# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.830 0.112 0.037 0.016 0.005 0.001 0.001 2 A 0.805 0.110 0.047 0.022 0.011 0.005 0.001 3 S 0.826 0.120 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 4 K 0.738 0.167 0.058 0.023 0.009 0.004 0.001 5 K 0.654 0.202 0.090 0.038 0.012 0.004 0.001 6 V 0.518 0.191 0.125 0.089 0.053 0.022 0.003 7 H 0.534 0.218 0.117 0.073 0.035 0.020 0.004 8 Q 0.516 0.246 0.136 0.070 0.022 0.008 0.002 9 I 0.573 0.165 0.088 0.086 0.060 0.024 0.004 10 N 0.548 0.247 0.118 0.062 0.019 0.005 0.001 11 V 0.420 0.152 0.115 0.140 0.111 0.053 0.007 12 K 0.527 0.260 0.126 0.060 0.019 0.007 0.001 13 G 0.550 0.233 0.110 0.065 0.028 0.011 0.002 14 F 0.461 0.172 0.124 0.116 0.077 0.041 0.008 15 F 0.429 0.188 0.136 0.120 0.077 0.044 0.007 16 D 0.547 0.226 0.117 0.063 0.029 0.015 0.004 17 M 0.437 0.198 0.124 0.110 0.075 0.045 0.011 18 D 0.408 0.214 0.150 0.114 0.065 0.042 0.009 19 V 0.312 0.216 0.161 0.143 0.098 0.058 0.012 20 M 0.347 0.179 0.132 0.140 0.111 0.073 0.020 21 E 0.346 0.288 0.192 0.111 0.042 0.018 0.003 22 V 0.296 0.163 0.158 0.187 0.129 0.059 0.009 23 T 0.433 0.285 0.163 0.084 0.026 0.008 0.001 24 E 0.656 0.221 0.073 0.033 0.012 0.004 0.001 25 Q 0.503 0.237 0.143 0.082 0.026 0.008 0.001 26 T 0.584 0.204 0.111 0.067 0.025 0.008 0.001 27 K 0.698 0.203 0.067 0.024 0.007 0.002 0.001 28 E 0.657 0.215 0.081 0.034 0.010 0.003 0.001 29 A 0.642 0.189 0.096 0.053 0.016 0.003 0.001 30 E 0.579 0.294 0.093 0.028 0.006 0.001 0.001 31 Y 0.411 0.177 0.150 0.158 0.082 0.021 0.001 32 T 0.426 0.299 0.174 0.073 0.021 0.005 0.001 33 Y 0.389 0.194 0.149 0.135 0.090 0.040 0.004 34 D 0.371 0.301 0.198 0.095 0.028 0.007 0.001 35 F 0.122 0.099 0.128 0.226 0.251 0.161 0.014 36 K 0.363 0.304 0.201 0.099 0.025 0.006 0.001 37 E 0.449 0.359 0.125 0.045 0.015 0.006 0.001 38 I 0.233 0.134 0.172 0.240 0.150 0.066 0.006 39 L 0.235 0.187 0.185 0.189 0.146 0.054 0.003 40 S 0.479 0.313 0.133 0.055 0.015 0.004 0.001 41 E 0.346 0.329 0.190 0.096 0.030 0.008 0.001 42 F 0.216 0.134 0.158 0.228 0.184 0.075 0.005 43 N 0.465 0.304 0.146 0.063 0.017 0.003 0.001 44 G 0.740 0.185 0.049 0.020 0.005 0.001 0.001 45 K 0.524 0.281 0.134 0.051 0.009 0.001 0.001 46 N 0.352 0.333 0.192 0.093 0.026 0.004 0.001 47 V 0.161 0.124 0.137 0.221 0.231 0.117 0.009 48 S 0.122 0.262 0.283 0.215 0.088 0.029 0.003 49 I 0.050 0.048 0.084 0.200 0.316 0.261 0.040 50 T 0.123 0.269 0.270 0.208 0.092 0.035 0.003 51 V 0.099 0.140 0.207 0.272 0.198 0.077 0.007 52 K 0.338 0.350 0.198 0.086 0.022 0.005 0.001 53 E 0.554 0.260 0.103 0.054 0.021 0.007 0.001 54 E 0.418 0.249 0.166 0.108 0.044 0.014 0.001 55 N 0.404 0.249 0.167 0.117 0.048 0.014 0.001 56 E 0.409 0.332 0.163 0.070 0.020 0.005 0.001 57 L 0.161 0.147 0.177 0.242 0.182 0.081 0.010 58 P 0.262 0.266 0.210 0.149 0.074 0.033 0.005 59 V 0.145 0.148 0.189 0.229 0.178 0.093 0.017 60 K 0.365 0.275 0.173 0.105 0.050 0.025 0.007 61 G 0.285 0.218 0.183 0.160 0.098 0.048 0.008 62 V 0.190 0.157 0.157 0.203 0.181 0.097 0.015 63 E 0.373 0.275 0.167 0.112 0.051 0.019 0.003 64 M 0.379 0.218 0.166 0.136 0.069 0.027 0.004 65 A 0.473 0.259 0.145 0.082 0.031 0.011 0.001 66 G 0.672 0.186 0.076 0.043 0.017 0.006 0.001 67 D 0.611 0.238 0.100 0.040 0.010 0.002 0.001 68 P 0.545 0.251 0.116 0.061 0.021 0.006 0.001 69 L 0.400 0.192 0.159 0.139 0.080 0.027 0.002 70 E 0.546 0.260 0.119 0.053 0.017 0.005 0.001 71 H 0.484 0.233 0.144 0.092 0.037 0.009 0.001 72 H 0.443 0.237 0.148 0.104 0.048 0.018 0.002 73 H 0.505 0.234 0.138 0.083 0.031 0.009 0.001 74 H 0.592 0.222 0.108 0.056 0.017 0.004 0.001 75 H 0.625 0.212 0.094 0.049 0.017 0.004 0.001 76 H 0.667 0.186 0.083 0.042 0.016 0.005 0.001