# TARGET T0309 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.707 0.210 0.063 0.017 0.002 0.001 0.001 2 A 0.708 0.184 0.066 0.032 0.009 0.001 0.001 3 S 0.676 0.185 0.076 0.042 0.017 0.004 0.001 4 K 0.705 0.188 0.066 0.028 0.009 0.002 0.001 5 K 0.603 0.255 0.093 0.037 0.010 0.002 0.001 6 V 0.392 0.182 0.145 0.153 0.088 0.034 0.006 7 H 0.309 0.272 0.193 0.149 0.062 0.014 0.001 8 Q 0.274 0.310 0.203 0.124 0.065 0.022 0.002 9 I 0.150 0.129 0.162 0.264 0.203 0.082 0.010 10 N 0.225 0.293 0.239 0.165 0.063 0.014 0.001 11 V 0.178 0.145 0.138 0.225 0.219 0.086 0.010 12 K 0.302 0.301 0.216 0.126 0.043 0.011 0.001 13 G 0.247 0.234 0.184 0.177 0.110 0.044 0.005 14 F 0.202 0.182 0.185 0.198 0.146 0.077 0.011 15 F 0.115 0.112 0.115 0.190 0.221 0.204 0.042 16 D 0.235 0.250 0.211 0.158 0.096 0.044 0.008 17 M 0.296 0.190 0.154 0.153 0.118 0.070 0.017 18 D 0.337 0.249 0.165 0.137 0.071 0.033 0.006 19 V 0.270 0.159 0.167 0.168 0.143 0.079 0.014 20 M 0.302 0.217 0.167 0.157 0.100 0.046 0.010 21 E 0.337 0.240 0.173 0.130 0.077 0.036 0.006 22 V 0.219 0.165 0.166 0.176 0.162 0.098 0.014 23 T 0.232 0.256 0.211 0.177 0.087 0.032 0.004 24 E 0.389 0.254 0.161 0.105 0.062 0.025 0.004 25 Q 0.516 0.213 0.119 0.086 0.044 0.018 0.003 26 T 0.528 0.228 0.120 0.077 0.034 0.011 0.001 27 K 0.607 0.214 0.098 0.055 0.019 0.005 0.001 28 E 0.641 0.223 0.085 0.036 0.011 0.003 0.001 29 A 0.477 0.199 0.123 0.114 0.064 0.020 0.002 30 E 0.408 0.272 0.160 0.097 0.045 0.016 0.002 31 Y 0.260 0.198 0.171 0.189 0.126 0.051 0.005 32 T 0.173 0.249 0.235 0.186 0.108 0.044 0.005 33 Y 0.188 0.185 0.189 0.204 0.158 0.070 0.007 34 D 0.164 0.272 0.252 0.203 0.084 0.022 0.003 35 F 0.068 0.077 0.092 0.187 0.318 0.233 0.025 36 K 0.127 0.238 0.266 0.240 0.100 0.027 0.003 37 E 0.194 0.354 0.244 0.133 0.057 0.017 0.002 38 I 0.045 0.066 0.110 0.245 0.324 0.193 0.017 39 L 0.026 0.049 0.096 0.240 0.323 0.239 0.027 40 S 0.235 0.333 0.205 0.129 0.062 0.030 0.006 41 E 0.222 0.318 0.242 0.143 0.055 0.018 0.002 42 F 0.106 0.105 0.136 0.250 0.265 0.126 0.012 43 N 0.313 0.321 0.206 0.107 0.041 0.011 0.001 44 G 0.477 0.240 0.130 0.096 0.043 0.012 0.001 45 K 0.383 0.346 0.169 0.077 0.021 0.004 0.001 46 N 0.309 0.283 0.201 0.129 0.060 0.017 0.001 47 V 0.068 0.099 0.152 0.257 0.266 0.145 0.013 48 S 0.086 0.182 0.241 0.249 0.164 0.072 0.007 49 I 0.031 0.044 0.082 0.190 0.329 0.282 0.042 50 T 0.088 0.218 0.252 0.230 0.149 0.059 0.006 51 V 0.041 0.092 0.178 0.343 0.266 0.075 0.006 52 K 0.343 0.387 0.175 0.069 0.020 0.005 0.001 53 E 0.430 0.277 0.150 0.101 0.034 0.008 0.001 54 E 0.507 0.271 0.125 0.064 0.025 0.007 0.001 55 N 0.340 0.295 0.176 0.119 0.053 0.015 0.001 56 E 0.282 0.321 0.214 0.124 0.046 0.012 0.001 57 L 0.065 0.097 0.151 0.263 0.275 0.137 0.012 58 P 0.137 0.228 0.248 0.222 0.120 0.041 0.003 59 V 0.128 0.105 0.144 0.232 0.252 0.126 0.013 60 K 0.292 0.296 0.193 0.130 0.063 0.023 0.003 61 G 0.273 0.196 0.170 0.171 0.124 0.060 0.007 62 V 0.230 0.154 0.141 0.188 0.164 0.106 0.017 63 E 0.359 0.282 0.174 0.108 0.053 0.021 0.003 64 M 0.346 0.194 0.152 0.147 0.107 0.046 0.008 65 A 0.433 0.233 0.136 0.109 0.060 0.025 0.003 66 G 0.482 0.247 0.134 0.086 0.038 0.013 0.002 67 D 0.539 0.250 0.112 0.062 0.027 0.009 0.001 68 P 0.534 0.228 0.127 0.071 0.030 0.009 0.001 69 L 0.476 0.189 0.139 0.114 0.060 0.020 0.002 70 E 0.516 0.234 0.127 0.073 0.036 0.012 0.001 71 H 0.436 0.239 0.153 0.104 0.051 0.016 0.002 72 H 0.389 0.237 0.167 0.124 0.061 0.020 0.002 73 H 0.486 0.240 0.132 0.086 0.042 0.013 0.001 74 H 0.504 0.220 0.127 0.092 0.043 0.013 0.001 75 H 0.657 0.185 0.081 0.049 0.021 0.006 0.001 76 H 0.695 0.174 0.070 0.038 0.016 0.005 0.001