# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.004 0.884 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.001 0.022 0.050 2 K 0.008 0.024 0.520 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.121 0.007 0.001 0.135 0.171 3 V 0.020 0.012 0.303 0.060 0.002 0.002 0.021 0.003 0.125 0.017 0.002 0.040 0.393 4 F 0.029 0.006 0.246 0.030 0.003 0.004 0.022 0.002 0.109 0.026 0.003 0.427 0.094 5 E 0.018 0.017 0.184 0.005 0.005 0.004 0.020 0.001 0.087 0.029 0.005 0.032 0.592 6 F 0.013 0.012 0.451 0.017 0.011 0.004 0.005 0.001 0.037 0.054 0.030 0.257 0.108 7 E 0.012 0.019 0.411 0.022 0.025 0.006 0.003 0.001 0.019 0.163 0.129 0.036 0.155 8 V 0.006 0.011 0.214 0.015 0.038 0.008 0.001 0.001 0.006 0.228 0.382 0.055 0.035 9 G 0.008 0.006 0.322 0.022 0.015 0.001 0.002 0.001 0.004 0.361 0.191 0.016 0.053 10 K 0.049 0.009 0.356 0.005 0.005 0.001 0.013 0.001 0.021 0.210 0.029 0.219 0.084 11 G 0.129 0.007 0.203 0.007 0.001 0.001 0.024 0.001 0.024 0.034 0.002 0.030 0.536 12 F 0.275 0.001 0.064 0.037 0.001 0.001 0.055 0.005 0.031 0.018 0.001 0.470 0.043 13 L 0.386 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.158 0.017 0.084 0.002 0.001 0.024 0.300 14 L 0.386 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.268 0.036 0.110 0.001 0.001 0.162 0.022 15 R 0.173 0.005 0.037 0.002 0.001 0.001 0.274 0.062 0.252 0.001 0.001 0.011 0.182 16 L 0.022 0.006 0.276 0.008 0.001 0.001 0.022 0.037 0.432 0.012 0.002 0.144 0.040 17 D 0.001 0.006 0.652 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.137 0.125 0.030 0.004 0.037 18 Y 0.001 0.003 0.027 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.162 0.786 0.001 0.001 19 G 0.001 0.001 0.075 0.001 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.154 0.735 0.001 0.001 20 K 0.001 0.011 0.418 0.001 0.033 0.250 0.001 0.001 0.002 0.229 0.051 0.003 0.002 21 D 0.001 0.083 0.167 0.001 0.019 0.625 0.001 0.001 0.004 0.033 0.040 0.001 0.025 22 L 0.001 0.002 0.031 0.001 0.014 0.919 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.002 0.001 23 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 24 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.868 0.001 0.001 0.001 0.003 0.126 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.250 0.001 0.001 0.001 0.016 0.724 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.054 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 0.898 0.001 0.001 35 I 0.001 0.005 0.884 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.006 0.010 0.020 36 H 0.010 0.013 0.504 0.054 0.005 0.001 0.009 0.003 0.108 0.170 0.017 0.051 0.055 37 A 0.071 0.008 0.123 0.028 0.003 0.002 0.134 0.072 0.271 0.048 0.010 0.061 0.170 38 A 0.119 0.002 0.074 0.016 0.001 0.001 0.177 0.214 0.219 0.010 0.001 0.082 0.083 39 H 0.250 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.193 0.358 0.117 0.002 0.001 0.030 0.035 40 I 0.402 0.001 0.014 0.005 0.001 0.004 0.177 0.179 0.107 0.002 0.001 0.041 0.066 41 S 0.423 0.001 0.038 0.029 0.001 0.004 0.122 0.145 0.098 0.008 0.002 0.071 0.058 42 A 0.475 0.003 0.073 0.010 0.002 0.007 0.073 0.023 0.057 0.014 0.006 0.066 0.189 43 I 0.339 0.007 0.085 0.033 0.020 0.070 0.046 0.007 0.024 0.028 0.029 0.145 0.167 44 G 0.171 0.008 0.091 0.114 0.052 0.077 0.028 0.007 0.018 0.069 0.119 0.104 0.143 45 A 0.196 0.011 0.122 0.029 0.048 0.033 0.024 0.004 0.021 0.056 0.152 0.132 0.172 46 V 0.096 0.017 0.295 0.023 0.054 0.020 0.014 0.003 0.018 0.064 0.049 0.046 0.300 47 R 0.051 0.007 0.124 0.367 0.034 0.010 0.009 0.001 0.017 0.163 0.036 0.123 0.058 48 S 0.094 0.002 0.114 0.129 0.027 0.008 0.025 0.003 0.032 0.115 0.039 0.040 0.370 49 A 0.283 0.003 0.111 0.021 0.009 0.009 0.090 0.027 0.080 0.017 0.006 0.183 0.161 50 V 0.380 0.003 0.024 0.003 0.001 0.005 0.181 0.066 0.109 0.004 0.002 0.121 0.099 51 I 0.343 0.002 0.036 0.008 0.001 0.004 0.161 0.110 0.121 0.005 0.002 0.032 0.176 52 G 0.192 0.003 0.082 0.008 0.001 0.003 0.062 0.015 0.147 0.018 0.003 0.423 0.044 53 Y 0.038 0.012 0.279 0.008 0.001 0.002 0.015 0.001 0.099 0.045 0.005 0.026 0.470 54 Y 0.027 0.032 0.455 0.046 0.010 0.008 0.005 0.001 0.033 0.094 0.048 0.151 0.092 55 D 0.007 0.020 0.500 0.004 0.030 0.023 0.001 0.001 0.013 0.177 0.098 0.025 0.101 56 Q 0.003 0.004 0.185 0.003 0.152 0.105 0.001 0.001 0.001 0.160 0.362 0.009 0.016 57 E 0.003 0.008 0.195 0.002 0.160 0.123 0.001 0.001 0.001 0.123 0.352 0.019 0.013 58 K 0.004 0.007 0.281 0.005 0.140 0.157 0.001 0.001 0.001 0.147 0.210 0.012 0.036 59 K 0.007 0.009 0.309 0.012 0.082 0.216 0.001 0.001 0.002 0.147 0.151 0.025 0.039 60 E 0.019 0.012 0.222 0.012 0.055 0.221 0.004 0.001 0.006 0.148 0.116 0.097 0.088 61 Y 0.034 0.010 0.262 0.030 0.032 0.183 0.008 0.001 0.017 0.080 0.058 0.030 0.255 62 V 0.046 0.012 0.239 0.014 0.009 0.108 0.014 0.001 0.038 0.030 0.015 0.368 0.104 63 K 0.066 0.013 0.119 0.012 0.007 0.058 0.020 0.001 0.036 0.026 0.009 0.040 0.591 64 K 0.045 0.002 0.141 0.017 0.005 0.044 0.011 0.001 0.046 0.031 0.006 0.604 0.046 65 E 0.034 0.008 0.182 0.004 0.008 0.037 0.012 0.001 0.052 0.012 0.010 0.025 0.614 66 L 0.043 0.017 0.257 0.022 0.018 0.064 0.021 0.002 0.037 0.043 0.061 0.278 0.138 67 M 0.054 0.014 0.251 0.020 0.013 0.063 0.012 0.002 0.022 0.118 0.077 0.046 0.308 68 E 0.017 0.003 0.242 0.006 0.014 0.093 0.002 0.001 0.010 0.336 0.041 0.201 0.036 69 P 0.026 0.006 0.277 0.008 0.027 0.185 0.005 0.001 0.010 0.085 0.099 0.015 0.257 70 L 0.194 0.009 0.159 0.028 0.016 0.129 0.029 0.006 0.027 0.035 0.038 0.185 0.146 71 E 0.447 0.006 0.062 0.008 0.006 0.074 0.042 0.006 0.020 0.019 0.010 0.149 0.149 72 I 0.400 0.003 0.035 0.012 0.006 0.072 0.068 0.013 0.024 0.011 0.006 0.088 0.262 73 L 0.445 0.001 0.036 0.206 0.006 0.038 0.045 0.006 0.009 0.013 0.010 0.107 0.077 74 S 0.544 0.003 0.024 0.010 0.005 0.020 0.049 0.009 0.016 0.013 0.013 0.123 0.172 75 L 0.568 0.002 0.039 0.011 0.005 0.013 0.053 0.007 0.012 0.010 0.014 0.100 0.167 76 S 0.632 0.003 0.046 0.016 0.003 0.007 0.037 0.006 0.013 0.014 0.013 0.094 0.116 77 G 0.500 0.002 0.072 0.019 0.004 0.010 0.029 0.005 0.015 0.059 0.019 0.103 0.163 78 N 0.381 0.005 0.098 0.017 0.005 0.007 0.027 0.003 0.019 0.042 0.028 0.221 0.148 79 V 0.367 0.021 0.117 0.010 0.003 0.004 0.026 0.002 0.012 0.035 0.013 0.060 0.331 80 S 0.163 0.078 0.180 0.002 0.003 0.005 0.014 0.001 0.026 0.042 0.015 0.312 0.158 81 M 0.020 0.015 0.423 0.005 0.037 0.016 0.003 0.001 0.010 0.086 0.173 0.013 0.198 82 K 0.005 0.005 0.158 0.006 0.048 0.009 0.001 0.001 0.002 0.168 0.555 0.026 0.017 83 D 0.001 0.004 0.151 0.004 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.180 0.593 0.008 0.011 84 S 0.001 0.005 0.295 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.518 0.149 0.004 0.014 85 K 0.001 0.020 0.554 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.278 0.027 0.084 0.027 86 P 0.012 0.051 0.303 0.011 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.104 0.020 0.007 0.482 87 F 0.074 0.012 0.284 0.042 0.005 0.003 0.010 0.001 0.004 0.036 0.010 0.458 0.063 88 C 0.220 0.011 0.109 0.012 0.003 0.002 0.037 0.001 0.009 0.023 0.005 0.052 0.516 89 H 0.527 0.002 0.046 0.041 0.003 0.001 0.047 0.002 0.007 0.010 0.003 0.189 0.122 90 I 0.698 0.001 0.019 0.016 0.001 0.001 0.041 0.002 0.005 0.003 0.001 0.068 0.147 91 H 0.839 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.072 0.043 92 V 0.867 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.061 93 L 0.888 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 0.037 0.033 94 L 0.775 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.041 0.006 0.005 0.003 0.003 0.052 0.100 95 G 0.441 0.005 0.106 0.040 0.002 0.002 0.025 0.005 0.014 0.034 0.026 0.066 0.235 96 K 0.082 0.011 0.188 0.015 0.009 0.003 0.004 0.001 0.014 0.222 0.114 0.244 0.094 97 D 0.002 0.003 0.080 0.011 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.220 0.630 0.007 0.026 98 G 0.004 0.002 0.098 0.012 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.263 0.573 0.018 0.014 99 E 0.116 0.035 0.237 0.005 0.009 0.002 0.016 0.008 0.019 0.146 0.058 0.168 0.180 100 V 0.252 0.037 0.079 0.002 0.003 0.002 0.061 0.015 0.031 0.016 0.006 0.081 0.415 101 Y 0.276 0.017 0.083 0.177 0.007 0.004 0.052 0.007 0.014 0.021 0.015 0.209 0.116 102 G 0.221 0.010 0.129 0.073 0.011 0.008 0.040 0.004 0.016 0.077 0.056 0.117 0.239 103 G 0.153 0.009 0.158 0.051 0.026 0.014 0.028 0.007 0.024 0.115 0.096 0.170 0.150 104 H 0.185 0.021 0.170 0.014 0.017 0.009 0.035 0.005 0.029 0.076 0.065 0.150 0.223 105 L 0.123 0.039 0.201 0.018 0.034 0.013 0.024 0.008 0.032 0.070 0.064 0.060 0.313 106 F 0.063 0.016 0.271 0.058 0.031 0.011 0.009 0.003 0.019 0.159 0.072 0.211 0.077 107 S 0.015 0.009 0.314 0.037 0.059 0.015 0.003 0.001 0.010 0.200 0.156 0.020 0.162 108 A 0.016 0.007 0.420 0.039 0.050 0.016 0.005 0.001 0.014 0.176 0.113 0.061 0.083 109 E 0.061 0.040 0.293 0.019 0.023 0.010 0.016 0.003 0.031 0.092 0.053 0.166 0.195 110 V 0.079 0.030 0.240 0.015 0.011 0.007 0.027 0.007 0.056 0.064 0.023 0.084 0.357 111 F 0.066 0.009 0.221 0.154 0.006 0.003 0.025 0.002 0.043 0.093 0.027 0.268 0.084 112 A 0.092 0.003 0.205 0.035 0.003 0.001 0.030 0.003 0.036 0.056 0.022 0.026 0.486 113 C 0.281 0.002 0.084 0.016 0.002 0.001 0.058 0.007 0.037 0.023 0.002 0.402 0.083 114 E 0.474 0.001 0.026 0.012 0.001 0.001 0.122 0.014 0.043 0.006 0.001 0.071 0.229 115 V 0.618 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.158 0.032 0.036 0.001 0.001 0.047 0.082 116 F 0.624 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.152 0.021 0.030 0.001 0.001 0.115 0.042 117 V 0.436 0.002 0.028 0.006 0.001 0.001 0.126 0.007 0.042 0.004 0.001 0.025 0.321 118 L 0.107 0.003 0.124 0.021 0.002 0.002 0.018 0.001 0.069 0.029 0.004 0.574 0.046 119 P 0.019 0.013 0.311 0.006 0.003 0.002 0.006 0.001 0.044 0.054 0.015 0.013 0.514 120 L 0.006 0.029 0.522 0.025 0.024 0.008 0.002 0.001 0.021 0.123 0.092 0.101 0.047 121 S 0.002 0.014 0.299 0.009 0.040 0.013 0.001 0.001 0.005 0.294 0.272 0.014 0.037 122 G 0.001 0.004 0.290 0.004 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.390 0.236 0.007 0.011 123 E 0.001 0.019 0.403 0.007 0.044 0.026 0.001 0.001 0.003 0.300 0.166 0.011 0.018 124 A 0.001 0.030 0.662 0.004 0.021 0.027 0.001 0.001 0.004 0.140 0.069 0.014 0.028 125 P 0.004 0.033 0.648 0.004 0.042 0.047 0.001 0.001 0.007 0.061 0.067 0.018 0.067 126 E 0.023 0.036 0.461 0.010 0.094 0.063 0.005 0.001 0.012 0.078 0.083 0.051 0.085 127 R 0.030 0.018 0.275 0.005 0.084 0.065 0.003 0.001 0.012 0.211 0.054 0.096 0.146 128 A 0.022 0.026 0.457 0.003 0.027 0.062 0.003 0.001 0.016 0.064 0.042 0.114 0.163 129 F 0.016 0.116 0.518 0.004 0.004 0.040 0.003 0.001 0.009 0.109 0.022 0.036 0.123 130 D 0.001 0.026 0.841 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.087 0.002 0.009 0.022 131 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.174 0.362 0.001 0.001 0.001 0.018 0.435 0.001 0.001 132 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.185 0.154 0.001 0.001 0.001 0.012 0.643 0.001 0.001 133 T 0.001 0.002 0.010 0.004 0.174 0.166 0.001 0.001 0.001 0.021 0.621 0.001 0.001 134 G 0.003 0.021 0.212 0.004 0.049 0.114 0.001 0.001 0.003 0.103 0.470 0.007 0.012 135 L 0.016 0.033 0.546 0.013 0.022 0.052 0.004 0.001 0.011 0.096 0.034 0.033 0.139 136 F 0.059 0.088 0.233 0.025 0.036 0.036 0.013 0.002 0.045 0.069 0.030 0.102 0.263 137 L 0.073 0.043 0.283 0.051 0.034 0.054 0.028 0.005 0.040 0.047 0.026 0.095 0.221 138 W 0.024 0.029 0.459 0.018 0.031 0.050 0.013 0.003 0.052 0.057 0.043 0.121 0.100 139 L 0.014 0.025 0.539 0.015 0.031 0.035 0.005 0.001 0.032 0.096 0.034 0.034 0.141 140 E 0.008 0.016 0.491 0.016 0.054 0.041 0.002 0.001 0.015 0.132 0.092 0.070 0.063 141 H 0.006 0.018 0.351 0.005 0.092 0.050 0.002 0.001 0.012 0.163 0.199 0.023 0.079 142 H 0.004 0.023 0.353 0.007 0.073 0.057 0.001 0.001 0.008 0.243 0.160 0.038 0.032 143 H 0.002 0.013 0.496 0.004 0.045 0.036 0.001 0.001 0.003 0.217 0.136 0.012 0.035 144 H 0.001 0.013 0.532 0.002 0.029 0.031 0.001 0.001 0.003 0.205 0.149 0.012 0.023 145 H 0.001 0.018 0.738 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.003 0.099 0.077 0.007 0.021 146 H 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.002 0.003