# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.7579 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.053 0.065 0.047 0.085 0.096 0.015 0.520 2 K 0.148 0.064 0.066 0.077 0.103 0.129 0.022 0.392 3 M 0.082 0.059 0.079 0.051 0.082 0.073 0.014 0.559 4 A 0.089 0.062 0.071 0.068 0.107 0.109 0.018 0.476 5 N 0.093 0.029 0.040 0.032 0.038 0.078 0.028 0.662 6 H 0.059 0.013 0.065 0.028 0.033 0.049 0.010 0.744 7 P 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.984 8 R 0.046 0.007 0.037 0.026 0.058 0.281 0.006 0.539 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 10 G 0.025 0.018 0.023 0.024 0.050 0.179 0.006 0.676 11 D 0.500 0.010 0.010 0.006 0.007 0.072 0.008 0.388 12 I 0.055 0.071 0.026 0.016 0.021 0.065 0.002 0.743 13 I 0.072 0.163 0.027 0.051 0.196 0.126 0.007 0.358 14 Q 0.047 0.209 0.022 0.015 0.052 0.061 0.007 0.587 15 E 0.042 0.311 0.006 0.008 0.017 0.087 0.008 0.522 16 S 0.067 0.690 0.006 0.006 0.009 0.024 0.010 0.188 17 L 0.061 0.718 0.008 0.007 0.019 0.008 0.012 0.166 18 D 0.037 0.564 0.013 0.006 0.022 0.032 0.014 0.311 19 E 0.086 0.457 0.011 0.004 0.005 0.020 0.021 0.396 20 L 0.173 0.635 0.011 0.004 0.003 0.015 0.044 0.116 21 N 0.562 0.084 0.025 0.005 0.003 0.025 0.102 0.194 22 V 0.102 0.094 0.529 0.014 0.011 0.064 0.009 0.177 23 S 0.026 0.108 0.033 0.013 0.027 0.436 0.006 0.350 24 L 0.062 0.198 0.068 0.009 0.033 0.073 0.006 0.550 25 R 0.013 0.254 0.021 0.004 0.010 0.295 0.003 0.399 26 E 0.035 0.270 0.006 0.002 0.004 0.391 0.005 0.287 27 F 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 28 A 0.003 0.972 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 29 R 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 30 A 0.053 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 31 M 0.117 0.818 0.005 0.003 0.001 0.001 0.043 0.013 32 E 0.576 0.128 0.022 0.006 0.003 0.005 0.154 0.105 33 I 0.086 0.102 0.565 0.016 0.015 0.020 0.026 0.171 34 A 0.015 0.043 0.032 0.013 0.020 0.086 0.004 0.788 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 S 0.006 0.014 0.015 0.006 0.011 0.303 0.002 0.644 37 T 0.336 0.033 0.011 0.002 0.002 0.181 0.011 0.424 38 A 0.107 0.655 0.021 0.006 0.010 0.041 0.003 0.157 39 S 0.014 0.853 0.016 0.008 0.013 0.028 0.002 0.067 40 R 0.045 0.804 0.010 0.005 0.008 0.018 0.007 0.101 41 L 0.048 0.886 0.010 0.004 0.008 0.009 0.008 0.027 42 L 0.031 0.914 0.011 0.006 0.006 0.006 0.010 0.016 43 T 0.029 0.885 0.024 0.008 0.007 0.004 0.019 0.024 44 G 0.282 0.310 0.044 0.010 0.012 0.015 0.156 0.171 45 K 0.343 0.159 0.160 0.014 0.017 0.062 0.031 0.214 46 A 0.015 0.079 0.056 0.012 0.013 0.062 0.012 0.752 47 A 0.078 0.070 0.060 0.018 0.024 0.079 0.027 0.645 48 L 0.216 0.065 0.188 0.015 0.015 0.110 0.022 0.369 49 T 0.065 0.064 0.050 0.016 0.024 0.246 0.006 0.529 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 51 E 0.003 0.022 0.002 0.002 0.005 0.468 0.001 0.498 52 M 0.057 0.120 0.001 0.001 0.001 0.637 0.004 0.179 53 A 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 54 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 K 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 56 L 0.016 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 57 S 0.015 0.956 0.003 0.004 0.004 0.001 0.007 0.010 58 V 0.032 0.885 0.009 0.004 0.004 0.004 0.016 0.046 59 V 0.051 0.829 0.026 0.007 0.007 0.009 0.016 0.055 60 I 0.034 0.772 0.033 0.013 0.009 0.012 0.022 0.105 61 G 0.123 0.343 0.066 0.021 0.020 0.035 0.061 0.331 62 S 0.120 0.168 0.112 0.016 0.018 0.086 0.033 0.447 63 S 0.048 0.081 0.019 0.011 0.015 0.126 0.009 0.690 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 65 Q 0.005 0.050 0.006 0.006 0.011 0.386 0.002 0.534 66 M 0.114 0.366 0.005 0.003 0.006 0.211 0.006 0.290 67 W 0.009 0.964 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 68 L 0.007 0.970 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.014 69 N 0.019 0.950 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.021 70 L 0.030 0.942 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.013 71 Q 0.014 0.959 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.013 72 N 0.020 0.924 0.003 0.001 0.002 0.010 0.009 0.030 73 A 0.042 0.909 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.029 74 W 0.044 0.856 0.012 0.002 0.002 0.012 0.012 0.060 75 S 0.059 0.744 0.011 0.006 0.005 0.042 0.019 0.114 76 L 0.024 0.778 0.020 0.004 0.014 0.011 0.003 0.146 77 A 0.010 0.681 0.004 0.005 0.010 0.084 0.005 0.202 78 E 0.017 0.852 0.002 0.002 0.002 0.057 0.003 0.065 79 A 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 80 E 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 K 0.021 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 82 T 0.088 0.859 0.004 0.002 0.002 0.002 0.019 0.025 83 V 0.095 0.713 0.013 0.006 0.008 0.009 0.024 0.131 84 D 0.049 0.445 0.022 0.012 0.014 0.060 0.024 0.375 85 V 0.031 0.160 0.017 0.005 0.008 0.030 0.008 0.740 86 S 0.028 0.313 0.013 0.009 0.011 0.194 0.010 0.423 87 R 0.124 0.376 0.012 0.009 0.013 0.135 0.017 0.314 88 L 0.075 0.710 0.014 0.014 0.018 0.044 0.007 0.118 89 R 0.062 0.630 0.021 0.040 0.036 0.042 0.017 0.153 90 R 0.089 0.506 0.040 0.040 0.046 0.030 0.020 0.230 91 L 0.108 0.412 0.062 0.082 0.121 0.032 0.022 0.162 92 V 0.066 0.219 0.091 0.136 0.140 0.043 0.018 0.287 93 T 0.021 0.103 0.061 0.065 0.091 0.040 0.011 0.610 94 Q 0.074 0.096 0.102 0.082 0.140 0.093 0.022 0.391 95 S 0.094 0.071 0.046 0.038 0.057 0.183 0.040 0.471 96 T 0.187 0.032 0.043 0.042 0.049 0.140 0.021 0.487 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997