# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.008 0.071 0.066 0.066 0.003 0.046 0.025 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.059 0.024 0.101 0.084 0.185 0.235 0.002 2 K 0.003 0.004 0.052 0.046 0.084 0.013 0.044 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.021 0.135 0.047 0.144 0.323 0.001 3 M 0.002 0.003 0.025 0.038 0.094 0.017 0.103 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.036 0.209 0.106 0.171 0.132 0.001 4 A 0.001 0.002 0.036 0.037 0.043 0.009 0.167 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.014 0.160 0.052 0.157 0.264 0.001 5 N 0.001 0.001 0.029 0.022 0.040 0.009 0.058 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.018 0.065 0.085 0.198 0.444 0.001 6 H 0.001 0.001 0.023 0.016 0.046 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.040 0.178 0.066 0.275 0.285 0.001 7 P 0.001 0.002 0.034 0.039 0.044 0.004 0.073 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.082 0.020 0.110 0.083 0.135 0.359 0.001 8 R 0.001 0.001 0.015 0.014 0.018 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.013 0.013 0.296 0.586 0.001 9 P 0.001 0.001 0.008 0.004 0.025 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.789 0.038 0.021 0.060 0.001 10 G 0.001 0.003 0.006 0.006 0.021 0.026 0.504 0.271 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.026 0.041 0.026 0.020 0.021 0.001 11 D 0.009 0.008 0.078 0.046 0.019 0.007 0.057 0.432 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.009 0.039 0.019 0.112 0.032 0.072 0.045 0.001 12 I 0.007 0.008 0.006 0.010 0.130 0.004 0.035 0.473 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.010 0.011 0.073 0.119 0.037 0.036 0.023 0.001 13 I 0.008 0.011 0.025 0.026 0.013 0.005 0.103 0.558 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.057 0.009 0.116 0.015 0.019 0.011 0.001 14 Q 0.003 0.004 0.006 0.016 0.011 0.006 0.038 0.743 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.005 0.107 0.009 0.009 0.009 0.001 15 E 0.001 0.004 0.004 0.004 0.009 0.019 0.068 0.764 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.077 0.010 0.005 0.009 0.001 16 S 0.002 0.004 0.006 0.009 0.024 0.006 0.071 0.638 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.177 0.019 0.010 0.019 0.001 17 L 0.002 0.003 0.007 0.007 0.024 0.007 0.100 0.534 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.151 0.048 0.030 0.039 0.001 18 D 0.001 0.001 0.014 0.010 0.008 0.035 0.080 0.555 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.212 0.010 0.018 0.029 0.001 19 E 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.021 0.290 0.045 0.186 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.120 0.084 0.036 0.018 0.001 20 L 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.007 0.404 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.087 0.007 0.171 0.276 0.001 21 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.848 0.055 0.019 0.001 22 V 0.001 0.001 0.017 0.007 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.043 0.036 0.014 0.220 0.636 0.001 23 S 0.001 0.001 0.005 0.005 0.039 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.009 0.014 0.194 0.691 0.001 24 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.809 0.035 0.020 0.009 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.913 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.908 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.134 0.084 0.306 0.240 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.187 0.012 0.007 0.005 0.001 31 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.585 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.073 0.016 0.088 0.169 0.001 32 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.155 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.067 0.665 0.053 0.021 0.001 33 I 0.001 0.001 0.014 0.008 0.008 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.067 0.050 0.035 0.234 0.541 0.001 34 A 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.023 0.020 0.192 0.701 0.001 35 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.032 0.778 0.053 0.024 0.038 0.001 36 S 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.023 0.167 0.604 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.008 0.088 0.006 0.017 0.026 0.001 37 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.049 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 0.038 0.008 0.019 0.016 0.001 38 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.207 0.006 0.004 0.001 0.001 39 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.024 0.861 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.070 0.005 0.002 0.001 0.001 42 L 0.007 0.005 0.009 0.029 0.006 0.019 0.175 0.296 0.103 0.084 0.001 0.002 0.002 0.016 0.020 0.009 0.163 0.023 0.012 0.020 0.001 43 T 0.001 0.002 0.003 0.008 0.014 0.013 0.486 0.084 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.013 0.207 0.019 0.017 0.074 0.001 44 G 0.001 0.001 0.008 0.005 0.019 0.006 0.231 0.045 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.017 0.083 0.413 0.063 0.062 0.002 45 K 0.001 0.001 0.035 0.006 0.027 0.003 0.043 0.045 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.030 0.056 0.240 0.169 0.196 0.121 0.002 46 A 0.004 0.004 0.046 0.018 0.037 0.032 0.099 0.100 0.014 0.002 0.003 0.003 0.006 0.019 0.079 0.039 0.205 0.054 0.114 0.120 0.002 47 A 0.004 0.005 0.023 0.023 0.040 0.027 0.107 0.085 0.004 0.001 0.004 0.005 0.006 0.026 0.071 0.081 0.145 0.075 0.138 0.128 0.004 48 L 0.006 0.006 0.024 0.037 0.034 0.003 0.057 0.037 0.002 0.001 0.006 0.005 0.020 0.037 0.121 0.050 0.185 0.103 0.085 0.179 0.003 49 T 0.003 0.002 0.015 0.016 0.031 0.001 0.009 0.081 0.003 0.001 0.006 0.006 0.004 0.022 0.017 0.050 0.044 0.016 0.352 0.320 0.003 50 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.866 0.008 0.002 0.003 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.054 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 52 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.930 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 57 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.907 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.003 0.002 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.068 0.769 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.081 0.009 0.003 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.004 0.006 0.004 0.016 0.223 0.185 0.093 0.095 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.008 0.274 0.035 0.018 0.021 0.001 60 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.017 0.277 0.080 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.011 0.245 0.053 0.062 0.199 0.001 61 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.011 0.208 0.047 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.151 0.299 0.087 0.147 0.001 62 S 0.001 0.001 0.015 0.009 0.011 0.001 0.036 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.027 0.238 0.104 0.189 0.322 0.001 63 S 0.001 0.001 0.010 0.005 0.013 0.001 0.009 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.128 0.027 0.434 0.286 0.001 64 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.162 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.801 0.010 0.005 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.003 0.002 0.002 0.001 67 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.005 0.033 0.863 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.068 0.002 0.001 0.002 0.001 69 N 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.046 0.849 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.056 0.008 0.002 0.005 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.029 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.061 0.021 0.005 0.007 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 0.885 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.005 0.005 0.003 0.001 72 N 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 0.056 0.806 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.057 0.007 0.008 0.006 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.057 0.615 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.258 0.011 0.011 0.010 0.001 74 W 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.049 0.768 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.103 0.017 0.017 0.023 0.001 75 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.023 0.841 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.061 0.020 0.010 0.023 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.811 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.156 0.004 0.004 0.004 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.027 0.872 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.065 0.006 0.005 0.004 0.001 80 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.058 0.806 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.078 0.009 0.007 0.008 0.001 81 K 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.019 0.132 0.621 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.125 0.023 0.012 0.017 0.001 82 T 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.009 0.134 0.414 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.161 0.059 0.077 0.082 0.001 83 V 0.001 0.001 0.006 0.009 0.023 0.006 0.089 0.214 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.284 0.075 0.115 0.150 0.001 84 D 0.001 0.001 0.011 0.015 0.023 0.010 0.113 0.220 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.097 0.093 0.210 0.170 0.001 85 V 0.001 0.001 0.016 0.014 0.042 0.006 0.056 0.205 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.375 0.052 0.091 0.104 0.001 86 S 0.001 0.002 0.018 0.024 0.033 0.017 0.147 0.400 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.118 0.039 0.080 0.080 0.001 87 R 0.002 0.003 0.014 0.031 0.072 0.010 0.109 0.250 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.029 0.167 0.069 0.096 0.097 0.001 88 L 0.004 0.005 0.035 0.047 0.079 0.011 0.137 0.245 0.008 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.041 0.020 0.145 0.043 0.078 0.089 0.001 89 R 0.007 0.008 0.052 0.084 0.084 0.016 0.123 0.168 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.055 0.022 0.125 0.049 0.080 0.106 0.001 90 R 0.010 0.012 0.027 0.053 0.246 0.005 0.098 0.085 0.006 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.041 0.042 0.103 0.059 0.116 0.072 0.002 91 L 0.013 0.014 0.121 0.115 0.075 0.004 0.043 0.065 0.004 0.001 0.005 0.004 0.009 0.006 0.072 0.023 0.064 0.045 0.169 0.144 0.003 92 V 0.007 0.010 0.032 0.060 0.255 0.007 0.042 0.060 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.031 0.046 0.117 0.068 0.108 0.138 0.002 93 T 0.007 0.009 0.058 0.084 0.110 0.011 0.102 0.041 0.012 0.004 0.003 0.002 0.005 0.004 0.099 0.033 0.138 0.057 0.109 0.108 0.002 94 Q 0.006 0.006 0.060 0.096 0.075 0.015 0.104 0.022 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.048 0.018 0.153 0.034 0.118 0.229 0.001 95 S 0.004 0.004 0.023 0.030 0.169 0.006 0.160 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 0.035 0.083 0.159 0.130 0.155 0.001 96 T 0.002 0.003 0.084 0.065 0.032 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.045 0.014 0.050 0.043 0.221 0.413 0.001 97 P 0.002 0.003 0.029 0.032 0.157 0.003 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.026 0.114 0.052 0.143 0.370 0.001