# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.014 0.061 0.054 0.087 0.005 0.070 0.141 0.008 0.002 0.003 0.003 0.005 0.004 0.044 0.023 0.154 0.078 0.124 0.107 0.002 2 K 0.008 0.011 0.063 0.059 0.071 0.027 0.093 0.213 0.009 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.030 0.016 0.181 0.038 0.065 0.103 0.001 3 M 0.006 0.008 0.027 0.055 0.111 0.031 0.170 0.087 0.014 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 0.029 0.162 0.072 0.109 0.079 0.001 4 A 0.004 0.004 0.037 0.052 0.060 0.008 0.155 0.024 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.044 0.015 0.189 0.052 0.131 0.209 0.001 5 N 0.002 0.002 0.033 0.029 0.048 0.009 0.068 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.075 0.094 0.174 0.412 0.001 6 H 0.001 0.001 0.025 0.015 0.050 0.004 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.034 0.203 0.069 0.244 0.283 0.001 7 P 0.001 0.002 0.033 0.036 0.045 0.005 0.081 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.018 0.115 0.086 0.139 0.356 0.001 8 R 0.001 0.001 0.016 0.014 0.018 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.015 0.015 0.301 0.576 0.001 9 P 0.001 0.001 0.009 0.004 0.025 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.772 0.037 0.023 0.070 0.001 10 G 0.001 0.003 0.007 0.007 0.026 0.025 0.520 0.225 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 0.032 0.043 0.030 0.023 0.025 0.001 11 D 0.011 0.010 0.095 0.056 0.020 0.007 0.055 0.371 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.011 0.045 0.021 0.112 0.035 0.081 0.051 0.001 12 I 0.009 0.010 0.007 0.012 0.144 0.004 0.036 0.418 0.003 0.001 0.002 0.004 0.009 0.013 0.013 0.085 0.125 0.038 0.043 0.024 0.002 13 I 0.009 0.013 0.030 0.033 0.014 0.005 0.099 0.512 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.012 0.073 0.011 0.120 0.015 0.022 0.013 0.001 14 Q 0.003 0.005 0.007 0.020 0.016 0.006 0.039 0.710 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 0.007 0.114 0.011 0.011 0.012 0.001 15 E 0.001 0.004 0.005 0.006 0.011 0.016 0.066 0.738 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.095 0.011 0.006 0.011 0.001 16 S 0.002 0.004 0.007 0.010 0.026 0.006 0.066 0.647 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.161 0.019 0.010 0.022 0.001 17 L 0.002 0.003 0.007 0.007 0.026 0.007 0.103 0.533 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.152 0.047 0.027 0.038 0.001 18 D 0.002 0.001 0.017 0.013 0.009 0.031 0.084 0.559 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.195 0.012 0.022 0.030 0.001 19 E 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.020 0.311 0.058 0.157 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.143 0.088 0.040 0.020 0.001 20 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.008 0.413 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.100 0.009 0.162 0.251 0.001 21 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 0.825 0.063 0.022 0.001 22 V 0.001 0.001 0.019 0.009 0.004 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.046 0.016 0.235 0.608 0.001 23 S 0.001 0.001 0.005 0.006 0.043 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.011 0.017 0.197 0.668 0.001 24 L 0.001 0.001 0.019 0.002 0.004 0.001 0.002 0.084 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.797 0.032 0.020 0.009 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.918 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.031 0.913 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.138 0.086 0.300 0.239 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.191 0.011 0.006 0.005 0.001 31 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.601 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.072 0.017 0.084 0.158 0.001 32 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.006 0.155 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.069 0.664 0.051 0.021 0.001 33 I 0.001 0.001 0.014 0.008 0.009 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.074 0.058 0.039 0.242 0.508 0.001 34 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.026 0.021 0.198 0.685 0.001 35 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.037 0.759 0.057 0.025 0.044 0.001 36 S 0.001 0.001 0.010 0.006 0.003 0.024 0.183 0.549 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.009 0.103 0.007 0.021 0.033 0.001 37 T 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.057 0.779 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.035 0.042 0.011 0.022 0.022 0.001 38 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.234 0.007 0.004 0.002 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.023 0.858 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.072 0.005 0.002 0.001 0.001 42 L 0.007 0.006 0.009 0.028 0.006 0.019 0.162 0.358 0.083 0.061 0.001 0.002 0.002 0.015 0.023 0.009 0.160 0.022 0.011 0.019 0.001 43 T 0.001 0.002 0.003 0.008 0.015 0.014 0.430 0.126 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.012 0.223 0.021 0.016 0.070 0.001 44 G 0.001 0.001 0.008 0.005 0.022 0.007 0.220 0.074 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.017 0.095 0.370 0.061 0.068 0.001 45 K 0.001 0.001 0.033 0.006 0.027 0.004 0.046 0.068 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.039 0.296 0.159 0.161 0.103 0.002 46 A 0.004 0.003 0.037 0.016 0.029 0.036 0.114 0.152 0.017 0.002 0.002 0.003 0.005 0.014 0.057 0.029 0.234 0.047 0.096 0.101 0.002 47 A 0.003 0.004 0.016 0.017 0.032 0.031 0.137 0.130 0.005 0.001 0.002 0.003 0.004 0.015 0.051 0.057 0.168 0.072 0.121 0.128 0.002 48 L 0.004 0.004 0.019 0.031 0.025 0.003 0.072 0.051 0.002 0.001 0.004 0.003 0.012 0.021 0.088 0.035 0.231 0.117 0.079 0.197 0.002 49 T 0.002 0.002 0.010 0.011 0.026 0.001 0.009 0.093 0.003 0.001 0.004 0.004 0.002 0.012 0.010 0.036 0.044 0.016 0.385 0.330 0.002 50 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.884 0.005 0.001 0.002 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.043 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.932 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 57 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.909 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.003 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.020 0.066 0.772 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.078 0.010 0.004 0.003 0.001 59 V 0.001 0.002 0.004 0.007 0.004 0.017 0.221 0.180 0.104 0.099 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.007 0.265 0.034 0.017 0.020 0.001 60 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.006 0.018 0.275 0.083 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.011 0.244 0.056 0.064 0.188 0.001 61 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.010 0.212 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.149 0.299 0.090 0.143 0.001 62 S 0.001 0.001 0.016 0.009 0.012 0.001 0.035 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.026 0.224 0.107 0.196 0.324 0.001 63 S 0.001 0.001 0.011 0.006 0.013 0.001 0.008 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.128 0.029 0.426 0.296 0.001 64 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.157 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.799 0.012 0.006 0.008 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.031 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.033 0.003 0.002 0.002 0.001 67 W 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.012 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.040 0.003 0.002 0.001 0.001 68 L 0.004 0.004 0.004 0.007 0.002 0.005 0.042 0.818 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.089 0.002 0.002 0.002 0.001 69 N 0.002 0.003 0.001 0.004 0.007 0.005 0.053 0.821 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.062 0.011 0.004 0.008 0.001 70 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.028 0.835 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.072 0.024 0.006 0.008 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.023 0.881 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.005 0.005 0.003 0.001 72 N 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.015 0.058 0.802 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.059 0.008 0.009 0.007 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.051 0.618 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.262 0.011 0.010 0.010 0.001 74 W 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.049 0.791 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.090 0.016 0.015 0.018 0.001 75 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.021 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.056 0.016 0.008 0.016 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.846 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.120 0.003 0.004 0.004 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.002 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.029 0.868 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.066 0.006 0.005 0.005 0.001 80 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.064 0.797 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.075 0.012 0.008 0.009 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.018 0.107 0.637 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.132 0.023 0.015 0.021 0.001 82 T 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.008 0.120 0.434 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.151 0.060 0.079 0.089 0.001 83 V 0.001 0.001 0.006 0.009 0.023 0.005 0.071 0.216 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.334 0.057 0.105 0.149 0.001 84 D 0.001 0.001 0.009 0.014 0.022 0.008 0.097 0.268 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.081 0.082 0.210 0.181 0.001 85 V 0.001 0.001 0.010 0.010 0.036 0.003 0.032 0.262 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.468 0.034 0.061 0.060 0.001 86 S 0.001 0.001 0.011 0.016 0.023 0.011 0.095 0.654 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.078 0.018 0.033 0.037 0.001 87 R 0.002 0.003 0.009 0.026 0.063 0.007 0.080 0.489 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.141 0.039 0.045 0.046 0.001 88 L 0.005 0.006 0.026 0.046 0.071 0.007 0.097 0.444 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.012 0.130 0.023 0.042 0.040 0.001 89 R 0.009 0.013 0.037 0.067 0.092 0.018 0.147 0.311 0.008 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.042 0.015 0.116 0.030 0.030 0.054 0.001 90 R 0.020 0.019 0.039 0.089 0.197 0.007 0.101 0.142 0.011 0.002 0.002 0.002 0.007 0.005 0.049 0.019 0.134 0.042 0.061 0.049 0.002 91 L 0.023 0.025 0.060 0.085 0.183 0.003 0.066 0.060 0.006 0.001 0.006 0.005 0.010 0.006 0.057 0.030 0.057 0.056 0.155 0.102 0.004 92 V 0.017 0.020 0.097 0.152 0.135 0.005 0.035 0.042 0.005 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.049 0.020 0.078 0.061 0.113 0.150 0.003 93 T 0.011 0.014 0.033 0.073 0.278 0.007 0.050 0.022 0.008 0.002 0.003 0.003 0.006 0.004 0.043 0.052 0.099 0.055 0.110 0.123 0.002 94 Q 0.010 0.009 0.101 0.124 0.086 0.009 0.069 0.015 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.084 0.014 0.127 0.030 0.122 0.182 0.002 95 S 0.007 0.007 0.031 0.048 0.220 0.004 0.091 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.025 0.034 0.074 0.123 0.146 0.169 0.001 96 T 0.003 0.003 0.077 0.076 0.043 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.044 0.015 0.043 0.037 0.225 0.406 0.001 97 P 0.002 0.004 0.028 0.035 0.173 0.004 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.027 0.166 0.060 0.116 0.316 0.001