# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.050 0.012 0.021 0.022 0.033 0.031 0.006 0.001 0.003 0.721 2 K 0.065 0.023 0.006 0.034 0.040 0.044 0.078 0.005 0.001 0.003 0.699 3 M 0.085 0.010 0.009 0.020 0.017 0.033 0.060 0.002 0.001 0.005 0.757 4 A 0.054 0.008 0.002 0.055 0.025 0.037 0.081 0.003 0.001 0.002 0.733 5 N 0.116 0.003 0.004 0.045 0.011 0.017 0.071 0.002 0.001 0.006 0.724 6 H 0.119 0.002 0.006 0.046 0.008 0.013 0.118 0.001 0.001 0.004 0.683 7 P 0.005 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.964 8 R 0.025 0.001 0.001 0.083 0.009 0.018 0.312 0.001 0.001 0.003 0.550 9 P 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 10 G 0.019 0.003 0.001 0.070 0.004 0.017 0.273 0.001 0.001 0.004 0.609 11 D 0.128 0.009 0.001 0.012 0.001 0.003 0.152 0.001 0.001 0.004 0.692 12 I 0.151 0.219 0.001 0.034 0.004 0.005 0.057 0.001 0.001 0.001 0.527 13 I 0.089 0.561 0.001 0.014 0.004 0.020 0.051 0.001 0.001 0.002 0.256 14 Q 0.047 0.668 0.001 0.007 0.004 0.014 0.015 0.003 0.001 0.001 0.240 15 E 0.061 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.135 16 S 0.081 0.795 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.099 17 L 0.100 0.836 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.049 18 D 0.030 0.738 0.011 0.002 0.003 0.009 0.014 0.014 0.001 0.001 0.178 19 E 0.140 0.508 0.006 0.003 0.001 0.004 0.006 0.014 0.001 0.001 0.319 20 L 0.187 0.488 0.008 0.007 0.004 0.004 0.021 0.033 0.001 0.001 0.248 21 N 0.350 0.239 0.025 0.012 0.004 0.005 0.078 0.062 0.001 0.006 0.220 22 V 0.119 0.189 0.261 0.046 0.008 0.011 0.044 0.008 0.001 0.003 0.312 23 S 0.044 0.083 0.008 0.028 0.008 0.011 0.405 0.005 0.001 0.003 0.405 24 L 0.044 0.121 0.020 0.031 0.006 0.010 0.072 0.003 0.001 0.005 0.688 25 R 0.017 0.496 0.003 0.025 0.011 0.013 0.123 0.002 0.001 0.007 0.303 26 E 0.009 0.178 0.001 0.003 0.004 0.008 0.651 0.002 0.001 0.020 0.124 27 F 0.021 0.879 0.001 0.007 0.004 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.072 28 A 0.020 0.941 0.001 0.004 0.003 0.011 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 29 R 0.009 0.961 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.007 30 A 0.068 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.035 31 M 0.164 0.593 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.212 0.001 0.001 0.022 32 E 0.542 0.113 0.037 0.004 0.002 0.003 0.015 0.151 0.001 0.003 0.129 33 I 0.004 0.002 0.945 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.038 34 A 0.010 0.004 0.003 0.115 0.018 0.029 0.199 0.002 0.001 0.001 0.621 35 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 36 S 0.006 0.004 0.001 0.079 0.007 0.016 0.327 0.001 0.001 0.003 0.556 37 T 0.209 0.012 0.001 0.031 0.006 0.010 0.273 0.001 0.001 0.020 0.438 38 A 0.168 0.400 0.001 0.116 0.013 0.029 0.049 0.002 0.001 0.010 0.212 39 S 0.050 0.503 0.003 0.025 0.021 0.045 0.076 0.002 0.001 0.006 0.270 40 R 0.109 0.500 0.001 0.019 0.035 0.037 0.076 0.020 0.001 0.004 0.198 41 L 0.110 0.736 0.007 0.012 0.019 0.029 0.012 0.012 0.001 0.002 0.059 42 L 0.037 0.782 0.017 0.010 0.024 0.038 0.028 0.009 0.001 0.002 0.053 43 T 0.040 0.575 0.009 0.020 0.040 0.061 0.033 0.026 0.001 0.002 0.194 44 G 0.277 0.251 0.013 0.012 0.015 0.017 0.030 0.057 0.001 0.009 0.319 45 K 0.295 0.158 0.222 0.010 0.011 0.012 0.096 0.008 0.001 0.013 0.175 46 A 0.046 0.056 0.046 0.029 0.014 0.025 0.162 0.011 0.001 0.007 0.603 47 A 0.171 0.051 0.042 0.113 0.033 0.042 0.115 0.010 0.001 0.012 0.412 48 L 0.237 0.081 0.017 0.059 0.019 0.031 0.135 0.006 0.001 0.013 0.401 49 T 0.078 0.085 0.015 0.078 0.030 0.044 0.203 0.003 0.001 0.005 0.460 50 P 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 51 E 0.005 0.018 0.001 0.009 0.007 0.021 0.686 0.001 0.001 0.011 0.241 52 M 0.085 0.199 0.001 0.012 0.007 0.018 0.439 0.005 0.001 0.016 0.217 53 A 0.021 0.950 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 54 I 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 55 K 0.023 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 56 L 0.010 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 57 S 0.019 0.947 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.017 58 V 0.018 0.892 0.005 0.002 0.003 0.008 0.007 0.017 0.001 0.001 0.047 59 V 0.102 0.791 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.072 60 I 0.182 0.681 0.012 0.005 0.002 0.002 0.005 0.046 0.001 0.001 0.065 61 G 0.293 0.168 0.055 0.007 0.002 0.004 0.017 0.075 0.001 0.003 0.376 62 S 0.181 0.052 0.367 0.015 0.003 0.005 0.047 0.012 0.001 0.002 0.315 63 S 0.038 0.014 0.010 0.024 0.004 0.005 0.111 0.005 0.001 0.001 0.788 64 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 65 Q 0.004 0.005 0.001 0.012 0.003 0.009 0.687 0.001 0.001 0.006 0.274 66 M 0.284 0.073 0.001 0.013 0.002 0.006 0.298 0.001 0.001 0.014 0.306 67 W 0.031 0.915 0.001 0.009 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 68 L 0.013 0.944 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 69 N 0.024 0.913 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.043 70 L 0.031 0.919 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.033 71 Q 0.018 0.945 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.014 72 N 0.025 0.863 0.013 0.001 0.001 0.002 0.015 0.020 0.001 0.001 0.060 73 A 0.064 0.841 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.046 74 W 0.069 0.844 0.015 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.002 0.038 75 S 0.072 0.597 0.038 0.001 0.001 0.001 0.074 0.036 0.001 0.004 0.176 76 L 0.034 0.686 0.047 0.005 0.001 0.002 0.024 0.018 0.001 0.002 0.181 77 A 0.016 0.678 0.004 0.003 0.001 0.002 0.072 0.008 0.001 0.003 0.213 78 E 0.038 0.651 0.004 0.002 0.002 0.003 0.145 0.021 0.001 0.007 0.126 79 A 0.023 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 80 E 0.013 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.014 81 K 0.046 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.031 82 T 0.070 0.845 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.040 83 V 0.100 0.767 0.024 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.001 0.001 0.069 84 D 0.102 0.478 0.034 0.005 0.004 0.007 0.051 0.056 0.001 0.003 0.259 85 V 0.128 0.419 0.057 0.008 0.004 0.006 0.042 0.019 0.001 0.003 0.314 86 S 0.101 0.310 0.006 0.006 0.004 0.004 0.089 0.014 0.001 0.003 0.461 87 R 0.179 0.342 0.014 0.010 0.008 0.009 0.097 0.014 0.001 0.011 0.316 88 L 0.095 0.499 0.014 0.015 0.014 0.022 0.066 0.010 0.001 0.006 0.260 89 R 0.104 0.363 0.008 0.017 0.024 0.049 0.085 0.020 0.001 0.008 0.321 90 R 0.239 0.379 0.012 0.018 0.024 0.041 0.016 0.016 0.001 0.003 0.252 91 L 0.118 0.320 0.013 0.037 0.063 0.069 0.023 0.019 0.001 0.002 0.336 92 V 0.043 0.115 0.011 0.036 0.054 0.057 0.022 0.007 0.001 0.001 0.654 93 T 0.062 0.079 0.006 0.059 0.067 0.151 0.054 0.010 0.001 0.003 0.509 94 Q 0.127 0.080 0.008 0.058 0.040 0.099 0.092 0.010 0.001 0.005 0.482 95 S 0.140 0.044 0.007 0.032 0.022 0.037 0.069 0.008 0.001 0.005 0.636 96 T 0.165 0.029 0.018 0.041 0.033 0.054 0.125 0.003 0.001 0.007 0.525 97 P 0.005 0.002 0.002 0.005 0.003 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.967