# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 184 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.376 0.074 0.006 0.364 0.004 0.007 0.018 0.010 0.011 0.020 2 K 0.184 0.229 0.040 0.005 0.423 0.005 0.014 0.031 0.014 0.020 0.036 3 V 0.236 0.112 0.022 0.013 0.327 0.018 0.030 0.090 0.060 0.036 0.057 4 F 0.142 0.191 0.059 0.015 0.327 0.012 0.021 0.096 0.050 0.045 0.043 5 E 0.204 0.135 0.039 0.019 0.280 0.015 0.025 0.096 0.047 0.077 0.063 6 F 0.124 0.200 0.068 0.032 0.206 0.024 0.042 0.124 0.080 0.059 0.041 7 E 0.140 0.106 0.087 0.035 0.140 0.043 0.075 0.107 0.076 0.119 0.072 8 V 0.051 0.161 0.077 0.072 0.077 0.049 0.109 0.163 0.120 0.093 0.029 9 G 0.060 0.075 0.100 0.098 0.058 0.068 0.028 0.043 0.081 0.314 0.076 10 K 0.035 0.333 0.270 0.052 0.154 0.018 0.024 0.041 0.034 0.030 0.008 11 G 0.394 0.110 0.030 0.006 0.295 0.005 0.006 0.007 0.009 0.029 0.110 12 F 0.086 0.309 0.076 0.007 0.496 0.004 0.005 0.004 0.002 0.003 0.008 13 L 0.400 0.059 0.007 0.001 0.497 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 14 L 0.152 0.148 0.016 0.003 0.654 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 15 R 0.440 0.042 0.005 0.001 0.413 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.082 16 L 0.076 0.392 0.191 0.047 0.206 0.013 0.010 0.017 0.008 0.015 0.025 17 D 0.019 0.256 0.421 0.119 0.092 0.035 0.019 0.018 0.007 0.009 0.006 18 Y 0.013 0.043 0.023 0.039 0.020 0.068 0.173 0.415 0.142 0.047 0.018 19 G 0.024 0.046 0.075 0.058 0.046 0.022 0.017 0.156 0.097 0.395 0.064 20 K 0.009 0.092 0.039 0.014 0.035 0.017 0.019 0.658 0.083 0.028 0.006 21 D 0.039 0.031 0.009 0.001 0.045 0.001 0.006 0.806 0.035 0.013 0.016 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.052 0.008 0.001 23 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.010 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.002 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.857 0.125 0.005 0.001 32 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.009 0.203 0.701 0.065 0.011 0.001 33 K 0.003 0.685 0.262 0.005 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 34 G 0.139 0.009 0.007 0.010 0.015 0.013 0.009 0.014 0.016 0.254 0.514 35 I 0.281 0.147 0.021 0.005 0.418 0.006 0.005 0.008 0.009 0.025 0.073 36 H 0.030 0.015 0.005 0.099 0.054 0.237 0.252 0.183 0.067 0.041 0.016 37 A 0.388 0.067 0.011 0.007 0.451 0.004 0.007 0.006 0.006 0.015 0.038 38 A 0.219 0.051 0.002 0.001 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 39 H 0.199 0.042 0.002 0.001 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 40 I 0.508 0.026 0.002 0.001 0.352 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.100 41 S 0.339 0.060 0.010 0.016 0.341 0.023 0.029 0.013 0.007 0.046 0.114 42 A 0.299 0.132 0.054 0.022 0.393 0.012 0.006 0.008 0.003 0.016 0.055 43 I 0.178 0.052 0.015 0.081 0.125 0.070 0.083 0.059 0.065 0.160 0.113 44 G 0.040 0.128 0.180 0.346 0.105 0.096 0.014 0.012 0.021 0.037 0.020 45 A 0.211 0.193 0.036 0.005 0.329 0.004 0.017 0.041 0.044 0.066 0.053 46 V 0.406 0.024 0.013 0.024 0.159 0.023 0.013 0.016 0.029 0.083 0.209 47 R 0.001 0.009 0.007 0.162 0.006 0.370 0.305 0.107 0.028 0.004 0.001 48 S 0.356 0.041 0.017 0.005 0.221 0.003 0.008 0.019 0.026 0.133 0.171 49 A 0.294 0.095 0.004 0.001 0.557 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.034 50 V 0.169 0.101 0.013 0.002 0.681 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.020 51 I 0.467 0.052 0.006 0.003 0.350 0.004 0.008 0.005 0.003 0.009 0.091 52 G 0.158 0.170 0.050 0.020 0.386 0.014 0.025 0.026 0.028 0.065 0.058 53 Y 0.253 0.170 0.061 0.010 0.346 0.008 0.013 0.024 0.012 0.041 0.062 54 Y 0.058 0.282 0.150 0.062 0.159 0.040 0.049 0.063 0.048 0.058 0.030 55 D 0.167 0.197 0.132 0.020 0.302 0.010 0.016 0.030 0.023 0.040 0.063 56 Q 0.030 0.068 0.038 0.012 0.053 0.014 0.031 0.277 0.347 0.107 0.023 57 E 0.033 0.124 0.078 0.028 0.079 0.038 0.132 0.233 0.127 0.106 0.021 58 K 0.067 0.131 0.082 0.041 0.091 0.025 0.044 0.153 0.111 0.194 0.061 59 K 0.061 0.119 0.053 0.025 0.109 0.026 0.040 0.253 0.153 0.113 0.049 60 E 0.086 0.161 0.048 0.014 0.217 0.022 0.053 0.227 0.083 0.060 0.029 61 Y 0.188 0.138 0.049 0.012 0.217 0.013 0.021 0.147 0.055 0.088 0.072 62 V 0.128 0.221 0.043 0.006 0.395 0.005 0.012 0.125 0.022 0.018 0.025 63 K 0.292 0.061 0.008 0.005 0.282 0.012 0.029 0.129 0.047 0.059 0.075 64 K 0.080 0.371 0.091 0.008 0.337 0.004 0.008 0.075 0.013 0.005 0.008 65 E 0.245 0.161 0.036 0.004 0.337 0.010 0.033 0.107 0.017 0.013 0.037 66 L 0.171 0.078 0.020 0.041 0.176 0.058 0.083 0.227 0.055 0.040 0.052 67 M 0.044 0.034 0.022 0.060 0.047 0.075 0.093 0.262 0.134 0.192 0.038 68 E 0.012 0.251 0.420 0.073 0.066 0.018 0.017 0.099 0.024 0.016 0.005 69 P 0.242 0.145 0.020 0.005 0.298 0.005 0.024 0.148 0.039 0.022 0.050 70 L 0.216 0.111 0.021 0.015 0.431 0.020 0.015 0.065 0.033 0.030 0.043 71 E 0.190 0.175 0.010 0.002 0.545 0.002 0.008 0.046 0.008 0.005 0.010 72 I 0.463 0.035 0.003 0.004 0.401 0.007 0.012 0.027 0.003 0.006 0.039 73 L 0.177 0.086 0.013 0.034 0.403 0.067 0.070 0.092 0.014 0.018 0.026 74 S 0.297 0.126 0.022 0.005 0.416 0.005 0.008 0.040 0.008 0.021 0.052 75 L 0.321 0.073 0.022 0.017 0.250 0.023 0.028 0.068 0.022 0.070 0.104 76 S 0.131 0.096 0.041 0.076 0.121 0.037 0.051 0.054 0.050 0.236 0.107 77 G 0.052 0.232 0.219 0.187 0.116 0.077 0.012 0.015 0.018 0.041 0.031 78 N 0.309 0.081 0.020 0.003 0.421 0.005 0.014 0.017 0.018 0.049 0.065 79 V 0.320 0.101 0.019 0.005 0.332 0.009 0.010 0.020 0.028 0.045 0.111 80 S 0.126 0.268 0.101 0.008 0.393 0.004 0.010 0.015 0.015 0.033 0.025 81 M 0.134 0.177 0.157 0.100 0.145 0.047 0.030 0.061 0.047 0.053 0.049 82 K 0.023 0.111 0.122 0.169 0.061 0.121 0.129 0.154 0.082 0.021 0.009 83 D 0.029 0.095 0.087 0.112 0.053 0.075 0.125 0.111 0.108 0.170 0.037 84 S 0.049 0.094 0.137 0.100 0.062 0.027 0.036 0.050 0.072 0.295 0.077 85 K 0.065 0.319 0.195 0.047 0.180 0.027 0.034 0.045 0.032 0.033 0.022 86 P 0.240 0.169 0.046 0.011 0.275 0.015 0.029 0.046 0.051 0.048 0.070 87 F 0.179 0.122 0.053 0.030 0.276 0.038 0.047 0.050 0.047 0.093 0.064 88 C 0.252 0.128 0.030 0.012 0.470 0.010 0.014 0.015 0.007 0.023 0.038 89 H 0.329 0.076 0.011 0.007 0.525 0.005 0.004 0.003 0.001 0.009 0.030 90 I 0.339 0.055 0.004 0.002 0.575 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 91 H 0.345 0.023 0.001 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 92 V 0.358 0.028 0.002 0.001 0.585 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 93 L 0.309 0.065 0.005 0.001 0.572 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 94 L 0.292 0.105 0.027 0.012 0.321 0.006 0.005 0.007 0.005 0.071 0.150 95 G 0.121 0.208 0.197 0.125 0.153 0.036 0.018 0.030 0.027 0.043 0.041 96 K 0.016 0.050 0.150 0.338 0.024 0.208 0.066 0.062 0.042 0.032 0.011 97 D 0.007 0.063 0.054 0.346 0.016 0.118 0.265 0.069 0.032 0.022 0.008 98 G 0.018 0.023 0.031 0.077 0.016 0.020 0.006 0.015 0.078 0.602 0.112 99 E 0.057 0.378 0.074 0.005 0.351 0.005 0.014 0.035 0.044 0.029 0.008 100 V 0.507 0.057 0.010 0.001 0.307 0.002 0.004 0.007 0.007 0.013 0.085 101 Y 0.098 0.074 0.067 0.164 0.128 0.154 0.141 0.035 0.028 0.057 0.054 102 G 0.130 0.103 0.149 0.138 0.132 0.027 0.018 0.021 0.026 0.169 0.087 103 G 0.050 0.238 0.189 0.185 0.126 0.067 0.018 0.033 0.029 0.040 0.025 104 H 0.274 0.150 0.052 0.007 0.342 0.005 0.016 0.031 0.021 0.032 0.069 105 L 0.185 0.093 0.042 0.038 0.180 0.040 0.044 0.074 0.084 0.129 0.093 106 F 0.034 0.148 0.181 0.164 0.087 0.084 0.103 0.089 0.056 0.040 0.014 107 S 0.111 0.102 0.121 0.071 0.091 0.043 0.052 0.059 0.082 0.155 0.113 108 A 0.088 0.349 0.099 0.019 0.301 0.009 0.008 0.018 0.032 0.046 0.032 109 E 0.270 0.117 0.018 0.003 0.464 0.006 0.017 0.027 0.023 0.022 0.032 110 V 0.311 0.123 0.022 0.011 0.431 0.014 0.013 0.012 0.008 0.008 0.047 111 F 0.198 0.145 0.035 0.012 0.543 0.008 0.013 0.009 0.004 0.008 0.025 112 A 0.441 0.048 0.020 0.014 0.278 0.010 0.009 0.007 0.006 0.036 0.131 113 C 0.018 0.608 0.152 0.012 0.198 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 114 E 0.497 0.037 0.003 0.001 0.395 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.056 115 V 0.248 0.078 0.008 0.017 0.577 0.033 0.012 0.003 0.002 0.002 0.021 116 F 0.123 0.125 0.007 0.001 0.732 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 117 V 0.418 0.035 0.009 0.015 0.300 0.015 0.012 0.013 0.007 0.043 0.135 118 L 0.012 0.472 0.322 0.033 0.126 0.006 0.009 0.012 0.004 0.002 0.002 119 P 0.256 0.211 0.030 0.003 0.341 0.004 0.016 0.018 0.008 0.020 0.093 120 L 0.145 0.159 0.080 0.072 0.219 0.049 0.027 0.030 0.059 0.080 0.080 121 S 0.019 0.038 0.050 0.144 0.031 0.203 0.253 0.133 0.080 0.035 0.013 122 G 0.014 0.038 0.078 0.151 0.019 0.045 0.033 0.072 0.106 0.408 0.036 123 E 0.116 0.163 0.077 0.017 0.178 0.012 0.034 0.057 0.074 0.207 0.064 124 A 0.026 0.407 0.298 0.031 0.120 0.013 0.012 0.045 0.022 0.015 0.011 125 P 0.125 0.222 0.065 0.010 0.280 0.010 0.022 0.105 0.074 0.041 0.046 126 E 0.121 0.084 0.043 0.012 0.153 0.022 0.070 0.173 0.147 0.121 0.055 127 R 0.114 0.279 0.075 0.007 0.308 0.004 0.013 0.097 0.041 0.032 0.030 128 A 0.116 0.268 0.078 0.008 0.304 0.008 0.022 0.105 0.025 0.043 0.024 129 F 0.044 0.469 0.115 0.010 0.224 0.008 0.014 0.045 0.017 0.034 0.018 130 D 0.152 0.167 0.066 0.004 0.529 0.002 0.004 0.036 0.007 0.007 0.025 131 E 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.720 0.244 0.007 0.002 132 Q 0.003 0.019 0.009 0.005 0.011 0.031 0.266 0.568 0.054 0.032 0.002 133 T 0.006 0.736 0.170 0.007 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 134 G 0.045 0.017 0.066 0.119 0.013 0.034 0.005 0.042 0.026 0.289 0.343 135 L 0.098 0.266 0.061 0.011 0.236 0.011 0.019 0.148 0.082 0.040 0.029 136 F 0.149 0.117 0.040 0.016 0.251 0.017 0.029 0.182 0.101 0.047 0.050 137 L 0.103 0.183 0.066 0.010 0.181 0.013 0.068 0.227 0.088 0.037 0.023 138 W 0.162 0.133 0.058 0.017 0.180 0.015 0.032 0.178 0.089 0.077 0.059 139 L 0.046 0.276 0.129 0.025 0.136 0.016 0.026 0.196 0.104 0.030 0.013 140 E 0.094 0.082 0.031 0.014 0.106 0.032 0.101 0.266 0.137 0.090 0.047 141 H 0.083 0.183 0.109 0.037 0.181 0.022 0.047 0.108 0.068 0.116 0.045 142 H 0.116 0.137 0.064 0.030 0.153 0.033 0.070 0.126 0.091 0.111 0.069 143 H 0.121 0.161 0.095 0.030 0.207 0.020 0.038 0.093 0.072 0.091 0.072 144 H 0.069 0.081 0.030 0.012 0.103 0.014 0.035 0.189 0.232 0.184 0.050 145 H 0.062 0.139 0.069 0.022 0.122 0.025 0.067 0.160 0.137 0.156 0.041 146 H 0.078 0.169 0.097 0.032 0.145 0.022 0.041 0.156 0.097 0.112 0.050