# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.147 0.073 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.112 0.077 0.533 2 A 0.053 0.119 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.044 0.081 0.661 3 S 0.058 0.119 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.070 0.079 0.628 4 K 0.025 0.087 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.054 0.111 0.628 5 K 0.030 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.384 0.070 0.055 0.343 6 V 0.024 0.052 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.095 0.094 0.597 7 H 0.009 0.051 0.006 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.542 0.044 0.051 0.273 8 Q 0.012 0.045 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.429 0.045 0.047 0.393 9 I 0.008 0.024 0.011 0.001 0.011 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 0.052 0.047 0.294 10 N 0.043 0.041 0.006 0.002 0.006 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.413 0.060 0.053 0.358 11 V 0.093 0.035 0.005 0.002 0.004 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.050 0.077 0.465 12 K 0.029 0.034 0.006 0.002 0.012 0.009 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.058 0.094 0.472 13 G 0.040 0.051 0.004 0.002 0.010 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.051 0.102 0.490 14 F 0.046 0.036 0.012 0.002 0.012 0.003 0.002 0.001 0.017 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.221 0.069 0.113 0.451 15 F 0.071 0.064 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.002 0.004 0.004 0.002 0.002 0.219 0.052 0.101 0.446 16 D 0.114 0.093 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.169 0.086 0.076 0.432 17 M 0.041 0.072 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.005 0.004 0.005 0.004 0.004 0.002 0.163 0.066 0.097 0.505 18 D 0.026 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005 0.002 0.005 0.006 0.005 0.004 0.414 0.061 0.058 0.313 19 V 0.029 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.003 0.006 0.003 0.002 0.003 0.187 0.122 0.094 0.506 20 M 0.003 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.003 0.003 0.008 0.012 0.006 0.008 0.488 0.057 0.051 0.291 21 E 0.023 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 0.002 0.268 0.064 0.059 0.482 22 V 0.020 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.367 0.160 0.055 0.358 23 T 0.021 0.192 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.203 0.053 0.427 24 E 0.050 0.168 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.031 0.054 0.610 25 Q 0.026 0.216 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.037 0.052 0.576 26 T 0.073 0.422 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.048 0.045 0.379 27 K 0.101 0.344 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.049 0.050 0.395 28 E 0.050 0.099 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.249 0.075 0.479 29 A 0.025 0.205 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.181 0.091 0.367 30 E 0.043 0.154 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.086 0.055 0.074 0.562 31 Y 0.038 0.196 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.154 0.044 0.064 0.476 32 T 0.059 0.266 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.041 0.073 0.478 33 Y 0.014 0.280 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.052 0.093 0.449 34 D 0.030 0.777 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.014 0.118 35 F 0.018 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.005 0.034 36 K 0.022 0.401 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.451 0.015 0.101 37 E 0.024 0.680 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.113 0.031 0.130 38 I 0.085 0.649 0.007 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.029 0.167 39 L 0.097 0.197 0.101 0.057 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.275 0.041 0.214 40 S 0.225 0.029 0.027 0.002 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.103 0.082 0.484 41 E 0.043 0.005 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.092 0.812 42 F 0.106 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.046 0.130 0.692 43 N 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.134 0.790 44 G 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.031 0.100 0.813 45 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.052 0.136 0.577 46 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.060 0.125 0.567 47 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.038 0.009 0.034 0.004 0.403 0.056 0.079 0.361 48 S 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.028 0.012 0.046 0.553 0.062 0.033 0.229 49 I 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.006 0.665 0.057 0.031 0.207 50 T 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.693 0.055 0.025 0.186 51 V 0.006 0.023 0.002 0.003 0.004 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.462 0.103 0.051 0.326 52 K 0.064 0.037 0.010 0.002 0.018 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.384 0.110 0.051 0.311 53 E 0.237 0.021 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.051 0.058 0.452 54 E 0.120 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.033 0.082 0.655 55 N 0.011 0.006 0.001 0.001 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.029 0.123 0.688 56 E 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.018 0.099 0.785 57 L 0.026 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.040 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.047 0.129 0.598 58 P 0.114 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.169 0.037 0.097 0.558 59 V 0.136 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.004 0.001 0.098 0.029 0.071 0.615 60 K 0.010 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.004 0.161 0.025 0.103 0.611 61 G 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.563 0.061 0.031 0.302 62 V 0.021 0.015 0.006 0.001 0.021 0.001 0.003 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.002 0.139 0.102 0.079 0.587 63 E 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.650 0.033 0.028 0.227 64 M 0.200 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.046 0.071 0.601 65 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.024 0.128 0.716 66 G 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.013 0.109 0.821 67 D 0.168 0.078 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.149 0.115 0.385 68 P 0.175 0.168 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.098 0.080 0.453 69 L 0.169 0.190 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.026 0.126 0.074 0.392 70 E 0.141 0.090 0.007 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.034 0.093 0.088 0.516 71 H 0.110 0.053 0.009 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.092 0.092 0.592 72 H 0.105 0.028 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.078 0.093 0.644 73 H 0.096 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.037 0.089 0.733 74 H 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.023 0.099 0.812 75 H 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.019 0.099 0.837 76 H 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.027 0.122 0.794