# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.038 0.027 0.046 0.062 0.092 0.153 0.148 0.152 0.123 0.096 2 K 0.264 0.235 0.103 0.193 0.106 0.052 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 3 V 0.053 0.041 0.050 0.086 0.088 0.103 0.165 0.117 0.122 0.105 0.070 4 F 0.104 0.092 0.071 0.133 0.118 0.114 0.146 0.083 0.064 0.044 0.031 5 E 0.103 0.133 0.109 0.211 0.134 0.102 0.091 0.051 0.037 0.021 0.009 6 F 0.046 0.037 0.044 0.062 0.078 0.113 0.174 0.136 0.125 0.108 0.077 7 E 0.235 0.196 0.103 0.192 0.104 0.067 0.050 0.025 0.016 0.008 0.005 8 V 0.082 0.090 0.045 0.113 0.109 0.121 0.156 0.109 0.083 0.059 0.034 9 G 0.107 0.115 0.054 0.113 0.109 0.101 0.117 0.094 0.081 0.061 0.049 10 K 0.094 0.105 0.041 0.171 0.147 0.138 0.128 0.071 0.056 0.031 0.017 11 G 0.058 0.063 0.060 0.151 0.158 0.136 0.123 0.083 0.081 0.055 0.033 12 F 0.003 0.006 0.007 0.030 0.044 0.067 0.190 0.169 0.180 0.168 0.136 13 L 0.003 0.006 0.012 0.043 0.054 0.060 0.132 0.163 0.192 0.186 0.148 14 L 0.001 0.001 0.010 0.007 0.012 0.021 0.068 0.123 0.236 0.282 0.239 15 R 0.008 0.028 0.052 0.152 0.177 0.148 0.178 0.124 0.070 0.039 0.024 16 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.016 0.065 0.108 0.232 0.278 0.283 17 D 0.215 0.185 0.085 0.236 0.120 0.067 0.053 0.021 0.010 0.005 0.003 18 Y 0.105 0.302 0.064 0.133 0.117 0.097 0.080 0.052 0.031 0.014 0.005 19 G 0.170 0.103 0.024 0.094 0.114 0.146 0.152 0.091 0.063 0.027 0.018 20 K 0.693 0.103 0.046 0.082 0.043 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 21 D 0.096 0.079 0.098 0.225 0.180 0.139 0.108 0.046 0.019 0.007 0.003 22 L 0.001 0.002 0.007 0.003 0.004 0.009 0.039 0.094 0.238 0.275 0.329 23 V 0.001 0.003 0.015 0.033 0.105 0.234 0.350 0.145 0.066 0.035 0.013 24 R 0.024 0.021 0.784 0.125 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.009 0.022 0.084 0.135 0.266 0.349 0.104 0.023 0.006 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.192 0.358 0.407 27 E 0.002 0.008 0.060 0.116 0.281 0.287 0.198 0.032 0.010 0.005 0.001 28 E 0.009 0.016 0.832 0.097 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.010 0.012 0.017 0.052 0.307 0.222 0.186 0.120 0.073 30 L 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.014 0.081 0.152 0.256 0.278 0.207 31 E 0.005 0.042 0.419 0.236 0.147 0.079 0.050 0.011 0.006 0.004 0.001 32 E 0.041 0.077 0.468 0.150 0.098 0.087 0.054 0.015 0.005 0.003 0.001 33 K 0.172 0.084 0.068 0.128 0.082 0.101 0.175 0.091 0.055 0.030 0.014 34 G 0.369 0.242 0.083 0.114 0.074 0.054 0.034 0.018 0.009 0.003 0.001 35 I 0.012 0.011 0.019 0.027 0.044 0.084 0.158 0.146 0.178 0.167 0.154 36 H 0.067 0.140 0.149 0.258 0.173 0.105 0.066 0.022 0.011 0.005 0.003 37 A 0.004 0.008 0.026 0.071 0.069 0.088 0.185 0.150 0.144 0.151 0.104 38 A 0.001 0.002 0.006 0.008 0.014 0.025 0.078 0.135 0.211 0.260 0.260 39 H 0.002 0.007 0.012 0.050 0.066 0.087 0.156 0.189 0.189 0.140 0.104 40 I 0.001 0.001 0.006 0.007 0.013 0.025 0.067 0.115 0.215 0.277 0.273 41 S 0.005 0.015 0.015 0.080 0.122 0.140 0.203 0.160 0.121 0.078 0.061 42 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.014 0.052 0.085 0.215 0.300 0.318 43 I 0.006 0.007 0.007 0.036 0.063 0.092 0.182 0.173 0.177 0.142 0.114 44 G 0.009 0.012 0.019 0.048 0.058 0.079 0.169 0.164 0.179 0.145 0.120 45 A 0.004 0.014 0.012 0.048 0.063 0.072 0.153 0.165 0.174 0.151 0.144 46 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.014 0.055 0.092 0.202 0.274 0.344 47 R 0.040 0.060 0.054 0.186 0.180 0.137 0.154 0.077 0.054 0.035 0.022 48 S 0.043 0.075 0.065 0.189 0.200 0.168 0.126 0.068 0.040 0.019 0.007 49 A 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.017 0.065 0.100 0.218 0.281 0.300 50 V 0.031 0.044 0.031 0.133 0.153 0.146 0.186 0.125 0.078 0.047 0.026 51 I 0.003 0.005 0.018 0.021 0.028 0.043 0.105 0.128 0.196 0.236 0.220 52 G 0.019 0.033 0.045 0.098 0.121 0.139 0.201 0.131 0.095 0.065 0.053 53 Y 0.015 0.017 0.019 0.045 0.044 0.054 0.127 0.137 0.195 0.199 0.148 54 Y 0.061 0.055 0.037 0.092 0.106 0.116 0.172 0.115 0.104 0.079 0.063 55 D 0.184 0.160 0.062 0.173 0.116 0.086 0.093 0.050 0.040 0.022 0.013 56 Q 0.185 0.121 0.043 0.117 0.106 0.093 0.120 0.077 0.063 0.046 0.031 57 E 0.348 0.225 0.051 0.126 0.083 0.055 0.050 0.027 0.019 0.010 0.006 58 K 0.311 0.214 0.058 0.150 0.102 0.065 0.050 0.024 0.016 0.008 0.004 59 K 0.371 0.151 0.074 0.118 0.099 0.070 0.054 0.027 0.020 0.010 0.005 60 E 0.366 0.159 0.088 0.156 0.098 0.058 0.039 0.018 0.011 0.005 0.002 61 Y 0.107 0.087 0.070 0.107 0.105 0.116 0.144 0.109 0.078 0.049 0.028 62 V 0.055 0.097 0.068 0.105 0.099 0.114 0.152 0.124 0.089 0.056 0.040 63 K 0.107 0.122 0.125 0.190 0.150 0.115 0.092 0.045 0.029 0.016 0.009 64 K 0.280 0.107 0.154 0.165 0.110 0.074 0.055 0.024 0.018 0.010 0.004 65 E 0.252 0.141 0.110 0.180 0.111 0.081 0.066 0.029 0.019 0.008 0.004 66 L 0.024 0.035 0.024 0.045 0.050 0.087 0.198 0.174 0.158 0.120 0.085 67 M 0.097 0.142 0.136 0.174 0.127 0.106 0.099 0.056 0.032 0.020 0.013 68 E 0.137 0.158 0.181 0.201 0.133 0.088 0.052 0.025 0.014 0.008 0.003 69 P 0.186 0.126 0.095 0.150 0.146 0.125 0.079 0.043 0.032 0.013 0.005 70 L 0.017 0.013 0.011 0.040 0.051 0.090 0.194 0.144 0.182 0.142 0.116 71 E 0.009 0.020 0.033 0.107 0.130 0.139 0.218 0.135 0.099 0.067 0.043 72 I 0.001 0.002 0.015 0.016 0.017 0.024 0.079 0.114 0.187 0.265 0.281 73 L 0.001 0.003 0.014 0.017 0.032 0.052 0.134 0.181 0.200 0.200 0.166 74 S 0.003 0.007 0.025 0.040 0.052 0.064 0.125 0.162 0.198 0.182 0.142 75 L 0.003 0.007 0.009 0.023 0.042 0.072 0.159 0.175 0.196 0.173 0.142 76 S 0.015 0.027 0.017 0.072 0.093 0.107 0.154 0.149 0.160 0.117 0.088 77 G 0.010 0.010 0.009 0.034 0.048 0.073 0.164 0.142 0.189 0.177 0.144 78 N 0.033 0.037 0.026 0.125 0.145 0.123 0.162 0.124 0.101 0.073 0.052 79 V 0.002 0.002 0.003 0.006 0.010 0.018 0.068 0.110 0.214 0.267 0.298 80 S 0.030 0.043 0.033 0.101 0.103 0.090 0.145 0.135 0.123 0.099 0.099 81 M 0.030 0.031 0.031 0.052 0.058 0.069 0.137 0.123 0.162 0.157 0.152 82 K 0.218 0.217 0.054 0.173 0.132 0.083 0.060 0.030 0.018 0.009 0.006 83 D 0.353 0.175 0.033 0.099 0.080 0.068 0.068 0.047 0.040 0.023 0.013 84 S 0.381 0.193 0.026 0.101 0.088 0.068 0.055 0.036 0.027 0.015 0.009 85 K 0.338 0.196 0.055 0.135 0.100 0.072 0.045 0.025 0.020 0.009 0.005 86 P 0.046 0.048 0.034 0.088 0.100 0.123 0.171 0.111 0.111 0.093 0.076 87 F 0.025 0.051 0.042 0.163 0.154 0.156 0.172 0.096 0.065 0.044 0.031 88 C 0.001 0.003 0.007 0.016 0.022 0.039 0.110 0.130 0.201 0.247 0.225 89 H 0.002 0.006 0.011 0.053 0.080 0.110 0.193 0.175 0.142 0.123 0.105 90 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.017 0.062 0.102 0.228 0.287 0.289 91 H 0.001 0.001 0.003 0.013 0.031 0.048 0.138 0.181 0.215 0.194 0.175 92 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.048 0.100 0.242 0.286 0.302 93 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.021 0.080 0.145 0.232 0.241 0.255 94 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.015 0.065 0.136 0.238 0.251 0.275 95 G 0.002 0.005 0.013 0.016 0.031 0.057 0.148 0.184 0.202 0.168 0.175 96 K 0.053 0.095 0.063 0.154 0.145 0.138 0.148 0.086 0.061 0.033 0.023 97 D 0.173 0.125 0.043 0.120 0.124 0.127 0.119 0.068 0.056 0.029 0.016 98 G 0.145 0.071 0.020 0.087 0.085 0.101 0.155 0.096 0.100 0.076 0.065 99 E 0.138 0.140 0.046 0.177 0.145 0.116 0.107 0.055 0.040 0.023 0.014 100 V 0.007 0.011 0.013 0.032 0.039 0.060 0.135 0.130 0.165 0.197 0.211 101 Y 0.013 0.028 0.028 0.078 0.095 0.116 0.176 0.137 0.124 0.107 0.097 102 G 0.009 0.015 0.020 0.070 0.083 0.102 0.162 0.140 0.163 0.139 0.098 103 G 0.007 0.007 0.012 0.026 0.039 0.056 0.119 0.133 0.200 0.206 0.195 104 H 0.006 0.010 0.010 0.045 0.057 0.069 0.163 0.162 0.186 0.156 0.135 105 L 0.003 0.004 0.009 0.012 0.015 0.019 0.059 0.093 0.192 0.268 0.327 106 F 0.013 0.024 0.024 0.058 0.082 0.101 0.182 0.159 0.142 0.117 0.098 107 S 0.078 0.102 0.073 0.171 0.148 0.124 0.114 0.072 0.061 0.036 0.021 108 A 0.070 0.050 0.030 0.085 0.098 0.124 0.169 0.107 0.116 0.088 0.063 109 E 0.087 0.107 0.033 0.151 0.150 0.135 0.137 0.082 0.064 0.035 0.019 110 V 0.005 0.006 0.006 0.020 0.025 0.047 0.130 0.135 0.186 0.211 0.230 111 F 0.010 0.025 0.023 0.080 0.112 0.128 0.198 0.158 0.110 0.086 0.071 112 A 0.003 0.009 0.019 0.052 0.058 0.066 0.124 0.131 0.187 0.184 0.168 113 C 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.025 0.079 0.111 0.217 0.268 0.273 114 E 0.002 0.006 0.008 0.057 0.103 0.123 0.222 0.186 0.147 0.090 0.055 115 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.009 0.040 0.080 0.204 0.296 0.358 116 F 0.001 0.004 0.008 0.025 0.046 0.060 0.164 0.210 0.192 0.161 0.129 117 V 0.001 0.001 0.006 0.007 0.011 0.018 0.067 0.115 0.229 0.271 0.274 118 L 0.018 0.018 0.045 0.078 0.112 0.137 0.223 0.120 0.110 0.076 0.063 119 P 0.101 0.119 0.094 0.223 0.148 0.099 0.104 0.052 0.035 0.018 0.008 120 L 0.018 0.015 0.007 0.021 0.030 0.055 0.164 0.172 0.177 0.174 0.168 121 S 0.256 0.271 0.041 0.133 0.095 0.070 0.062 0.037 0.020 0.009 0.006 122 G 0.394 0.212 0.083 0.129 0.088 0.045 0.023 0.012 0.008 0.004 0.002 123 E 0.459 0.146 0.044 0.085 0.087 0.067 0.051 0.029 0.019 0.009 0.005 124 A 0.292 0.195 0.045 0.162 0.114 0.074 0.055 0.031 0.020 0.008 0.004 125 P 0.026 0.025 0.030 0.043 0.052 0.076 0.151 0.145 0.173 0.156 0.123 126 E 0.064 0.104 0.155 0.237 0.171 0.115 0.084 0.034 0.020 0.011 0.006 127 R 0.035 0.036 0.125 0.140 0.107 0.121 0.179 0.089 0.076 0.060 0.031 128 A 0.079 0.083 0.132 0.178 0.125 0.109 0.136 0.068 0.043 0.030 0.016 129 F 0.060 0.069 0.046 0.097 0.091 0.116 0.192 0.145 0.098 0.059 0.028 130 D 0.229 0.145 0.116 0.119 0.099 0.084 0.075 0.052 0.039 0.025 0.016 131 E 0.322 0.239 0.096 0.161 0.090 0.047 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 132 Q 0.387 0.174 0.074 0.110 0.088 0.059 0.047 0.028 0.019 0.010 0.004 133 T 0.184 0.098 0.031 0.092 0.095 0.109 0.140 0.103 0.073 0.043 0.031 134 G 0.209 0.222 0.120 0.173 0.122 0.073 0.038 0.022 0.014 0.006 0.002 135 L 0.020 0.025 0.034 0.068 0.073 0.094 0.158 0.136 0.147 0.137 0.109 136 F 0.058 0.054 0.065 0.130 0.143 0.146 0.157 0.092 0.077 0.047 0.031 137 L 0.018 0.027 0.053 0.121 0.095 0.104 0.185 0.120 0.117 0.098 0.061 138 W 0.014 0.025 0.037 0.075 0.084 0.096 0.171 0.166 0.134 0.119 0.078 139 L 0.010 0.009 0.011 0.019 0.028 0.049 0.118 0.170 0.221 0.202 0.162 140 E 0.144 0.173 0.115 0.219 0.150 0.087 0.056 0.027 0.017 0.008 0.005 141 H 0.119 0.093 0.054 0.122 0.111 0.103 0.139 0.089 0.080 0.057 0.034 142 H 0.261 0.136 0.040 0.115 0.103 0.086 0.105 0.060 0.048 0.028 0.018 143 H 0.334 0.209 0.075 0.163 0.090 0.053 0.040 0.017 0.011 0.005 0.002 144 H 0.228 0.152 0.085 0.138 0.117 0.091 0.083 0.049 0.030 0.018 0.009 145 H 0.269 0.167 0.070 0.121 0.101 0.084 0.079 0.051 0.033 0.016 0.009 146 H 0.281 0.178 0.098 0.147 0.104 0.074 0.054 0.031 0.020 0.010 0.005