# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.005 0.030 0.190 0.033 0.055 0.653 2 A 0.057 0.019 0.039 0.224 0.028 0.096 0.537 3 S 0.083 0.010 0.051 0.224 0.133 0.124 0.376 4 K 0.134 0.005 0.054 0.233 0.234 0.111 0.230 5 K 0.253 0.014 0.037 0.219 0.092 0.072 0.313 6 V 0.390 0.020 0.032 0.156 0.067 0.043 0.293 7 H 0.520 0.011 0.018 0.121 0.093 0.044 0.192 8 Q 0.679 0.008 0.015 0.116 0.048 0.032 0.102 9 I 0.673 0.011 0.008 0.122 0.029 0.024 0.132 10 N 0.609 0.015 0.006 0.070 0.038 0.042 0.219 11 V 0.508 0.020 0.015 0.072 0.075 0.071 0.239 12 K 0.302 0.009 0.028 0.062 0.188 0.225 0.186 13 G 0.217 0.006 0.038 0.034 0.260 0.261 0.182 14 F 0.348 0.030 0.033 0.048 0.138 0.090 0.312 15 F 0.498 0.044 0.022 0.037 0.112 0.060 0.227 16 D 0.468 0.016 0.012 0.026 0.089 0.046 0.343 17 M 0.389 0.010 0.029 0.051 0.140 0.061 0.321 18 D 0.449 0.016 0.021 0.054 0.121 0.050 0.288 19 V 0.553 0.016 0.056 0.117 0.051 0.056 0.150 20 M 0.643 0.011 0.025 0.122 0.050 0.043 0.106 21 E 0.624 0.012 0.014 0.126 0.030 0.036 0.158 22 V 0.494 0.019 0.010 0.103 0.049 0.027 0.298 23 T 0.370 0.018 0.011 0.102 0.066 0.039 0.395 24 E 0.178 0.007 0.049 0.247 0.130 0.196 0.192 25 Q 0.148 0.012 0.042 0.236 0.138 0.160 0.263 26 T 0.140 0.010 0.046 0.141 0.187 0.097 0.379 27 K 0.143 0.012 0.051 0.234 0.185 0.142 0.233 28 E 0.250 0.012 0.046 0.250 0.102 0.124 0.216 29 A 0.319 0.016 0.031 0.241 0.067 0.061 0.265 30 E 0.337 0.010 0.018 0.284 0.077 0.053 0.221 31 Y 0.455 0.012 0.014 0.234 0.076 0.052 0.157 32 T 0.437 0.013 0.007 0.200 0.058 0.052 0.232 33 Y 0.356 0.023 0.006 0.205 0.152 0.044 0.213 34 D 0.209 0.028 0.004 0.162 0.064 0.030 0.503 35 F 0.009 0.001 0.018 0.922 0.005 0.021 0.025 36 K 0.004 0.001 0.021 0.958 0.004 0.008 0.005 37 E 0.005 0.001 0.023 0.959 0.002 0.007 0.004 38 I 0.006 0.001 0.014 0.961 0.002 0.010 0.005 39 L 0.010 0.002 0.023 0.930 0.005 0.022 0.009 40 S 0.009 0.001 0.050 0.816 0.011 0.104 0.010 41 E 0.010 0.001 0.067 0.752 0.019 0.125 0.026 42 F 0.059 0.018 0.064 0.401 0.148 0.226 0.084 43 N 0.022 0.007 0.035 0.068 0.109 0.657 0.102 44 G 0.033 0.002 0.036 0.010 0.194 0.598 0.125 45 K 0.140 0.017 0.039 0.009 0.206 0.170 0.420 46 N 0.366 0.019 0.024 0.004 0.159 0.110 0.317 47 V 0.596 0.009 0.008 0.003 0.074 0.016 0.294 48 S 0.801 0.007 0.002 0.002 0.020 0.006 0.162 49 I 0.902 0.003 0.001 0.002 0.007 0.002 0.082 50 T 0.924 0.005 0.001 0.003 0.004 0.003 0.060 51 V 0.914 0.004 0.001 0.005 0.010 0.005 0.061 52 K 0.813 0.005 0.005 0.011 0.037 0.019 0.109 53 E 0.684 0.009 0.019 0.024 0.052 0.048 0.165 54 E 0.435 0.011 0.057 0.016 0.130 0.162 0.188 55 N 0.306 0.010 0.042 0.009 0.211 0.185 0.236 56 E 0.339 0.019 0.034 0.008 0.241 0.087 0.272 57 L 0.330 0.026 0.005 0.005 0.344 0.008 0.282 58 P 0.323 0.019 0.008 0.005 0.049 0.026 0.570 59 V 0.442 0.068 0.035 0.019 0.079 0.047 0.311 60 K 0.307 0.015 0.058 0.029 0.126 0.136 0.329 61 G 0.245 0.010 0.078 0.033 0.207 0.155 0.273 62 V 0.428 0.027 0.059 0.071 0.081 0.060 0.275 63 E 0.597 0.042 0.025 0.050 0.057 0.053 0.175 64 M 0.466 0.048 0.029 0.037 0.051 0.059 0.310 65 A 0.194 0.020 0.017 0.032 0.128 0.379 0.229 66 G 0.043 0.010 0.010 0.016 0.344 0.373 0.206 67 D 0.036 0.013 0.003 0.006 0.322 0.020 0.602 68 P 0.036 0.018 0.047 0.078 0.151 0.365 0.304 69 L 0.051 0.026 0.105 0.119 0.117 0.356 0.226 70 E 0.077 0.024 0.158 0.174 0.099 0.149 0.319 71 H 0.085 0.027 0.129 0.216 0.095 0.148 0.300 72 H 0.129 0.021 0.086 0.167 0.110 0.158 0.329 73 H 0.105 0.019 0.093 0.120 0.161 0.181 0.320 74 H 0.074 0.018 0.059 0.112 0.169 0.204 0.363 75 H 0.046 0.020 0.023 0.051 0.047 0.125 0.687 76 H 0.003 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.981