# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.019 0.045 0.091 0.318 0.464 2 A 0.088 0.014 0.046 0.094 0.327 0.431 3 S 0.094 0.011 0.041 0.065 0.343 0.448 4 K 0.154 0.018 0.034 0.045 0.311 0.438 5 K 0.360 0.020 0.019 0.031 0.173 0.397 6 V 0.479 0.009 0.029 0.057 0.166 0.261 7 H 0.609 0.006 0.022 0.059 0.114 0.190 8 Q 0.785 0.005 0.011 0.059 0.058 0.082 9 I 0.782 0.006 0.006 0.073 0.034 0.099 10 N 0.608 0.008 0.006 0.084 0.081 0.213 11 V 0.674 0.011 0.007 0.047 0.080 0.182 12 K 0.646 0.011 0.017 0.042 0.102 0.184 13 G 0.675 0.007 0.041 0.052 0.118 0.107 14 F 0.655 0.021 0.050 0.059 0.132 0.084 15 F 0.551 0.019 0.037 0.056 0.180 0.157 16 D 0.299 0.013 0.017 0.063 0.261 0.348 17 M 0.179 0.008 0.028 0.113 0.328 0.345 18 D 0.243 0.011 0.036 0.170 0.247 0.293 19 V 0.451 0.018 0.060 0.234 0.138 0.098 20 M 0.596 0.009 0.041 0.168 0.103 0.083 21 E 0.675 0.008 0.036 0.176 0.064 0.041 22 V 0.623 0.007 0.037 0.149 0.099 0.084 23 T 0.376 0.010 0.025 0.128 0.201 0.260 24 E 0.235 0.010 0.052 0.193 0.360 0.150 25 Q 0.231 0.017 0.034 0.165 0.342 0.212 26 T 0.110 0.012 0.023 0.158 0.432 0.265 27 K 0.137 0.009 0.055 0.243 0.383 0.172 28 E 0.238 0.005 0.049 0.306 0.203 0.199 29 A 0.407 0.006 0.053 0.304 0.139 0.091 30 E 0.521 0.006 0.017 0.235 0.095 0.125 31 Y 0.622 0.008 0.007 0.138 0.067 0.160 32 T 0.611 0.008 0.004 0.118 0.072 0.188 33 Y 0.477 0.015 0.004 0.097 0.076 0.330 34 D 0.315 0.016 0.006 0.176 0.079 0.408 35 F 0.042 0.002 0.015 0.871 0.027 0.044 36 K 0.032 0.001 0.023 0.891 0.028 0.024 37 E 0.051 0.002 0.038 0.848 0.043 0.018 38 I 0.070 0.007 0.041 0.801 0.055 0.027 39 L 0.042 0.007 0.030 0.844 0.049 0.027 40 S 0.027 0.003 0.074 0.738 0.100 0.058 41 E 0.026 0.005 0.108 0.600 0.157 0.104 42 F 0.046 0.015 0.094 0.428 0.257 0.160 43 N 0.037 0.014 0.031 0.175 0.357 0.385 44 G 0.019 0.004 0.008 0.014 0.662 0.294 45 K 0.058 0.008 0.018 0.012 0.734 0.171 46 N 0.168 0.006 0.013 0.004 0.581 0.227 47 V 0.733 0.019 0.005 0.001 0.155 0.087 48 S 0.884 0.005 0.001 0.001 0.022 0.088 49 I 0.945 0.003 0.001 0.001 0.010 0.040 50 T 0.908 0.003 0.001 0.002 0.020 0.066 51 V 0.860 0.004 0.002 0.003 0.031 0.100 52 K 0.783 0.005 0.009 0.007 0.065 0.130 53 E 0.718 0.009 0.032 0.010 0.097 0.134 54 E 0.477 0.011 0.099 0.028 0.218 0.168 55 N 0.345 0.007 0.107 0.022 0.274 0.245 56 E 0.392 0.018 0.043 0.010 0.218 0.319 57 L 0.444 0.021 0.013 0.008 0.159 0.356 58 P 0.445 0.016 0.012 0.005 0.135 0.387 59 V 0.399 0.019 0.018 0.015 0.166 0.384 60 K 0.331 0.012 0.018 0.021 0.220 0.397 61 G 0.507 0.009 0.028 0.031 0.172 0.253 62 V 0.768 0.011 0.016 0.039 0.059 0.108 63 E 0.857 0.010 0.010 0.040 0.029 0.054 64 M 0.767 0.015 0.012 0.036 0.101 0.069 65 A 0.367 0.013 0.016 0.052 0.318 0.233 66 G 0.110 0.014 0.013 0.027 0.436 0.400 67 D 0.062 0.021 0.009 0.019 0.453 0.435 68 P 0.038 0.022 0.084 0.075 0.397 0.385 69 L 0.040 0.016 0.203 0.073 0.418 0.250 70 E 0.052 0.012 0.284 0.087 0.396 0.168 71 H 0.074 0.021 0.183 0.133 0.336 0.252 72 H 0.083 0.025 0.099 0.106 0.377 0.311 73 H 0.091 0.020 0.047 0.085 0.363 0.394 74 H 0.074 0.018 0.028 0.070 0.277 0.533 75 H 0.056 0.027 0.010 0.053 0.173 0.682 76 H 0.019 0.005 0.001 0.006 0.057 0.913