(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

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    • T0312 GR013, Archaeoglobus fulgidus, 146 res
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   1 A.I.G.A.V...RS...A...V.IG.....Y.Y...DQ....E...K.K..E..Y...VK..KEL
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   5 A.V.G.S.L...SQ...A...T.LR.....L.A...DQ....T...G.D..-..-...--..HLL
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  12 G.L.G.A.V...QD...A...T.VY.....F.Y...DQ....V...E.Q..E..Y...YP..VEF
  13 I.I.G.G.AdkgSK...L...V.VG.....P.E...ES....R...ElP..Vm.P...MT..HEL
  14 G.CtG.S.L...TD...V...A.LR.....Y.A...GQ....E...N.T..-..-...--..ALL
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  17 A.V.G.G.A...DK...G...T.LL.....V.V...GPgesrS...N.Pv.K..P...MI..HEL
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  40 ..QEP....F....E.....IVSV.M..G..T..LTP....E.H..Q-.-.--....H.VHISVS
  41 ..RGD....L....E.....ILTL.A..G..S..VSP....-.D..G-.-.-A....H.LHMSVS
  42 ..DEP....L....E.....VAAC.V..G..N..IAT....L.D..GE.P.FA....H.THATLS
  43 ..KAP....F....E.....IVSV.M..A..T..LTP....N.H..Q-.-.--....H.IHISVA
  44 ..TAP....F....E.....IVSL.M..A..T..LTP....N.H..Q-.-.--....H.VHISVA
  45 ..RGD....L....E.....ILTL.A..G..S..VSP....-.D..G-.-.-A....H.LHMSIS
  46 ..TGT....F....E.....VISL.N..G..T..LEL....T.-..GE.-.--....H.LHLAVS
  47 ..YDA....H....E.....ITG-.T..G..T..LFP....D.Ss.GK.P.IL....H.MHMACG
  48 ..RDD....L....E.....ILTL.A..G..S..ISP....-.D..G-.-.-A....H.LHMSVA
  49 ..DGP....L....E.....ILTL.S..G..T..LTA....D.H..--.-.-V....H.LHISVA
  50 ..SGP....L....E.....ILTL.S..G..T..LTP....Q.H..--.-.-V....H.LHISVA
  51 ..DNA....H....E.....VAG-.T..G..T..LFP....D.Ee.GH.P.LV....H.MHFALG
  52 ..KGD....F....E.....ITSL.V..G..N..VST....Y.K..DN.L.IP....H.LHINLG
  53 ..NEQ....V....E.....VVSL.I..G..D..IAL....D.K..GE.P.KV....H.AHVVVG
  54 ..YDA....H....E.....ITG-.T..G..T..IFP....NaD..GR.P.IL....H.LHIACG
  55 ..TGT....F....E.....VISL.N..G..T..LEL....T.-..GE.-.--....H.LHLAVS
  56 ..TGT....F....E.....VISL.N..G..T..LEL....T.-..GE.-.--....H.LHLAVS
  57 ..DGA....H....E.....VAG-.V..G..I..ITP....D.Es.GN.P.KL....H.IHAALG
  58 ..REQ....C....E.....VLSL.I..G..D..IAV....A.D..DG.P.TP....H.LHAVLG
  59 ..DDV....H....E.....IAG-.V..G..T..IFP....D.Ky.HN.P.VL....H.MHIACG
  60 ..RDD....L....E.....ILTL.A..G..T..LSA....-.D..G-.-.-A....H.LHMSVA
  61 ..EGA....Y....E.....IASC.T..G..N..ISL....K.D..GE.R.FI....H.AHIVLA
  62 ..DGA....H....E.....VAG-.V..G..I..IAPg...E.D..GT.P.KL....H.IHAALG
  63 ..DEP....M....E.....ILSG.L..G..N..VSL....K.D..GK.P.FV....H.AHVTFL
  64 ..DEP....L....E.....LIGL.M..G..N..ISH....I.D..EQ.P.FA....H.LHATFG
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  82 ..DDA....H....E.....ILG-.I..G..D..IFL....M.E..GK.P.KI....H.LHAGAG
  83 ..KAC....F....E.....IIAI.T..A..T..LTP....E.H..Q-.-.--....H.VHLAIA
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 107 ..EGQ....Y....E.....ILSL.S..G..Sy.IRT....E.Q..GG.K.SG....G.LSVSLS
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 123 ..D-T....V....E.....ITSF.T..G..D..IAW....Y.N..GK.P.VA....H.THVSAS
 124 ..HGR....Y....E.....ILSL.L..G..S..ILP....P.P..AP.LgIT....G.LTIYLA
 125 ..HGR....F....E.....ILSL.A..G..S..FLP....P.P..AP.P.GAt...S.LAAFLA
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 127 ..RGQ....F....E.....ILSL.T..G..T..VLP....P.P..AP.P.SAs...G.LTVFLS
 128 ..EDR....S....E.....LVAF.H..G..S..IA-....N.D..KN.R.F-....H.IHIGVA
 129 ..EGD....L....E.....IITL.N..G..T..VSP....Q.G..--.-.-A....H.LHLSLS
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 131 ..QGI....L....E.....VITL.N..G..T..LSP....Q.G..--.-.-V....H.LHLSLS
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 134 ..NEG....T....E.....LVTL.Q..G..N..LAR....R.Et.GE.P.FT....H.LHATFS
 135 ..EGR....F....E.....IISL.S..G..S..FLN....S.E..SN.G.TVtktgN.LSVSLA
 136 ..EGR....F....E.....IISL.S..G..S..FLN....S.E..SN.G.TVtktgN.LSVSLA
 137 ..RGR....F....E.....ILSL.T..G..T..FLP....G.P..AP.PgST....G.LTVYLA
 138 ..EGR....F....E.....IISL.S..G..S..FLN....S.E..SN.G.TVtktgN.LSVSLA
 139 ..RGR....F....E.....ILSL.T..G..T..VLP....P.P..AP.P.GAs...G.LTVFLS
 140 ..TGD....I....Q.....ILSL.S..G..T..VAF....D.G..VK.S.SS....H.LHMALS
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  57 .R.MG.KTTTGCL.....R.P.G..Vn.TWi..VGEA...VMY..E..IL.....G...AKA...
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