# TARGET T0311 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.216 0.059 0.011 0.243 0.011 0.023 0.103 0.080 0.074 0.049 2 K 0.091 0.275 0.081 0.011 0.284 0.014 0.039 0.112 0.048 0.027 0.020 3 M 0.171 0.126 0.053 0.014 0.215 0.015 0.040 0.122 0.077 0.098 0.069 4 A 0.048 0.263 0.185 0.058 0.163 0.038 0.060 0.089 0.041 0.038 0.017 5 N 0.058 0.191 0.190 0.063 0.141 0.031 0.049 0.075 0.047 0.107 0.048 6 H 0.076 0.344 0.276 0.020 0.175 0.006 0.014 0.025 0.014 0.021 0.028 7 P 0.028 0.512 0.254 0.009 0.146 0.003 0.007 0.016 0.008 0.009 0.008 8 R 0.009 0.435 0.445 0.015 0.060 0.004 0.004 0.014 0.006 0.006 0.003 9 P 0.011 0.036 0.016 0.010 0.018 0.025 0.106 0.578 0.175 0.018 0.008 10 G 0.011 0.020 0.029 0.035 0.019 0.019 0.013 0.275 0.194 0.327 0.058 11 D 0.019 0.138 0.028 0.002 0.087 0.003 0.019 0.547 0.120 0.030 0.006 12 I 0.047 0.086 0.030 0.001 0.073 0.001 0.005 0.649 0.074 0.021 0.014 13 I 0.010 0.017 0.006 0.003 0.015 0.002 0.006 0.667 0.217 0.048 0.008 14 Q 0.003 0.012 0.002 0.002 0.007 0.005 0.018 0.789 0.157 0.004 0.001 15 E 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.007 0.052 0.832 0.079 0.012 0.003 16 S 0.003 0.009 0.005 0.004 0.005 0.008 0.042 0.691 0.130 0.100 0.003 17 L 0.040 0.058 0.009 0.001 0.080 0.001 0.005 0.677 0.096 0.025 0.009 18 D 0.001 0.010 0.022 0.004 0.001 0.005 0.026 0.760 0.163 0.005 0.001 19 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.056 0.788 0.128 0.015 0.002 20 L 0.001 0.804 0.146 0.002 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 21 N 0.106 0.004 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 0.004 0.224 0.642 22 V 0.027 0.572 0.153 0.003 0.219 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.008 23 S 0.016 0.694 0.193 0.001 0.086 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.800 0.196 0.002 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.003 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.048 0.005 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.864 0.120 0.005 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.836 0.108 0.013 0.001 31 M 0.005 0.779 0.092 0.002 0.101 0.001 0.002 0.008 0.005 0.005 0.001 32 E 0.098 0.004 0.002 0.001 0.013 0.002 0.005 0.015 0.021 0.450 0.390 33 I 0.024 0.518 0.282 0.004 0.140 0.001 0.004 0.010 0.004 0.008 0.006 34 A 0.014 0.646 0.221 0.004 0.101 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.003 35 P 0.007 0.013 0.004 0.001 0.012 0.003 0.006 0.590 0.351 0.010 0.004 36 S 0.002 0.008 0.005 0.001 0.006 0.002 0.011 0.891 0.063 0.009 0.002 37 T 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.876 0.058 0.050 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.091 0.003 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.051 0.002 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.032 0.005 0.001 41 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.923 0.053 0.005 0.001 42 L 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.045 0.837 0.082 0.021 0.002 43 T 0.001 0.667 0.200 0.026 0.023 0.009 0.016 0.039 0.008 0.011 0.001 44 G 0.032 0.047 0.051 0.048 0.020 0.018 0.015 0.040 0.030 0.442 0.257 45 K 0.097 0.072 0.032 0.031 0.087 0.024 0.046 0.066 0.094 0.283 0.167 46 A 0.029 0.381 0.182 0.035 0.184 0.020 0.023 0.056 0.051 0.026 0.014 47 A 0.145 0.212 0.068 0.007 0.183 0.011 0.033 0.049 0.049 0.167 0.077 48 L 0.119 0.365 0.119 0.008 0.244 0.004 0.010 0.032 0.017 0.039 0.044 49 T 0.004 0.588 0.344 0.007 0.034 0.001 0.001 0.016 0.002 0.003 0.001 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.817 0.175 0.002 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.029 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.074 0.026 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.002 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.036 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.962 0.025 0.005 0.001 56 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.898 0.084 0.009 0.001 57 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.876 0.102 0.004 0.001 58 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.061 0.860 0.061 0.005 0.001 59 V 0.005 0.005 0.004 0.005 0.008 0.033 0.280 0.579 0.060 0.018 0.003 60 I 0.022 0.615 0.137 0.014 0.146 0.005 0.008 0.014 0.007 0.024 0.009 61 G 0.055 0.022 0.041 0.059 0.016 0.032 0.012 0.027 0.031 0.486 0.217 62 S 0.029 0.402 0.270 0.018 0.128 0.006 0.013 0.031 0.019 0.065 0.019 63 S 0.010 0.538 0.318 0.010 0.077 0.002 0.001 0.024 0.007 0.010 0.004 64 P 0.002 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.760 0.212 0.005 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.910 0.071 0.007 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.052 0.018 0.001 67 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.046 0.006 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.049 0.002 0.001 69 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.941 0.041 0.006 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.896 0.075 0.010 0.001 71 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.866 0.099 0.010 0.001 72 N 0.002 0.016 0.010 0.002 0.004 0.006 0.028 0.795 0.119 0.016 0.002 73 A 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.005 0.037 0.825 0.066 0.045 0.005 74 W 0.026 0.205 0.036 0.007 0.099 0.009 0.016 0.387 0.087 0.105 0.024 75 S 0.121 0.048 0.016 0.003 0.085 0.002 0.009 0.509 0.061 0.079 0.068 76 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.851 0.121 0.012 0.001 77 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.912 0.068 0.003 0.001 78 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.901 0.064 0.018 0.001 79 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.865 0.097 0.017 0.001 80 E 0.007 0.011 0.002 0.001 0.010 0.002 0.011 0.800 0.129 0.024 0.003 81 K 0.009 0.017 0.006 0.003 0.014 0.009 0.067 0.708 0.128 0.035 0.005 82 T 0.032 0.044 0.013 0.003 0.063 0.007 0.066 0.609 0.077 0.072 0.013 83 V 0.075 0.196 0.050 0.012 0.144 0.021 0.034 0.237 0.089 0.102 0.041 84 D 0.316 0.058 0.019 0.005 0.281 0.004 0.011 0.107 0.028 0.056 0.115 85 V 0.024 0.042 0.010 0.003 0.043 0.003 0.010 0.484 0.267 0.099 0.015 86 S 0.024 0.047 0.015 0.004 0.054 0.007 0.039 0.644 0.112 0.045 0.009 87 R 0.039 0.045 0.012 0.004 0.060 0.007 0.021 0.594 0.136 0.071 0.013 88 L 0.043 0.084 0.022 0.007 0.099 0.010 0.026 0.571 0.080 0.038 0.018 89 R 0.098 0.062 0.013 0.005 0.146 0.008 0.026 0.461 0.083 0.064 0.036 90 R 0.144 0.115 0.026 0.006 0.247 0.009 0.029 0.307 0.054 0.035 0.028 91 L 0.101 0.257 0.062 0.005 0.269 0.005 0.018 0.217 0.033 0.017 0.015 92 V 0.172 0.130 0.029 0.007 0.255 0.011 0.039 0.249 0.046 0.028 0.034 93 T 0.116 0.127 0.033 0.021 0.176 0.035 0.069 0.197 0.096 0.086 0.043 94 Q 0.066 0.241 0.106 0.025 0.196 0.021 0.056 0.154 0.069 0.045 0.021 95 S 0.110 0.167 0.119 0.027 0.167 0.020 0.062 0.089 0.063 0.123 0.054 96 T 0.039 0.382 0.318 0.030 0.132 0.007 0.017 0.041 0.015 0.008 0.010 97 P 0.037 0.330 0.135 0.022 0.117 0.022 0.039 0.155 0.091 0.035 0.017