# TARGET T0311 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0311.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.1882 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.050 0.012 0.022 0.023 0.033 0.031 0.006 0.001 0.003 0.720 2 K 0.065 0.023 0.006 0.035 0.040 0.045 0.079 0.005 0.001 0.003 0.698 3 M 0.089 0.010 0.009 0.021 0.017 0.033 0.062 0.003 0.001 0.005 0.750 4 A 0.055 0.008 0.002 0.054 0.025 0.036 0.081 0.003 0.001 0.002 0.733 5 N 0.111 0.003 0.004 0.045 0.011 0.017 0.071 0.002 0.001 0.006 0.730 6 H 0.116 0.001 0.006 0.047 0.008 0.014 0.121 0.001 0.001 0.004 0.682 7 P 0.005 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.965 8 R 0.025 0.001 0.001 0.084 0.009 0.019 0.311 0.001 0.001 0.003 0.548 9 P 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 10 G 0.020 0.003 0.001 0.071 0.004 0.018 0.271 0.001 0.001 0.004 0.609 11 D 0.126 0.009 0.001 0.012 0.001 0.003 0.151 0.001 0.001 0.003 0.694 12 I 0.150 0.221 0.001 0.034 0.004 0.005 0.057 0.001 0.001 0.001 0.527 13 I 0.088 0.566 0.001 0.014 0.004 0.019 0.051 0.001 0.001 0.002 0.254 14 Q 0.046 0.672 0.001 0.007 0.004 0.014 0.015 0.003 0.001 0.001 0.239 15 E 0.061 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.133 16 S 0.080 0.798 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.099 17 L 0.099 0.839 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.048 18 D 0.030 0.741 0.011 0.002 0.003 0.009 0.014 0.014 0.001 0.001 0.177 19 E 0.140 0.512 0.006 0.003 0.001 0.004 0.005 0.014 0.001 0.001 0.314 20 L 0.187 0.492 0.007 0.007 0.004 0.004 0.020 0.033 0.001 0.001 0.245 21 N 0.349 0.242 0.025 0.011 0.004 0.005 0.076 0.062 0.001 0.006 0.220 22 V 0.118 0.189 0.263 0.047 0.008 0.011 0.044 0.008 0.001 0.003 0.310 23 S 0.044 0.082 0.008 0.028 0.008 0.011 0.407 0.005 0.001 0.003 0.405 24 L 0.044 0.122 0.020 0.031 0.006 0.010 0.072 0.003 0.001 0.005 0.687 25 R 0.017 0.498 0.003 0.026 0.011 0.013 0.123 0.002 0.001 0.007 0.301 26 E 0.009 0.177 0.001 0.003 0.004 0.008 0.653 0.002 0.001 0.020 0.123 27 F 0.021 0.879 0.001 0.007 0.004 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.072 28 A 0.020 0.941 0.001 0.004 0.003 0.010 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 29 R 0.009 0.961 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.007 30 A 0.068 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.035 31 M 0.165 0.591 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.213 0.001 0.001 0.022 32 E 0.543 0.112 0.037 0.004 0.002 0.003 0.015 0.151 0.001 0.003 0.129 33 I 0.004 0.002 0.946 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.038 34 A 0.009 0.004 0.003 0.115 0.018 0.029 0.200 0.002 0.001 0.001 0.619 35 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 36 S 0.007 0.004 0.001 0.082 0.007 0.017 0.327 0.001 0.001 0.003 0.553 37 T 0.208 0.011 0.001 0.032 0.006 0.010 0.271 0.001 0.001 0.020 0.439 38 A 0.169 0.392 0.001 0.120 0.013 0.030 0.049 0.002 0.001 0.010 0.214 39 S 0.051 0.492 0.003 0.026 0.022 0.046 0.077 0.002 0.001 0.006 0.273 40 R 0.110 0.490 0.001 0.020 0.037 0.038 0.078 0.020 0.001 0.004 0.201 41 L 0.112 0.729 0.007 0.013 0.020 0.030 0.013 0.012 0.001 0.003 0.061 42 L 0.037 0.775 0.017 0.011 0.025 0.040 0.029 0.009 0.001 0.002 0.055 43 T 0.040 0.566 0.008 0.021 0.041 0.064 0.034 0.026 0.001 0.002 0.198 44 G 0.276 0.247 0.013 0.012 0.016 0.018 0.031 0.056 0.001 0.009 0.323 45 K 0.295 0.157 0.219 0.011 0.011 0.013 0.097 0.008 0.001 0.014 0.177 46 A 0.046 0.055 0.046 0.029 0.014 0.025 0.162 0.011 0.001 0.007 0.605 47 A 0.169 0.050 0.041 0.113 0.033 0.042 0.115 0.010 0.001 0.012 0.415 48 L 0.235 0.080 0.017 0.058 0.019 0.031 0.135 0.006 0.001 0.013 0.404 49 T 0.079 0.085 0.015 0.079 0.030 0.044 0.201 0.003 0.001 0.005 0.459 50 P 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 51 E 0.005 0.019 0.001 0.010 0.007 0.021 0.682 0.001 0.001 0.011 0.244 52 M 0.085 0.202 0.001 0.012 0.007 0.018 0.433 0.005 0.001 0.016 0.221 53 A 0.021 0.949 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 54 I 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 55 K 0.023 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 56 L 0.010 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 57 S 0.019 0.947 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.017 58 V 0.018 0.895 0.004 0.002 0.003 0.008 0.007 0.016 0.001 0.001 0.047 59 V 0.098 0.797 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.071 60 I 0.180 0.689 0.011 0.005 0.002 0.002 0.004 0.044 0.001 0.001 0.062 61 G 0.299 0.175 0.055 0.007 0.002 0.004 0.017 0.076 0.001 0.003 0.364 62 S 0.184 0.054 0.373 0.015 0.003 0.005 0.046 0.012 0.001 0.002 0.306 63 S 0.038 0.015 0.010 0.024 0.004 0.005 0.108 0.005 0.001 0.001 0.791 64 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 65 Q 0.004 0.005 0.001 0.012 0.003 0.009 0.689 0.001 0.001 0.006 0.272 66 M 0.286 0.074 0.001 0.013 0.002 0.006 0.296 0.001 0.001 0.014 0.307 67 W 0.030 0.917 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 68 L 0.012 0.945 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 69 N 0.024 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.043 70 L 0.030 0.921 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.033 71 Q 0.017 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.013 72 N 0.024 0.868 0.013 0.001 0.001 0.002 0.014 0.019 0.001 0.001 0.057 73 A 0.063 0.846 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.044 74 W 0.068 0.847 0.015 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.002 0.037 75 S 0.071 0.602 0.038 0.001 0.001 0.001 0.072 0.035 0.001 0.004 0.175 76 L 0.032 0.692 0.047 0.004 0.001 0.002 0.024 0.018 0.001 0.002 0.178 77 A 0.015 0.684 0.003 0.002 0.001 0.001 0.072 0.008 0.001 0.003 0.209 78 E 0.035 0.665 0.004 0.002 0.002 0.003 0.141 0.021 0.001 0.007 0.121 79 A 0.021 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 80 E 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.013 81 K 0.044 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 82 T 0.065 0.857 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.032 83 V 0.106 0.768 0.024 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.001 0.001 0.057 84 D 0.106 0.476 0.041 0.004 0.004 0.005 0.053 0.062 0.001 0.003 0.246 85 V 0.109 0.417 0.064 0.010 0.004 0.006 0.041 0.021 0.001 0.003 0.324 86 S 0.087 0.291 0.007 0.007 0.005 0.005 0.110 0.014 0.001 0.004 0.471 87 R 0.169 0.316 0.013 0.011 0.009 0.011 0.123 0.014 0.001 0.012 0.322 88 L 0.109 0.527 0.013 0.018 0.014 0.025 0.054 0.011 0.001 0.006 0.223 89 R 0.102 0.400 0.008 0.017 0.024 0.048 0.074 0.018 0.001 0.007 0.303 90 R 0.206 0.357 0.010 0.017 0.024 0.039 0.016 0.019 0.001 0.002 0.310 91 L 0.152 0.306 0.013 0.033 0.054 0.061 0.020 0.022 0.001 0.002 0.338 92 V 0.059 0.135 0.013 0.043 0.064 0.065 0.030 0.010 0.001 0.001 0.579 93 T 0.059 0.072 0.007 0.050 0.060 0.133 0.051 0.009 0.001 0.003 0.556 94 Q 0.112 0.069 0.008 0.067 0.049 0.119 0.094 0.009 0.001 0.005 0.468 95 S 0.122 0.033 0.007 0.030 0.020 0.037 0.068 0.006 0.001 0.005 0.672 96 T 0.143 0.024 0.017 0.041 0.033 0.054 0.117 0.003 0.001 0.006 0.561 97 P 0.005 0.002 0.002 0.006 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.965