# TARGET T0309 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.990 2 A 0.059 0.043 0.018 0.050 0.008 0.054 0.768 3 S 0.059 0.016 0.041 0.047 0.214 0.127 0.496 4 K 0.101 0.013 0.067 0.065 0.270 0.164 0.321 5 K 0.221 0.019 0.057 0.053 0.172 0.119 0.358 6 V 0.413 0.020 0.027 0.035 0.075 0.041 0.389 7 H 0.623 0.013 0.023 0.030 0.096 0.029 0.186 8 Q 0.810 0.010 0.012 0.015 0.035 0.016 0.102 9 I 0.849 0.025 0.006 0.013 0.018 0.008 0.081 10 N 0.749 0.013 0.005 0.013 0.024 0.014 0.181 11 V 0.542 0.012 0.019 0.024 0.046 0.128 0.228 12 K 0.312 0.012 0.036 0.025 0.162 0.306 0.146 13 G 0.261 0.008 0.039 0.016 0.318 0.178 0.180 14 F 0.386 0.023 0.019 0.013 0.151 0.058 0.350 15 F 0.563 0.062 0.007 0.011 0.093 0.033 0.231 16 D 0.402 0.011 0.009 0.013 0.103 0.040 0.422 17 M 0.267 0.020 0.087 0.108 0.152 0.149 0.217 18 D 0.282 0.012 0.097 0.133 0.153 0.133 0.189 19 V 0.474 0.012 0.090 0.169 0.055 0.074 0.126 20 M 0.606 0.015 0.025 0.171 0.035 0.031 0.116 21 E 0.581 0.018 0.024 0.168 0.038 0.037 0.134 22 V 0.479 0.016 0.022 0.210 0.064 0.040 0.169 23 T 0.324 0.016 0.029 0.243 0.082 0.056 0.250 24 E 0.126 0.006 0.071 0.463 0.089 0.115 0.129 25 Q 0.106 0.008 0.065 0.447 0.105 0.139 0.130 26 T 0.147 0.013 0.069 0.338 0.129 0.085 0.218 27 K 0.142 0.009 0.077 0.365 0.101 0.137 0.169 28 E 0.164 0.008 0.088 0.354 0.100 0.149 0.136 29 A 0.181 0.009 0.091 0.327 0.080 0.114 0.198 30 E 0.374 0.011 0.043 0.202 0.086 0.070 0.214 31 Y 0.502 0.009 0.046 0.190 0.051 0.058 0.143 32 T 0.508 0.010 0.019 0.147 0.075 0.048 0.192 33 Y 0.457 0.024 0.014 0.165 0.075 0.027 0.238 34 D 0.348 0.030 0.007 0.180 0.060 0.024 0.352 35 F 0.017 0.001 0.019 0.897 0.012 0.027 0.028 36 K 0.009 0.001 0.021 0.920 0.012 0.022 0.015 37 E 0.007 0.001 0.037 0.904 0.010 0.030 0.013 38 I 0.012 0.002 0.026 0.910 0.008 0.025 0.017 39 L 0.014 0.004 0.038 0.849 0.015 0.053 0.028 40 S 0.019 0.002 0.062 0.726 0.023 0.136 0.031 41 E 0.016 0.003 0.057 0.552 0.065 0.264 0.043 42 F 0.028 0.016 0.064 0.231 0.192 0.299 0.169 43 N 0.011 0.005 0.025 0.034 0.125 0.656 0.145 44 G 0.011 0.004 0.029 0.008 0.266 0.476 0.207 45 K 0.084 0.007 0.024 0.008 0.435 0.109 0.334 46 N 0.342 0.017 0.009 0.003 0.102 0.054 0.473 47 V 0.681 0.016 0.005 0.003 0.044 0.012 0.240 48 S 0.861 0.006 0.002 0.001 0.020 0.005 0.105 49 I 0.907 0.006 0.003 0.003 0.012 0.003 0.067 50 T 0.913 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.072 51 V 0.817 0.007 0.003 0.004 0.011 0.004 0.153 52 K 0.825 0.014 0.006 0.005 0.025 0.010 0.115 53 E 0.534 0.017 0.048 0.016 0.060 0.046 0.278 54 E 0.235 0.014 0.116 0.027 0.220 0.136 0.253 55 N 0.254 0.013 0.061 0.021 0.243 0.112 0.296 56 E 0.309 0.017 0.030 0.010 0.174 0.078 0.381 57 L 0.458 0.023 0.004 0.006 0.108 0.012 0.389 58 P 0.471 0.030 0.003 0.003 0.055 0.014 0.425 59 V 0.491 0.024 0.008 0.009 0.054 0.026 0.388 60 K 0.411 0.013 0.023 0.015 0.147 0.113 0.278 61 G 0.360 0.011 0.040 0.029 0.173 0.125 0.262 62 V 0.601 0.023 0.018 0.029 0.066 0.024 0.239 63 E 0.655 0.044 0.013 0.034 0.044 0.021 0.189 64 M 0.531 0.031 0.020 0.054 0.059 0.064 0.241 65 A 0.221 0.013 0.019 0.047 0.171 0.289 0.239 66 G 0.072 0.009 0.012 0.027 0.400 0.214 0.265 67 D 0.056 0.016 0.010 0.033 0.295 0.039 0.551 68 P 0.069 0.023 0.049 0.150 0.164 0.126 0.420 69 L 0.050 0.018 0.160 0.306 0.089 0.184 0.193 70 E 0.045 0.010 0.211 0.301 0.098 0.132 0.203 71 H 0.049 0.013 0.159 0.333 0.122 0.125 0.199 72 H 0.063 0.013 0.098 0.308 0.129 0.141 0.247 73 H 0.060 0.015 0.065 0.231 0.159 0.182 0.288 74 H 0.058 0.017 0.032 0.167 0.179 0.188 0.359 75 H 0.030 0.016 0.014 0.081 0.011 0.124 0.724 76 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998