# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.011 0.005 0.023 0.052 0.054 0.102 0.011 0.002 0.067 0.576 2 K 0.058 0.003 0.001 0.023 0.037 0.052 0.087 0.004 0.001 0.051 0.684 3 M 0.023 0.001 0.001 0.031 0.018 0.033 0.083 0.001 0.001 0.031 0.778 4 A 0.007 0.001 0.001 0.030 0.035 0.045 0.123 0.002 0.001 0.023 0.734 5 N 0.021 0.001 0.001 0.019 0.023 0.017 0.129 0.001 0.001 0.024 0.764 6 H 0.005 0.001 0.001 0.024 0.021 0.024 0.181 0.004 0.001 0.031 0.708 7 P 0.047 0.014 0.001 0.032 0.006 0.008 0.138 0.002 0.001 0.058 0.695 8 R 0.226 0.235 0.005 0.021 0.007 0.008 0.086 0.014 0.001 0.084 0.314 9 P 0.024 0.651 0.002 0.005 0.002 0.002 0.035 0.005 0.001 0.010 0.263 10 G 0.059 0.833 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.021 0.001 0.002 0.066 11 D 0.093 0.789 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.005 0.001 0.018 0.076 12 I 0.039 0.219 0.051 0.006 0.006 0.007 0.049 0.008 0.023 0.394 0.197 13 I 0.109 0.660 0.009 0.003 0.003 0.004 0.034 0.025 0.003 0.037 0.113 14 Q 0.090 0.517 0.010 0.003 0.003 0.005 0.028 0.017 0.005 0.015 0.306 15 E 0.074 0.521 0.006 0.006 0.007 0.014 0.046 0.005 0.002 0.019 0.301 16 S 0.013 0.550 0.004 0.006 0.005 0.019 0.040 0.004 0.003 0.033 0.323 17 L 0.156 0.151 0.151 0.004 0.008 0.010 0.047 0.026 0.044 0.133 0.271 18 D 0.613 0.115 0.003 0.004 0.003 0.004 0.031 0.018 0.002 0.053 0.154 19 E 0.090 0.037 0.001 0.006 0.001 0.003 0.069 0.001 0.001 0.040 0.750 20 L 0.013 0.207 0.003 0.022 0.003 0.007 0.083 0.002 0.001 0.037 0.622 21 N 0.020 0.409 0.001 0.010 0.012 0.015 0.063 0.005 0.001 0.059 0.405 22 V 0.027 0.448 0.002 0.015 0.011 0.012 0.064 0.007 0.001 0.115 0.298 23 S 0.006 0.846 0.001 0.008 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.069 0.049 24 L 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 25 R 0.006 0.964 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.013 26 E 0.008 0.892 0.010 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.003 0.043 0.031 27 F 0.068 0.715 0.018 0.003 0.002 0.002 0.015 0.019 0.008 0.096 0.054 28 A 0.055 0.053 0.373 0.004 0.001 0.002 0.017 0.019 0.283 0.108 0.085 29 R 0.502 0.033 0.002 0.004 0.002 0.004 0.065 0.009 0.002 0.038 0.339 30 A 0.027 0.013 0.001 0.008 0.001 0.004 0.066 0.001 0.001 0.021 0.858 31 M 0.015 0.002 0.001 0.009 0.002 0.005 0.162 0.001 0.001 0.021 0.782 32 E 0.005 0.002 0.001 0.029 0.006 0.015 0.135 0.001 0.001 0.089 0.718 33 I 0.004 0.006 0.001 0.009 0.004 0.005 0.084 0.002 0.001 0.066 0.820 34 A 0.176 0.601 0.003 0.006 0.001 0.002 0.027 0.019 0.001 0.046 0.118 35 P 0.157 0.292 0.007 0.009 0.001 0.001 0.026 0.004 0.001 0.258 0.243 36 S 0.012 0.461 0.003 0.007 0.003 0.004 0.046 0.004 0.001 0.221 0.238 37 T 0.018 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.026 38 A 0.026 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.006 0.029 39 S 0.035 0.266 0.002 0.003 0.002 0.002 0.028 0.003 0.001 0.498 0.161 40 R 0.011 0.516 0.027 0.002 0.001 0.002 0.033 0.005 0.009 0.256 0.137 41 L 0.227 0.195 0.152 0.003 0.001 0.001 0.041 0.086 0.033 0.116 0.144 42 L 0.254 0.216 0.010 0.010 0.002 0.003 0.054 0.015 0.010 0.077 0.350 43 T 0.075 0.128 0.001 0.003 0.001 0.002 0.080 0.001 0.001 0.016 0.691 44 G 0.053 0.108 0.022 0.023 0.002 0.008 0.133 0.059 0.006 0.075 0.509 45 K 0.283 0.156 0.003 0.011 0.004 0.007 0.113 0.023 0.002 0.053 0.346 46 A 0.108 0.048 0.001 0.041 0.008 0.011 0.109 0.001 0.001 0.024 0.647 47 A 0.013 0.078 0.002 0.058 0.009 0.019 0.149 0.001 0.001 0.025 0.645 48 L 0.011 0.174 0.002 0.056 0.014 0.015 0.110 0.007 0.001 0.088 0.522 49 T 0.024 0.925 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.013 0.021 50 P 0.011 0.943 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.026 51 E 0.003 0.961 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 52 M 0.016 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.032 0.015 53 A 0.004 0.110 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.866 0.010 54 I 0.005 0.804 0.003 0.003 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.129 0.042 55 K 0.023 0.886 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.015 0.044 56 L 0.046 0.649 0.021 0.007 0.001 0.002 0.020 0.022 0.009 0.105 0.117 57 S 0.154 0.192 0.034 0.006 0.001 0.003 0.069 0.012 0.035 0.178 0.317 58 V 0.340 0.068 0.015 0.008 0.001 0.003 0.074 0.033 0.011 0.111 0.335 59 V 0.139 0.021 0.004 0.014 0.001 0.003 0.141 0.007 0.005 0.041 0.625 60 I 0.027 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 0.157 0.001 0.001 0.014 0.777 61 G 0.008 0.017 0.001 0.019 0.003 0.007 0.215 0.002 0.001 0.034 0.694 62 S 0.025 0.139 0.001 0.015 0.003 0.004 0.172 0.012 0.001 0.062 0.566 63 S 0.066 0.854 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.013 0.040 64 P 0.052 0.849 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.026 0.058 65 Q 0.020 0.269 0.004 0.009 0.005 0.008 0.033 0.003 0.001 0.545 0.104 66 M 0.026 0.755 0.002 0.006 0.005 0.006 0.020 0.005 0.001 0.110 0.064 67 W 0.041 0.803 0.008 0.007 0.004 0.007 0.015 0.012 0.001 0.025 0.077 68 L 0.045 0.463 0.004 0.021 0.014 0.020 0.035 0.004 0.001 0.197 0.196 69 N 0.024 0.655 0.006 0.007 0.005 0.013 0.033 0.006 0.003 0.089 0.158 70 L 0.135 0.513 0.041 0.008 0.005 0.007 0.039 0.034 0.011 0.078 0.129 71 Q 0.184 0.279 0.024 0.016 0.007 0.011 0.068 0.015 0.016 0.101 0.281 72 N 0.072 0.304 0.001 0.005 0.003 0.005 0.077 0.004 0.001 0.022 0.507 73 A 0.041 0.468 0.006 0.012 0.003 0.005 0.058 0.007 0.002 0.038 0.359 74 W 0.027 0.632 0.006 0.011 0.004 0.006 0.058 0.010 0.002 0.035 0.209 75 S 0.009 0.921 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.006 0.048 76 L 0.020 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 0.020 77 A 0.034 0.812 0.003 0.003 0.001 0.002 0.010 0.006 0.001 0.068 0.059 78 E 0.041 0.194 0.031 0.005 0.002 0.004 0.027 0.006 0.012 0.575 0.104 79 A 0.136 0.407 0.021 0.007 0.003 0.005 0.047 0.024 0.007 0.182 0.160 80 E 0.161 0.163 0.030 0.011 0.005 0.012 0.064 0.015 0.018 0.067 0.453 81 K 0.077 0.113 0.004 0.011 0.004 0.009 0.071 0.003 0.002 0.026 0.679 82 T 0.070 0.060 0.002 0.005 0.005 0.013 0.074 0.004 0.002 0.048 0.717 83 V 0.057 0.077 0.007 0.006 0.005 0.009 0.092 0.016 0.002 0.047 0.681 84 D 0.221 0.269 0.005 0.005 0.003 0.006 0.047 0.008 0.003 0.020 0.413 85 V 0.157 0.195 0.007 0.008 0.005 0.010 0.056 0.007 0.002 0.030 0.523 86 S 0.101 0.173 0.004 0.014 0.022 0.033 0.091 0.009 0.002 0.037 0.513 87 R 0.121 0.144 0.007 0.031 0.030 0.052 0.088 0.015 0.002 0.046 0.461 88 L 0.119 0.073 0.004 0.040 0.044 0.057 0.105 0.010 0.001 0.045 0.501 89 R 0.034 0.015 0.003 0.055 0.060 0.120 0.105 0.003 0.001 0.054 0.550 90 R 0.009 0.015 0.004 0.076 0.076 0.164 0.090 0.002 0.001 0.061 0.503 91 L 0.062 0.008 0.007 0.063 0.106 0.130 0.095 0.006 0.003 0.093 0.428 92 V 0.051 0.004 0.002 0.061 0.095 0.122 0.089 0.007 0.001 0.076 0.491 93 T 0.061 0.002 0.001 0.022 0.027 0.044 0.083 0.002 0.001 0.043 0.714 94 Q 0.010 0.001 0.001 0.025 0.035 0.056 0.126 0.004 0.001 0.031 0.712 95 S 0.018 0.002 0.001 0.018 0.017 0.021 0.127 0.002 0.001 0.019 0.775 96 T 0.061 0.003 0.001 0.021 0.045 0.044 0.138 0.012 0.001 0.046 0.628 97 P 0.066 0.008 0.001 0.018 0.013 0.017 0.123 0.005 0.001 0.034 0.715