# TARGET T0312 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0312.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 135 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 2 K 0.599 0.040 0.006 0.005 0.005 0.016 0.330 3 V 0.763 0.014 0.008 0.005 0.015 0.007 0.188 4 F 0.849 0.005 0.007 0.006 0.034 0.009 0.091 5 E 0.779 0.006 0.010 0.011 0.043 0.010 0.141 6 F 0.598 0.010 0.008 0.008 0.072 0.019 0.286 7 E 0.366 0.007 0.013 0.004 0.111 0.051 0.448 8 V 0.221 0.017 0.022 0.002 0.214 0.219 0.303 9 G 0.209 0.006 0.016 0.002 0.254 0.218 0.295 10 K 0.435 0.009 0.004 0.001 0.149 0.026 0.376 11 G 0.793 0.007 0.001 0.001 0.020 0.004 0.176 12 F 0.953 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.032 13 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 14 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 15 R 0.969 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 16 L 0.760 0.016 0.001 0.001 0.009 0.003 0.210 17 D 0.100 0.002 0.001 0.001 0.071 0.024 0.801 18 Y 0.004 0.002 0.008 0.017 0.139 0.806 0.025 19 G 0.003 0.002 0.016 0.064 0.130 0.718 0.067 20 K 0.005 0.007 0.019 0.325 0.270 0.077 0.298 21 D 0.010 0.046 0.009 0.587 0.052 0.028 0.268 22 L 0.002 0.003 0.008 0.948 0.004 0.011 0.025 23 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.003 24 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 26 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 29 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.948 0.003 0.048 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.359 0.006 0.631 0.003 34 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.873 0.086 35 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.959 36 H 0.154 0.003 0.005 0.001 0.334 0.010 0.494 37 A 0.914 0.001 0.003 0.001 0.022 0.004 0.055 38 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 39 H 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 41 S 0.949 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.041 42 A 0.895 0.001 0.001 0.002 0.025 0.005 0.072 43 I 0.769 0.006 0.002 0.004 0.073 0.010 0.137 44 G 0.800 0.003 0.006 0.005 0.081 0.015 0.090 45 A 0.684 0.014 0.013 0.004 0.087 0.039 0.158 46 V 0.622 0.008 0.034 0.007 0.069 0.037 0.224 47 R 0.564 0.003 0.027 0.006 0.193 0.083 0.124 48 S 0.741 0.004 0.019 0.004 0.076 0.046 0.110 49 A 0.860 0.002 0.004 0.005 0.016 0.010 0.104 50 V 0.962 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.022 51 I 0.965 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.026 52 G 0.880 0.005 0.001 0.005 0.018 0.006 0.085 53 Y 0.680 0.016 0.004 0.010 0.056 0.018 0.217 54 Y 0.220 0.012 0.006 0.008 0.248 0.080 0.426 55 D 0.116 0.027 0.009 0.008 0.191 0.049 0.599 56 Q 0.022 0.007 0.132 0.183 0.198 0.237 0.220 57 E 0.016 0.007 0.154 0.239 0.104 0.307 0.173 58 K 0.019 0.007 0.200 0.264 0.082 0.184 0.244 59 K 0.045 0.006 0.147 0.365 0.070 0.107 0.260 60 E 0.108 0.008 0.139 0.424 0.085 0.106 0.130 61 Y 0.196 0.018 0.100 0.408 0.049 0.094 0.134 62 V 0.339 0.026 0.030 0.320 0.031 0.046 0.209 63 K 0.364 0.018 0.033 0.356 0.034 0.040 0.156 64 K 0.372 0.006 0.029 0.339 0.063 0.040 0.150 65 E 0.270 0.013 0.043 0.301 0.051 0.062 0.259 66 L 0.343 0.019 0.025 0.089 0.078 0.113 0.333 67 M 0.103 0.005 0.026 0.053 0.300 0.103 0.410 68 E 0.107 0.001 0.005 0.009 0.683 0.020 0.175 69 P 0.141 0.005 0.011 0.033 0.179 0.123 0.508 70 L 0.816 0.007 0.004 0.005 0.046 0.031 0.091 71 E 0.937 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.043 72 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 73 L 0.982 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 74 S 0.972 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.021 75 L 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.041 76 S 0.874 0.004 0.002 0.003 0.019 0.012 0.086 77 G 0.779 0.002 0.003 0.003 0.075 0.017 0.121 78 N 0.756 0.015 0.004 0.004 0.041 0.018 0.163 79 V 0.771 0.021 0.004 0.004 0.040 0.014 0.147 80 S 0.534 0.049 0.005 0.005 0.078 0.025 0.305 81 M 0.140 0.022 0.024 0.010 0.128 0.120 0.556 82 K 0.036 0.009 0.033 0.005 0.224 0.389 0.304 83 D 0.012 0.005 0.024 0.002 0.302 0.532 0.123 84 S 0.014 0.003 0.015 0.003 0.412 0.369 0.184 85 K 0.040 0.010 0.003 0.001 0.300 0.013 0.633 86 P 0.142 0.031 0.002 0.001 0.067 0.013 0.744 87 F 0.656 0.019 0.002 0.001 0.073 0.010 0.239 88 C 0.891 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.096 89 H 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 90 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 91 H 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 92 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 93 L 0.985 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 94 L 0.946 0.004 0.001 0.003 0.004 0.004 0.039 95 G 0.619 0.008 0.006 0.005 0.053 0.055 0.253 96 K 0.210 0.007 0.014 0.003 0.308 0.192 0.267 97 D 0.015 0.001 0.013 0.001 0.222 0.713 0.035 98 G 0.066 0.001 0.012 0.001 0.269 0.561 0.090 99 E 0.567 0.029 0.003 0.001 0.064 0.015 0.322 100 V 0.895 0.027 0.001 0.001 0.007 0.001 0.068 101 Y 0.898 0.003 0.001 0.001 0.024 0.003 0.070 102 G 0.873 0.005 0.003 0.001 0.025 0.008 0.086 103 G 0.819 0.004 0.004 0.002 0.046 0.016 0.109 104 H 0.767 0.021 0.011 0.004 0.052 0.032 0.112 105 L 0.688 0.019 0.011 0.007 0.029 0.044 0.202 106 F 0.375 0.014 0.028 0.005 0.118 0.129 0.331 107 S 0.208 0.010 0.049 0.009 0.220 0.306 0.198 108 A 0.221 0.005 0.047 0.010 0.256 0.245 0.217 109 E 0.435 0.034 0.017 0.002 0.120 0.080 0.312 110 V 0.574 0.052 0.003 0.001 0.032 0.014 0.324 111 F 0.513 0.003 0.001 0.001 0.044 0.005 0.434 112 A 0.611 0.004 0.004 0.001 0.044 0.011 0.326 113 C 0.884 0.002 0.001 0.001 0.021 0.005 0.086 114 E 0.952 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.037 115 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 116 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 117 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 118 L 0.931 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.052 119 P 0.794 0.009 0.004 0.004 0.029 0.011 0.149 120 L 0.238 0.015 0.030 0.016 0.134 0.040 0.527 121 S 0.055 0.012 0.055 0.021 0.273 0.198 0.386 122 G 0.012 0.004 0.059 0.010 0.336 0.311 0.268 123 E 0.023 0.012 0.053 0.029 0.410 0.085 0.388 124 A 0.039 0.009 0.052 0.034 0.232 0.055 0.580 125 P 0.065 0.017 0.137 0.094 0.087 0.166 0.435 126 E 0.115 0.020 0.202 0.155 0.089 0.151 0.268 127 R 0.220 0.015 0.077 0.159 0.189 0.045 0.295 128 A 0.296 0.020 0.023 0.112 0.080 0.040 0.430 129 F 0.252 0.080 0.007 0.078 0.101 0.026 0.455 130 D 0.071 0.022 0.004 0.019 0.036 0.008 0.841 131 E 0.003 0.001 0.069 0.119 0.039 0.756 0.013 132 Q 0.003 0.001 0.051 0.090 0.032 0.812 0.010 133 T 0.026 0.013 0.115 0.210 0.119 0.423 0.094 134 G 0.064 0.027 0.020 0.109 0.119 0.373 0.288 135 L 0.285 0.038 0.018 0.074 0.068 0.033 0.484 136 F 0.561 0.042 0.029 0.071 0.037 0.022 0.238 137 L 0.601 0.029 0.036 0.094 0.043 0.039 0.158 138 W 0.507 0.025 0.027 0.057 0.049 0.037 0.298 139 L 0.353 0.022 0.045 0.084 0.057 0.065 0.375 140 E 0.210 0.020 0.042 0.074 0.097 0.118 0.440 141 H 0.084 0.016 0.065 0.080 0.144 0.201 0.410 142 H 0.052 0.014 0.051 0.068 0.200 0.184 0.431 143 H 0.035 0.012 0.063 0.047 0.256 0.159 0.427 144 H 0.031 0.014 0.053 0.038 0.182 0.188 0.495 145 H 0.023 0.019 0.025 0.023 0.052 0.088 0.769 146 H 0.004 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.981