# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.078 0.051 0.056 0.064 0.072 0.260 0.325 2 K 0.168 0.036 0.021 0.045 0.055 0.103 0.147 0.425 3 M 0.086 0.009 0.014 0.014 0.023 0.087 0.044 0.722 4 A 0.021 0.003 0.017 0.020 0.038 0.144 0.015 0.743 5 N 0.042 0.004 0.019 0.013 0.024 0.133 0.035 0.729 6 H 0.021 0.010 0.029 0.021 0.028 0.192 0.026 0.673 7 P 0.051 0.011 0.027 0.009 0.014 0.106 0.017 0.766 8 R 0.368 0.161 0.028 0.023 0.015 0.087 0.060 0.257 9 P 0.062 0.429 0.013 0.004 0.009 0.054 0.014 0.415 10 G 0.074 0.403 0.055 0.009 0.017 0.045 0.083 0.314 11 D 0.045 0.587 0.043 0.045 0.021 0.045 0.088 0.126 12 I 0.089 0.350 0.068 0.012 0.015 0.053 0.196 0.216 13 I 0.131 0.645 0.016 0.007 0.008 0.016 0.111 0.066 14 Q 0.176 0.501 0.012 0.004 0.007 0.022 0.093 0.183 15 E 0.030 0.441 0.015 0.010 0.009 0.034 0.048 0.413 16 S 0.065 0.524 0.023 0.009 0.011 0.050 0.058 0.262 17 L 0.183 0.092 0.100 0.012 0.007 0.055 0.329 0.223 18 D 0.623 0.091 0.008 0.002 0.003 0.030 0.024 0.219 19 E 0.162 0.023 0.013 0.001 0.001 0.046 0.075 0.679 20 L 0.009 0.086 0.021 0.003 0.005 0.160 0.033 0.683 21 N 0.021 0.254 0.016 0.002 0.006 0.059 0.042 0.601 22 V 0.012 0.441 0.019 0.010 0.003 0.062 0.057 0.396 23 S 0.006 0.954 0.004 0.001 0.001 0.002 0.025 0.007 24 L 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 25 R 0.003 0.942 0.009 0.002 0.001 0.002 0.034 0.006 26 E 0.002 0.986 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 27 F 0.057 0.867 0.027 0.002 0.003 0.005 0.026 0.013 28 A 0.170 0.144 0.304 0.019 0.008 0.018 0.278 0.057 29 R 0.493 0.052 0.016 0.004 0.003 0.026 0.027 0.380 30 A 0.173 0.007 0.013 0.001 0.002 0.040 0.015 0.748 31 M 0.016 0.006 0.009 0.004 0.006 0.124 0.013 0.823 32 E 0.006 0.003 0.004 0.002 0.005 0.073 0.009 0.898 33 I 0.007 0.006 0.008 0.006 0.003 0.105 0.054 0.811 34 A 0.253 0.365 0.010 0.007 0.005 0.053 0.159 0.148 35 P 0.187 0.272 0.008 0.002 0.003 0.063 0.092 0.372 36 S 0.026 0.321 0.028 0.008 0.010 0.089 0.121 0.397 37 T 0.023 0.822 0.009 0.003 0.005 0.019 0.036 0.082 38 A 0.044 0.754 0.007 0.006 0.010 0.025 0.063 0.089 39 S 0.027 0.149 0.037 0.018 0.024 0.032 0.608 0.105 40 R 0.015 0.226 0.047 0.042 0.051 0.058 0.399 0.163 41 L 0.156 0.160 0.126 0.026 0.050 0.105 0.082 0.295 42 L 0.267 0.075 0.069 0.048 0.047 0.085 0.071 0.338 43 T 0.022 0.026 0.030 0.010 0.033 0.077 0.044 0.758 44 G 0.077 0.037 0.027 0.018 0.046 0.109 0.047 0.639 45 K 0.068 0.020 0.029 0.084 0.061 0.139 0.116 0.484 46 A 0.018 0.046 0.024 0.020 0.028 0.101 0.052 0.711 47 A 0.005 0.092 0.050 0.028 0.061 0.120 0.034 0.609 48 L 0.009 0.133 0.058 0.037 0.022 0.082 0.090 0.570 49 T 0.028 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 50 P 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 51 E 0.002 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 52 M 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 53 A 0.007 0.546 0.007 0.003 0.005 0.010 0.408 0.014 54 I 0.004 0.617 0.007 0.006 0.006 0.006 0.339 0.015 55 K 0.016 0.856 0.006 0.003 0.006 0.008 0.065 0.039 56 L 0.032 0.589 0.033 0.020 0.032 0.030 0.181 0.082 57 S 0.064 0.190 0.059 0.054 0.072 0.058 0.313 0.191 58 V 0.343 0.039 0.029 0.029 0.031 0.083 0.079 0.367 59 V 0.085 0.014 0.031 0.027 0.031 0.122 0.090 0.599 60 I 0.019 0.012 0.015 0.007 0.016 0.162 0.030 0.738 61 G 0.007 0.018 0.019 0.010 0.018 0.160 0.019 0.749 62 S 0.027 0.143 0.012 0.012 0.008 0.097 0.029 0.672 63 S 0.086 0.861 0.003 0.002 0.001 0.007 0.018 0.023 64 P 0.037 0.891 0.002 0.001 0.002 0.009 0.016 0.042 65 Q 0.021 0.594 0.024 0.006 0.007 0.018 0.237 0.092 66 M 0.010 0.897 0.004 0.004 0.004 0.008 0.051 0.022 67 W 0.025 0.872 0.009 0.002 0.005 0.012 0.036 0.038 68 L 0.015 0.580 0.016 0.012 0.013 0.022 0.264 0.079 69 N 0.013 0.763 0.008 0.004 0.005 0.010 0.154 0.043 70 L 0.042 0.808 0.007 0.004 0.005 0.014 0.070 0.050 71 Q 0.073 0.518 0.026 0.018 0.016 0.035 0.194 0.119 72 N 0.042 0.696 0.006 0.004 0.005 0.025 0.060 0.162 73 A 0.021 0.757 0.008 0.002 0.003 0.026 0.021 0.162 74 W 0.023 0.717 0.027 0.010 0.007 0.030 0.044 0.143 75 S 0.032 0.894 0.003 0.002 0.001 0.009 0.017 0.041 76 L 0.044 0.873 0.010 0.001 0.001 0.007 0.027 0.037 77 A 0.024 0.853 0.008 0.005 0.005 0.013 0.026 0.066 78 E 0.049 0.204 0.032 0.008 0.009 0.030 0.490 0.177 79 A 0.071 0.445 0.015 0.011 0.010 0.050 0.233 0.165 80 E 0.149 0.340 0.023 0.012 0.018 0.043 0.088 0.328 81 K 0.064 0.169 0.005 0.006 0.008 0.074 0.029 0.645 82 T 0.040 0.130 0.013 0.010 0.012 0.094 0.131 0.570 83 V 0.038 0.240 0.008 0.008 0.006 0.103 0.092 0.505 84 D 0.094 0.682 0.006 0.003 0.003 0.026 0.057 0.129 85 V 0.077 0.627 0.007 0.005 0.005 0.036 0.039 0.205 86 S 0.050 0.527 0.022 0.011 0.014 0.045 0.082 0.250 87 R 0.098 0.466 0.019 0.014 0.018 0.045 0.118 0.221 88 L 0.177 0.215 0.025 0.017 0.027 0.075 0.133 0.331 89 R 0.046 0.074 0.027 0.041 0.056 0.094 0.172 0.491 90 R 0.021 0.031 0.025 0.026 0.065 0.125 0.116 0.590 91 L 0.053 0.017 0.047 0.070 0.105 0.117 0.127 0.464 92 V 0.059 0.007 0.031 0.080 0.098 0.120 0.088 0.517 93 T 0.053 0.007 0.021 0.027 0.048 0.110 0.061 0.674 94 Q 0.019 0.003 0.020 0.031 0.053 0.150 0.025 0.699 95 S 0.038 0.004 0.015 0.018 0.027 0.110 0.035 0.753 96 T 0.102 0.015 0.018 0.032 0.032 0.141 0.066 0.595 97 P 0.044 0.011 0.019 0.017 0.031 0.114 0.031 0.734