# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.019 0.025 0.115 0.165 0.098 0.042 0.510 2 K 0.044 0.035 0.027 0.137 0.220 0.083 0.054 0.400 3 V 0.031 0.026 0.026 0.099 0.143 0.080 0.047 0.548 4 F 0.042 0.029 0.029 0.204 0.221 0.065 0.070 0.340 5 E 0.031 0.015 0.032 0.117 0.166 0.073 0.101 0.466 6 F 0.089 0.012 0.028 0.093 0.126 0.094 0.079 0.480 7 E 0.170 0.010 0.020 0.088 0.116 0.069 0.069 0.459 8 V 0.025 0.004 0.018 0.028 0.087 0.124 0.032 0.682 9 G 0.021 0.004 0.043 0.055 0.179 0.102 0.039 0.556 10 K 0.018 0.003 0.042 0.200 0.308 0.098 0.044 0.287 11 G 0.002 0.001 0.060 0.137 0.339 0.053 0.035 0.372 12 F 0.001 0.001 0.094 0.325 0.512 0.013 0.014 0.040 13 L 0.001 0.001 0.151 0.282 0.446 0.011 0.016 0.093 14 L 0.001 0.001 0.215 0.421 0.294 0.010 0.011 0.047 15 R 0.003 0.002 0.234 0.262 0.381 0.017 0.029 0.072 16 L 0.060 0.009 0.129 0.115 0.128 0.082 0.035 0.443 17 D 0.457 0.044 0.052 0.075 0.044 0.059 0.076 0.193 18 Y 0.033 0.205 0.006 0.004 0.011 0.075 0.010 0.657 19 G 0.035 0.530 0.007 0.003 0.008 0.031 0.038 0.348 20 K 0.028 0.777 0.008 0.018 0.006 0.018 0.086 0.059 21 D 0.017 0.889 0.004 0.003 0.003 0.009 0.040 0.034 22 L 0.031 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 23 V 0.028 0.876 0.004 0.001 0.001 0.004 0.072 0.015 24 R 0.005 0.822 0.002 0.001 0.001 0.004 0.108 0.056 25 Q 0.006 0.918 0.002 0.001 0.001 0.003 0.054 0.015 26 I 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 27 E 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 28 E 0.007 0.956 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 0.018 29 F 0.068 0.774 0.026 0.002 0.002 0.012 0.081 0.036 30 L 0.155 0.080 0.169 0.005 0.002 0.024 0.470 0.094 31 E 0.528 0.077 0.012 0.001 0.001 0.025 0.053 0.302 32 E 0.098 0.015 0.009 0.001 0.001 0.033 0.026 0.816 33 K 0.006 0.012 0.025 0.004 0.006 0.137 0.016 0.794 34 G 0.029 0.016 0.019 0.004 0.013 0.080 0.057 0.782 35 I 0.061 0.027 0.048 0.027 0.011 0.142 0.094 0.590 36 H 0.042 0.049 0.165 0.033 0.062 0.112 0.109 0.428 37 A 0.009 0.019 0.091 0.027 0.067 0.092 0.120 0.575 38 A 0.003 0.013 0.554 0.102 0.148 0.039 0.062 0.080 39 H 0.008 0.026 0.443 0.099 0.196 0.027 0.093 0.107 40 I 0.006 0.022 0.409 0.218 0.166 0.028 0.049 0.103 41 S 0.016 0.027 0.446 0.122 0.179 0.039 0.052 0.119 42 A 0.056 0.062 0.145 0.137 0.176 0.077 0.109 0.239 43 I 0.045 0.055 0.122 0.066 0.130 0.098 0.074 0.410 44 G 0.031 0.027 0.109 0.126 0.170 0.094 0.146 0.297 45 A 0.028 0.039 0.068 0.083 0.146 0.103 0.179 0.355 46 V 0.081 0.030 0.085 0.065 0.095 0.096 0.147 0.400 47 R 0.074 0.026 0.044 0.101 0.156 0.120 0.071 0.407 48 S 0.013 0.009 0.056 0.036 0.120 0.092 0.056 0.617 49 A 0.012 0.007 0.126 0.146 0.307 0.097 0.046 0.259 50 V 0.019 0.007 0.136 0.215 0.309 0.052 0.056 0.208 51 I 0.009 0.007 0.102 0.180 0.213 0.060 0.029 0.400 52 G 0.021 0.015 0.166 0.166 0.219 0.077 0.039 0.297 53 Y 0.063 0.029 0.068 0.119 0.107 0.102 0.072 0.440 54 Y 0.101 0.044 0.049 0.036 0.038 0.092 0.060 0.580 55 D 0.305 0.088 0.017 0.022 0.026 0.067 0.071 0.404 56 Q 0.107 0.049 0.011 0.011 0.015 0.092 0.054 0.661 57 E 0.103 0.063 0.010 0.014 0.021 0.085 0.049 0.656 58 K 0.084 0.059 0.008 0.016 0.026 0.094 0.055 0.658 59 K 0.045 0.058 0.014 0.027 0.047 0.100 0.052 0.656 60 E 0.064 0.064 0.020 0.051 0.103 0.086 0.070 0.541 61 Y 0.038 0.032 0.030 0.074 0.090 0.090 0.069 0.578 62 V 0.035 0.035 0.036 0.122 0.173 0.082 0.071 0.444 63 K 0.028 0.012 0.042 0.078 0.146 0.074 0.064 0.557 64 K 0.042 0.010 0.035 0.171 0.202 0.078 0.046 0.416 65 E 0.046 0.008 0.038 0.082 0.119 0.089 0.077 0.541 66 L 0.016 0.010 0.021 0.071 0.113 0.111 0.030 0.628 67 M 0.028 0.012 0.020 0.030 0.058 0.081 0.027 0.744 68 E 0.086 0.080 0.023 0.103 0.088 0.097 0.067 0.457 69 P 0.046 0.081 0.042 0.054 0.148 0.101 0.073 0.454 70 L 0.016 0.043 0.061 0.126 0.220 0.070 0.156 0.308 71 E 0.010 0.034 0.098 0.262 0.335 0.041 0.079 0.142 72 I 0.009 0.013 0.137 0.184 0.326 0.047 0.095 0.188 73 L 0.009 0.009 0.167 0.248 0.359 0.039 0.060 0.110 74 S 0.032 0.008 0.196 0.170 0.308 0.042 0.095 0.149 75 L 0.025 0.008 0.077 0.170 0.244 0.091 0.057 0.329 76 S 0.020 0.005 0.062 0.089 0.218 0.088 0.041 0.477 77 G 0.031 0.008 0.058 0.123 0.194 0.116 0.049 0.422 78 N 0.019 0.008 0.078 0.120 0.173 0.106 0.054 0.443 79 V 0.019 0.003 0.053 0.120 0.131 0.086 0.048 0.540 80 S 0.085 0.005 0.053 0.099 0.099 0.093 0.139 0.428 81 M 0.307 0.004 0.014 0.024 0.027 0.076 0.049 0.500 82 K 0.126 0.002 0.007 0.012 0.018 0.091 0.027 0.716 83 D 0.011 0.001 0.005 0.006 0.018 0.087 0.011 0.861 84 S 0.029 0.005 0.013 0.017 0.050 0.120 0.029 0.737 85 K 0.044 0.010 0.032 0.097 0.081 0.133 0.084 0.520 86 P 0.022 0.022 0.059 0.084 0.164 0.096 0.059 0.493 87 F 0.013 0.018 0.118 0.094 0.188 0.098 0.074 0.397 88 C 0.007 0.020 0.220 0.204 0.289 0.053 0.053 0.152 89 H 0.006 0.029 0.252 0.124 0.311 0.042 0.084 0.153 90 I 0.004 0.019 0.218 0.230 0.337 0.031 0.074 0.087 91 H 0.010 0.014 0.269 0.237 0.316 0.023 0.081 0.051 92 V 0.011 0.009 0.217 0.273 0.304 0.034 0.060 0.093 93 L 0.010 0.006 0.208 0.200 0.371 0.037 0.054 0.114 94 L 0.013 0.003 0.135 0.191 0.359 0.055 0.101 0.143 95 G 0.086 0.003 0.077 0.056 0.115 0.147 0.104 0.411 96 K 0.296 0.004 0.013 0.035 0.044 0.100 0.046 0.464 97 D 0.012 0.002 0.008 0.006 0.021 0.156 0.011 0.785 98 G 0.006 0.002 0.047 0.025 0.125 0.179 0.036 0.580 99 E 0.013 0.004 0.110 0.204 0.200 0.104 0.069 0.295 100 V 0.019 0.006 0.108 0.141 0.092 0.079 0.053 0.501 101 Y 0.040 0.017 0.166 0.142 0.157 0.073 0.062 0.344 102 G 0.052 0.022 0.113 0.077 0.148 0.086 0.075 0.428 103 G 0.032 0.014 0.151 0.146 0.174 0.065 0.098 0.320 104 H 0.023 0.018 0.104 0.170 0.258 0.073 0.087 0.266 105 L 0.036 0.009 0.111 0.098 0.157 0.092 0.129 0.368 106 F 0.159 0.011 0.047 0.128 0.138 0.088 0.071 0.358 107 S 0.083 0.007 0.013 0.023 0.071 0.089 0.055 0.658 108 A 0.012 0.003 0.033 0.052 0.127 0.114 0.039 0.621 109 E 0.012 0.002 0.074 0.147 0.437 0.065 0.070 0.193 110 V 0.005 0.001 0.087 0.102 0.128 0.066 0.078 0.534 111 F 0.009 0.001 0.276 0.262 0.242 0.055 0.030 0.125 112 A 0.008 0.001 0.129 0.059 0.139 0.063 0.073 0.529 113 C 0.003 0.001 0.268 0.197 0.243 0.066 0.046 0.175 114 E 0.002 0.001 0.376 0.132 0.339 0.020 0.049 0.081 115 V 0.002 0.001 0.228 0.290 0.258 0.023 0.034 0.165 116 F 0.001 0.001 0.496 0.182 0.233 0.013 0.012 0.063 117 V 0.006 0.002 0.227 0.167 0.208 0.059 0.044 0.288 118 L 0.023 0.004 0.281 0.216 0.141 0.066 0.088 0.182 119 P 0.197 0.010 0.058 0.027 0.041 0.112 0.051 0.503 120 L 0.418 0.013 0.022 0.012 0.016 0.078 0.052 0.389 121 S 0.053 0.011 0.011 0.008 0.014 0.106 0.016 0.780 122 G 0.021 0.017 0.008 0.007 0.018 0.099 0.020 0.811 123 E 0.054 0.059 0.013 0.029 0.030 0.119 0.037 0.659 124 A 0.212 0.099 0.024 0.049 0.051 0.090 0.111 0.365 125 P 0.178 0.074 0.016 0.035 0.045 0.066 0.043 0.543 126 E 0.067 0.050 0.025 0.054 0.100 0.079 0.038 0.587 127 R 0.051 0.097 0.015 0.027 0.043 0.117 0.020 0.631 128 A 0.017 0.056 0.021 0.049 0.080 0.134 0.033 0.609 129 F 0.020 0.018 0.012 0.014 0.015 0.100 0.176 0.646 130 D 0.246 0.229 0.007 0.009 0.006 0.023 0.436 0.042 131 E 0.322 0.281 0.006 0.004 0.008 0.057 0.029 0.293 132 Q 0.108 0.089 0.014 0.009 0.019 0.074 0.035 0.652 133 T 0.039 0.093 0.026 0.020 0.047 0.133 0.047 0.596 134 G 0.071 0.091 0.031 0.037 0.092 0.133 0.087 0.457 135 L 0.143 0.077 0.038 0.073 0.068 0.111 0.043 0.446 136 F 0.051 0.063 0.047 0.063 0.079 0.110 0.039 0.548 137 L 0.014 0.034 0.058 0.036 0.068 0.096 0.039 0.655 138 W 0.109 0.088 0.090 0.093 0.094 0.095 0.119 0.312 139 L 0.285 0.076 0.040 0.035 0.034 0.078 0.075 0.377 140 E 0.147 0.044 0.023 0.022 0.031 0.086 0.051 0.596 141 H 0.091 0.023 0.014 0.012 0.017 0.090 0.051 0.703 142 H 0.092 0.017 0.017 0.014 0.021 0.127 0.058 0.655 143 H 0.099 0.009 0.011 0.011 0.017 0.094 0.032 0.725 144 H 0.092 0.009 0.010 0.013 0.019 0.104 0.043 0.710 145 H 0.028 0.007 0.015 0.013 0.026 0.121 0.033 0.757 146 H 0.040 0.010 0.022 0.028 0.055 0.112 0.046 0.686