# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.037 0.027 0.046 0.058 0.083 0.151 0.148 0.152 0.133 0.109 2 K 0.235 0.214 0.105 0.192 0.119 0.065 0.038 0.016 0.010 0.004 0.002 3 M 0.110 0.096 0.094 0.152 0.118 0.101 0.114 0.074 0.066 0.049 0.027 4 A 0.081 0.063 0.040 0.095 0.112 0.132 0.171 0.113 0.087 0.063 0.044 5 N 0.128 0.131 0.095 0.179 0.120 0.099 0.091 0.059 0.052 0.030 0.016 6 H 0.039 0.039 0.041 0.090 0.103 0.124 0.174 0.129 0.107 0.091 0.061 7 P 0.107 0.080 0.054 0.101 0.085 0.093 0.124 0.109 0.103 0.079 0.065 8 R 0.054 0.101 0.035 0.132 0.119 0.124 0.153 0.106 0.080 0.055 0.041 9 P 0.058 0.116 0.039 0.092 0.091 0.097 0.112 0.116 0.123 0.090 0.066 10 G 0.105 0.062 0.023 0.124 0.145 0.147 0.156 0.090 0.078 0.043 0.028 11 D 0.339 0.128 0.084 0.190 0.107 0.060 0.043 0.024 0.015 0.008 0.003 12 I 0.004 0.013 0.012 0.048 0.056 0.069 0.175 0.155 0.178 0.159 0.130 13 I 0.002 0.006 0.011 0.012 0.016 0.032 0.100 0.155 0.238 0.242 0.186 14 Q 0.014 0.027 0.108 0.222 0.276 0.183 0.115 0.031 0.016 0.008 0.003 15 E 0.094 0.049 0.496 0.171 0.075 0.052 0.037 0.014 0.007 0.004 0.001 16 S 0.008 0.019 0.019 0.081 0.070 0.093 0.299 0.198 0.118 0.066 0.029 17 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.017 0.092 0.175 0.209 0.257 0.238 18 D 0.072 0.164 0.271 0.344 0.109 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.384 0.171 0.271 0.091 0.054 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 20 L 0.038 0.015 0.005 0.013 0.025 0.062 0.183 0.210 0.211 0.137 0.102 21 N 0.450 0.264 0.046 0.114 0.071 0.034 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 22 V 0.061 0.022 0.082 0.042 0.039 0.058 0.099 0.153 0.155 0.165 0.125 23 S 0.048 0.381 0.108 0.193 0.134 0.082 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 24 L 0.003 0.011 0.009 0.025 0.024 0.060 0.165 0.150 0.222 0.192 0.138 25 R 0.136 0.092 0.079 0.271 0.236 0.111 0.051 0.014 0.006 0.003 0.001 26 E 0.190 0.106 0.182 0.279 0.123 0.070 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.012 0.061 0.114 0.245 0.300 0.253 28 A 0.001 0.001 0.009 0.004 0.015 0.047 0.167 0.187 0.223 0.217 0.130 29 R 0.002 0.017 0.552 0.229 0.105 0.051 0.030 0.007 0.004 0.003 0.001 30 A 0.008 0.027 0.244 0.138 0.134 0.197 0.163 0.065 0.016 0.006 0.001 31 M 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 0.080 0.121 0.248 0.283 0.243 32 E 0.251 0.159 0.160 0.170 0.120 0.073 0.042 0.016 0.006 0.002 0.001 33 I 0.025 0.041 0.111 0.086 0.084 0.104 0.151 0.139 0.112 0.090 0.057 34 A 0.083 0.195 0.083 0.114 0.105 0.118 0.134 0.080 0.048 0.022 0.018 35 P 0.148 0.105 0.052 0.170 0.139 0.127 0.116 0.055 0.047 0.027 0.014 36 S 0.409 0.131 0.146 0.154 0.072 0.039 0.025 0.011 0.007 0.004 0.002 37 T 0.020 0.071 0.022 0.158 0.164 0.161 0.216 0.105 0.048 0.023 0.011 38 A 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.013 0.051 0.103 0.225 0.286 0.308 39 S 0.038 0.040 0.121 0.216 0.227 0.160 0.109 0.041 0.026 0.014 0.006 40 R 0.020 0.032 0.166 0.226 0.179 0.138 0.134 0.055 0.029 0.016 0.006 41 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.008 0.046 0.089 0.215 0.294 0.334 42 L 0.002 0.003 0.005 0.007 0.018 0.044 0.154 0.256 0.223 0.171 0.115 43 T 0.034 0.100 0.348 0.225 0.134 0.069 0.040 0.023 0.015 0.008 0.005 44 G 0.100 0.105 0.103 0.139 0.157 0.167 0.128 0.055 0.028 0.012 0.005 45 K 0.171 0.090 0.036 0.109 0.092 0.087 0.118 0.087 0.104 0.067 0.040 46 A 0.080 0.055 0.035 0.115 0.111 0.143 0.229 0.090 0.073 0.043 0.025 47 A 0.062 0.069 0.147 0.219 0.149 0.108 0.105 0.060 0.038 0.027 0.015 48 L 0.005 0.010 0.018 0.022 0.031 0.064 0.163 0.191 0.187 0.170 0.138 49 T 0.024 0.077 0.061 0.118 0.113 0.118 0.141 0.140 0.097 0.063 0.048 50 P 0.026 0.025 0.026 0.062 0.075 0.104 0.171 0.138 0.154 0.123 0.096 51 E 0.362 0.160 0.108 0.178 0.107 0.048 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 52 M 0.010 0.024 0.012 0.057 0.068 0.098 0.208 0.161 0.169 0.122 0.073 53 A 0.007 0.011 0.016 0.030 0.038 0.064 0.146 0.149 0.211 0.178 0.150 54 I 0.014 0.020 0.088 0.122 0.124 0.141 0.207 0.115 0.081 0.059 0.029 55 K 0.010 0.041 0.165 0.209 0.205 0.159 0.118 0.057 0.021 0.010 0.004 56 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.038 0.076 0.216 0.316 0.341 57 S 0.014 0.016 0.050 0.077 0.130 0.159 0.229 0.123 0.098 0.069 0.035 58 V 0.013 0.030 0.221 0.213 0.135 0.112 0.133 0.056 0.043 0.031 0.014 59 V 0.007 0.011 0.035 0.047 0.066 0.113 0.246 0.178 0.129 0.102 0.066 60 I 0.007 0.007 0.007 0.013 0.017 0.035 0.121 0.184 0.231 0.213 0.166 61 G 0.149 0.152 0.145 0.175 0.124 0.088 0.068 0.043 0.028 0.017 0.012 62 S 0.097 0.113 0.048 0.103 0.108 0.116 0.143 0.098 0.078 0.054 0.042 63 S 0.291 0.256 0.037 0.124 0.101 0.068 0.050 0.031 0.024 0.011 0.007 64 P 0.176 0.095 0.025 0.112 0.098 0.104 0.131 0.080 0.085 0.055 0.038 65 Q 0.240 0.150 0.082 0.207 0.148 0.086 0.047 0.020 0.013 0.005 0.002 66 M 0.006 0.011 0.017 0.042 0.048 0.073 0.184 0.159 0.178 0.163 0.120 67 W 0.004 0.011 0.028 0.049 0.060 0.085 0.173 0.166 0.163 0.146 0.115 68 L 0.004 0.007 0.050 0.042 0.051 0.081 0.162 0.154 0.186 0.164 0.099 69 N 0.014 0.032 0.135 0.173 0.179 0.167 0.157 0.073 0.039 0.022 0.010 70 L 0.004 0.006 0.018 0.024 0.026 0.045 0.139 0.146 0.225 0.216 0.151 71 Q 0.014 0.017 0.032 0.047 0.059 0.089 0.191 0.155 0.161 0.137 0.098 72 N 0.029 0.074 0.140 0.168 0.132 0.133 0.153 0.070 0.053 0.032 0.016 73 A 0.058 0.062 0.119 0.155 0.138 0.147 0.161 0.073 0.046 0.026 0.012 74 W 0.091 0.050 0.057 0.093 0.075 0.100 0.183 0.121 0.106 0.075 0.049 75 S 0.057 0.167 0.096 0.164 0.127 0.122 0.123 0.071 0.045 0.020 0.009 76 L 0.009 0.019 0.036 0.058 0.063 0.099 0.210 0.141 0.147 0.123 0.095 77 A 0.158 0.088 0.209 0.176 0.140 0.096 0.073 0.031 0.018 0.009 0.003 78 E 0.049 0.074 0.167 0.276 0.168 0.122 0.089 0.032 0.015 0.005 0.001 79 A 0.004 0.006 0.032 0.016 0.017 0.037 0.134 0.147 0.231 0.227 0.150 80 E 0.011 0.029 0.107 0.121 0.164 0.190 0.228 0.072 0.042 0.028 0.010 81 K 0.027 0.054 0.627 0.159 0.060 0.038 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 82 T 0.062 0.061 0.265 0.183 0.114 0.122 0.133 0.039 0.013 0.006 0.002 83 V 0.080 0.060 0.074 0.056 0.054 0.104 0.227 0.156 0.104 0.058 0.026 84 D 0.180 0.194 0.262 0.170 0.087 0.052 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 85 V 0.171 0.115 0.218 0.135 0.112 0.096 0.082 0.036 0.020 0.011 0.005 86 S 0.339 0.185 0.176 0.134 0.075 0.044 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 87 R 0.103 0.101 0.085 0.149 0.116 0.129 0.157 0.076 0.047 0.025 0.012 88 L 0.070 0.080 0.123 0.128 0.110 0.113 0.144 0.086 0.068 0.048 0.029 89 R 0.072 0.098 0.189 0.230 0.139 0.107 0.091 0.035 0.021 0.012 0.005 90 R 0.072 0.072 0.190 0.170 0.129 0.118 0.115 0.059 0.039 0.025 0.010 91 L 0.044 0.040 0.067 0.094 0.090 0.116 0.196 0.131 0.104 0.076 0.043 92 V 0.072 0.082 0.095 0.142 0.120 0.121 0.150 0.093 0.065 0.039 0.021 93 T 0.092 0.085 0.128 0.128 0.102 0.096 0.121 0.084 0.074 0.055 0.035 94 Q 0.179 0.143 0.098 0.159 0.128 0.101 0.093 0.045 0.029 0.016 0.009 95 S 0.274 0.169 0.078 0.135 0.096 0.073 0.070 0.043 0.033 0.018 0.010 96 T 0.276 0.163 0.054 0.126 0.105 0.085 0.080 0.050 0.033 0.018 0.010 97 P 0.335 0.181 0.073 0.117 0.089 0.067 0.055 0.035 0.027 0.013 0.007