# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.047 0.015 0.041 0.039 0.071 0.099 0.013 0.004 0.078 0.461 2 K 0.078 0.007 0.002 0.037 0.052 0.083 0.096 0.005 0.001 0.061 0.577 3 M 0.028 0.003 0.001 0.043 0.025 0.048 0.094 0.001 0.001 0.038 0.718 4 A 0.008 0.002 0.001 0.039 0.033 0.049 0.133 0.003 0.001 0.027 0.707 5 N 0.034 0.002 0.001 0.023 0.027 0.023 0.139 0.002 0.001 0.033 0.719 6 H 0.007 0.001 0.001 0.023 0.018 0.025 0.174 0.004 0.001 0.036 0.713 7 P 0.053 0.017 0.001 0.026 0.006 0.009 0.130 0.003 0.001 0.056 0.698 8 R 0.270 0.219 0.005 0.017 0.007 0.008 0.078 0.014 0.001 0.080 0.301 9 P 0.029 0.616 0.002 0.005 0.002 0.002 0.040 0.006 0.001 0.010 0.287 10 G 0.082 0.775 0.002 0.002 0.003 0.006 0.014 0.024 0.001 0.002 0.090 11 D 0.111 0.733 0.001 0.004 0.003 0.004 0.016 0.006 0.001 0.020 0.101 12 I 0.043 0.200 0.041 0.008 0.008 0.010 0.060 0.007 0.018 0.365 0.239 13 I 0.102 0.648 0.010 0.005 0.005 0.005 0.037 0.022 0.003 0.038 0.125 14 Q 0.090 0.530 0.009 0.004 0.004 0.006 0.029 0.016 0.004 0.015 0.294 15 E 0.070 0.550 0.006 0.006 0.008 0.017 0.042 0.005 0.002 0.017 0.277 16 S 0.014 0.579 0.004 0.006 0.005 0.019 0.037 0.004 0.003 0.031 0.298 17 L 0.151 0.165 0.145 0.004 0.009 0.011 0.047 0.025 0.042 0.140 0.260 18 D 0.582 0.142 0.003 0.004 0.003 0.004 0.032 0.019 0.002 0.055 0.154 19 E 0.091 0.046 0.002 0.007 0.001 0.004 0.071 0.002 0.001 0.047 0.730 20 L 0.012 0.260 0.003 0.021 0.004 0.007 0.078 0.002 0.001 0.039 0.574 21 N 0.018 0.518 0.001 0.008 0.010 0.013 0.049 0.005 0.001 0.055 0.324 22 V 0.024 0.523 0.002 0.012 0.010 0.011 0.052 0.006 0.001 0.118 0.241 23 S 0.005 0.865 0.001 0.007 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.064 0.040 24 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 25 R 0.004 0.971 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 26 E 0.006 0.915 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.035 0.024 27 F 0.046 0.768 0.017 0.002 0.001 0.001 0.012 0.016 0.007 0.086 0.043 28 A 0.043 0.050 0.407 0.003 0.001 0.001 0.012 0.017 0.310 0.096 0.060 29 R 0.563 0.037 0.002 0.002 0.002 0.002 0.055 0.010 0.002 0.037 0.288 30 A 0.028 0.014 0.001 0.006 0.001 0.004 0.062 0.002 0.001 0.020 0.862 31 M 0.016 0.002 0.001 0.010 0.002 0.004 0.155 0.001 0.001 0.022 0.788 32 E 0.005 0.002 0.001 0.027 0.006 0.015 0.136 0.001 0.001 0.091 0.716 33 I 0.004 0.007 0.001 0.008 0.004 0.004 0.083 0.002 0.001 0.067 0.821 34 A 0.178 0.604 0.002 0.006 0.001 0.002 0.027 0.020 0.001 0.045 0.115 35 P 0.167 0.301 0.006 0.008 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 0.246 0.240 36 S 0.012 0.465 0.003 0.007 0.002 0.004 0.046 0.004 0.001 0.219 0.236 37 T 0.019 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.026 38 A 0.026 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.006 0.030 39 S 0.035 0.269 0.002 0.003 0.002 0.002 0.029 0.003 0.001 0.497 0.158 40 R 0.011 0.534 0.023 0.002 0.001 0.002 0.033 0.005 0.008 0.245 0.136 41 L 0.204 0.245 0.135 0.004 0.001 0.001 0.041 0.086 0.027 0.112 0.144 42 L 0.234 0.266 0.010 0.010 0.002 0.004 0.051 0.015 0.009 0.078 0.322 43 T 0.073 0.164 0.001 0.003 0.001 0.003 0.079 0.002 0.001 0.018 0.655 44 G 0.062 0.135 0.026 0.022 0.003 0.008 0.126 0.066 0.008 0.077 0.469 45 K 0.310 0.170 0.003 0.011 0.004 0.007 0.104 0.025 0.002 0.051 0.314 46 A 0.112 0.044 0.001 0.034 0.007 0.010 0.109 0.001 0.001 0.023 0.659 47 A 0.011 0.071 0.002 0.054 0.008 0.018 0.152 0.001 0.001 0.024 0.658 48 L 0.010 0.169 0.002 0.045 0.012 0.013 0.110 0.007 0.001 0.089 0.541 49 T 0.025 0.927 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.013 0.020 50 P 0.011 0.946 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.025 51 E 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 52 M 0.017 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.028 0.015 53 A 0.005 0.132 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.841 0.011 54 I 0.005 0.819 0.003 0.003 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.114 0.042 55 K 0.024 0.879 0.008 0.002 0.001 0.002 0.006 0.014 0.001 0.016 0.047 56 L 0.049 0.629 0.020 0.009 0.002 0.002 0.022 0.022 0.008 0.118 0.120 57 S 0.146 0.184 0.033 0.007 0.002 0.004 0.073 0.011 0.033 0.191 0.317 58 V 0.317 0.062 0.017 0.010 0.001 0.004 0.079 0.032 0.012 0.112 0.354 59 V 0.150 0.020 0.004 0.015 0.001 0.003 0.139 0.007 0.005 0.041 0.614 60 I 0.030 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 0.152 0.001 0.001 0.014 0.780 61 G 0.008 0.014 0.001 0.020 0.003 0.007 0.213 0.002 0.001 0.031 0.700 62 S 0.028 0.129 0.002 0.016 0.003 0.005 0.173 0.012 0.001 0.058 0.575 63 S 0.089 0.799 0.002 0.004 0.001 0.002 0.019 0.010 0.001 0.017 0.056 64 P 0.065 0.801 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.030 0.082 65 Q 0.028 0.270 0.006 0.013 0.007 0.012 0.045 0.004 0.002 0.470 0.144 66 M 0.037 0.675 0.003 0.010 0.010 0.010 0.030 0.006 0.001 0.127 0.092 67 W 0.057 0.711 0.010 0.012 0.008 0.014 0.024 0.012 0.002 0.034 0.116 68 L 0.048 0.402 0.004 0.030 0.023 0.031 0.046 0.005 0.001 0.163 0.248 69 N 0.027 0.609 0.006 0.010 0.009 0.022 0.040 0.007 0.003 0.089 0.178 70 L 0.140 0.494 0.036 0.010 0.008 0.011 0.044 0.030 0.010 0.077 0.141 71 Q 0.167 0.285 0.021 0.018 0.009 0.016 0.068 0.013 0.013 0.099 0.291 72 N 0.073 0.349 0.001 0.006 0.004 0.007 0.071 0.004 0.001 0.025 0.459 73 A 0.038 0.536 0.006 0.012 0.004 0.006 0.048 0.006 0.002 0.034 0.308 74 W 0.022 0.701 0.006 0.009 0.004 0.006 0.044 0.008 0.001 0.027 0.171 75 S 0.007 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.005 0.039 76 L 0.017 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.003 0.017 77 A 0.031 0.818 0.003 0.003 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.074 0.052 78 E 0.038 0.208 0.033 0.005 0.002 0.004 0.025 0.006 0.013 0.571 0.096 79 A 0.142 0.416 0.021 0.007 0.003 0.005 0.047 0.024 0.007 0.176 0.153 80 E 0.161 0.161 0.029 0.012 0.005 0.012 0.065 0.015 0.017 0.070 0.453 81 K 0.068 0.117 0.003 0.010 0.003 0.008 0.071 0.003 0.002 0.023 0.693 82 T 0.063 0.080 0.002 0.005 0.004 0.011 0.078 0.004 0.001 0.052 0.698 83 V 0.032 0.155 0.006 0.007 0.004 0.006 0.087 0.015 0.002 0.042 0.647 84 D 0.129 0.627 0.003 0.003 0.001 0.003 0.022 0.008 0.001 0.010 0.193 85 V 0.095 0.581 0.006 0.006 0.002 0.004 0.025 0.006 0.001 0.026 0.247 86 S 0.072 0.472 0.010 0.010 0.011 0.017 0.057 0.008 0.005 0.056 0.282 87 R 0.197 0.378 0.011 0.019 0.016 0.025 0.053 0.022 0.003 0.053 0.222 88 L 0.178 0.172 0.007 0.034 0.023 0.034 0.085 0.017 0.003 0.054 0.393 89 R 0.069 0.036 0.004 0.051 0.034 0.077 0.112 0.003 0.001 0.057 0.558 90 R 0.013 0.022 0.006 0.074 0.045 0.109 0.100 0.003 0.002 0.066 0.561 91 L 0.060 0.010 0.009 0.051 0.057 0.081 0.123 0.008 0.003 0.089 0.509 92 V 0.090 0.008 0.003 0.074 0.068 0.098 0.093 0.009 0.001 0.099 0.458 93 T 0.063 0.002 0.001 0.020 0.015 0.026 0.088 0.001 0.001 0.039 0.745 94 Q 0.006 0.001 0.001 0.028 0.029 0.059 0.138 0.004 0.001 0.028 0.708 95 S 0.035 0.005 0.001 0.027 0.014 0.019 0.128 0.002 0.001 0.028 0.741 96 T 0.078 0.006 0.002 0.031 0.037 0.041 0.150 0.012 0.001 0.066 0.576 97 P 0.068 0.010 0.001 0.017 0.010 0.014 0.122 0.004 0.001 0.035 0.718