# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.006 0.040 0.035 0.040 0.013 0.101 0.341 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.009 0.197 0.053 0.058 0.060 0.001 2 A 0.005 0.005 0.023 0.029 0.046 0.020 0.218 0.222 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.011 0.227 0.047 0.043 0.063 0.001 3 S 0.005 0.006 0.023 0.044 0.056 0.009 0.251 0.105 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.018 0.103 0.051 0.158 0.130 0.001 4 K 0.006 0.006 0.053 0.025 0.074 0.007 0.134 0.104 0.006 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.032 0.019 0.193 0.113 0.111 0.102 0.003 5 K 0.008 0.015 0.086 0.066 0.078 0.012 0.081 0.133 0.006 0.002 0.002 0.004 0.007 0.011 0.077 0.040 0.098 0.059 0.107 0.104 0.006 6 V 0.014 0.019 0.026 0.026 0.306 0.005 0.038 0.074 0.006 0.001 0.006 0.006 0.011 0.024 0.117 0.106 0.072 0.022 0.062 0.052 0.006 7 H 0.031 0.019 0.237 0.094 0.030 0.012 0.022 0.051 0.003 0.001 0.012 0.009 0.022 0.067 0.278 0.013 0.035 0.009 0.020 0.027 0.010 8 Q 0.043 0.031 0.011 0.051 0.179 0.005 0.031 0.012 0.005 0.001 0.015 0.029 0.069 0.291 0.053 0.076 0.030 0.015 0.022 0.011 0.021 9 I 0.021 0.015 0.044 0.037 0.025 0.001 0.015 0.004 0.002 0.001 0.020 0.020 0.060 0.313 0.337 0.024 0.008 0.005 0.019 0.017 0.014 10 N 0.027 0.019 0.052 0.056 0.109 0.001 0.007 0.007 0.003 0.001 0.031 0.023 0.034 0.255 0.078 0.093 0.017 0.033 0.088 0.043 0.023 11 V 0.021 0.016 0.028 0.047 0.094 0.003 0.012 0.004 0.005 0.003 0.009 0.019 0.038 0.233 0.102 0.203 0.049 0.030 0.046 0.034 0.005 12 K 0.013 0.016 0.081 0.070 0.035 0.012 0.075 0.012 0.004 0.003 0.009 0.011 0.025 0.175 0.201 0.042 0.069 0.019 0.040 0.081 0.006 13 G 0.010 0.017 0.013 0.034 0.168 0.009 0.087 0.008 0.002 0.003 0.004 0.008 0.016 0.089 0.055 0.226 0.034 0.103 0.046 0.063 0.006 14 F 0.021 0.016 0.134 0.078 0.049 0.003 0.032 0.012 0.003 0.001 0.021 0.012 0.024 0.060 0.170 0.054 0.076 0.049 0.102 0.073 0.008 15 F 0.025 0.019 0.058 0.041 0.173 0.008 0.038 0.022 0.003 0.001 0.008 0.010 0.017 0.029 0.062 0.108 0.106 0.061 0.079 0.128 0.004 16 D 0.015 0.016 0.060 0.060 0.099 0.008 0.067 0.025 0.007 0.003 0.005 0.006 0.012 0.014 0.109 0.056 0.097 0.055 0.111 0.169 0.005 17 M 0.017 0.016 0.073 0.046 0.135 0.003 0.054 0.039 0.004 0.001 0.006 0.004 0.009 0.007 0.059 0.039 0.219 0.058 0.083 0.126 0.003 18 D 0.022 0.028 0.147 0.115 0.062 0.016 0.090 0.140 0.003 0.001 0.003 0.006 0.010 0.008 0.031 0.018 0.102 0.053 0.066 0.075 0.004 19 V 0.049 0.067 0.032 0.056 0.261 0.009 0.087 0.097 0.005 0.002 0.003 0.006 0.012 0.008 0.021 0.054 0.136 0.031 0.033 0.029 0.002 20 M 0.065 0.099 0.120 0.190 0.070 0.009 0.073 0.154 0.002 0.001 0.003 0.006 0.020 0.010 0.057 0.008 0.050 0.013 0.018 0.030 0.002 21 E 0.052 0.083 0.035 0.115 0.213 0.006 0.048 0.189 0.004 0.001 0.006 0.009 0.012 0.007 0.028 0.023 0.058 0.041 0.036 0.029 0.005 22 V 0.040 0.042 0.065 0.105 0.155 0.003 0.027 0.215 0.005 0.001 0.004 0.005 0.009 0.003 0.092 0.016 0.103 0.015 0.043 0.050 0.003 23 T 0.026 0.031 0.034 0.073 0.297 0.003 0.034 0.197 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.052 0.016 0.085 0.022 0.040 0.078 0.001 24 E 0.019 0.017 0.065 0.104 0.140 0.005 0.041 0.214 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 0.008 0.217 0.027 0.050 0.051 0.001 25 Q 0.014 0.020 0.033 0.081 0.214 0.006 0.086 0.185 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.008 0.184 0.026 0.034 0.060 0.001 26 T 0.014 0.027 0.044 0.111 0.258 0.003 0.078 0.142 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.012 0.063 0.034 0.085 0.092 0.001 27 K 0.014 0.014 0.078 0.158 0.126 0.003 0.021 0.127 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.005 0.295 0.030 0.034 0.054 0.001 28 E 0.008 0.014 0.011 0.027 0.280 0.006 0.187 0.223 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.119 0.026 0.024 0.035 0.001 29 A 0.019 0.038 0.061 0.130 0.102 0.007 0.161 0.216 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.055 0.010 0.072 0.036 0.030 0.051 0.001 30 E 0.069 0.055 0.064 0.118 0.173 0.005 0.079 0.142 0.006 0.001 0.005 0.003 0.009 0.002 0.014 0.011 0.071 0.069 0.068 0.032 0.004 31 Y 0.096 0.077 0.086 0.113 0.152 0.006 0.060 0.100 0.005 0.001 0.005 0.008 0.017 0.004 0.025 0.014 0.055 0.030 0.090 0.049 0.007 32 T 0.066 0.083 0.057 0.110 0.161 0.004 0.054 0.104 0.007 0.001 0.006 0.006 0.014 0.004 0.050 0.016 0.074 0.052 0.074 0.052 0.007 33 Y 0.052 0.055 0.099 0.148 0.096 0.004 0.027 0.094 0.003 0.001 0.005 0.004 0.011 0.003 0.046 0.012 0.107 0.033 0.077 0.119 0.004 34 D 0.022 0.035 0.030 0.053 0.173 0.005 0.042 0.172 0.005 0.001 0.004 0.005 0.009 0.006 0.021 0.030 0.062 0.049 0.119 0.153 0.006 35 F 0.011 0.011 0.046 0.020 0.052 0.002 0.026 0.209 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.044 0.009 0.485 0.023 0.026 0.022 0.002 36 K 0.005 0.008 0.012 0.010 0.017 0.013 0.098 0.734 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.003 0.058 0.006 0.006 0.006 0.001 37 E 0.004 0.010 0.012 0.016 0.014 0.022 0.055 0.766 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.006 0.035 0.009 0.008 0.012 0.001 38 I 0.012 0.013 0.011 0.016 0.068 0.006 0.043 0.606 0.007 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.015 0.011 0.131 0.018 0.014 0.011 0.001 39 L 0.025 0.020 0.041 0.063 0.036 0.010 0.077 0.448 0.013 0.004 0.001 0.003 0.004 0.014 0.036 0.010 0.124 0.023 0.024 0.023 0.001 40 S 0.007 0.008 0.013 0.028 0.042 0.027 0.119 0.416 0.026 0.006 0.001 0.001 0.003 0.012 0.011 0.011 0.204 0.017 0.023 0.026 0.001 41 E 0.004 0.006 0.017 0.017 0.031 0.033 0.244 0.207 0.045 0.027 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.009 0.231 0.053 0.025 0.023 0.001 42 F 0.003 0.003 0.020 0.018 0.022 0.008 0.277 0.035 0.050 0.054 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.024 0.219 0.060 0.088 0.096 0.001 43 N 0.001 0.002 0.016 0.014 0.045 0.004 0.274 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.033 0.139 0.056 0.093 0.289 0.001 44 G 0.002 0.004 0.031 0.011 0.111 0.004 0.150 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.017 0.057 0.050 0.375 0.073 0.097 0.003 45 K 0.008 0.012 0.272 0.090 0.070 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.122 0.055 0.082 0.026 0.057 0.162 0.005 46 N 0.015 0.032 0.034 0.031 0.481 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.015 0.010 0.021 0.018 0.065 0.084 0.027 0.027 0.060 0.041 0.015 47 V 0.029 0.051 0.165 0.112 0.059 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.032 0.019 0.037 0.041 0.308 0.047 0.012 0.009 0.019 0.035 0.014 48 S 0.070 0.105 0.040 0.071 0.283 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.051 0.030 0.071 0.048 0.056 0.075 0.010 0.013 0.024 0.016 0.025 49 I 0.126 0.125 0.123 0.100 0.105 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.036 0.032 0.076 0.039 0.143 0.032 0.008 0.004 0.014 0.011 0.016 50 T 0.163 0.173 0.061 0.107 0.213 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.026 0.021 0.052 0.018 0.053 0.026 0.007 0.007 0.019 0.011 0.027 51 V 0.172 0.172 0.071 0.097 0.246 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.012 0.012 0.038 0.010 0.076 0.023 0.018 0.007 0.015 0.010 0.009 52 K 0.079 0.127 0.096 0.188 0.193 0.002 0.018 0.030 0.001 0.001 0.013 0.013 0.029 0.012 0.066 0.020 0.021 0.012 0.035 0.036 0.009 53 E 0.037 0.030 0.029 0.047 0.506 0.002 0.021 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 0.018 0.161 0.017 0.014 0.025 0.001 54 E 0.027 0.021 0.063 0.067 0.169 0.007 0.266 0.050 0.006 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.091 0.010 0.118 0.022 0.026 0.044 0.001 55 N 0.020 0.021 0.080 0.123 0.099 0.018 0.231 0.039 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.027 0.011 0.068 0.095 0.056 0.092 0.002 56 E 0.019 0.018 0.048 0.057 0.252 0.005 0.111 0.021 0.006 0.002 0.004 0.003 0.007 0.003 0.016 0.023 0.119 0.106 0.105 0.071 0.003 57 L 0.017 0.021 0.120 0.111 0.098 0.003 0.037 0.015 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.004 0.051 0.015 0.055 0.029 0.159 0.240 0.003 58 P 0.011 0.019 0.052 0.080 0.235 0.005 0.033 0.021 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.007 0.049 0.033 0.091 0.062 0.120 0.161 0.005 59 V 0.020 0.024 0.066 0.104 0.109 0.005 0.035 0.018 0.006 0.001 0.012 0.010 0.018 0.020 0.101 0.059 0.065 0.028 0.168 0.121 0.010 60 K 0.027 0.022 0.125 0.069 0.114 0.007 0.056 0.034 0.003 0.001 0.010 0.009 0.019 0.023 0.098 0.029 0.135 0.019 0.074 0.121 0.007 61 G 0.018 0.040 0.027 0.063 0.193 0.009 0.108 0.029 0.002 0.001 0.006 0.008 0.023 0.037 0.059 0.118 0.049 0.081 0.051 0.068 0.010 62 V 0.031 0.027 0.121 0.082 0.095 0.003 0.026 0.028 0.003 0.001 0.026 0.016 0.030 0.049 0.161 0.055 0.063 0.034 0.087 0.050 0.013 63 E 0.029 0.028 0.098 0.079 0.156 0.006 0.029 0.034 0.004 0.001 0.006 0.009 0.021 0.050 0.094 0.076 0.086 0.034 0.088 0.069 0.003 64 M 0.016 0.016 0.040 0.093 0.112 0.015 0.097 0.020 0.011 0.006 0.004 0.009 0.015 0.047 0.098 0.088 0.124 0.044 0.056 0.086 0.002 65 A 0.005 0.005 0.034 0.041 0.067 0.008 0.125 0.022 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.105 0.037 0.221 0.039 0.093 0.175 0.001 66 G 0.002 0.003 0.019 0.017 0.046 0.005 0.232 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.049 0.034 0.101 0.255 0.051 0.163 0.001 67 D 0.001 0.001 0.038 0.026 0.024 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.019 0.028 0.027 0.279 0.519 0.001 68 P 0.001 0.001 0.013 0.004 0.064 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.693 0.058 0.035 0.072 0.001 69 L 0.001 0.002 0.025 0.020 0.018 0.044 0.335 0.249 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.010 0.139 0.028 0.040 0.056 0.001 70 E 0.002 0.004 0.017 0.021 0.057 0.017 0.250 0.225 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.018 0.139 0.074 0.064 0.078 0.001 71 H 0.004 0.006 0.033 0.039 0.068 0.008 0.153 0.176 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.027 0.027 0.169 0.076 0.096 0.101 0.001 72 H 0.008 0.008 0.054 0.048 0.080 0.007 0.133 0.131 0.008 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.036 0.023 0.177 0.073 0.095 0.105 0.001 73 H 0.006 0.007 0.046 0.050 0.085 0.011 0.142 0.117 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.031 0.024 0.186 0.065 0.096 0.111 0.001 74 H 0.006 0.008 0.046 0.054 0.087 0.013 0.147 0.083 0.009 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.033 0.023 0.151 0.080 0.111 0.133 0.001 75 H 0.006 0.008 0.043 0.052 0.101 0.008 0.130 0.062 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.029 0.151 0.077 0.115 0.158 0.002 76 H 0.007 0.010 0.065 0.059 0.125 0.007 0.092 0.058 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.047 0.034 0.105 0.088 0.120 0.160 0.002