# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.035 0.018 0.012 0.037 0.015 0.049 0.471 0.148 0.148 0.031 2 A 0.054 0.121 0.044 0.017 0.091 0.021 0.040 0.344 0.129 0.109 0.030 3 S 0.072 0.110 0.061 0.025 0.138 0.022 0.040 0.287 0.123 0.092 0.030 4 K 0.056 0.171 0.072 0.022 0.131 0.022 0.047 0.312 0.101 0.046 0.021 5 K 0.175 0.118 0.034 0.008 0.214 0.011 0.049 0.192 0.054 0.091 0.054 6 V 0.278 0.066 0.009 0.015 0.218 0.030 0.048 0.137 0.066 0.054 0.078 7 H 0.098 0.226 0.031 0.018 0.348 0.024 0.031 0.111 0.046 0.044 0.023 8 Q 0.318 0.065 0.010 0.003 0.410 0.004 0.014 0.073 0.023 0.035 0.044 9 I 0.164 0.210 0.025 0.011 0.461 0.011 0.015 0.051 0.015 0.011 0.025 10 N 0.343 0.085 0.017 0.003 0.423 0.002 0.006 0.020 0.007 0.021 0.074 11 V 0.274 0.112 0.033 0.021 0.258 0.017 0.018 0.072 0.045 0.073 0.078 12 K 0.017 0.046 0.032 0.154 0.027 0.149 0.226 0.167 0.102 0.066 0.014 13 G 0.063 0.126 0.145 0.182 0.101 0.050 0.036 0.056 0.049 0.145 0.045 14 F 0.155 0.120 0.031 0.017 0.242 0.024 0.042 0.124 0.100 0.091 0.052 15 F 0.132 0.200 0.080 0.025 0.271 0.026 0.038 0.075 0.041 0.046 0.066 16 D 0.347 0.077 0.023 0.006 0.302 0.005 0.013 0.024 0.020 0.069 0.115 17 M 0.090 0.314 0.094 0.012 0.228 0.011 0.014 0.083 0.089 0.044 0.022 18 D 0.163 0.138 0.037 0.009 0.265 0.014 0.058 0.150 0.062 0.056 0.048 19 V 0.245 0.088 0.012 0.011 0.239 0.013 0.026 0.100 0.098 0.098 0.069 20 M 0.113 0.258 0.036 0.006 0.463 0.006 0.007 0.049 0.025 0.015 0.021 21 E 0.163 0.225 0.039 0.002 0.423 0.002 0.011 0.072 0.018 0.021 0.023 22 V 0.372 0.081 0.015 0.009 0.263 0.009 0.021 0.069 0.023 0.036 0.100 23 T 0.059 0.274 0.118 0.067 0.202 0.047 0.037 0.094 0.044 0.038 0.021 24 E 0.099 0.131 0.058 0.012 0.146 0.008 0.019 0.269 0.124 0.090 0.042 25 Q 0.107 0.114 0.040 0.016 0.156 0.024 0.070 0.324 0.063 0.051 0.035 26 T 0.092 0.263 0.104 0.032 0.192 0.016 0.022 0.158 0.042 0.051 0.029 27 K 0.070 0.076 0.035 0.015 0.107 0.017 0.034 0.426 0.123 0.067 0.030 28 E 0.108 0.117 0.025 0.014 0.150 0.021 0.046 0.337 0.085 0.058 0.038 29 A 0.123 0.115 0.029 0.012 0.228 0.012 0.026 0.243 0.085 0.085 0.041 30 E 0.133 0.078 0.016 0.011 0.206 0.030 0.102 0.286 0.074 0.033 0.030 31 Y 0.162 0.159 0.033 0.006 0.294 0.004 0.013 0.170 0.046 0.069 0.043 32 T 0.153 0.101 0.014 0.007 0.228 0.018 0.033 0.325 0.044 0.041 0.037 33 Y 0.048 0.161 0.051 0.021 0.145 0.036 0.039 0.316 0.062 0.081 0.039 34 D 0.212 0.125 0.034 0.002 0.253 0.001 0.006 0.211 0.029 0.059 0.068 35 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.776 0.193 0.019 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.920 0.072 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.966 0.024 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.937 0.044 0.007 0.001 39 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.846 0.117 0.019 0.002 40 S 0.004 0.019 0.005 0.001 0.008 0.005 0.028 0.787 0.130 0.012 0.001 41 E 0.006 0.006 0.007 0.002 0.005 0.007 0.154 0.725 0.064 0.019 0.004 42 F 0.031 0.077 0.059 0.086 0.044 0.127 0.178 0.230 0.064 0.084 0.021 43 N 0.052 0.227 0.114 0.169 0.080 0.046 0.048 0.052 0.033 0.113 0.067 44 G 0.026 0.032 0.056 0.133 0.021 0.040 0.012 0.048 0.073 0.477 0.084 45 K 0.024 0.262 0.137 0.054 0.136 0.045 0.077 0.129 0.085 0.042 0.010 46 N 0.348 0.068 0.013 0.005 0.266 0.006 0.014 0.021 0.019 0.076 0.163 47 V 0.177 0.207 0.026 0.005 0.474 0.004 0.006 0.013 0.014 0.032 0.042 48 S 0.317 0.066 0.011 0.003 0.493 0.004 0.010 0.014 0.008 0.023 0.051 49 I 0.258 0.133 0.014 0.002 0.540 0.002 0.002 0.006 0.003 0.007 0.033 50 T 0.228 0.169 0.024 0.002 0.517 0.001 0.004 0.010 0.004 0.009 0.031 51 V 0.258 0.165 0.039 0.007 0.362 0.005 0.008 0.041 0.019 0.027 0.070 52 K 0.107 0.319 0.082 0.026 0.232 0.019 0.033 0.077 0.046 0.028 0.031 53 E 0.119 0.143 0.083 0.035 0.135 0.033 0.055 0.156 0.126 0.067 0.050 54 E 0.030 0.081 0.040 0.058 0.066 0.136 0.211 0.215 0.115 0.033 0.014 55 N 0.134 0.098 0.024 0.010 0.193 0.008 0.018 0.072 0.079 0.259 0.105 56 E 0.189 0.150 0.064 0.012 0.250 0.010 0.025 0.066 0.063 0.103 0.069 57 L 0.040 0.489 0.198 0.010 0.204 0.003 0.007 0.029 0.009 0.004 0.007 58 P 0.206 0.233 0.052 0.006 0.348 0.008 0.018 0.049 0.017 0.018 0.046 59 V 0.235 0.127 0.058 0.025 0.288 0.027 0.022 0.060 0.031 0.050 0.077 60 K 0.020 0.056 0.044 0.124 0.038 0.140 0.221 0.247 0.057 0.038 0.015 61 G 0.063 0.069 0.104 0.119 0.070 0.028 0.016 0.085 0.070 0.280 0.095 62 V 0.135 0.210 0.033 0.006 0.351 0.007 0.014 0.097 0.072 0.043 0.033 63 E 0.197 0.140 0.035 0.006 0.297 0.011 0.047 0.138 0.044 0.025 0.060 64 M 0.165 0.109 0.072 0.035 0.181 0.028 0.047 0.113 0.075 0.098 0.077 65 A 0.037 0.121 0.082 0.113 0.077 0.120 0.177 0.144 0.060 0.052 0.016 66 G 0.021 0.042 0.085 0.209 0.022 0.077 0.032 0.049 0.055 0.341 0.067 67 D 0.124 0.264 0.149 0.012 0.324 0.005 0.016 0.038 0.016 0.019 0.032 68 P 0.034 0.152 0.062 0.011 0.079 0.010 0.019 0.332 0.207 0.073 0.020 69 L 0.050 0.087 0.033 0.012 0.087 0.016 0.042 0.352 0.204 0.090 0.026 70 E 0.042 0.064 0.032 0.019 0.070 0.043 0.099 0.411 0.139 0.058 0.022 71 H 0.066 0.083 0.045 0.021 0.103 0.018 0.048 0.264 0.134 0.158 0.059 72 H 0.105 0.090 0.033 0.018 0.133 0.021 0.051 0.202 0.131 0.149 0.065 73 H 0.082 0.114 0.042 0.022 0.126 0.024 0.052 0.202 0.142 0.137 0.056 74 H 0.083 0.100 0.041 0.021 0.128 0.023 0.067 0.179 0.134 0.166 0.060 75 H 0.084 0.128 0.073 0.030 0.130 0.027 0.066 0.143 0.116 0.147 0.056 76 H 0.086 0.194 0.101 0.029 0.164 0.018 0.035 0.148 0.090 0.089 0.046