# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.065 0.259 0.044 0.003 0.050 0.137 0.316 0.003 0.001 0.003 0.006 0.004 0.005 0.001 0.011 0.010 0.010 0.012 0.011 0.015 0.017 2 A 0.014 0.059 0.307 0.086 0.004 0.026 0.148 0.242 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.005 0.001 0.012 0.028 0.004 0.011 0.008 0.011 0.018 3 S 0.031 0.175 0.196 0.093 0.007 0.053 0.222 0.082 0.004 0.003 0.002 0.007 0.005 0.004 0.003 0.017 0.009 0.014 0.014 0.009 0.026 0.022 4 K 0.025 0.076 0.335 0.132 0.008 0.074 0.084 0.087 0.007 0.004 0.005 0.009 0.008 0.011 0.003 0.022 0.015 0.011 0.032 0.010 0.026 0.018 5 K 0.027 0.099 0.100 0.111 0.007 0.019 0.122 0.167 0.017 0.006 0.007 0.020 0.020 0.020 0.006 0.039 0.063 0.005 0.027 0.024 0.030 0.065 6 V 0.005 0.340 0.049 0.113 0.001 0.016 0.022 0.026 0.023 0.035 0.011 0.009 0.024 0.015 0.031 0.058 0.064 0.013 0.020 0.013 0.072 0.041 7 H 0.012 0.056 0.106 0.039 0.005 0.012 0.029 0.031 0.042 0.033 0.035 0.050 0.071 0.063 0.016 0.109 0.106 0.011 0.023 0.029 0.086 0.036 8 Q 0.009 0.035 0.023 0.010 0.002 0.009 0.043 0.019 0.048 0.039 0.069 0.073 0.062 0.052 0.034 0.104 0.071 0.020 0.024 0.060 0.103 0.093 9 I 0.003 0.042 0.022 0.016 0.001 0.008 0.008 0.010 0.071 0.068 0.049 0.060 0.090 0.078 0.024 0.119 0.089 0.025 0.015 0.038 0.080 0.084 10 N 0.006 0.053 0.021 0.022 0.004 0.005 0.006 0.011 0.061 0.064 0.055 0.059 0.059 0.065 0.026 0.099 0.070 0.039 0.008 0.074 0.125 0.071 11 V 0.007 0.090 0.044 0.037 0.002 0.015 0.007 0.008 0.064 0.071 0.051 0.029 0.087 0.046 0.060 0.115 0.046 0.027 0.006 0.025 0.080 0.081 12 K 0.012 0.059 0.092 0.052 0.010 0.013 0.041 0.016 0.036 0.063 0.065 0.055 0.070 0.062 0.014 0.092 0.052 0.026 0.007 0.048 0.092 0.025 13 G 0.061 0.073 0.043 0.041 0.028 0.023 0.100 0.025 0.032 0.036 0.046 0.043 0.035 0.043 0.017 0.078 0.039 0.016 0.016 0.049 0.113 0.045 14 F 0.017 0.132 0.115 0.048 0.004 0.042 0.045 0.024 0.032 0.037 0.030 0.023 0.042 0.038 0.025 0.092 0.051 0.013 0.028 0.023 0.062 0.073 15 F 0.009 0.147 0.102 0.080 0.006 0.017 0.036 0.030 0.024 0.022 0.024 0.035 0.026 0.032 0.008 0.086 0.052 0.020 0.023 0.059 0.117 0.044 16 D 0.034 0.170 0.086 0.129 0.018 0.057 0.058 0.039 0.016 0.018 0.017 0.023 0.023 0.021 0.021 0.056 0.020 0.018 0.024 0.022 0.063 0.068 17 M 0.015 0.123 0.172 0.104 0.007 0.120 0.046 0.058 0.018 0.019 0.015 0.023 0.022 0.025 0.006 0.053 0.030 0.007 0.034 0.024 0.053 0.026 18 D 0.013 0.128 0.074 0.154 0.011 0.038 0.072 0.215 0.014 0.008 0.010 0.017 0.015 0.013 0.006 0.034 0.056 0.009 0.017 0.030 0.037 0.029 19 V 0.018 0.079 0.144 0.047 0.002 0.164 0.063 0.205 0.012 0.007 0.008 0.012 0.015 0.010 0.013 0.035 0.066 0.004 0.010 0.015 0.025 0.044 20 M 0.007 0.061 0.089 0.027 0.002 0.064 0.095 0.387 0.008 0.006 0.010 0.013 0.010 0.012 0.004 0.033 0.043 0.010 0.017 0.026 0.045 0.029 21 E 0.010 0.047 0.049 0.045 0.002 0.037 0.045 0.495 0.009 0.003 0.008 0.011 0.009 0.009 0.003 0.029 0.064 0.008 0.022 0.027 0.022 0.045 22 V 0.011 0.099 0.083 0.070 0.001 0.042 0.041 0.298 0.010 0.006 0.008 0.008 0.008 0.012 0.008 0.023 0.070 0.016 0.017 0.021 0.032 0.118 23 T 0.008 0.152 0.090 0.133 0.002 0.039 0.024 0.286 0.009 0.003 0.005 0.011 0.009 0.007 0.003 0.025 0.050 0.030 0.016 0.026 0.040 0.031 24 E 0.027 0.055 0.216 0.058 0.008 0.124 0.058 0.252 0.005 0.002 0.005 0.003 0.004 0.005 0.005 0.016 0.018 0.024 0.011 0.016 0.017 0.072 25 Q 0.012 0.067 0.153 0.063 0.002 0.029 0.081 0.433 0.004 0.002 0.003 0.006 0.003 0.004 0.001 0.012 0.035 0.014 0.014 0.018 0.015 0.030 26 T 0.023 0.146 0.112 0.216 0.002 0.075 0.040 0.223 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.008 0.023 0.019 0.009 0.010 0.014 0.062 27 K 0.030 0.068 0.306 0.064 0.006 0.103 0.045 0.213 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.001 0.016 0.028 0.013 0.018 0.018 0.025 0.029 28 E 0.026 0.039 0.142 0.058 0.003 0.024 0.191 0.388 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.019 0.005 0.024 0.008 0.008 0.043 29 A 0.031 0.107 0.104 0.099 0.002 0.051 0.098 0.266 0.005 0.002 0.004 0.005 0.005 0.005 0.003 0.024 0.050 0.004 0.027 0.022 0.025 0.064 30 E 0.061 0.080 0.135 0.079 0.006 0.027 0.062 0.198 0.004 0.002 0.006 0.006 0.005 0.007 0.006 0.028 0.085 0.005 0.076 0.028 0.033 0.062 31 Y 0.026 0.099 0.077 0.060 0.002 0.025 0.063 0.155 0.004 0.003 0.004 0.009 0.005 0.006 0.007 0.040 0.022 0.005 0.099 0.073 0.078 0.138 32 T 0.020 0.148 0.085 0.096 0.005 0.045 0.042 0.130 0.004 0.005 0.006 0.015 0.008 0.013 0.008 0.040 0.012 0.016 0.051 0.095 0.080 0.077 33 Y 0.015 0.063 0.140 0.079 0.007 0.089 0.029 0.157 0.004 0.003 0.003 0.012 0.004 0.009 0.002 0.032 0.010 0.002 0.036 0.178 0.088 0.038 34 D 0.007 0.215 0.049 0.164 0.005 0.042 0.037 0.390 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.004 0.004 0.006 0.023 0.018 0.012 35 F 0.006 0.013 0.164 0.018 0.002 0.468 0.018 0.270 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.009 0.004 36 K 0.001 0.003 0.021 0.003 0.001 0.018 0.024 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.001 0.006 0.011 0.005 0.001 0.019 0.018 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.011 0.041 0.011 0.001 0.028 0.023 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 39 L 0.001 0.009 0.092 0.008 0.001 0.010 0.047 0.819 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 40 S 0.003 0.004 0.056 0.003 0.001 0.011 0.077 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 41 E 0.003 0.008 0.162 0.004 0.001 0.013 0.200 0.586 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.009 42 F 0.015 0.081 0.412 0.038 0.001 0.009 0.096 0.233 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.093 0.002 0.002 0.003 0.006 43 N 0.175 0.039 0.387 0.081 0.006 0.019 0.223 0.025 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.007 0.007 0.002 0.004 0.004 44 G 0.428 0.013 0.028 0.006 0.112 0.012 0.356 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.022 0.001 0.003 0.003 45 K 0.008 0.081 0.098 0.114 0.004 0.011 0.026 0.007 0.008 0.002 0.004 0.010 0.007 0.004 0.001 0.020 0.023 0.004 0.552 0.002 0.006 0.006 46 N 0.055 0.122 0.060 0.068 0.007 0.013 0.063 0.008 0.010 0.005 0.010 0.018 0.041 0.015 0.026 0.022 0.040 0.003 0.019 0.002 0.008 0.383 47 V 0.003 0.161 0.025 0.028 0.001 0.004 0.005 0.002 0.015 0.031 0.023 0.025 0.017 0.021 0.009 0.082 0.125 0.008 0.301 0.017 0.081 0.016 48 S 0.012 0.039 0.015 0.057 0.006 0.005 0.007 0.003 0.033 0.026 0.027 0.036 0.100 0.029 0.043 0.086 0.125 0.004 0.151 0.011 0.027 0.159 49 I 0.002 0.030 0.005 0.006 0.001 0.003 0.003 0.002 0.023 0.059 0.059 0.055 0.028 0.033 0.049 0.082 0.220 0.012 0.022 0.159 0.101 0.046 50 T 0.002 0.026 0.005 0.013 0.001 0.003 0.003 0.004 0.048 0.030 0.032 0.053 0.085 0.032 0.030 0.122 0.147 0.034 0.011 0.099 0.067 0.154 51 V 0.001 0.027 0.004 0.009 0.001 0.003 0.001 0.002 0.015 0.030 0.025 0.016 0.016 0.015 0.025 0.079 0.075 0.173 0.004 0.206 0.128 0.146 52 K 0.003 0.038 0.016 0.022 0.004 0.006 0.004 0.013 0.027 0.024 0.032 0.040 0.036 0.026 0.008 0.059 0.038 0.256 0.004 0.130 0.102 0.115 53 E 0.005 0.102 0.067 0.085 0.003 0.015 0.011 0.029 0.017 0.016 0.018 0.015 0.019 0.013 0.020 0.064 0.050 0.123 0.003 0.095 0.079 0.151 54 E 0.029 0.069 0.236 0.062 0.009 0.016 0.075 0.028 0.014 0.013 0.023 0.018 0.015 0.010 0.006 0.035 0.052 0.085 0.004 0.078 0.069 0.054 55 N 0.222 0.054 0.082 0.053 0.035 0.009 0.291 0.015 0.005 0.004 0.011 0.006 0.004 0.007 0.003 0.025 0.057 0.017 0.016 0.028 0.040 0.018 56 E 0.166 0.123 0.071 0.041 0.032 0.029 0.163 0.004 0.006 0.003 0.004 0.006 0.005 0.006 0.005 0.027 0.020 0.008 0.133 0.018 0.034 0.098 57 L 0.003 0.246 0.049 0.219 0.004 0.011 0.007 0.004 0.005 0.005 0.008 0.005 0.004 0.006 0.002 0.028 0.036 0.031 0.241 0.021 0.037 0.027 58 P 0.013 0.092 0.038 0.465 0.017 0.005 0.012 0.011 0.008 0.002 0.002 0.006 0.010 0.007 0.007 0.016 0.035 0.004 0.023 0.010 0.010 0.208 59 V 0.003 0.479 0.024 0.142 0.001 0.007 0.014 0.003 0.007 0.022 0.008 0.004 0.007 0.006 0.031 0.031 0.036 0.020 0.034 0.018 0.071 0.032 60 K 0.012 0.094 0.079 0.155 0.021 0.011 0.028 0.008 0.022 0.019 0.022 0.047 0.036 0.023 0.010 0.068 0.096 0.014 0.040 0.085 0.076 0.033 61 G 0.030 0.061 0.021 0.033 0.012 0.012 0.070 0.014 0.026 0.016 0.039 0.044 0.023 0.020 0.064 0.071 0.078 0.027 0.019 0.130 0.059 0.132 62 V 0.004 0.116 0.034 0.048 0.001 0.016 0.013 0.016 0.043 0.026 0.031 0.032 0.055 0.046 0.029 0.077 0.075 0.045 0.026 0.055 0.065 0.147 63 E 0.005 0.065 0.032 0.057 0.005 0.004 0.009 0.019 0.023 0.014 0.041 0.040 0.028 0.032 0.011 0.065 0.188 0.030 0.013 0.133 0.109 0.076 64 M 0.013 0.130 0.107 0.080 0.005 0.014 0.029 0.021 0.024 0.015 0.023 0.030 0.028 0.022 0.050 0.046 0.017 0.037 0.010 0.045 0.067 0.186 65 A 0.025 0.139 0.171 0.157 0.010 0.015 0.126 0.011 0.010 0.016 0.027 0.024 0.018 0.019 0.009 0.049 0.015 0.044 0.007 0.040 0.056 0.013 66 G 0.203 0.090 0.073 0.084 0.160 0.014 0.168 0.004 0.004 0.003 0.005 0.011 0.003 0.014 0.004 0.017 0.005 0.002 0.018 0.044 0.046 0.029 67 D 0.004 0.498 0.025 0.338 0.011 0.018 0.005 0.004 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.008 0.004 0.013 0.032 0.006 0.013 0.003 68 P 0.007 0.046 0.425 0.199 0.020 0.203 0.010 0.024 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.006 0.006 0.002 0.003 0.004 0.005 0.023 69 L 0.007 0.082 0.155 0.049 0.003 0.042 0.290 0.276 0.003 0.001 0.004 0.007 0.003 0.004 0.003 0.011 0.013 0.008 0.009 0.010 0.011 0.010 70 E 0.011 0.088 0.144 0.090 0.004 0.054 0.235 0.264 0.004 0.001 0.003 0.010 0.007 0.004 0.002 0.015 0.012 0.006 0.013 0.006 0.010 0.017 71 H 0.023 0.130 0.157 0.062 0.005 0.030 0.258 0.167 0.005 0.003 0.007 0.010 0.004 0.007 0.005 0.017 0.014 0.018 0.008 0.024 0.023 0.024 72 H 0.039 0.131 0.226 0.098 0.010 0.040 0.142 0.109 0.009 0.003 0.006 0.011 0.007 0.012 0.006 0.022 0.017 0.012 0.039 0.012 0.025 0.025 73 H 0.050 0.118 0.218 0.095 0.016 0.033 0.145 0.099 0.008 0.004 0.007 0.009 0.007 0.010 0.007 0.025 0.017 0.016 0.035 0.014 0.027 0.042 74 H 0.042 0.139 0.221 0.102 0.012 0.038 0.131 0.072 0.007 0.004 0.008 0.015 0.009 0.012 0.006 0.027 0.017 0.015 0.052 0.017 0.027 0.028 75 H 0.047 0.168 0.198 0.136 0.013 0.038 0.137 0.040 0.006 0.004 0.007 0.017 0.009 0.013 0.007 0.022 0.012 0.008 0.037 0.016 0.025 0.038 76 H 0.028 0.259 0.149 0.161 0.017 0.049 0.060 0.033 0.007 0.005 0.007 0.014 0.008 0.011 0.005 0.027 0.015 0.015 0.048 0.023 0.036 0.022