D 0.066 0.021 0.005 0.025 0.040 0.010 0.833 131 E 0.003 0.001 0.080 0.166 0.040 0.696 0.015 132 Q 0.003 0.001 0.059 0.133 0.032 0.761 0.011 133 T 0.018 0.012 0.110 0.280 0.095 0.400 0.085 134 G 0.044 0.021 0.022 0.184 0.105 0.373 0.251 135 L 0.203 0.025 0.026 0.205 0.062 0.046 0.433 136 F 0.423 0.035 0.045 0.235 0.035 0.033 0.194 137 L 0.459 0.022 0.060 0.257 0.033 0.047 0.123 138 W 0.478 0.018 0.044 0.183 0.040 0.048 0.189 139 L 0.410 0.017 0.052 0.180 0.049 0.064 0.229 140 E 0.202 0.015 0.057 0.178 0.077 0.131 0.340 141 H 0.077 0.013 0.060 0.120 0.121 0.217 0.391 142 H 0.036 0.012 0.036 0.072 0.147 0.187 0.510 143 H 0.018 0.010 0.047 0.037 0.145 0.145 0.598 144 H 0.014 0.009 0.043 0.039 0.168 0.183 0.544 145 H 0.013 0.016 0.024 0.030 0.061 0.138 0.718 146 H 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.980