# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.9073 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.093 0.105 0.121 0.122 0.117 0.084 0.055 0.033 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 2 K 0.307 0.167 0.134 0.128 0.105 0.064 0.039 0.025 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 3 M 0.229 0.111 0.106 0.132 0.129 0.093 0.067 0.062 0.035 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 4 A 0.278 0.142 0.120 0.119 0.105 0.086 0.058 0.042 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 5 N 0.331 0.164 0.133 0.120 0.095 0.064 0.037 0.024 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 6 H 0.167 0.109 0.125 0.141 0.145 0.123 0.083 0.047 0.030 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 7 P 0.208 0.112 0.102 0.123 0.131 0.115 0.083 0.059 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 8 R 0.183 0.155 0.139 0.153 0.121 0.102 0.065 0.040 0.021 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 9 P 0.090 0.060 0.076 0.115 0.159 0.176 0.119 0.068 0.078 0.030 0.018 0.007 0.002 0.001 10 G 0.097 0.112 0.137 0.167 0.165 0.136 0.085 0.045 0.028 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 11 D 0.516 0.256 0.124 0.051 0.026 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 I 0.083 0.090 0.127 0.187 0.178 0.146 0.100 0.058 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 13 I 0.015 0.018 0.036 0.089 0.172 0.222 0.203 0.104 0.111 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 14 Q 0.271 0.328 0.193 0.125 0.051 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.634 0.281 0.075 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.049 0.061 0.088 0.201 0.286 0.201 0.063 0.031 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.033 0.058 0.085 0.258 0.289 0.120 0.083 0.035 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 18 D 0.735 0.220 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.557 0.288 0.126 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.064 0.058 0.133 0.190 0.281 0.156 0.074 0.030 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 21 N 0.424 0.223 0.184 0.056 0.060 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.323 0.118 0.083 0.157 0.154 0.079 0.038 0.026 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 23 S 0.176 0.220 0.158 0.184 0.118 0.071 0.043 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.016 0.016 0.042 0.082 0.179 0.241 0.157 0.127 0.094 0.035 0.007 0.002 0.001 0.001 25 R 0.215 0.219 0.187 0.165 0.112 0.058 0.025 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.298 0.308 0.213 0.092 0.053 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.007 0.011 0.021 0.095 0.167 0.219 0.217 0.185 0.061 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 28 A 0.017 0.042 0.090 0.215 0.232 0.168 0.127 0.057 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 29 R 0.560 0.313 0.092 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.058 0.095 0.157 0.202 0.215 0.144 0.082 0.029 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 31 M 0.014 0.017 0.053 0.108 0.190 0.226 0.234 0.106 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 32 E 0.465 0.263 0.143 0.058 0.040 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.173 0.120 0.143 0.199 0.163 0.101 0.055 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 34 A 0.139 0.103 0.112 0.153 0.182 0.150 0.081 0.037 0.029 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 35 P 0.136 0.157 0.190 0.185 0.162 0.089 0.041 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.560 0.190 0.103 0.065 0.039 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 T 0.106 0.118 0.154 0.185 0.184 0.124 0.067 0.039 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 38 A 0.021 0.018 0.032 0.077 0.163 0.210 0.199 0.132 0.098 0.035 0.010 0.003 0.001 0.001 39 S 0.158 0.211 0.196 0.194 0.127 0.059 0.032 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 40 R 0.471 0.253 0.158 0.058 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.032 0.029 0.053 0.151 0.255 0.203 0.126 0.092 0.039 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 42 L 0.033 0.041 0.070 0.169 0.222 0.176 0.145 0.074 0.046 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 43 T 0.518 0.238 0.120 0.064 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.418 0.243 0.155 0.091 0.045 0.027 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 K 0.244 0.181 0.152 0.141 0.137 0.076 0.033 0.016 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 46 A 0.181 0.133 0.133 0.152 0.155 0.107 0.068 0.038 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 47 A 0.237 0.131 0.129 0.122 0.136 0.100 0.068 0.040 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 48 L 0.086 0.042 0.063 0.105 0.149 0.174 0.124 0.082 0.064 0.055 0.027 0.017 0.010 0.003 49 T 0.091 0.066 0.084 0.149 0.173 0.130 0.120 0.084 0.054 0.026 0.011 0.009 0.003 0.002 50 P 0.072 0.040 0.047 0.076 0.097 0.154 0.139 0.115 0.100 0.072 0.048 0.025 0.011 0.003 51 E 0.099 0.107 0.106 0.148 0.151 0.125 0.106 0.068 0.045 0.021 0.013 0.007 0.003 0.002 52 M 0.035 0.035 0.060 0.096 0.123 0.164 0.160 0.124 0.088 0.058 0.033 0.013 0.006 0.003 53 A 0.019 0.018 0.033 0.076 0.156 0.173 0.171 0.150 0.112 0.059 0.016 0.009 0.004 0.002 54 I 0.067 0.050 0.067 0.093 0.114 0.143 0.142 0.120 0.086 0.057 0.030 0.017 0.012 0.003 55 K 0.046 0.060 0.085 0.159 0.189 0.144 0.131 0.101 0.045 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 56 L 0.017 0.013 0.026 0.052 0.083 0.168 0.212 0.176 0.124 0.073 0.035 0.014 0.005 0.002 57 S 0.064 0.078 0.115 0.171 0.219 0.144 0.085 0.054 0.041 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 58 V 0.140 0.144 0.137 0.172 0.153 0.090 0.057 0.046 0.031 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 59 V 0.049 0.038 0.056 0.126 0.161 0.173 0.159 0.139 0.057 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 60 I 0.047 0.036 0.066 0.101 0.139 0.176 0.194 0.112 0.068 0.034 0.017 0.007 0.003 0.001 61 G 0.220 0.149 0.142 0.141 0.134 0.086 0.055 0.037 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 62 S 0.206 0.118 0.121 0.145 0.135 0.117 0.068 0.032 0.025 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 63 S 0.253 0.146 0.122 0.131 0.131 0.086 0.053 0.030 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 64 P 0.127 0.092 0.106 0.141 0.154 0.146 0.101 0.057 0.035 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 65 Q 0.265 0.175 0.155 0.124 0.112 0.068 0.046 0.027 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 66 M 0.093 0.058 0.083 0.121 0.153 0.163 0.123 0.084 0.052 0.037 0.020 0.008 0.004 0.002 67 W 0.047 0.040 0.059 0.120 0.188 0.159 0.152 0.106 0.074 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 68 L 0.122 0.072 0.080 0.115 0.122 0.144 0.111 0.090 0.057 0.041 0.027 0.012 0.006 0.001 69 N 0.280 0.205 0.156 0.134 0.096 0.051 0.035 0.021 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 70 L 0.055 0.042 0.061 0.132 0.158 0.180 0.141 0.098 0.070 0.039 0.016 0.005 0.002 0.001 71 Q 0.121 0.111 0.138 0.180 0.173 0.122 0.069 0.037 0.032 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 72 N 0.413 0.222 0.138 0.100 0.059 0.031 0.017 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 73 A 0.177 0.150 0.155 0.159 0.149 0.091 0.060 0.030 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 74 W 0.103 0.079 0.121 0.155 0.179 0.166 0.102 0.057 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 75 S 0.321 0.214 0.165 0.118 0.094 0.043 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.082 0.052 0.074 0.144 0.182 0.174 0.119 0.080 0.051 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 77 A 0.375 0.214 0.143 0.117 0.078 0.038 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.376 0.224 0.180 0.106 0.062 0.025 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.112 0.059 0.075 0.152 0.188 0.197 0.116 0.056 0.028 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 80 E 0.300 0.229 0.171 0.155 0.089 0.028 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.693 0.172 0.072 0.034 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 T 0.407 0.184 0.145 0.120 0.096 0.030 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.305 0.128 0.163 0.174 0.121 0.060 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.670 0.159 0.075 0.046 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.523 0.169 0.098 0.119 0.056 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 S 0.646 0.203 0.086 0.035 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.239 0.109 0.154 0.145 0.171 0.096 0.045 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 88 L 0.356 0.135 0.118 0.129 0.119 0.068 0.039 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 89 R 0.392 0.167 0.122 0.118 0.097 0.049 0.023 0.013 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 90 R 0.190 0.101 0.107 0.152 0.149 0.103 0.076 0.060 0.031 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 91 L 0.140 0.085 0.097 0.137 0.150 0.132 0.086 0.085 0.041 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 92 V 0.144 0.087 0.096 0.139 0.144 0.130 0.091 0.070 0.044 0.031 0.014 0.007 0.002 0.001 93 T 0.155 0.075 0.085 0.121 0.138 0.135 0.096 0.071 0.055 0.037 0.017 0.009 0.003 0.001 94 Q 0.256 0.142 0.132 0.137 0.111 0.083 0.057 0.035 0.022 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 95 S 0.304 0.150 0.134 0.120 0.102 0.074 0.049 0.028 0.019 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 96 T 0.227 0.127 0.138 0.133 0.129 0.096 0.064 0.037 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 97 P 0.311 0.151 0.138 0.114 0.098 0.074 0.050 0.029 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001