# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.758 0.048 0.051 0.090 0.012 0.011 0.012 0.005 0.010 0.003 0.001 2 A 0.758 0.041 0.093 0.058 0.014 0.011 0.010 0.004 0.005 0.006 0.001 3 S 0.669 0.044 0.085 0.130 0.024 0.016 0.014 0.006 0.006 0.004 0.001 4 K 0.508 0.160 0.139 0.093 0.035 0.015 0.031 0.006 0.012 0.001 0.001 5 K 0.470 0.146 0.207 0.082 0.008 0.052 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 6 V 0.203 0.431 0.208 0.037 0.016 0.055 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 7 H 0.474 0.212 0.070 0.136 0.034 0.033 0.014 0.002 0.024 0.001 0.001 8 Q 0.106 0.469 0.236 0.054 0.041 0.043 0.012 0.001 0.036 0.001 0.001 9 I 0.093 0.616 0.152 0.032 0.040 0.025 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 10 N 0.052 0.155 0.280 0.023 0.025 0.292 0.083 0.004 0.081 0.002 0.002 11 V 0.188 0.356 0.177 0.112 0.030 0.074 0.007 0.002 0.051 0.001 0.001 12 K 0.221 0.247 0.275 0.142 0.036 0.029 0.018 0.004 0.023 0.006 0.001 13 G 0.104 0.056 0.088 0.046 0.249 0.010 0.128 0.190 0.006 0.122 0.001 14 F 0.300 0.239 0.127 0.161 0.068 0.040 0.019 0.006 0.034 0.004 0.002 15 F 0.181 0.366 0.185 0.082 0.071 0.039 0.025 0.008 0.034 0.009 0.001 16 D 0.205 0.138 0.218 0.126 0.021 0.164 0.059 0.008 0.053 0.003 0.004 17 M 0.188 0.365 0.200 0.066 0.104 0.019 0.021 0.008 0.023 0.005 0.001 18 D 0.220 0.139 0.355 0.044 0.033 0.119 0.050 0.005 0.024 0.004 0.006 19 V 0.220 0.499 0.124 0.076 0.039 0.021 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 20 M 0.230 0.459 0.142 0.039 0.082 0.014 0.008 0.002 0.020 0.003 0.001 21 E 0.154 0.277 0.418 0.020 0.024 0.067 0.010 0.002 0.025 0.001 0.002 22 V 0.206 0.436 0.198 0.042 0.025 0.056 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 23 T 0.407 0.255 0.121 0.125 0.050 0.021 0.002 0.002 0.014 0.003 0.001 24 E 0.374 0.256 0.150 0.053 0.080 0.022 0.033 0.005 0.022 0.004 0.001 25 Q 0.387 0.178 0.223 0.091 0.019 0.054 0.013 0.002 0.029 0.002 0.001 26 T 0.338 0.251 0.175 0.118 0.052 0.028 0.006 0.003 0.026 0.002 0.001 27 K 0.397 0.195 0.186 0.064 0.050 0.034 0.031 0.008 0.029 0.007 0.001 28 E 0.357 0.169 0.309 0.082 0.020 0.029 0.010 0.003 0.016 0.003 0.002 29 A 0.383 0.181 0.234 0.052 0.071 0.033 0.016 0.009 0.011 0.008 0.001 30 E 0.474 0.229 0.109 0.112 0.033 0.019 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 31 Y 0.163 0.436 0.137 0.072 0.118 0.029 0.010 0.002 0.029 0.002 0.001 32 T 0.241 0.474 0.140 0.061 0.029 0.026 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 33 Y 0.234 0.371 0.136 0.047 0.109 0.037 0.025 0.004 0.030 0.006 0.001 34 D 0.174 0.134 0.358 0.030 0.026 0.196 0.014 0.002 0.058 0.005 0.001 35 F 0.944 0.005 0.007 0.028 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 36 K 0.982 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.983 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.982 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.952 0.008 0.008 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.953 0.011 0.010 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.830 0.017 0.016 0.125 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 42 F 0.456 0.047 0.029 0.420 0.006 0.012 0.006 0.003 0.020 0.001 0.001 43 N 0.049 0.009 0.030 0.142 0.006 0.018 0.708 0.010 0.024 0.005 0.001 44 G 0.038 0.005 0.032 0.025 0.039 0.004 0.090 0.636 0.001 0.130 0.001 45 K 0.251 0.218 0.265 0.167 0.053 0.018 0.007 0.004 0.008 0.008 0.001 46 N 0.062 0.167 0.250 0.142 0.038 0.098 0.168 0.010 0.060 0.004 0.001 47 V 0.022 0.695 0.159 0.032 0.052 0.021 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 48 S 0.014 0.624 0.216 0.011 0.100 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 49 I 0.004 0.836 0.061 0.003 0.079 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 50 T 0.006 0.712 0.211 0.002 0.022 0.029 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 51 V 0.012 0.710 0.156 0.004 0.029 0.044 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 52 K 0.081 0.463 0.336 0.016 0.028 0.044 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 53 E 0.105 0.422 0.308 0.027 0.061 0.028 0.012 0.004 0.027 0.004 0.001 54 E 0.280 0.314 0.199 0.069 0.055 0.021 0.014 0.003 0.030 0.014 0.001 55 N 0.090 0.083 0.106 0.239 0.069 0.080 0.267 0.017 0.041 0.006 0.002 56 E 0.128 0.240 0.214 0.248 0.031 0.047 0.046 0.003 0.039 0.001 0.002 57 L 0.024 0.283 0.570 0.002 0.021 0.021 0.009 0.001 0.067 0.001 0.001 58 P 0.053 0.011 0.862 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 59 V 0.136 0.409 0.303 0.023 0.022 0.059 0.003 0.002 0.042 0.001 0.001 60 K 0.165 0.249 0.368 0.087 0.024 0.035 0.027 0.002 0.038 0.004 0.001 61 G 0.070 0.024 0.095 0.020 0.242 0.006 0.048 0.352 0.003 0.140 0.001 62 V 0.165 0.522 0.188 0.035 0.035 0.031 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 63 E 0.159 0.380 0.326 0.023 0.021 0.055 0.004 0.001 0.027 0.002 0.001 64 M 0.228 0.363 0.213 0.070 0.028 0.053 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 65 A 0.201 0.151 0.315 0.181 0.061 0.019 0.036 0.009 0.018 0.008 0.002 66 G 0.060 0.012 0.038 0.038 0.082 0.005 0.069 0.387 0.004 0.304 0.001 67 D 0.015 0.226 0.497 0.002 0.041 0.046 0.010 0.001 0.161 0.001 0.001 68 P 0.444 0.006 0.341 0.035 0.001 0.056 0.001 0.001 0.002 0.001 0.114 69 L 0.538 0.110 0.172 0.100 0.016 0.036 0.008 0.004 0.014 0.001 0.001 70 E 0.505 0.136 0.152 0.108 0.023 0.032 0.017 0.004 0.018 0.004 0.001 71 H 0.354 0.165 0.133 0.170 0.044 0.039 0.050 0.008 0.031 0.004 0.001 72 H 0.337 0.153 0.142 0.202 0.043 0.044 0.037 0.008 0.030 0.004 0.001 73 H 0.325 0.160 0.132 0.205 0.041 0.050 0.045 0.008 0.028 0.005 0.001 74 H 0.308 0.144 0.157 0.221 0.035 0.045 0.046 0.010 0.028 0.005 0.001 75 H 0.231 0.171 0.186 0.210 0.035 0.055 0.056 0.011 0.040 0.005 0.001 76 H 0.199 0.208 0.235 0.111 0.065 0.047 0.066 0.013 0.042 0.014 0.001