# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.085 0.015 0.023 0.021 0.032 0.031 0.006 0.001 0.003 0.676 2 K 0.067 0.045 0.006 0.037 0.053 0.051 0.101 0.008 0.001 0.004 0.628 3 M 0.183 0.032 0.017 0.026 0.023 0.046 0.070 0.005 0.001 0.008 0.590 4 A 0.080 0.029 0.004 0.087 0.046 0.065 0.094 0.009 0.001 0.003 0.583 5 N 0.112 0.006 0.007 0.047 0.014 0.021 0.066 0.004 0.001 0.005 0.719 6 H 0.092 0.002 0.009 0.041 0.009 0.016 0.096 0.001 0.001 0.003 0.731 7 P 0.005 0.001 0.002 0.013 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.961 8 R 0.031 0.001 0.001 0.063 0.009 0.019 0.283 0.001 0.001 0.003 0.590 9 P 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.979 10 G 0.027 0.005 0.001 0.067 0.005 0.020 0.250 0.001 0.001 0.005 0.622 11 D 0.146 0.011 0.001 0.013 0.002 0.004 0.133 0.001 0.001 0.004 0.687 12 I 0.156 0.211 0.001 0.038 0.006 0.008 0.057 0.001 0.001 0.001 0.522 13 I 0.097 0.489 0.002 0.019 0.007 0.032 0.065 0.001 0.001 0.002 0.287 14 Q 0.050 0.581 0.001 0.011 0.006 0.020 0.018 0.003 0.001 0.001 0.309 15 E 0.069 0.717 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.199 16 S 0.113 0.729 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.020 0.001 0.001 0.126 17 L 0.113 0.786 0.008 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.076 18 D 0.034 0.690 0.011 0.003 0.004 0.010 0.020 0.012 0.001 0.001 0.214 19 E 0.134 0.480 0.006 0.003 0.002 0.004 0.008 0.013 0.001 0.001 0.350 20 L 0.181 0.484 0.008 0.006 0.005 0.005 0.028 0.028 0.001 0.001 0.254 21 N 0.339 0.243 0.022 0.010 0.004 0.005 0.096 0.063 0.001 0.007 0.211 22 V 0.128 0.224 0.228 0.035 0.007 0.009 0.042 0.008 0.001 0.004 0.316 23 S 0.044 0.103 0.008 0.020 0.007 0.009 0.384 0.006 0.001 0.003 0.417 24 L 0.053 0.161 0.021 0.026 0.006 0.010 0.083 0.004 0.001 0.006 0.630 25 R 0.019 0.568 0.003 0.017 0.008 0.009 0.105 0.002 0.001 0.007 0.263 26 E 0.009 0.242 0.001 0.003 0.003 0.006 0.596 0.003 0.001 0.018 0.120 27 F 0.017 0.897 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.064 28 A 0.018 0.947 0.001 0.003 0.003 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.007 29 R 0.008 0.968 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 30 A 0.053 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.029 31 M 0.140 0.644 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.192 0.001 0.001 0.018 32 E 0.550 0.134 0.031 0.003 0.001 0.002 0.012 0.158 0.001 0.003 0.106 33 I 0.004 0.003 0.956 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.029 34 A 0.011 0.005 0.004 0.101 0.016 0.026 0.190 0.002 0.001 0.001 0.644 35 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 36 S 0.007 0.004 0.001 0.062 0.006 0.013 0.331 0.001 0.001 0.003 0.573 37 T 0.234 0.012 0.001 0.028 0.005 0.009 0.277 0.001 0.001 0.021 0.413 38 A 0.179 0.408 0.001 0.106 0.011 0.025 0.047 0.002 0.001 0.010 0.211 39 S 0.048 0.515 0.003 0.026 0.021 0.041 0.076 0.002 0.001 0.006 0.264 40 R 0.104 0.508 0.001 0.019 0.031 0.034 0.078 0.019 0.001 0.004 0.201 41 L 0.105 0.746 0.007 0.012 0.018 0.027 0.012 0.012 0.001 0.002 0.059 42 L 0.037 0.794 0.016 0.009 0.021 0.034 0.028 0.009 0.001 0.002 0.050 43 T 0.041 0.600 0.009 0.018 0.036 0.056 0.031 0.026 0.001 0.002 0.181 44 G 0.265 0.274 0.012 0.011 0.015 0.016 0.027 0.056 0.001 0.008 0.316 45 K 0.278 0.178 0.221 0.010 0.010 0.012 0.091 0.008 0.001 0.012 0.180 46 A 0.048 0.067 0.045 0.027 0.013 0.026 0.159 0.013 0.001 0.007 0.596 47 A 0.201 0.060 0.042 0.106 0.031 0.040 0.109 0.013 0.001 0.012 0.386 48 L 0.271 0.090 0.019 0.053 0.018 0.027 0.125 0.007 0.001 0.013 0.378 49 T 0.078 0.093 0.016 0.074 0.027 0.039 0.208 0.004 0.001 0.004 0.456 50 P 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 51 E 0.004 0.018 0.001 0.008 0.007 0.019 0.714 0.001 0.001 0.011 0.220 52 M 0.082 0.196 0.001 0.011 0.006 0.019 0.478 0.006 0.001 0.017 0.185 53 A 0.021 0.954 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 54 I 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 55 K 0.020 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 56 L 0.012 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 57 S 0.019 0.948 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.016 58 V 0.017 0.891 0.004 0.003 0.003 0.009 0.006 0.018 0.001 0.001 0.048 59 V 0.108 0.781 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 0.078 60 I 0.157 0.696 0.013 0.007 0.003 0.003 0.006 0.043 0.001 0.001 0.071 61 G 0.276 0.175 0.046 0.009 0.003 0.005 0.019 0.076 0.001 0.003 0.387 62 S 0.187 0.059 0.372 0.016 0.004 0.006 0.049 0.011 0.001 0.003 0.293 63 S 0.038 0.017 0.011 0.027 0.006 0.007 0.115 0.005 0.001 0.001 0.774 64 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.990 65 Q 0.005 0.006 0.001 0.017 0.005 0.015 0.642 0.001 0.001 0.007 0.302 66 M 0.293 0.076 0.001 0.017 0.003 0.009 0.254 0.001 0.001 0.014 0.331 67 W 0.038 0.888 0.001 0.014 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.046 68 L 0.018 0.915 0.001 0.004 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.046 69 N 0.034 0.870 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.006 0.001 0.001 0.065 70 L 0.040 0.886 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.050 71 Q 0.021 0.923 0.006 0.001 0.002 0.002 0.010 0.010 0.001 0.002 0.024 72 N 0.030 0.818 0.014 0.001 0.002 0.003 0.024 0.019 0.001 0.002 0.088 73 A 0.069 0.829 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.057 74 W 0.061 0.849 0.012 0.002 0.001 0.001 0.008 0.018 0.001 0.002 0.046 75 S 0.059 0.641 0.026 0.001 0.001 0.001 0.070 0.026 0.001 0.003 0.171 76 L 0.028 0.767 0.025 0.003 0.001 0.002 0.021 0.016 0.001 0.002 0.135 77 A 0.015 0.778 0.003 0.002 0.001 0.001 0.046 0.007 0.001 0.003 0.143 78 E 0.029 0.746 0.003 0.002 0.002 0.003 0.101 0.020 0.001 0.005 0.091 79 A 0.019 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 80 E 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.012 81 K 0.044 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.029 82 T 0.077 0.837 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.035 83 V 0.110 0.749 0.033 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 0.064 84 D 0.087 0.494 0.039 0.004 0.003 0.004 0.061 0.050 0.001 0.003 0.255 85 V 0.076 0.469 0.041 0.008 0.003 0.004 0.042 0.018 0.001 0.003 0.337 86 S 0.060 0.363 0.005 0.004 0.003 0.003 0.124 0.010 0.001 0.004 0.423 87 R 0.110 0.479 0.008 0.007 0.008 0.010 0.140 0.016 0.001 0.010 0.211 88 L 0.068 0.771 0.006 0.009 0.008 0.014 0.019 0.010 0.001 0.003 0.091 89 R 0.063 0.699 0.004 0.006 0.011 0.025 0.028 0.020 0.001 0.003 0.139 90 R 0.202 0.526 0.006 0.007 0.013 0.016 0.005 0.042 0.001 0.001 0.181 91 L 0.223 0.466 0.023 0.016 0.027 0.026 0.007 0.039 0.001 0.002 0.170 92 V 0.064 0.203 0.033 0.059 0.093 0.089 0.038 0.026 0.001 0.002 0.391 93 T 0.051 0.057 0.014 0.046 0.049 0.097 0.047 0.012 0.001 0.002 0.624 94 Q 0.100 0.058 0.010 0.109 0.066 0.133 0.109 0.011 0.001 0.005 0.398 95 S 0.125 0.027 0.009 0.043 0.025 0.048 0.150 0.007 0.001 0.012 0.553 96 T 0.138 0.018 0.021 0.051 0.036 0.043 0.174 0.003 0.001 0.009 0.507 97 P 0.004 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.960