# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.572 0.256 0.011 0.082 0.019 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 2 K 0.022 0.314 0.558 0.008 0.010 0.070 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 3 V 0.043 0.690 0.115 0.021 0.083 0.022 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 4 F 0.105 0.465 0.186 0.045 0.120 0.031 0.012 0.003 0.028 0.005 0.001 5 E 0.078 0.465 0.201 0.063 0.097 0.034 0.012 0.002 0.044 0.003 0.001 6 F 0.146 0.228 0.326 0.054 0.117 0.038 0.027 0.011 0.025 0.025 0.001 7 E 0.295 0.252 0.176 0.135 0.055 0.031 0.014 0.008 0.024 0.008 0.002 8 V 0.139 0.177 0.220 0.256 0.071 0.019 0.068 0.005 0.036 0.008 0.001 9 G 0.035 0.028 0.095 0.032 0.112 0.007 0.085 0.487 0.005 0.112 0.001 10 K 0.035 0.498 0.276 0.043 0.098 0.019 0.007 0.001 0.019 0.002 0.001 11 G 0.038 0.257 0.426 0.024 0.163 0.013 0.012 0.013 0.013 0.039 0.002 12 F 0.007 0.670 0.180 0.005 0.099 0.018 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 13 L 0.010 0.570 0.353 0.005 0.008 0.035 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 14 L 0.004 0.841 0.086 0.001 0.032 0.012 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 15 R 0.007 0.580 0.271 0.002 0.005 0.090 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 16 L 0.043 0.539 0.315 0.008 0.021 0.047 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 17 D 0.110 0.223 0.518 0.037 0.026 0.055 0.005 0.001 0.022 0.003 0.001 18 Y 0.267 0.034 0.600 0.062 0.004 0.011 0.011 0.001 0.005 0.003 0.001 19 G 0.211 0.001 0.016 0.107 0.004 0.004 0.028 0.594 0.004 0.031 0.001 20 K 0.179 0.046 0.670 0.015 0.003 0.047 0.024 0.008 0.007 0.002 0.001 21 D 0.591 0.034 0.220 0.012 0.004 0.106 0.007 0.003 0.016 0.001 0.005 22 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.967 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 K 0.131 0.002 0.004 0.854 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 34 G 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.590 0.376 0.001 0.019 0.001 35 I 0.046 0.400 0.414 0.023 0.051 0.052 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 H 0.442 0.073 0.065 0.374 0.013 0.023 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 37 A 0.014 0.674 0.037 0.014 0.250 0.003 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 38 A 0.006 0.777 0.060 0.002 0.137 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 39 H 0.004 0.876 0.055 0.001 0.032 0.011 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 40 I 0.017 0.666 0.185 0.005 0.026 0.064 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 41 S 0.021 0.705 0.142 0.008 0.053 0.036 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 42 A 0.060 0.553 0.111 0.014 0.185 0.028 0.014 0.002 0.028 0.004 0.001 43 I 0.145 0.510 0.177 0.043 0.038 0.036 0.009 0.001 0.039 0.001 0.002 44 G 0.120 0.107 0.109 0.020 0.376 0.011 0.051 0.072 0.013 0.121 0.002 45 A 0.180 0.185 0.220 0.104 0.139 0.093 0.019 0.013 0.027 0.014 0.006 46 V 0.161 0.344 0.292 0.099 0.028 0.052 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 47 R 0.659 0.096 0.055 0.133 0.034 0.005 0.008 0.002 0.004 0.004 0.001 48 S 0.070 0.271 0.077 0.183 0.237 0.021 0.106 0.010 0.023 0.002 0.001 49 A 0.011 0.572 0.199 0.010 0.176 0.009 0.006 0.002 0.013 0.002 0.001 50 V 0.014 0.829 0.083 0.006 0.037 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 51 I 0.011 0.798 0.124 0.006 0.027 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 52 G 0.020 0.609 0.078 0.011 0.219 0.018 0.007 0.002 0.031 0.004 0.001 53 Y 0.020 0.689 0.126 0.017 0.080 0.024 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 54 Y 0.144 0.248 0.398 0.058 0.057 0.051 0.011 0.002 0.022 0.007 0.003 55 D 0.103 0.141 0.389 0.067 0.045 0.147 0.038 0.004 0.054 0.008 0.002 56 Q 0.576 0.095 0.117 0.127 0.025 0.017 0.014 0.007 0.018 0.004 0.002 57 E 0.512 0.061 0.196 0.158 0.022 0.015 0.011 0.007 0.009 0.008 0.002 58 K 0.328 0.062 0.167 0.221 0.052 0.026 0.063 0.035 0.022 0.022 0.002 59 K 0.366 0.081 0.259 0.102 0.041 0.015 0.075 0.028 0.013 0.018 0.002 60 E 0.336 0.133 0.264 0.159 0.033 0.028 0.020 0.006 0.013 0.005 0.002 61 Y 0.130 0.304 0.373 0.077 0.046 0.027 0.014 0.004 0.021 0.003 0.001 62 V 0.071 0.486 0.295 0.018 0.035 0.045 0.006 0.001 0.044 0.001 0.001 63 K 0.053 0.277 0.576 0.012 0.006 0.056 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 64 K 0.062 0.691 0.111 0.011 0.078 0.011 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 65 E 0.051 0.233 0.645 0.005 0.009 0.042 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 66 L 0.136 0.355 0.239 0.050 0.046 0.089 0.012 0.002 0.070 0.002 0.001 67 M 0.236 0.257 0.181 0.178 0.049 0.034 0.025 0.003 0.032 0.003 0.001 68 E 0.090 0.230 0.448 0.003 0.152 0.008 0.014 0.002 0.038 0.013 0.002 69 P 0.244 0.011 0.563 0.015 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 70 L 0.208 0.405 0.204 0.037 0.060 0.026 0.021 0.004 0.031 0.001 0.001 71 E 0.186 0.458 0.254 0.008 0.026 0.043 0.004 0.001 0.018 0.001 0.002 72 I 0.209 0.476 0.206 0.011 0.009 0.061 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 73 L 0.344 0.363 0.135 0.058 0.025 0.044 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 74 S 0.073 0.478 0.087 0.023 0.276 0.025 0.005 0.003 0.026 0.003 0.001 75 L 0.227 0.376 0.136 0.107 0.064 0.040 0.013 0.003 0.032 0.002 0.001 76 S 0.145 0.381 0.128 0.159 0.130 0.014 0.014 0.004 0.019 0.005 0.001 77 G 0.067 0.095 0.053 0.021 0.518 0.004 0.040 0.099 0.007 0.096 0.001 78 N 0.101 0.396 0.263 0.049 0.129 0.031 0.006 0.002 0.016 0.005 0.002 79 V 0.050 0.681 0.118 0.042 0.058 0.024 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 80 S 0.053 0.500 0.205 0.038 0.127 0.027 0.008 0.002 0.034 0.005 0.001 81 M 0.098 0.241 0.496 0.053 0.025 0.046 0.006 0.002 0.027 0.002 0.003 82 K 0.255 0.176 0.267 0.102 0.041 0.047 0.029 0.010 0.041 0.031 0.002 83 D 0.148 0.030 0.075 0.288 0.019 0.041 0.337 0.028 0.023 0.008 0.003 84 S 0.119 0.071 0.149 0.250 0.084 0.022 0.117 0.144 0.018 0.024 0.002 85 K 0.037 0.247 0.515 0.004 0.033 0.019 0.029 0.001 0.110 0.003 0.002 86 P 0.150 0.009 0.707 0.017 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 87 F 0.060 0.399 0.275 0.057 0.124 0.030 0.013 0.008 0.028 0.007 0.001 88 C 0.035 0.511 0.215 0.063 0.137 0.013 0.005 0.003 0.011 0.006 0.001 89 H 0.006 0.597 0.129 0.012 0.205 0.018 0.011 0.001 0.019 0.002 0.001 90 I 0.001 0.714 0.216 0.001 0.029 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 91 H 0.001 0.844 0.096 0.001 0.033 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 92 V 0.001 0.901 0.030 0.001 0.050 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 93 L 0.002 0.849 0.089 0.001 0.014 0.026 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 94 L 0.005 0.766 0.088 0.011 0.020 0.047 0.003 0.001 0.060 0.001 0.001 95 G 0.022 0.249 0.356 0.008 0.297 0.026 0.005 0.003 0.013 0.021 0.001 96 K 0.520 0.150 0.050 0.193 0.029 0.014 0.011 0.003 0.021 0.008 0.001 97 D 0.053 0.025 0.063 0.365 0.015 0.015 0.431 0.004 0.021 0.007 0.002 98 G 0.003 0.003 0.012 0.004 0.053 0.001 0.034 0.829 0.001 0.062 0.001 99 E 0.035 0.471 0.352 0.041 0.046 0.029 0.005 0.001 0.018 0.002 0.001 100 V 0.008 0.473 0.409 0.004 0.015 0.059 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 101 Y 0.072 0.634 0.054 0.143 0.056 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 102 G 0.011 0.209 0.078 0.016 0.603 0.007 0.030 0.015 0.014 0.018 0.001 103 G 0.022 0.161 0.111 0.010 0.549 0.004 0.006 0.034 0.005 0.095 0.002 104 H 0.029 0.474 0.251 0.016 0.121 0.055 0.008 0.002 0.040 0.004 0.001 105 L 0.100 0.404 0.329 0.057 0.022 0.054 0.004 0.002 0.024 0.002 0.001 106 F 0.103 0.409 0.198 0.041 0.130 0.034 0.022 0.004 0.049 0.010 0.001 107 S 0.188 0.096 0.411 0.068 0.067 0.025 0.058 0.022 0.012 0.044 0.011 108 A 0.202 0.116 0.263 0.057 0.187 0.014 0.055 0.053 0.012 0.033 0.010 109 E 0.211 0.298 0.309 0.071 0.031 0.050 0.004 0.002 0.016 0.002 0.005 110 V 0.096 0.537 0.197 0.040 0.024 0.051 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 111 F 0.077 0.447 0.238 0.058 0.060 0.064 0.012 0.002 0.038 0.002 0.001 112 A 0.082 0.407 0.210 0.076 0.156 0.019 0.021 0.009 0.017 0.003 0.002 113 C 0.009 0.655 0.109 0.003 0.181 0.008 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 114 E 0.008 0.204 0.737 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 115 V 0.009 0.838 0.094 0.003 0.018 0.014 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 116 F 0.006 0.713 0.211 0.001 0.012 0.039 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 117 V 0.014 0.655 0.210 0.009 0.005 0.049 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 118 L 0.018 0.498 0.211 0.001 0.075 0.039 0.010 0.001 0.148 0.001 0.001 119 P 0.064 0.021 0.823 0.005 0.001 0.070 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 120 L 0.163 0.232 0.324 0.111 0.037 0.051 0.016 0.002 0.060 0.002 0.001 121 S 0.150 0.067 0.546 0.117 0.032 0.025 0.029 0.007 0.010 0.015 0.002 122 G 0.044 0.007 0.038 0.026 0.048 0.002 0.062 0.524 0.002 0.245 0.001 123 E 0.111 0.127 0.481 0.144 0.033 0.057 0.020 0.004 0.017 0.002 0.004 124 A 0.052 0.333 0.399 0.007 0.031 0.026 0.034 0.001 0.115 0.001 0.001 125 P 0.157 0.015 0.769 0.010 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 126 E 0.265 0.314 0.170 0.135 0.044 0.037 0.005 0.002 0.025 0.001 0.001 127 R 0.133 0.443 0.294 0.020 0.058 0.019 0.007 0.002 0.020 0.002 0.001 128 A 0.138 0.209 0.550 0.025 0.012 0.040 0.005 0.002 0.017 0.001 0.002 129 F 0.174 0.351 0.314 0.048 0.039 0.051 0.005 0.002 0.013 0.002 0.001 130 D 0.072 0.141 0.469 0.012 0.050 0.156 0.006 0.001 0.089 0.004 0.001 131 E 0.978 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 Q 0.880 0.003 0.008 0.103 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 T 0.269 0.020 0.027 0.670 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 134 G 0.051 0.004 0.028 0.015 0.012 0.003 0.381 0.408 0.004 0.095 0.001 135 L 0.255 0.172 0.441 0.054 0.024 0.033 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 136 F 0.381 0.211 0.255 0.051 0.026 0.042 0.009 0.003 0.019 0.003 0.001 137 L 0.319 0.220 0.311 0.045 0.016 0.056 0.005 0.001 0.024 0.001 0.002 138 W 0.335 0.276 0.221 0.067 0.034 0.035 0.004 0.002 0.022 0.002 0.001 139 L 0.229 0.327 0.247 0.027 0.072 0.037 0.012 0.002 0.039 0.007 0.001 140 E 0.434 0.097 0.318 0.073 0.013 0.039 0.008 0.003 0.011 0.002 0.004 141 H 0.298 0.197 0.185 0.176 0.054 0.028 0.018 0.007 0.030 0.007 0.001 142 H 0.263 0.125 0.204 0.192 0.032 0.064 0.062 0.009 0.041 0.006 0.002 143 H 0.246 0.089 0.183 0.209 0.043 0.059 0.108 0.013 0.038 0.011 0.001 144 H 0.289 0.091 0.229 0.222 0.033 0.048 0.044 0.017 0.019 0.008 0.002 145 H 0.224 0.173 0.229 0.228 0.039 0.039 0.026 0.010 0.028 0.005 0.001 146 H 0.233 0.172 0.274 0.088 0.070 0.028 0.051 0.023 0.026 0.033 0.001