# TARGET T0311 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.664 0.201 0.081 0.040 0.012 0.002 0.001 2 K 0.684 0.212 0.074 0.025 0.005 0.001 0.001 3 M 0.689 0.202 0.071 0.030 0.007 0.001 0.001 4 A 0.482 0.250 0.146 0.087 0.028 0.006 0.001 5 N 0.384 0.314 0.180 0.088 0.027 0.006 0.001 6 H 0.196 0.216 0.226 0.204 0.116 0.039 0.003 7 P 0.208 0.195 0.191 0.190 0.135 0.071 0.011 8 R 0.228 0.239 0.222 0.165 0.091 0.045 0.010 9 P 0.132 0.144 0.156 0.219 0.205 0.125 0.019 10 G 0.132 0.273 0.256 0.196 0.096 0.039 0.006 11 D 0.234 0.276 0.202 0.154 0.088 0.039 0.007 12 I 0.032 0.120 0.251 0.314 0.189 0.082 0.012 13 I 0.022 0.028 0.058 0.182 0.373 0.305 0.032 14 Q 0.132 0.382 0.320 0.133 0.027 0.005 0.001 15 E 0.479 0.382 0.099 0.030 0.008 0.002 0.001 16 S 0.108 0.191 0.245 0.286 0.139 0.030 0.001 17 L 0.091 0.100 0.186 0.341 0.235 0.046 0.001 18 D 0.687 0.261 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 19 E 0.639 0.270 0.071 0.017 0.003 0.001 0.001 20 L 0.199 0.227 0.272 0.204 0.081 0.017 0.001 21 N 0.367 0.342 0.178 0.082 0.025 0.005 0.001 22 V 0.154 0.165 0.199 0.243 0.176 0.059 0.004 23 S 0.154 0.353 0.274 0.151 0.051 0.016 0.001 24 L 0.051 0.087 0.175 0.305 0.275 0.102 0.006 25 R 0.220 0.356 0.277 0.117 0.025 0.004 0.001 26 E 0.199 0.424 0.253 0.098 0.022 0.003 0.001 27 F 0.052 0.051 0.079 0.270 0.385 0.158 0.005 28 A 0.089 0.155 0.209 0.291 0.209 0.047 0.001 29 R 0.382 0.397 0.159 0.053 0.008 0.001 0.001 30 A 0.205 0.308 0.278 0.152 0.047 0.010 0.001 31 M 0.114 0.121 0.182 0.252 0.208 0.115 0.008 32 E 0.330 0.330 0.183 0.094 0.043 0.017 0.002 33 I 0.264 0.216 0.200 0.187 0.095 0.035 0.003 34 A 0.244 0.273 0.216 0.147 0.074 0.042 0.004 35 P 0.283 0.270 0.219 0.145 0.062 0.020 0.002 36 S 0.447 0.317 0.140 0.062 0.025 0.009 0.002 37 T 0.122 0.188 0.232 0.258 0.146 0.050 0.004 38 A 0.070 0.077 0.103 0.213 0.316 0.198 0.023 39 S 0.259 0.388 0.223 0.102 0.023 0.005 0.001 40 R 0.235 0.357 0.245 0.120 0.033 0.009 0.001 41 L 0.102 0.076 0.098 0.220 0.294 0.191 0.017 42 L 0.145 0.178 0.229 0.237 0.153 0.055 0.003 43 T 0.467 0.336 0.128 0.051 0.014 0.004 0.001 44 G 0.309 0.267 0.189 0.142 0.066 0.024 0.003 45 K 0.204 0.231 0.229 0.177 0.096 0.054 0.007 46 A 0.264 0.238 0.180 0.148 0.101 0.057 0.012 47 A 0.165 0.209 0.188 0.178 0.138 0.098 0.025 48 L 0.059 0.063 0.109 0.203 0.242 0.238 0.085 49 T 0.113 0.167 0.147 0.145 0.162 0.186 0.081 50 P 0.097 0.106 0.141 0.215 0.230 0.165 0.047 51 E 0.153 0.264 0.243 0.182 0.099 0.047 0.013 52 M 0.040 0.062 0.094 0.177 0.259 0.289 0.079 53 A 0.020 0.026 0.038 0.093 0.228 0.428 0.168 54 I 0.024 0.093 0.202 0.292 0.240 0.127 0.022 55 K 0.020 0.052 0.154 0.304 0.290 0.151 0.029 56 L 0.016 0.014 0.010 0.029 0.142 0.530 0.258 57 S 0.026 0.052 0.130 0.292 0.287 0.187 0.026 58 V 0.094 0.231 0.264 0.230 0.118 0.056 0.006 59 V 0.060 0.065 0.123 0.246 0.282 0.197 0.027 60 I 0.049 0.059 0.097 0.193 0.267 0.276 0.057 61 G 0.214 0.245 0.199 0.147 0.106 0.069 0.019 62 S 0.192 0.208 0.210 0.208 0.123 0.047 0.012 63 S 0.252 0.278 0.198 0.140 0.074 0.045 0.014 64 P 0.241 0.194 0.163 0.167 0.129 0.088 0.018 65 Q 0.312 0.286 0.192 0.122 0.058 0.025 0.006 66 M 0.093 0.129 0.160 0.231 0.214 0.143 0.029 67 W 0.039 0.054 0.078 0.137 0.219 0.337 0.137 68 L 0.064 0.105 0.141 0.208 0.245 0.194 0.043 69 N 0.069 0.161 0.232 0.270 0.169 0.080 0.020 70 L 0.026 0.036 0.056 0.132 0.254 0.391 0.105 71 Q 0.026 0.033 0.053 0.121 0.248 0.399 0.121 72 N 0.089 0.152 0.199 0.242 0.179 0.116 0.023 73 A 0.104 0.173 0.213 0.212 0.167 0.109 0.022 74 W 0.093 0.087 0.124 0.202 0.236 0.207 0.052 75 S 0.135 0.219 0.200 0.173 0.139 0.110 0.025 76 L 0.146 0.120 0.153 0.210 0.201 0.141 0.030 77 A 0.231 0.250 0.228 0.181 0.081 0.027 0.003 78 E 0.214 0.331 0.245 0.141 0.054 0.014 0.001 79 A 0.106 0.105 0.149 0.271 0.267 0.097 0.005 80 E 0.202 0.275 0.243 0.185 0.077 0.016 0.001 81 K 0.488 0.338 0.130 0.038 0.006 0.001 0.001 82 T 0.418 0.323 0.169 0.073 0.016 0.002 0.001 83 V 0.261 0.250 0.243 0.172 0.061 0.013 0.001 84 D 0.715 0.193 0.057 0.024 0.008 0.002 0.001 85 V 0.591 0.225 0.105 0.056 0.019 0.004 0.001 86 S 0.611 0.246 0.091 0.038 0.011 0.003 0.001 87 R 0.370 0.250 0.193 0.129 0.049 0.009 0.001 88 L 0.436 0.283 0.169 0.080 0.025 0.006 0.001 89 R 0.344 0.253 0.193 0.135 0.061 0.013 0.001 90 R 0.279 0.232 0.207 0.169 0.083 0.027 0.002 91 L 0.220 0.218 0.207 0.191 0.117 0.044 0.004 92 V 0.228 0.180 0.181 0.200 0.137 0.066 0.008 93 T 0.285 0.212 0.180 0.174 0.103 0.041 0.004 94 Q 0.448 0.270 0.160 0.086 0.028 0.008 0.001 95 S 0.557 0.243 0.111 0.060 0.021 0.006 0.001 96 T 0.474 0.214 0.144 0.105 0.047 0.015 0.001 97 P 0.687 0.188 0.073 0.035 0.013 0.004 0.001