# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.053 0.011 0.012 0.012 0.014 0.026 0.005 0.001 0.002 0.776 2 A 0.054 0.054 0.008 0.017 0.029 0.040 0.144 0.004 0.001 0.007 0.643 3 S 0.159 0.046 0.006 0.017 0.018 0.036 0.177 0.006 0.001 0.012 0.523 4 K 0.102 0.073 0.008 0.025 0.020 0.023 0.069 0.004 0.001 0.006 0.670 5 K 0.092 0.089 0.007 0.038 0.041 0.051 0.276 0.003 0.001 0.013 0.388 6 V 0.097 0.133 0.014 0.048 0.064 0.130 0.134 0.003 0.001 0.012 0.365 7 H 0.029 0.219 0.003 0.147 0.183 0.245 0.050 0.004 0.001 0.003 0.116 8 Q 0.056 0.161 0.004 0.029 0.037 0.067 0.046 0.008 0.001 0.005 0.589 9 I 0.128 0.175 0.021 0.132 0.147 0.214 0.026 0.008 0.001 0.005 0.144 10 N 0.025 0.089 0.007 0.114 0.133 0.144 0.111 0.010 0.001 0.003 0.364 11 V 0.031 0.063 0.017 0.099 0.112 0.173 0.053 0.004 0.001 0.006 0.442 12 K 0.016 0.056 0.004 0.122 0.134 0.298 0.147 0.003 0.001 0.005 0.213 13 G 0.090 0.050 0.005 0.045 0.046 0.053 0.153 0.008 0.001 0.017 0.533 14 F 0.224 0.123 0.045 0.072 0.060 0.092 0.081 0.004 0.001 0.017 0.282 15 F 0.022 0.092 0.006 0.100 0.163 0.187 0.137 0.004 0.001 0.005 0.283 16 D 0.061 0.068 0.003 0.059 0.072 0.115 0.081 0.007 0.001 0.009 0.523 17 M 0.106 0.087 0.025 0.087 0.082 0.172 0.050 0.006 0.001 0.013 0.373 18 D 0.054 0.046 0.009 0.074 0.146 0.138 0.213 0.007 0.001 0.011 0.302 19 V 0.066 0.035 0.033 0.088 0.089 0.152 0.082 0.002 0.001 0.013 0.440 20 M 0.011 0.048 0.006 0.220 0.213 0.333 0.063 0.001 0.001 0.003 0.101 21 E 0.020 0.042 0.003 0.134 0.191 0.277 0.078 0.002 0.001 0.006 0.246 22 V 0.034 0.085 0.005 0.166 0.198 0.277 0.038 0.003 0.001 0.003 0.191 23 T 0.022 0.083 0.003 0.138 0.197 0.289 0.065 0.004 0.001 0.003 0.194 24 E 0.017 0.055 0.003 0.063 0.127 0.199 0.090 0.004 0.001 0.006 0.436 25 Q 0.072 0.039 0.004 0.032 0.060 0.112 0.269 0.011 0.001 0.032 0.369 26 T 0.358 0.066 0.038 0.029 0.029 0.040 0.195 0.008 0.001 0.035 0.200 27 K 0.057 0.084 0.019 0.025 0.027 0.027 0.118 0.003 0.001 0.008 0.631 28 E 0.045 0.060 0.010 0.026 0.064 0.115 0.192 0.003 0.001 0.015 0.470 29 A 0.128 0.132 0.008 0.052 0.089 0.167 0.095 0.005 0.001 0.009 0.316 30 E 0.064 0.192 0.006 0.048 0.086 0.136 0.088 0.007 0.001 0.005 0.367 31 Y 0.080 0.167 0.010 0.044 0.124 0.184 0.067 0.006 0.001 0.005 0.312 32 T 0.106 0.183 0.012 0.057 0.046 0.108 0.132 0.010 0.001 0.006 0.339 33 Y 0.047 0.095 0.024 0.084 0.046 0.058 0.084 0.006 0.001 0.006 0.550 34 D 0.027 0.059 0.005 0.016 0.011 0.019 0.393 0.002 0.001 0.006 0.460 35 F 0.047 0.165 0.009 0.018 0.009 0.017 0.189 0.003 0.001 0.010 0.533 36 K 0.015 0.565 0.002 0.011 0.006 0.013 0.098 0.002 0.001 0.005 0.283 37 E 0.027 0.430 0.001 0.003 0.006 0.014 0.302 0.010 0.001 0.012 0.196 38 I 0.039 0.912 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.036 39 L 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 40 S 0.012 0.937 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.033 41 E 0.110 0.787 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 0.049 42 F 0.168 0.735 0.031 0.001 0.002 0.002 0.009 0.028 0.001 0.002 0.022 43 N 0.117 0.421 0.040 0.010 0.019 0.019 0.055 0.129 0.001 0.006 0.184 44 G 0.196 0.065 0.102 0.018 0.012 0.012 0.049 0.071 0.001 0.013 0.463 45 K 0.204 0.012 0.180 0.039 0.017 0.016 0.082 0.009 0.001 0.018 0.423 46 N 0.039 0.001 0.040 0.073 0.025 0.025 0.143 0.002 0.001 0.007 0.645 47 V 0.021 0.001 0.040 0.297 0.081 0.100 0.062 0.001 0.001 0.005 0.392 48 S 0.003 0.001 0.001 0.418 0.137 0.235 0.071 0.001 0.001 0.002 0.133 49 I 0.005 0.001 0.001 0.321 0.164 0.228 0.030 0.001 0.001 0.002 0.246 50 T 0.004 0.002 0.001 0.373 0.169 0.284 0.036 0.001 0.001 0.002 0.130 51 V 0.005 0.002 0.001 0.142 0.202 0.320 0.035 0.001 0.001 0.002 0.291 52 K 0.004 0.003 0.001 0.151 0.205 0.418 0.054 0.001 0.001 0.003 0.163 53 E 0.011 0.008 0.001 0.072 0.160 0.262 0.085 0.001 0.001 0.004 0.396 54 E 0.065 0.034 0.001 0.051 0.112 0.162 0.144 0.004 0.001 0.015 0.412 55 N 0.171 0.036 0.002 0.015 0.046 0.058 0.195 0.007 0.001 0.021 0.449 56 E 0.445 0.035 0.020 0.019 0.021 0.030 0.101 0.009 0.001 0.024 0.296 57 L 0.147 0.014 0.049 0.034 0.092 0.084 0.171 0.003 0.001 0.008 0.397 58 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.968 59 V 0.005 0.001 0.001 0.053 0.077 0.298 0.088 0.001 0.001 0.002 0.474 60 K 0.035 0.004 0.001 0.066 0.069 0.155 0.089 0.001 0.001 0.005 0.577 61 G 0.050 0.008 0.001 0.038 0.062 0.078 0.072 0.001 0.001 0.004 0.687 62 V 0.073 0.012 0.006 0.127 0.075 0.171 0.081 0.001 0.001 0.007 0.447 63 E 0.010 0.013 0.001 0.246 0.117 0.154 0.098 0.001 0.001 0.002 0.360 64 M 0.049 0.034 0.001 0.070 0.069 0.138 0.100 0.002 0.001 0.006 0.531 65 A 0.115 0.078 0.003 0.078 0.076 0.149 0.085 0.009 0.001 0.007 0.399 66 G 0.173 0.049 0.009 0.047 0.031 0.054 0.145 0.013 0.001 0.019 0.460 67 D 0.153 0.015 0.024 0.015 0.019 0.023 0.202 0.003 0.001 0.008 0.539 68 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.984 69 L 0.008 0.003 0.001 0.017 0.018 0.049 0.374 0.001 0.001 0.007 0.523 70 E 0.344 0.028 0.001 0.018 0.020 0.041 0.173 0.002 0.001 0.021 0.353 71 H 0.266 0.299 0.001 0.025 0.021 0.025 0.040 0.005 0.001 0.003 0.316 72 H 0.259 0.204 0.006 0.015 0.020 0.026 0.050 0.003 0.001 0.006 0.411 73 H 0.138 0.141 0.007 0.027 0.028 0.045 0.088 0.009 0.001 0.007 0.508 74 H 0.141 0.093 0.018 0.024 0.025 0.049 0.114 0.014 0.001 0.008 0.514 75 H 0.172 0.075 0.017 0.024 0.024 0.032 0.107 0.009 0.001 0.007 0.533 76 H 0.092 0.043 0.008 0.017 0.015 0.022 0.088 0.003 0.001 0.006 0.706