# TARGET T0312 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.023 0.020 0.043 0.069 0.079 0.042 0.007 0.001 0.006 0.573 2 K 0.040 0.005 0.011 0.050 0.083 0.083 0.084 0.002 0.001 0.004 0.638 3 V 0.020 0.002 0.019 0.054 0.063 0.114 0.044 0.001 0.001 0.003 0.681 4 F 0.008 0.002 0.001 0.180 0.184 0.249 0.084 0.001 0.001 0.002 0.289 5 E 0.009 0.001 0.001 0.046 0.040 0.065 0.042 0.001 0.001 0.002 0.795 6 F 0.015 0.003 0.001 0.197 0.161 0.274 0.061 0.001 0.001 0.003 0.284 7 E 0.018 0.004 0.001 0.074 0.087 0.143 0.145 0.001 0.001 0.006 0.523 8 V 0.050 0.007 0.001 0.060 0.070 0.100 0.087 0.001 0.001 0.011 0.613 9 G 0.088 0.008 0.003 0.046 0.122 0.131 0.164 0.002 0.001 0.021 0.415 10 K 0.103 0.006 0.005 0.061 0.111 0.102 0.159 0.001 0.001 0.017 0.434 11 G 0.022 0.002 0.010 0.039 0.069 0.133 0.067 0.001 0.001 0.007 0.650 12 F 0.011 0.001 0.003 0.184 0.388 0.330 0.037 0.001 0.001 0.003 0.044 13 L 0.006 0.001 0.003 0.173 0.163 0.266 0.059 0.001 0.001 0.003 0.325 14 L 0.001 0.001 0.001 0.279 0.353 0.328 0.010 0.001 0.001 0.001 0.028 15 R 0.001 0.001 0.001 0.218 0.200 0.331 0.032 0.001 0.001 0.001 0.217 16 L 0.003 0.001 0.001 0.305 0.194 0.282 0.040 0.001 0.001 0.002 0.174 17 D 0.004 0.001 0.001 0.199 0.108 0.191 0.126 0.001 0.001 0.004 0.367 18 Y 0.002 0.001 0.001 0.028 0.013 0.033 0.084 0.001 0.001 0.003 0.835 19 G 0.033 0.001 0.001 0.020 0.007 0.018 0.365 0.001 0.001 0.027 0.528 20 K 0.352 0.007 0.002 0.010 0.002 0.004 0.206 0.001 0.001 0.025 0.391 21 D 0.018 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.151 0.001 0.001 0.001 0.800 22 L 0.032 0.148 0.001 0.004 0.003 0.007 0.137 0.001 0.001 0.003 0.665 23 V 0.040 0.592 0.001 0.003 0.003 0.024 0.098 0.001 0.001 0.003 0.235 24 R 0.030 0.702 0.001 0.001 0.002 0.007 0.048 0.002 0.001 0.001 0.208 25 Q 0.035 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 26 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 27 E 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 29 F 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 L 0.013 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 32 E 0.039 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.040 33 K 0.086 0.829 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.033 34 G 0.441 0.156 0.013 0.002 0.002 0.001 0.009 0.266 0.001 0.005 0.105 35 I 0.010 0.006 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 36 H 0.009 0.017 0.011 0.410 0.120 0.100 0.092 0.004 0.001 0.001 0.237 37 A 0.022 0.004 0.012 0.210 0.031 0.048 0.028 0.001 0.001 0.002 0.642 38 A 0.002 0.001 0.001 0.784 0.096 0.094 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 39 H 0.005 0.002 0.001 0.477 0.067 0.082 0.054 0.001 0.001 0.002 0.310 40 I 0.001 0.001 0.001 0.752 0.087 0.120 0.009 0.001 0.001 0.001 0.029 41 S 0.001 0.001 0.001 0.479 0.125 0.226 0.061 0.001 0.001 0.002 0.105 42 A 0.005 0.002 0.001 0.361 0.139 0.183 0.041 0.001 0.001 0.004 0.265 43 I 0.007 0.003 0.001 0.197 0.138 0.298 0.103 0.001 0.001 0.005 0.246 44 G 0.038 0.006 0.002 0.135 0.147 0.213 0.104 0.001 0.001 0.015 0.339 45 A 0.040 0.015 0.003 0.072 0.104 0.141 0.123 0.001 0.001 0.010 0.490 46 V 0.028 0.017 0.002 0.072 0.149 0.266 0.099 0.001 0.001 0.010 0.355 47 R 0.066 0.028 0.003 0.070 0.148 0.229 0.109 0.002 0.001 0.013 0.334 48 S 0.073 0.027 0.004 0.037 0.074 0.151 0.096 0.004 0.001 0.012 0.520 49 A 0.144 0.024 0.010 0.087 0.196 0.238 0.074 0.005 0.001 0.011 0.210 50 V 0.062 0.018 0.010 0.114 0.216 0.248 0.105 0.003 0.001 0.006 0.218 51 I 0.009 0.008 0.010 0.097 0.185 0.267 0.039 0.001 0.001 0.002 0.381 52 G 0.009 0.004 0.002 0.125 0.186 0.366 0.075 0.001 0.001 0.002 0.230 53 Y 0.022 0.002 0.004 0.037 0.068 0.100 0.049 0.001 0.001 0.003 0.714 54 Y 0.004 0.001 0.002 0.033 0.034 0.069 0.061 0.001 0.001 0.002 0.795 55 D 0.013 0.001 0.001 0.028 0.029 0.070 0.221 0.001 0.001 0.006 0.631 56 Q 0.103 0.005 0.001 0.021 0.014 0.019 0.107 0.001 0.001 0.012 0.717 57 E 0.113 0.020 0.001 0.012 0.016 0.022 0.276 0.001 0.001 0.015 0.524 58 K 0.281 0.033 0.003 0.010 0.013 0.019 0.162 0.001 0.001 0.018 0.462 59 K 0.159 0.082 0.004 0.009 0.019 0.024 0.103 0.002 0.001 0.009 0.590 60 E 0.143 0.058 0.007 0.009 0.039 0.059 0.140 0.004 0.001 0.014 0.527 61 Y 0.119 0.051 0.017 0.019 0.074 0.128 0.078 0.003 0.001 0.008 0.502 62 V 0.039 0.033 0.006 0.046 0.184 0.254 0.068 0.003 0.001 0.004 0.364 63 K 0.028 0.022 0.005 0.031 0.109 0.210 0.047 0.002 0.001 0.003 0.543 64 K 0.028 0.025 0.002 0.116 0.207 0.271 0.044 0.002 0.001 0.002 0.302 65 E 0.042 0.023 0.003 0.070 0.083 0.130 0.084 0.003 0.001 0.004 0.558 66 L 0.047 0.025 0.005 0.096 0.098 0.181 0.077 0.003 0.001 0.006 0.463 67 M 0.046 0.020 0.004 0.084 0.069 0.165 0.094 0.004 0.001 0.008 0.506 68 E 0.073 0.011 0.004 0.028 0.064 0.069 0.123 0.002 0.001 0.008 0.618 69 P 0.014 0.002 0.003 0.010 0.008 0.014 0.020 0.001 0.001 0.002 0.927 70 L 0.033 0.006 0.003 0.045 0.089 0.179 0.133 0.001 0.001 0.009 0.502 71 E 0.122 0.014 0.002 0.110 0.169 0.242 0.096 0.001 0.001 0.012 0.231 72 I 0.054 0.044 0.003 0.090 0.169 0.238 0.038 0.002 0.001 0.002 0.359 73 L 0.014 0.016 0.001 0.223 0.318 0.359 0.020 0.001 0.001 0.001 0.047 74 S 0.010 0.015 0.002 0.153 0.178 0.308 0.063 0.001 0.001 0.003 0.267 75 L 0.010 0.010 0.004 0.218 0.251 0.361 0.035 0.001 0.001 0.003 0.106 76 S 0.015 0.009 0.003 0.139 0.139 0.266 0.142 0.002 0.001 0.008 0.278 77 G 0.042 0.005 0.007 0.138 0.127 0.168 0.091 0.002 0.001 0.019 0.401 78 N 0.033 0.004 0.008 0.072 0.094 0.128 0.222 0.002 0.001 0.013 0.425 79 V 0.041 0.002 0.009 0.061 0.144 0.163 0.076 0.001 0.001 0.011 0.490 80 S 0.013 0.002 0.002 0.056 0.227 0.293 0.161 0.001 0.001 0.004 0.241 81 M 0.012 0.002 0.001 0.043 0.097 0.106 0.061 0.001 0.001 0.004 0.674 82 K 0.019 0.005 0.001 0.030 0.062 0.102 0.326 0.001 0.001 0.010 0.446 83 D 0.105 0.004 0.001 0.009 0.012 0.019 0.324 0.001 0.001 0.043 0.482 84 S 0.420 0.015 0.005 0.019 0.010 0.013 0.236 0.003 0.001 0.072 0.207 85 K 0.318 0.011 0.015 0.015 0.017 0.013 0.323 0.001 0.001 0.028 0.258 86 P 0.005 0.001 0.006 0.005 0.005 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.946 87 F 0.009 0.002 0.002 0.046 0.106 0.320 0.172 0.001 0.001 0.003 0.340 88 C 0.043 0.007 0.001 0.041 0.156 0.212 0.063 0.001 0.001 0.005 0.472 89 H 0.009 0.015 0.001 0.077 0.215 0.516 0.031 0.001 0.001 0.002 0.134 90 I 0.007 0.008 0.001 0.098 0.244 0.528 0.023 0.001 0.001 0.002 0.089 91 H 0.005 0.011 0.001 0.381 0.226 0.317 0.015 0.001 0.001 0.001 0.044 92 V 0.004 0.013 0.001 0.219 0.298 0.377 0.014 0.001 0.001 0.001 0.072 93 L 0.003 0.009 0.001 0.158 0.377 0.415 0.009 0.001 0.001 0.001 0.027 94 L 0.006 0.011 0.001 0.131 0.290 0.427 0.021 0.004 0.001 0.002 0.107 95 G 0.008 0.006 0.001 0.099 0.342 0.434 0.045 0.003 0.001 0.003 0.059 96 K 0.006 0.002 0.003 0.023 0.061 0.078 0.124 0.001 0.001 0.005 0.696 97 D 0.015 0.001 0.001 0.015 0.015 0.024 0.260 0.001 0.001 0.020 0.648 98 G 0.476 0.001 0.009 0.016 0.012 0.010 0.180 0.001 0.001 0.112 0.184 99 E 0.236 0.005 0.016 0.038 0.034 0.020 0.366 0.001 0.001 0.029 0.256 100 V 0.018 0.003 0.011 0.082 0.106 0.163 0.194 0.001 0.001 0.005 0.418 101 Y 0.003 0.002 0.001 0.160 0.225 0.458 0.058 0.001 0.001 0.001 0.093 102 G 0.004 0.002 0.001 0.051 0.135 0.274 0.055 0.001 0.001 0.002 0.477 103 G 0.012 0.003 0.001 0.046 0.255 0.389 0.051 0.001 0.001 0.004 0.240 104 H 0.022 0.003 0.001 0.061 0.144 0.250 0.089 0.001 0.001 0.007 0.421 105 L 0.013 0.003 0.001 0.081 0.182 0.323 0.065 0.001 0.001 0.006 0.325 106 F 0.011 0.004 0.001 0.075 0.200 0.342 0.087 0.001 0.001 0.005 0.273 107 S 0.035 0.005 0.001 0.029 0.065 0.107 0.053 0.001 0.001 0.005 0.698 108 A 0.065 0.005 0.004 0.051 0.118 0.150 0.074 0.002 0.001 0.010 0.520 109 E 0.059 0.003 0.003 0.052 0.139 0.136 0.178 0.001 0.001 0.011 0.419 110 V 0.055 0.003 0.009 0.072 0.114 0.167 0.096 0.001 0.001 0.010 0.472 111 F 0.008 0.001 0.001 0.173 0.300 0.313 0.095 0.001 0.001 0.003 0.106 112 A 0.006 0.001 0.001 0.062 0.059 0.091 0.055 0.001 0.001 0.002 0.723 113 C 0.003 0.001 0.002 0.205 0.254 0.259 0.035 0.001 0.001 0.003 0.238 114 E 0.002 0.001 0.001 0.324 0.145 0.189 0.083 0.001 0.001 0.002 0.253 115 V 0.003 0.001 0.001 0.325 0.172 0.255 0.032 0.001 0.001 0.003 0.209 116 F 0.001 0.001 0.001 0.556 0.187 0.229 0.012 0.001 0.001 0.001 0.016 117 V 0.001 0.001 0.001 0.425 0.110 0.213 0.036 0.001 0.001 0.001 0.213 118 L 0.001 0.001 0.001 0.409 0.300 0.227 0.015 0.001 0.001 0.001 0.047 119 P 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.947 120 L 0.002 0.001 0.001 0.173 0.152 0.321 0.118 0.001 0.001 0.005 0.229 121 S 0.032 0.001 0.001 0.027 0.016 0.042 0.131 0.001 0.001 0.016 0.735 122 G 0.050 0.002 0.001 0.021 0.012 0.020 0.106 0.001 0.001 0.010 0.779 123 E 0.304 0.003 0.004 0.031 0.013 0.026 0.175 0.001 0.001 0.031 0.412 124 A 0.101 0.007 0.002 0.020 0.020 0.020 0.180 0.001 0.001 0.004 0.644 125 P 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.972 126 E 0.020 0.011 0.001 0.022 0.078 0.241 0.178 0.001 0.001 0.006 0.443 127 R 0.171 0.038 0.001 0.010 0.024 0.067 0.092 0.002 0.001 0.008 0.587 128 A 0.198 0.162 0.002 0.018 0.090 0.122 0.034 0.005 0.001 0.003 0.366 129 F 0.114 0.095 0.007 0.023 0.056 0.080 0.062 0.004 0.001 0.005 0.553 130 D 0.090 0.076 0.003 0.027 0.072 0.081 0.180 0.010 0.001 0.006 0.456 131 E 0.053 0.075 0.007 0.011 0.016 0.015 0.090 0.005 0.001 0.006 0.724 132 Q 0.076 0.090 0.003 0.007 0.016 0.023 0.551 0.006 0.001 0.037 0.192 133 T 0.316 0.070 0.006 0.007 0.010 0.013 0.365 0.013 0.001 0.061 0.138 134 G 0.373 0.170 0.034 0.024 0.019 0.013 0.108 0.013 0.001 0.021 0.225 135 L 0.159 0.099 0.097 0.024 0.034 0.049 0.149 0.003 0.001 0.019 0.367 136 F 0.017 0.029 0.010 0.067 0.148 0.203 0.075 0.003 0.001 0.002 0.446 137 L 0.027 0.021 0.003 0.072 0.113 0.230 0.054 0.003 0.001 0.003 0.475 138 W 0.058 0.024 0.003 0.067 0.188 0.294 0.055 0.003 0.001 0.003 0.305 139 L 0.010 0.007 0.002 0.036 0.042 0.084 0.022 0.001 0.001 0.001 0.796 140 E 0.015 0.005 0.001 0.059 0.059 0.121 0.093 0.001 0.001 0.003 0.643 141 H 0.095 0.008 0.002 0.037 0.022 0.040 0.091 0.002 0.001 0.008 0.695 142 H 0.151 0.022 0.003 0.043 0.030 0.045 0.159 0.003 0.001 0.008 0.535 143 H 0.080 0.010 0.004 0.013 0.009 0.014 0.096 0.001 0.001 0.005 0.768 144 H 0.092 0.015 0.003 0.013 0.012 0.020 0.119 0.001 0.001 0.006 0.719 145 H 0.119 0.015 0.004 0.009 0.013 0.019 0.116 0.001 0.001 0.007 0.696 146 H 0.079 0.022 0.004 0.012 0.018 0.027 0.139 0.001 0.001 0.007 0.691